View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0656_low_3 (Length: 553)

Name: NF0656_low_3
Description: NF0656
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0656_low_3
NF0656_low_3
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-530)||(10554079-10554604)
chr7 (21-530)||(46526543-46527052)
chr7 (14-530)||(41963809-41964326)
chr7 (259-530)||(42013861-42014131)
chr7 (8-324)||(6321179-6321494)
chr7 (350-530)||(6272981-6273161)
chr7 (335-486)||(28507571-28507722)
chr7 (8-186)||(11405553-11405730)
chr7 (335-486)||(3939729-3939880)
chr7 (437-530)||(31593722-31593815)
chr7 (82-186)||(28507871-28507975)
chr7 (127-186)||(3939521-3939580)
chr7 (144-186)||(11382183-11382225)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-530)||(37980387-37980916)
chr5 (1-457)||(23066717-23067172)
chr5 (174-530)||(7262576-7262931)
chr5 (217-530)||(19876264-19876576)
chr5 (229-530)||(10825841-10826144)
chr5 (313-530)||(24169323-24169540)
chr5 (8-278)||(9039271-9039541)
chr5 (14-180)||(7253015-7253181)
chr5 (14-176)||(19876099-19876261)
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (1-530)||(2119979-2120508)
chr2 (102-530)||(2776714-2777142)
chr2 (14-488)||(26391122-26391596)
chr2 (8-530)||(31501263-31501785)
chr2 (1-530)||(40612978-40613507)
chr2 (1-530)||(694866-695393)
chr2 (1-530)||(4174266-4174771)
chr2 (144-531)||(34458132-34458511)
chr2 (1-202)||(28652124-28652325)
chr2 (23-517)||(29901750-29902232)
chr2 (19-466)||(21832967-21833414)
chr2 (298-453)||(19508349-19508504)
chr2 (317-487)||(26172511-26172681)
chr2 (358-488)||(15738384-15738514)
chr2 (71-173)||(20723159-20723261)
chr2 (23-98)||(34458027-34458102)
chr2 (336-369)||(20725397-20725430)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-530)||(45034139-45034668)
chr3 (41-530)||(52560594-52561084)
chr3 (14-525)||(18907679-18908190)
chr3 (19-530)||(18943126-18943637)
chr3 (1-530)||(48164277-48164801)
chr3 (8-530)||(8661-9183)
chr3 (14-527)||(55150316-55150828)
chr3 (1-332)||(180641-180972)
chr3 (19-383)||(38110625-38110989)
chr3 (326-530)||(177949-178153)
chr3 (19-186)||(13826783-13826950)
chr3 (310-488)||(54315452-54315628)
chr3 (343-445)||(13826523-13826626)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-528)||(8317170-8317697)
chr8 (1-530)||(41269326-41269855)
chr8 (19-530)||(42095893-42096404)
chr8 (8-530)||(44116046-44116567)
chr8 (310-530)||(20477745-20477965)
chr8 (358-488)||(18701339-18701469)
chr8 (19-172)||(2870684-2870836)
chr8 (111-172)||(23713987-23714048)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (57-530)||(15291715-15292189)
chr1 (8-530)||(31387002-31387524)
chr1 (1-530)||(46192419-46192948)
chr1 (14-527)||(50914358-50914871)
chr1 (14-530)||(18242433-18242949)
chr1 (4-530)||(27106152-27106677)
chr1 (8-530)||(42463749-42464271)
chr1 (8-530)||(4912062-4912584)
chr1 (134-530)||(42055876-42056272)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (14-530)||(5619798-5620314)
chr6 (19-512)||(19268899-19269392)
chr6 (8-510)||(33522461-33522962)
chr6 (343-530)||(2946044-2946231)
chr6 (310-530)||(33523212-33523431)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (14-530)||(12025011-12025526)
chr4 (14-530)||(39388938-39389433)
chr4 (224-530)||(54602676-54602982)
chr4 (321-517)||(16347214-16347410)
chr4 (14-171)||(54602988-54603145)
chr4 (8-172)||(16357915-16358079)
chr4 (377-459)||(11867427-11867509)
[»] scaffold0079 (2 HSPs)
scaffold0079 (321-517)||(45451-45647)
scaffold0079 (8-172)||(22659-22823)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (19-153)||(18699-18833)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (19-153)||(54011-54145)
[»] scaffold0013 (2 HSPs)
scaffold0013 (345-466)||(62935-63056)
scaffold0013 (19-186)||(63207-63374)
[»] scaffold1043 (1 HSPs)
scaffold1043 (420-530)||(3093-3203)
[»] scaffold0751 (1 HSPs)
scaffold0751 (209-315)||(1804-1910)
[»] scaffold0097 (2 HSPs)
scaffold0097 (71-173)||(26988-27090)
scaffold0097 (336-369)||(29226-29259)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Original strand, 10554079 - 10554604
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554079 caaaggacataaagatgtgcaccattaccgcttacgcctggatcgcttgaaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 10554178  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||||| || |||||||||     
T  10554179 ccattccagcttattgtcacttactcgggatggctggtgtgcgggaaggagagggtgtaccgt----tacccgagcgggtaaagaggcaacttttctatg 10554274  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| |||   || |||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||| |||    
T  10554275 tacaagatgttcccagacatccttcatctgtcgctaaggtgcctacacatgatctcaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcatggttcttcactgcttg 10554374  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554375 gggagatgcgtgtgagagaccatgacatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 10554474  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  10554475 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccaaggagatgcctgacacattgacgatcatccgggatgtggtgcatattggtg 10554574  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10554575 acgatattgtggccaggcaagccgagatga 10554604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 46527052 - 46526543
Alignment:
Q  21 accattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtcac 120  Q
    ||||||| |||||||  || |||| |||  ||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  46527052 accattatcgcttactgcttgatcgcttataggtggatgacgtcagattttctacttatggtgatcacagagtcgtgcatccatttcagcttattgtcac 46526953  T
Q  121 ttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaacat 220  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  46526952 ttactcgggatggctgatgtgcgggaaggatatggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagatgcaacttttctatgtacaagatgtttccagacat 46526853  T
