View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0655-Insertion-3 (Length: 819)

Name: NF0655-Insertion-3
Description: NF0655
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0655-Insertion-3
NF0655-Insertion-3
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (8-819)||(39732340-39733169)
chr7 (8-461)||(39840167-39840621)
chr7 (523-819)||(39839789-39840085)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (9-228)||(29856231-29856450)
chr1 (544-730)||(29856771-29856954)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 669; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 669; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 819
Target Start/End: Original strand, 39732340 - 39733169
Alignment:
Q  8 tgaaatgcaacgtctatgacaagcagtagtgcgttgcttcttttgttttgtctcttgtttccaaacttttccaatatcttgtgcaattttaacagcatca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39732340 tgaaatgcaacgtctatgacaagcagtagtgcgttgcttcttttgttttgtctcttgtttccaaacttttccaatatcttgtgcaattttaacagcatca 39732439  T
Q  108 gatgaagcaccagaaagccctctctttgtgaaccctacagcataaagtcctgaatttcccttccaaccatgtggaaatggcatctttgggtatccatttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39732440 gatgaagcaccagaaagccctctctttgtgaaccctacagcataaagtcctgaatttcccttccaaccatgtggaaatggcatctttgggtatccatttt 39732539  T
Q  208 ttgagaaaaattcaccttcctgtataacataaccaaaattaattagttccttgatcacattaacaaataataataatt-atagtaaaaatgaagcttcta 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  39732540 ttgagaaaaattcaccttcctgtataacataaccaaaattaattagttccttgatcacattaacaaataataataattaatagtaaaaaagaagcttcta 39732639  T
Q  307 aaataggaccatgccttaaaaaagtttaaaatttgaccttgtacagttaaatcctctacatgtcttttctgtcatccggtgaaatctttgttgtcggaat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39732640 aaataggaccatgccttaaaaaagtttaaaatttgacattgtacagttaaatcctctacatgtcttttctgtcatcctgtgaaatctttgttgtcggaat 39732739  T
Q  407 attctaacagtccagatgttagattaatc---caacaaataagatttaaccggagtga----------atttaagtcaactactaaagtgta----nnnn 489  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||          ||||||||||||||||||||||||            
T  39732740 attctaacagtccagatgttagattaatccaacaacaaataagatttaaccggcgtgaccagaacaggatttaagtcaactactaaagtgtatttttatt 39732839  T
Q  490 nnnnnatgtggtggaaaagttnnnnnnnnnnnncagatgatctagaacatatattcacctgaagccaagaagggacattgctgcggtaaccagtagcaag 589  Q
         ||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39732840 tttttatgtggtggaaaagttaaaaaagaaaaacagatgatctagaacatatattcacctgaagccaagaagggacattgctgcggtaaccagtagcaag 39732939  T
Q  590 aacaactgcatcaatatcaagcttttcaccattaacaagctcaacttcaccatttttattaaatcttttgattccaggtacaacatttatatcaccggat 689  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39732940 aacaactgcatcaatatcaagcttttcaccattaacaagctcaacttcaccatttttattaattcttttgattccaggtacaacatttatatcaccggat 39733039  T
Q  690 ctaattttctccaaggcaccaatgtccaaaactggtgtctttcctacggtgttcttcaactgcaatggacccattgatggtcttttgataccatattttt 789  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39733040 ctaattttctccaaggcaccaatgtccaaaaccggtgtctttcctacggtgttcttcaactgcaatggacccattgatggtcttttgataccatattttt 39733139  T
Q  790 ccatgtcacccaaaatgaaccatgtcaaaa 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39733140 ccatgtcacccaaaatgaaccatgtcaaaa 39733169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 39840621 - 39840167
Alignment:
Q  8 tgaaatgcaacgtctatgacaagcagtagtgcgttgcttcttttgttttgtctcttgtttccaaacttttccaatatcttgtgcaattttaacagcatca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39840621 tgaaatgcaacgtctatgacaagcagtagtgcgttgcttcttttgttttgtctcttgtttccaaacttttccaatatcttgtgcaattttaacagcatca 39840522  T
Q  108 gatgaagcaccagaaagccctctctttgtgaaccctacagcataaagtcctgaatttcccttccaaccatgtggaaatggcatctttgggtatccatttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39840521 gatgaagcaccagaaagccctctctttgtgaaccctacagcataaagtcctgaatttcccttccaaccatgtggaaatggcatctttgggtatccatttt 39840422  T
