View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0654_low_13 (Length: 264)

Name: NF0654_low_13
Description: NF0654
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0654_low_13
NF0654_low_13
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (25-231)||(222045-222251)
chr6 (25-229)||(14627086-14627289)
chr6 (25-229)||(35010350-35010553)
chr6 (25-229)||(14151402-14151605)
chr6 (25-229)||(27739937-27740140)
chr6 (25-145)||(15861667-15861787)
chr6 (25-149)||(1658804-1658928)
chr6 (25-145)||(1651044-1651164)
chr6 (57-229)||(1554940-1555110)
chr6 (134-229)||(16301184-16301278)
chr6 (57-205)||(29665123-29665269)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (25-229)||(223127-223330)
[»] scaffold0124 (1 HSPs)
scaffold0124 (25-229)||(36349-36552)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (25-229)||(23112103-23112306)
chr5 (25-229)||(34938376-34938579)
chr5 (25-229)||(29191220-29191423)
chr5 (25-229)||(23985416-23985619)
chr5 (66-229)||(25003802-25003964)
chr5 (64-229)||(2030766-2030930)
chr5 (25-108)||(22054885-22054968)
chr5 (25-108)||(18531921-18532004)
chr5 (91-210)||(32949952-32950069)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (25-229)||(14911024-14911227)
chr4 (41-166)||(7849135-7849259)
chr4 (25-108)||(31114764-31114847)
chr4 (25-108)||(15676008-15676091)
chr4 (134-229)||(55377879-55377973)
chr4 (25-108)||(10105283-10105366)
chr4 (125-222)||(23271333-23271429)
chr4 (132-160)||(8373536-8373564)
chr4 (132-160)||(19019495-19019523)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (25-229)||(32650538-32650741)
chr1 (25-145)||(45050626-45050746)
chr1 (25-142)||(41393399-41393515)
chr1 (132-160)||(20253351-20253379)
[»] scaffold0075 (1 HSPs)
scaffold0075 (25-223)||(24152-24349)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (27-229)||(23174598-23174800)
chr3 (25-145)||(15574986-15575106)
chr3 (25-145)||(15614005-15614125)
chr3 (57-229)||(18738727-18738898)
chr3 (68-229)||(51962283-51962443)
chr3 (111-229)||(17937116-17937233)
chr3 (139-229)||(18892878-18892967)
chr3 (139-229)||(18889651-18889741)
chr3 (25-108)||(47983897-47983980)
chr3 (25-108)||(47993184-47993267)
chr3 (25-108)||(48002471-48002554)
chr3 (25-108)||(48011757-48011840)
chr3 (25-142)||(17913414-17913533)
chr3 (57-166)||(11987276-11987384)
chr3 (130-229)||(54039725-54039823)
[»] scaffold0125 (1 HSPs)
scaffold0125 (25-166)||(34670-34811)
[»] scaffold0162 (1 HSPs)
scaffold0162 (25-229)||(9130-9333)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (25-210)||(13320200-13320384)
chr7 (25-229)||(47481975-47482178)
chr7 (25-149)||(16479923-16480047)
chr7 (25-142)||(26010286-26010402)
chr7 (57-229)||(15761265-15761435)
chr7 (134-229)||(7285610-7285705)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (25-166)||(7512896-7513037)
chr2 (64-217)||(32464882-32465034)
chr2 (25-165)||(25266346-25266484)
chr2 (25-108)||(24342500-24342583)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (25-149)||(6775215-6775339)
chr8 (25-145)||(24548165-24548285)
chr8 (57-229)||(18618243-18618413)
chr8 (132-160)||(17151202-17151230)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (25-229)||(12736-12939)
[»] scaffold0686 (1 HSPs)
scaffold0686 (64-229)||(7106-7270)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (64-229)||(167308-167472)
[»] scaffold0361 (1 HSPs)
scaffold0361 (27-182)||(2704-2856)
[»] scaffold0215 (1 HSPs)
scaffold0215 (25-137)||(17184-17295)
[»] scaffold0342 (1 HSPs)
scaffold0342 (64-182)||(1788-1905)
[»] scaffold0066 (1 HSPs)
scaffold0066 (132-229)||(53384-53479)
[»] scaffold1427 (1 HSPs)
scaffold1427 (181-229)||(1446-1494)
[»] scaffold0833 (1 HSPs)
scaffold0833 (134-229)||(2093-2187)
[»] scaffold0158 (1 HSPs)
scaffold0158 (164-229)||(23793-23858)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 25 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 222251 - 222045
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  222251 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 222152  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  222151 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 222052  T
Q  225 atgatgt 231  Q
    |||||||    
T  222051 atgatgt 222045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 14627086 - 14627289
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14627086 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgaatgattatatggaagtatttgattgttag 14627185  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  14627186 ttgagtgttgaatgtaatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtaggcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggtg 14627284  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  14627285 atgat 14627289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 35010350 - 35010553
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35010350 agagagacgaacattgatgaaaatattcttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 35010449  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||     
T  35010450 ttgagttttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggta 35010548  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  35010549 atgat 35010553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 14151605 - 14151402
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  14151605 agagagacgaacattgatgaaaatattcttttaagccaatcaccttatcaatctctcatgtttagttttgtatgactatatggaagtatttgaatgatag 14151506  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||  |||||||| ||| ||||||| |||||||| ||| ||    
T  14151505 ttaagtgtggaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctctttgcttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtggaattatgtgaagatg 14151407  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  14151406 atgat 14151402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 27740140 - 27739937
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | | || |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  27740140 agagagacgaacattggtgaaaatatcctttaaggcaaatcaccttataaatctttcataattggttttgtatgactatatggaagtaatggattgatag 27740041  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| | |||||| |||  |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  27740040 ttgagtattgaatgtgatgtttatcttaaggtgacata-ttttcctctttatttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggtg 27739942  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  27739941 atgat 27739937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 25 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 15861787 - 15861667
