View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0653-Insertion-2 (Length: 902)
Name: NF0653-Insertion-2
Description: NF0653
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0653-Insertion-2 |
 | |
|
| [»] chr3 (6 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 800; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 800; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 37635181 - 37634286
Alignment:
| Q |
8 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacgtggcacggcgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtacccttggtgttcaat |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
37635181 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacatggcacggtgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtaccgctggtgttcaat |
37635082 |
T |
|
| Q |
108 |
gccctattcttcctggaactaactacacctacaaattccaagtgaaggatcagattggaagttacttttactaccctaccaccggtcttcaaagagccgt |
207 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37635081 |
gccccattcttcctgggactaactatacctacaaattccaagtgaaggatcaaattggaagttacttttactaccctaccacaggtcttcaaagagccgt |
37634982 |
T |
|
| Q |
208 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgattggtac |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37634981 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgactggtac |
37634882 |
T |
|
| Q |
308 |
ggcaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggcgatg |
407 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
37634881 |
ggtaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggtgatg |
37634782 |
T |
|
| Q |
408 |
gtagcgatgagccactctacacaacgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggccttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
507 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37634781 |
gtagagatgagccactctacacaatgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggtcttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
37634682 |
T |
|
| Q |
508 |
acatggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaactgtttatgactctcttgacgttcacgttggataatgctacactgtcctcgtg |
607 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37634681 |
acatggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaaatgtttatgactctcttgacgttcacgttggacaatgctacactgtcctcgtg |
37634582 |
T |
|
| Q |
608 |
accgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattgttcgttacaccaacggaa |
707 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37634581 |
accgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattgttcgttacaccaacggaa |
37634482 |
T |
|
| Q |
708 |
aaggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgccggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
807 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37634481 |
aaggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgtcggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
37634382 |
T |
|
| Q |
808 |
tagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctg-taggcatggtaacggtaaact |
902 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
37634381 |
aagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctgttagcaatgttaacggtaaact |
37634286 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 800; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 37638095 - 37637200
Alignment:
| Q |
8 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacgtggcacggcgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtacccttggtgttcaat |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
37638095 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacatggcacggtgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtaccgctggtgttcaat |
37637996 |
T |
|
| Q |
108 |
gccctattcttcctggaactaactacacctacaaattccaagtgaaggatcagattggaagttacttttactaccctaccaccggtcttcaaagagccgt |
207 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37637995 |
gccccattcttcctgggactaactatacctacaaattccaagtgaaggatcaaattggaagttacttttactaccctaccacaggtcttcaaagagccgt |
37637896 |
T |
|
| Q |
208 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgattggtac |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37637895 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgactggtac |
37637796 |
T |
|
| Q |
308 |
ggcaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggcgatg |
407 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
37637795 |
ggtaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggtgatg |
37637696 |
T |
|
| Q |
408 |
gtagcgatgagccactctacacaacgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggccttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
507 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37637695 |
gtagcgatgagccactctacacaatgaagccgggaaaaacctacaaatatagaatctgcaatactggtcttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
37637596 |
T |
|
| Q |
508 |
acatggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaactgtttatgactctcttgacgttcacgttggataatgctacactgtcctcgtg |
607 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37637595 |
acatggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaaatgtttatgactctcttgacgttcacgttggacaatgctacactgtcctcgtg |
37637496 |
T |
|
| Q |
608 |
accgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattgttcgttacaccaacggaa |
707 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37637495 |
accgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattgttcgttacaccaacggaa |
37637396 |
T |
|
| Q |
708 |
aaggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgccggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
807 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37637395 |
aaggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgtcggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
37637296 |
T |
|
| Q |
808 |
tagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctg-taggcatggtaacggtaaact |
902 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
37637295 |
aagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctgttagcaatgttaacggtaaact |
37637200 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 796; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 37649296 - 37648401
Alignment:
| Q |
8 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacgtggcacggcgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtacccttggtgttcaat |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
37649296 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacatggcacggtgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtaccgctggtgttcaat |
37649197 |
T |
|
| Q |
108 |
gccctattcttcctggaactaactacacctacaaattccaagtgaaggatcagattggaagttacttttactaccctaccaccggtcttcaaagagccgt |
207 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37649196 |
gccccattcttcctgggactaactatacctacaaattccaagtgaaggatcaaattggaagttacttttactaccctaccacaggtcttcaaagagccgt |
37649097 |
T |
|
| Q |
208 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgattggtac |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37649096 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgactggtac |
37648997 |
T |
|
| Q |
308 |
ggcaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggcgatg |
407 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
37648996 |
ggtaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggtgatg |
37648897 |
T |
|
| Q |
408 |
gtagcgatgagccactctacacaacgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggccttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
507 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37648896 |
gtagcgatgagccactctacacaatgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggtcttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
37648797 |
T |
|
| Q |
508 |
acatggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaactgtttatgactctcttgacgttcacgttggataatgctacactgtcctcgtg |
607 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37648796 |
acatggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaaatgtttatgactctcttgacgttcacgttggacaatgctacactgtcctcgtg |
37648697 |
T |
|
| Q |
608 |
accgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattgttcgttacaccaacggaa |
707 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
37648696 |
accgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattatacgttacaccaacggaa |
37648597 |
T |
|
| Q |
708 |
aaggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgccggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
807 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37648596 |
aaggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgtcggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
37648497 |
T |
|
| Q |
808 |
tagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctg-taggcatggtaacggtaaact |
902 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
37648496 |
aagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctgttagcaatgttaacggtaaact |
37648401 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 794; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 37641007 - 37640114
Alignment:
| Q |
10 |
taatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacgtggcacggcgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtacccttggtgttcaatgc |
109 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
37641007 |
taatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacatggcacggtgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtacccctggtgttcaatgc |
37640908 |
T |
|
| Q |
110 |
cctattcttcctggaactaactacacctacaaattccaagtgaaggatcagattggaagttacttttactaccctaccaccggtcttcaaagagccgttg |
209 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37640907 |
cccattcttcctgggactaactatacctacaaattccaagtgaaggatcaaattggaagttacttttactaccctaccacaggtcttcaaagagccgttg |
37640808 |
T |
|
| Q |
210 |
gtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgattggtacgg |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
37640807 |
gtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcatttgtgactggtacgg |
37640708 |
T |
|
| Q |
310 |
caagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggcgatggt |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37640707 |
taagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggtgatggt |
37640608 |
T |
|
| Q |
410 |
agcgatgagccactctacacaacgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggccttaaggacacccttaacttcaggttccaaggac |
509 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37640607 |
agcgatgagccactctacacaatgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggtcttaaggacacccttaacttcaggttccaaggac |
37640508 |
T |
|
| Q |
510 |
atggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaactgtttatgactctcttgacgttcacgttggataatgctacactgtcctcgtgac |