Q  208 ttgagaaaaattcaccttcctgtataacataaccaaaattaattagttccttgatcacattaacaaataataataatt-atagtaaaaatgaagcttcta 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||    
T  39840421 ttgagaaaaattcaccttcctgtataacataaccaaaattaattagttccttgatcacattaacaaataataataattaatggtaaaaaagaagcttcta 39840322  T
Q  307 aaataggaccatgccttaaaaaagtttaaaatttgaccttgtacagttaaatcctctacatgtcttttctgtcatccggtgaaatctttgttgtcggaat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39840321 aaataggaccatgccttaaaaaagtttaaaatttgacattgtacagttaaatcctctacatgtcttttctgtcatccggtgaaatctttgttgtcggaat 39840222  T
Q  407 attctaacagtccagatgttagattaatccaacaaataagatttaaccggagtga 461  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39840221 attctaacagtccagatgttagattaatccaacaaataagatttaaccggagtga 39840167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 523 - 819
Target Start/End: Complemental strand, 39840085 - 39839789
Alignment:
Q  523 cagatgatctagaacatatattcacctgaagccaagaagggacattgctgcggtaaccagtagcaagaacaactgcatcaatatcaagcttttcaccatt 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39840085 cagatgatctagaacatatattcacctgaagccaagaagggacattgctgcggtaaccagtagcaagaacaactgcatcaatatcaagcttttcaccatt 39839986  T
Q  623 aacaagctcaacttcaccatttttattaaatcttttgattccaggtacaacatttatatcaccggatctaattttctccaaggcaccaatgtccaaaact 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39839985 aacaagctcaacttcaccatttttattaattcttttgattccaggtacaacatttatatcaccggatctaattttctccaaggcaccaatgtccaaaacc 39839886  T
Q  723 ggtgtctttcctacggtgttcttcaactgcaatggacccattgatggtcttttgataccatatttttccatgtcacccaaaatgaaccatgtcaaaa 819  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39839885 ggtgtctttcctacggtgttcttcaactgcaatggacccattgatggtcttttgataccatatttttccatgtcacccaaaatgaaccatgtcaaaa 39839789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 68; Significance: 6e-30; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 228
Target Start/End: Original strand, 29856231 - 29856450
Alignment:
Q  9 gaaatgcaacgtctatgacaagcagtagtgcgttgcttcttttgttttgtctcttgtttccaaacttttccaatatcttgtgcaattttaacagcatcag 108  Q
    |||||||||||| |||  |||||| ||||||  || |||||||| ||  ||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||    |||||||     
T  29856231 gaaatgcaacgtttattgcaagcattagtgcagtgtttcttttgcttaatctcttgtttccaaacttgagcaatatcttgagcaatttgtttagcatcat 29856330  T
Q  109 atgaagcaccagaaagccctctctttgtgaaccctacagcataaagtcctgaatttcccttccaaccatgtggaaatggcatctttgggtatccattttt 208  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   | |||| ||||||||||  || |||||   ||||||  ||||||| ||    
T  29856331 atgaagaaccagagagccctctctttgtaaacccaacagcataaagtccaacagttcctttccaaccattagggaatggtgactttggaaatccattctt 29856430  T
Q  209 tgagaaaaattcaccttcct 228  Q
     |||||||||||||||||||    
T  29856431 ggagaaaaattcaccttcct 29856450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 544 - 730
Target Start/End: Original strand, 29856771 - 29856954
Alignment:
Q  544 tcacctgaagccaagaagggacattgctgcggtaaccagtagcaagaacaactgcatcaatatcaagcttttcaccattaacaagctcaacttcaccatt 643  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||  | |  |||||||||||||||||| ||||| |  |||      
T  29856771 tcaccttaagccaagaagggacattgctacgatatccagtagcaagaacaactgcatcaacttgattcttttcaccattaacaagttcaacatagcca-- 29856868  T
Q  644 tttattaaatcttttgattccaggtacaacatttatatcaccggatctaattttctccaaggcaccaatgtccaaaactggtgtctt 730  Q
     ||| |||| || || |||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||| || |||||    
T  29856869 -ttagtaaacctcttaattccaggcacaacttttatgtgaccagatctaattttctccaaggttccaatatccaaaacaggggtctt 29856954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University