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15861787 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagtattgtatgactatatggaagtatttgattgttag 15861688  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtt 145  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  15861687 ttgagtgttgaatgagatgtt 15861667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 25 - 149
Target Start/End: Original strand, 1658804 - 1658928
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1658804 agagagacgaacattgacgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttcgttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 1658903  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatc 149  Q
     |||||||||||| |||||||||||    
T  1658904 gtgagtgttgaatatgatgtttatc 1658928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 25 - 145
Target Start/End: Original strand, 1651044 - 1651164
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1651044 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagtcaatcaccttataaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 1651143  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtt 145  Q
    |||||| |||||| |||||||    
T  1651144 ttgagtattgaatatgatgtt 1651164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 57 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1555110 - 1554940
Alignment:
Q  57 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 156  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||||   | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || | |||||| |||||    
T  1555110 aagccaattgccttataaatctttcatgacttgttttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggt 1555012  T
Q  157 gatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||| ||||||| || |||||||| |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  1555011 gatgta-ttttcctttttacttggaatgtgagcaaatcatgtaagtgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 1554940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 229
Target Start/End: Original strand, 16301184 - 16301278
Alignment:
Q  134 gaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||| |||||||| |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  16301184 gaatgtgatgtttatcttaagatgacgtatctt-cctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 16301278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 29665269 - 29665123
Alignment:
Q  57 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 156  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||   || |||||||| | |||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || ||| |||| |||||    
T  29665269 aagccaatcgtcttataaatctttcatgactaattttgtataa-tatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaagtt-atctcaaggt 29665172  T
Q  157 gatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgat 205  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| |||  |||||||| ||| ||||    
T  29665171 gatgtattcttcctttttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgat 29665123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 223127 - 223330
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  223127 agagagacaaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataaatccttcatatctagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 223226  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  223227 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 223325  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  223326 atgat 223330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 1)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 36349 - 36552
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  36349 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgaaagtatttgattgatag 36448  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36449 atgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatctaatgtgaaattatgtaaaggtg 36547  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  36548 atgat 36552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 23112103 - 23112306
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23112103 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatcgttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatag 23112202  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23112203 atgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgagcaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 23112301  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  23112302 atgat 23112306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 34938579 - 34938376
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34938579 agagagacgaacattgatgaaaatatcctttaaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 34938480  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  34938479 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgggcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggtg 34938381  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  34938380 atgat 34938376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 29191220 - 29191423
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29191220 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatggttag 29191319  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  29191320 ttgagtattgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttgaaaagtaggcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggtg 29191418  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  29191419 atgat 29191423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 23985416 - 23985619
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  23985416 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataactctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatatgattgatag 23985515  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||||| ||| |||| |||| |||||| ||||||    
T  23985516 ttgagaattgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatatgaagttatgtgaaggtg 23985614  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  23985615 atgat 23985619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 66 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 25003964 - 25003802
Alignment:
Q  66 accttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtattt 165  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  25003964 accttataaatctttcataattagttttgtatgtctatatggaagtatttgattgatagttgagtattgaatgtgatgtttatcttaaggtgacgta-tt 25003866  T
Q  166 ttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||||| |||||||| |||  |||||||| ||| |||| |||||||| || |||||||||||    
T  25003865 ttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatatgaaattacgtgaaggtgatgat 25003802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 64 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 2030930 - 2030766
Alignment:
Q  64 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 163  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  2030930 tcaccttataaatccttcataattgattttgtatgactatatggaagtattggattgatagttgaatatggaatgagatgtttatcttaaggtgacgta- 2030832  T
Q  164 ttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    || ||||||| |||||||| |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  2030831 ttatcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 2030766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Original strand, 22054885 - 22054968
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  22054885 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 22054968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Original strand, 18531921 - 18532004
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||| ||||||||| |||||    
T  18531921 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagtttcgtatgactaaatgga 18532004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 32950069 - 32949952
Alignment:
Q  91 tttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggaca 190  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || | |||||| |||||||||||  |||||| || |||||||| |||  ||    
T  32950069 tttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggtgatgta-ctttcctttttacttggaatgtgagca 32949972  T
Q  191 aatcatatatctgatgtgaa 210  Q
    |||||| ||| |||| ||||    
T  32949971 aatcatgtatttgatatgaa 32949952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 14911227 - 14911024
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  14911227 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcactttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtaattgattgatag 14911128  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14911127 atgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 14911029  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  14911028 atgat 14911024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 41 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 7849259 - 7849135
Alignment:
Q  41 atgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtg 140  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| |  |    
T  7849259 atgaaaatatccttttaagccaatcaccttctaaatccttcatgatta-ttttgtgtgcttatatagaagtatatgattgatagttgagtgttgacttag 7849161  T
Q  141 atgtttatcttaaggtgatgtatttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  7849160 atgtttatcttaaggtgatgtatttt 7849135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 31114847 - 31114764
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  31114847 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 31114764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Original strand, 15676008 - 15676091
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  15676008 agagagacgaatattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 15676091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 134 - 229
Target Start/End: Original strand, 55377879 - 55377973
Alignment:
Q  134 gaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||| |||  |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  55377879 gaatgtgatgtttatcttaagatgacgtatttt-cctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 55377973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Original strand, 10105283 - 10105366
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  10105283 agagagacgaacattgatgaaaatattcttttaagctaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 10105366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 125 - 222
Target Start/End: Original strand, 23271333 - 23271429
Alignment:
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaagg 222  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||| || ||||| |||  |||||||| ||| |||| ||| ||||||| ||||    
T  23271333 ttgaatgttgaatgtgaggtttatctcaaggtgatgta-ctttcctctttacctggaatgtgagcaaatcatgtatttgatatgagattatgtgaagg 23271429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 132 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 8373564 - 8373536
Alignment:
Q  132 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8373564 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 8373536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 132 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19019523 - 19019495
Alignment:
Q  132 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19019523 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 19019495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 32650741 - 32650538
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32650741 agagagacgaacattgatgaaaatatcattttaagtcaattaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatag 32650642  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32650641 atgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtattttt-ctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaagggtg 32650543  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  32650542 atgat 32650538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 25 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 45050746 - 45050626
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||    
T  45050746 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagtgttgtatgactatatgaaagtttttgattgctag 45050647  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtt 145  Q
    |||||| |||||| |||||||    
T  45050646 ttgagtattgaatatgatgtt 45050626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 25 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 41393515 - 41393399
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  41393515 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataaatctttcataattagtttcgtatgattatatggaagtatttgattg-tag 41393417  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgat 142  Q
    |||| |||||||| ||||    
T  41393416 ttgaatgttgaatatgat 41393399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 132 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 20253379 - 20253351
Alignment:
Q  132 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20253379 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 20253351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 151; Significance: 6e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 25 - 223
Target Start/End: Original strand, 24152 - 24349
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24152 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatggttag 24251  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggt 223  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||    
T  24252 ttgactgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgacttggaaagtaggcaaatcatgtatttgatgtaaaattatgtgaaggt 24349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 27 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 23174800 - 23174598