609 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37640507 |
atggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaaatgtttatgactctcttgacgttcacgttggacaatgctacactgtcctcgtgac |
37640408 |
T |
|
| Q |
610 |
cgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattgttcgttacaccaacggaaaa |
709 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37640407 |
cgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattatacgttacaccaacggaaaa |
37640308 |
T |
|
| Q |
710 |
ggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgccggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgcta |
809 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
37640307 |
ggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgtcggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgcaa |
37640208 |
T |
|
| Q |
810 |
gacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctg-taggcatggtaacggtaaact |
902 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
37640207 |
gacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctgttagcaatgttaacggtaaact |
37640114 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 788; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 37646383 - 37645488
Alignment:
| Q |
8 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacgtggcacggcgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtacccttggtgttcaat |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
37646383 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacatggcacggtgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtaccgctggtgttcaat |
37646284 |
T |
|
| Q |
108 |
gccctattcttcctggaactaactacacctacaaattccaagtgaaggatcagattggaagttacttttactaccctaccaccggtcttcaaagagccgt |
207 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37646283 |
gccccattcttcctgggactaactatacctacaaattccaagtgaaggatcaaattggaagttacttttactaccctaccacaggtcttcaaagagccgt |
37646184 |
T |
|
| Q |
208 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgattggtac |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37646183 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgactggtac |
37646084 |
T |
|
| Q |
308 |
ggcaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggcgatg |
407 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
37646083 |
ggtaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggtgatg |
37645984 |
T |
|
| Q |
408 |
gtagcgatgagccactctacacaacgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggccttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
507 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37645983 |
gtagcgatgagccactctacacaatgaagccgggaaaaacctacaaatatagaatctgcaatactggtcttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
37645884 |
T |
|
| Q |
508 |
acatggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaactgtttatgactctcttgacgttcacgttggataatgctacactgtcctcgtg |
607 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37645883 |
acatggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaaatgtttatgactctcttgacgttcacgttggacaatgctacactgtcctcgtg |
37645784 |
T |
|
| Q |
608 |
accgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattgttcgttacaccaacggaa |
707 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37645783 |
accgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctagttggaaagggtattgttcgttacaccaacggaa |
37645684 |
T |
|
| Q |
708 |
aaggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgccggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
807 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37645683 |
aaggtcccgcttcacctttgctaccatctgcacctgtcggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
37645584 |
T |
|
| Q |
808 |
tagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctg-taggcatggtaacggtaaact |
902 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
37645583 |
aagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctgttagcaatgttaacggtaaact |
37645488 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 760; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 37652208 - 37651313
Alignment:
| Q |
8 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacgtggcacggcgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtacccttggtgttcaat |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37652208 |
gttaatgtattcaacaaccttgatgaaccattgcttttcacatggcacggtgttcaacagaggaagaattcatggcaagatggtacccttggtgttcaat |
37652109 |
T |
|
| Q |
108 |
gccctattcttcctggaactaactacacctacaaattccaagtgaaggatcagattggaagttacttttactaccctaccaccggtcttcaaagagccgt |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37652108 |
gccctattcttcctggaactaactacacctacaaatttcaagtgaaggatcaaattggaagttacttttactaccctaccacaggtcttcaaagagccgt |
37652009 |
T |
|
| Q |
208 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgattggtac |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37652008 |
tggtggtttcggtggtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgactggtac |
37651909 |
T |
|
| Q |
308 |
ggcaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgccggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggcgatg |
407 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
37651908 |
ggtaagagccacaaaactcttaagatggagttggacagtggtcgttcaattggaagacctgctggtgttatcataaacggtaaaaatgctaaaggtgatg |
37651809 |
T |
|
| Q |
408 |
gtagcgatgagccactctacacaacgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggccttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