Alignment:
Q  27 agagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagtt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||| |    
T  23174800 agagacgaacattgatgaaaatatccttttaagtcaatcaccttgtaaatccttcatatttagttttaaatgactatatggaagtatttaattgatagat 23174701  T
Q  127 gagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggac-aaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtga 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23174700 gagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgta-ttttcctcttgatttggaaagtgggcaaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtga 23174602  T
Q  226 tgat 229  Q
    ||||    
T  23174601 tgat 23174598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 15575106 - 15574986
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15575106 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttatgaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 15575007  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtt 145  Q
    || ||| |||||| |||||||    
T  15575006 ttcagtattgaatatgatgtt 15574986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 25 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 15614125 - 15614005
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15614125 agagagatgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttatgaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 15614026  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtt 145  Q
    || ||| |||||| |||||||    
T  15614025 ttcagtattgaatatgatgtt 15614005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 57 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 18738898 - 18738727
Alignment:
Q  57 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 156  Q
    |||||||| | ||| |||| | |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18738898 aagccaattatcttgtaaacctttcatgattagttttttatgactatatggaagtatttgattgatagttgagtgttcaatgtgatgtttatcttaaggt 18738799  T
Q  157 gatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    || ||| |||||||||| |||||||| |||  |||||||| ||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  18738798 gacgta-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtggaggtgatgat 18738727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 68 - 229
Target Start/End: Original strand, 51962283 - 51962443
Alignment:
Q  68 cttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtattttt 167  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | || ||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  51962283 cttataaatctttcgtaattagttttgtatgactatatggaagtattggattgatagttgaatatggattgtgacgtttatcttaaggtgacgta-tttt 51962381  T
Q  168 cctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||| |||||||| |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  51962382 cctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 51962443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 111 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 17937233 - 17937116
Alignment:
Q  111 tatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaa 210  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||||| ||| |||||||||    
T  17937233 tatttgattgatagttgagtgttgaatgtgatgttcatcttaaggtgatgta-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaa 17937135  T
Q  211 attatgtaaaggtgatgat 229  Q
    ||||| ||  |||||||||    
T  17937134 attatatattggtgatgat 17937116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 139 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 18892967 - 18892878
Alignment:
Q  139 tgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18892967 tgatgttcatcttaaggtgatgtatttt-cctcttgacttggaaagtgggcaaatcatatatttgatgtgtaattatgtaaaggtgatgat 18892878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 139 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 18889741 - 18889651
Alignment:
Q  139 tgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatc-tgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  18889741 tgatgtttatcttaaggtgatgtatttt-ccttttgacttggaaagtgggcaaatcatatatcaagatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 18889651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 47983980 - 47983897
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||    
T  47983980 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgactaaatgga 47983897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 47993267 - 47993184
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||    
T  47993267 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgactaaatgga 47993184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 48002554 - 48002471
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||    
T  48002554 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgactaaatgga 48002471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 48011840 - 48011757
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||    
T  48011840 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgactaaatgga 48011757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 142
Target Start/End: Original strand, 17913414 - 17913533
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatat--cctcttaagccaa-tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgt 121  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||     
T  17913414 agagagacgaacattgataaaaatatatcct-ttaagccaaatcatcttataaatctttcataatcatttttgtatgactatatggaagtagttgaatga 17913512  T
Q  122 tagttgagtgttgaatgtgat 142  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  17913513 tagtggagtgttgaatgtgat 17913533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 57 - 166
Target Start/End: Original strand, 11987276 - 11987384
Alignment:
Q  57 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 156  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||| | | |||| ||||||||| || | |||||| |||||    
T  11987276 aagccaatcgtcttataaatctttcatgattagttttgtatgactatattgaagtacttgattataaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggt 11987374  T
Q  157 gatgtatttt 166  Q
    ||||||||||    
T  11987375 gatgtatttt 11987384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 130 - 229
Target Start/End: Original strand, 54039725 - 54039823
Alignment:
Q  130 tgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| |||||||| |||  |||||||| ||| |||||||||| ||| | |||||||||||    
T  54039725 tgttggatgtgatgtttatcttaaggtgacatatttt-cctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaactatatgaaggtgatgat 54039823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0125 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0125
Description:

Target: scaffold0125; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 25 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 34811 - 34670
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34811 agagagacgaacattgatgaaaatatcctttaaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 34712  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34711 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttt 34670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0162
Description:

Target: scaffold0162; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 9130 - 9333
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9130 agagagacgaacattgatgaaaatatcctttaaagccaatcaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatag 9229  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||  ||||||||  |  | |||||||||||||| ||||||    
T  9230 ttgagtgtcgaatgtgatgtttatcttaaggtgacgta-ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgaaattaatgtgaaattatgtgaaggtg 9328  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  9329 atgat 9333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 25 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 13320384 - 13320200
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13320384 agagagacgaacattgatgaaaatatcctttaaagccaatcaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatag 13320285  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaa 210  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||  |||||||| ||| |||| ||||    
T  13320284 tcgagtgtcgaatgtgatgtttatcttaaggtgacgtattttt-ctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatatgaa 13320200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 47481975 - 47482178
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  47481975 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgactgatag 47482074  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    |||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||  |||||||| ||| |||||||||||||| | || |||    
T  47482075 ttgaatatggaatgtgatgtttatcttaaggtgacgta-tttccctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtatttgatgtgaaattatatgaatgtg 47482173  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  47482174 atgat 47482178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 25 - 149
Target Start/End: Original strand, 16479923 - 16480047
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16479923 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 16480022  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatc 149  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  16480023 ttgagtgttgaatatgatgtttatc 16480047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 25 - 142
Target Start/End: Original strand, 26010286 - 26010402
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  26010286 agagagacgaacattgatgaaaatatcattttaagccaatcaccttataaatctttcataattagtttcgtatgattatatggaagtatttgattg-tag 26010384  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgat 142  Q
    |||| |||||||| ||||    
T  26010385 ttgaatgttgaatatgat 26010402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 57 - 229
Target Start/End: Original strand, 15761265 - 15761435
Alignment:
Q  57 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 156  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||||   | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || | |||||| |||||    
T  15761265 aagccaattgccttataaatctttcatgacttgttttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggt 15761363  T
Q  157 gatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||| ||||||| || |||||||| |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  15761364 gatgta-ttttcctttttacttggaatgtgagcaaatcatgtaagtgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 15761435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 229
Target Start/End: Original strand, 7285610 - 7285705
Alignment:
Q  134 gaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||  | |||||||| |||||||| |||  |||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  7285610 gaatgtgatgtttatcttaagatgacgttatcttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtgtttgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 7285705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 25 - 166
Target Start/End: Original strand, 7512896 - 7513037
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7512896 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaataaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 7512995  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  7512996 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaagtgatgtctttt 7513037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 64 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 32465034 - 32464882
Alignment:
Q  64 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 163  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  32465034 tcaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgacagttgagtattgaatatgatgtttatcttaaggtgatgta- 32464936  T
Q  164 ttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgt 217  Q
    |||||||||| |||||||| |||  |||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  32464935 ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgt 32464882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 25 - 165
Target Start/End: Original strand, 25266346 - 25266484
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||     
T  25266346 agagagacgaacattgatgaaaatatcct-ttaagccaatcaccttataaatctttcatgactagttttgtatgactatatggaagtacttgatcattaa 25266444  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtattt 165  Q
    |||| ||||||||| || | |||||| ||||||||||||||    
T  25266445 ttgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggtgatgtattt 25266484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Original strand, 24342500 - 24342583
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgga 108  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  24342500 agagagacgaaaattgttgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgactaaatgga 24342583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 25 - 149
Target Start/End: Original strand, 6775215 - 6775339
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6775215 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcataattagtttcgtatgattatatggaagtatttgattgttag 6775314  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatc 149  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  6775315 ttgagtgttgaatatgatgtttatc 6775339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 25 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 24548285 - 24548165
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24548285 agagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttatgaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 24548186  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtt 145  Q
    |||||| |||||| |||||||    
T  24548185 ttgagtattgaatatgatgtt 24548165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 57 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 18618413 - 18618243
Alignment:
Q  57 aagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggt 156  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| || | |||||| |||||    
T  18618413 aagccaatcgccttataaatctttcatgactagttttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggt 18618315  T
Q  157 gatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||| ||||||| || |||||||| |||  |||||||| ||  |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  18618314 gatgta-ttttcctttttacttggaatgtgagcaaatcatgtaagtgatgtcaaattatgtgaaggtgatgat 18618243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 132 - 160
Target Start/End: Original strand, 17151202 - 17151230
Alignment:
Q  132 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17151202 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg 17151230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 12939 - 12736
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  12939 agagagacgaacattgatgaaaatatcatttaaagccaatcaccttataaatccttcataattgattttgtatgattatatggaagtattggattgatag 12840  T
Q  125 ttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtg 224  Q
    |||| |   ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||| |||  |||||||| ||  ||||||||||||||||  |||||    
T  12839 ttgaatacggaatgagatgtttatcttaaggtgacgta-ttttcctctttacttagaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgcaggtg 12741  T
Q  225 atgat 229  Q
    |||||    
T  12740 atgat 12736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0686 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0686
Description:

Target: scaffold0686; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 64 - 229
Target Start/End: Original strand, 7106 - 7270
Alignment:
Q  64 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 163  Q
    ||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | || |||||||||||||||||||||| |||     
T  7106 tcaccttataaatccttcatgattgattttgtatgactatatggaagtattggattgatagttgaatatggattgtgatgtttatcttaaggtgacgta- 7204  T
Q  164 ttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||||||| | |||||| |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  7205 ttttcctctttatttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 7270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 64 - 229
Target Start/End: Original strand, 167308 - 167472
Alignment:
Q  64 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 163  Q
    |||||||||||||| |||||  ||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||     
T  167308 tcaccttataaatcgttcatgattgattttgtatggctatatggaagtattggattgatagttgaatatggattgtgatgtttatcttaaggtgatgta- 167406  T
Q  164 ttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||||||| |||||||| |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  167407 ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 167472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0361 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0361
Description:

Target: scaffold0361; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 2856 - 2704
Alignment:
Q  27 agagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagtt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||||||||| ||  || ||| ||    
T  2856 agagacgaacattgatgaaaatatcct-ttaagccaatcaccttataaatctttaatgattagttgtgtatgactatatggaagtacttttttattaatt 2758  T
Q  127 gagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaa 182  Q
    || ||||||||| || | |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  2757 gaatgttgaatgagaag-ttatctcaaggtgatgta-ttttcctctttacttggaa 2704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0215 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0215
Description:

Target: scaffold0215; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 25 - 137
Target Start/End: Original strand, 17184 - 17295
Alignment:
Q  25 agagagacgaacattgatgaaaatatcctcttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttag 124  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  17184 agagagacaaacattgatgaaaatatcattttaagccaatcatcttataaatttttcataattagttttgtatgattatatggaagtatttgattg-tag 17282  T
Q  125 ttgagtgttgaat 137  Q
    |||| ||||||||    
T  17283 ttgaatgttgaat 17295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0342 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0342
Description:

Target: scaffold0342; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 64 - 182
Target Start/End: Original strand, 1788 - 1905
Alignment:
Q  64 tcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtat 163  Q
    ||||||||||||||||||| | ||   |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| |||     
T  1788 tcaccttataaatccttcacaattgactttgtatgactatatggaagtattggattgatagttgaatatggaatgtgatgtttatcttaaggtgacgta- 1886  T
Q  164 ttttcctcttgacttggaa 182  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  1887 ttttcctctttacttggaa 1905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0066
Description:

Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 132 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 53479 - 53384
Alignment:
Q  132 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||| |||  |||||||| ||  |||||||||||||||  |||||||||||    
T  53479 ttgaatgtgatgtttatcttaaggtgatg--tttctcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaagtgatgtgaaattatgagaaggtgatgat 53384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1427 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold1427
Description:

Target: scaffold1427; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 181 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1494 - 1446
Alignment:
Q  181 aaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1494 aaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaagggtgatgat 1446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0833 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0833
Description:

Target: scaffold0833; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 2187 - 2093
Alignment:
Q  134 gaatgtgatgtttatcttaaggtgatgtatttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||  |||||||| |||  |||||||  ||| ||| |||||||||| | |||||||||||    
T  2187 gaatgtgatgtttatcttaaggtgacgta-ttttcttctctacttggaatgtgagcaaatcacgtatttgacgtgaaattatatgaaggtgatgat 2093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0158
Description:

Target: scaffold0158; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 164 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 23858 - 23793
Alignment:
Q  164 ttttcctcttgacttggaaagtggacaaatcatatatctgatgtgaaattatgtaaaggtgatgat 229  Q
    |||||||||| |||||||| |||  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  23858 ttttcctctttacttggaatgtgagcaaatcatgtaattgatgtgaaattatgtgaaggtgatgat 23793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3371 times since January 2019
Visitors: 4034