507 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37651808 |
gtagcgatgagccactatacacaatgaagccgggaaaaacctacaaatatagaatctgcaatactggtcttaaggacacccttaacttcaggttccaagg |
37651709 |
T |
|
| Q |
508 |
acatggaatgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaactgtttatgactctcttgacgttcacgttggataatgctacactgtcctcgtg |
607 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37651708 |
acatggaatgaagttggttgaaactgaaggctcacatgttgttcaaaatgtctatgactctctcgacgttcatgttgggcaatgctacactgtcctcgtg |
37651609 |
T |
|
| Q |
608 |
accgccgataaagagccaagggactattacatgattgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattgttcgttacaccaacggaa |
707 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
37651608 |
accgccgataaagagccaaaggactattacatggttgcctccacccgtatgaccaagtacaatctacttggaaagggtattatacgttacaccaacggaa |
37651509 |
T |
|
| Q |
708 |
aaggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgccggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
807 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37651508 |
aaggtcccgcttcacctatgctaccacctgcacctgtcggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgc |
37651409 |
T |
|
| Q |
808 |
tagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctg-taggcatggtaacggtaaact |
902 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
37651408 |
aagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaactctgttagcaatgttaacggtaaact |
37651313 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 122 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 32388404 - 32388206
Alignment:
| Q |
122 |
ggaactaactacacctacaaattccaagtgaaggatcagattggaagttacttttactaccctaccaccggtcttcaaagagccgttggtggtttcggtg |
221 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| |||||| |
|
|
| T |
32388404 |
ggaaccaactacacctacaaattccaggttaaggatcaaattggtagttacttttactaccctactaccggtctcatgagagctgccggtggtatcggtg |
32388305 |
T |
|
| Q |
222 |
gtcttagaatcttcagtcgtctgttgatccctgttccttatgctgatcctgaggatgagtattgggttctcattggtgattggtacggcaagagccaca |
320 |
Q |
| |
|
| ||||| ||| ||| || ||||||||||||| || ||||||||||| | || || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
32388304 |
gaattagagtctacagccgattgttgatccctgtcccatatgctgatcccgctgacgaatattgggttcttatgggtgattggtacggaaagagtcaca |
32388206 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 694 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 32387844 - 32387661
Alignment:
| Q |
694 |
ttacaccaacggaaaaggtcccgcttcacctgtgctaccacctgcacctgccggttgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaactta |
793 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| || || || || |||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||| | || || ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
32387844 |
ttacactaacggtaatggccctgcctcacctgttctcccacctgcaccagttggttgggcttggtctttgaaccaggttcgttctttccgctggaactta |
32387745 |
T |
|
| Q |
794 |
accgcttctgctgctagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatcaacattacccgcacaatcaagtttgttaac |
877 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||| | |||||| |
|
|
| T |
32387744 |
accgctagtgctgctaggcccaatcctcaaggttcttaccattacggacagatcaacatcacccgtaccatcaagctcgttaac |
32387661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 749 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 32381519 - 32381410
Alignment:
| Q |
749 |
tgggcttggtctctcaaccagttccgatcattccgttggaacttaaccgcttctgctgctagacccaaccctcagggatcttaccattacggtcagatca |
848 |
Q |
| |
|
||||| |||||| | || |||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32381519 |
tgggcatggtctttgaatcagttccgttctttccgttggaacttgaccgctagtgctgctaggcccaacccacaaggttcttaccattacggtcagatca |
32381420 |
T |
|
| Q |
849 |
acattacccg |
858 |
Q |
| |
|
|||| ||||| |
|
|
| T |
32381419 |
acatcacccg |
32381410 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 419 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 32381849 - 32381772
Alignment:
| Q |
419 |
ccactctacacaacgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggccttaaggacacccttaacttc |
496 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||| |
|
|
| T |
32381849 |
ccactcttcacaatgaagccaggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatgttggtcttaaaaactcccttaacttc |
32381772 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 415 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 32388123 - 32387929
Alignment:
| Q |
415 |
tgagccactctacacaacgaagccgggaaaaacctacaaatacagaatctgcaatactggccttaaggacacccttaacttcaggttccaaggacatgga |
514 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || | |||| ||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| || ||||| | ||||||||||| |||||| || | |
|
|
| T |
32388123 |
tgagccactctacaaaatggagccaggaaagacctacaagtacagactctgcaacgttggtctcaaggattctcttaacttcagaatccaagatcaccca |
32388024 |
T |
|
| Q |
515 |
atgaagttggttgaaaccgaaggatcacacgttgttcaaactgtttatgactctcttgacgttcacgttggataatgctacactgtcctcgtgac |
609 |
Q |
| |
|
|||||| | || |||| ||||| || ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||| |
|
|
| T |
32388023 |
atgaagctcgtcgaaatggaaggttcccacaccgttcaaaacgtttatgattcccttgacgttcacgtaggacaatgcttctctgtcctcgtgac |
32387929 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University
This website was viewed 376 times since January 2019
Visitors: 4082