Q  221 ccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagagac 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   || || ||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  46526852 ccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcacaaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtggttctttactgcttggggagatgcgtgtgagagac 46526753  T
Q  321 catggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgt 420  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46526752 catggcatcatgtgcctggctacatggtttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgt 46526653  T
Q  421 ggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaa 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||  ||||||    
T  46526652 ggagcagatcatagaggaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagttggcgatattgtggctaggcaa 46526553  T
Q  521 gccgagatga 530  Q
    ||||||||||    
T  46526552 gccgagatga 46526543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 14 - 530
Target Start/End: Original strand, 41963809 - 41964326
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattc-cagttt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||  || |||| ||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||  | |   | ||  ||| ||    
T  41963809 gatgtgcaccattaccgcttactgcttgatcgcttagaggtggatgacgtcagattttctacttatggtgataacagagagatacgttctttttcagctt 41963908  T
Q  113 attgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||| |||| |||||||    
T  41963909 attgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggtagtgtttctatgtacaggatgttc 41964008  T
Q  213 ccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtg 312  Q
     || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  41964009 acagacatctgtcatctgtcgctcaggtgcctacacatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcaggtgtggttcttcactacttggggagatgcgtg 41964108  T
Q  313 tgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccg 412  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41964109 tgagagacaatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctcacaccctcgtattctaccacctggtgaaggatctcctcccaggccg 41964208  T
Q  413 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtgg 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||   ||||| || | |||||||||||||||||| | |||| | ||  ||||||||||    
T  41964209 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggtgcatgccagggagatttttgacagactgacgatcatccgggatgtggtgaatatagttgatgatattgtgg 41964308  T
Q  513 tcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||||||||||||||||    
T  41964309 tcaggcaagccgagatga 41964326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 259 - 530
Target Start/End: Original strand, 42013861 - 42014131
Alignment:
Q  259 caccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgcc 358  Q
    |||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42013861 caccgtgctgcaaaacgctcagacgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgcc 42013960  T
Q  359 aaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgc 458  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  42013961 aaagtctctcacccttgtattctcc-ccctgatgaaggatctactcccaggctggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagagagatgc 42014059  T
Q  459 ctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||||||  | |||||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  42014060 ctgacacattgacgatcatccgagatgtggtgcatatagctgatgatattgtggccaggcaagccgagatga 42014131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 6321494 - 6321179
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  || |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  6321494 cataatgatgtgcaccattaccgcttactgcttgatcgcttagaggtggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgagcacc-atttc 6321396  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaaga 207  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||| |||||||    
T  6321395 agcttattgtcacgtactcgggatggctgatgtgcgagaaggagagggtgtaccgtcatttacctgaacaggtaaagaggcaccttttctatgtacaaga 6321296  T
Q  208 tgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagat 307  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||   || |||||| ||||||| ||||||| |   ||||||||||||| ||||||||||    
T  6321295 tgttcccagacatctgtcatctgtcgctaaggtgcctacgcatgatctcaccaccatgctgcaaaacgctcggccatggttcttcactgcttggggagat 6321196  T
Q  308 gcgtgtgagagaccatg 324  Q
    ||||||||||| |||||    
T  6321195 gcgtgtgagagtccatg 6321179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 350 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 6273161 - 6272981
Alignment:
Q  350 tggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtca 449  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6273161 tggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctggtgaaggatttcctcccaggccggcgaacgtcgagcagatcatagaggaggagcatgtca 6273062  T
Q  450 gggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
       ||||||||||||||    |||||||| ||||||||| |||||| | || ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  6273061 aatagatgcctgacacattaacgatcatctgggatgtggtgcatatagttgacgatattgtggccaggcaagacgagatga 6272981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 335 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 28507722 - 28507571
Alignment:
Q  335 cctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatag 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||  ||||||| | ||||    
T  28507722 cctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctaagattatcccacctgatgacggatctcctcccaggttggcgaaccaggagcagcttatag 28507623  T
Q  435 aggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgt 486  Q
    |||||||||||| ||| |||||| ||||||||  | |||||||| |||||||    
T  28507622 aggaggagcatgccagagagatgtctgacacattgacgatcatcagggatgt 28507571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 11405730 - 11405553
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||| |||| |  | | ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| || |    
T  11405730 catatagatgtgcaacattaccgcttacgc-tagatcgcttagaggtggataatttgaggttttctacttatggtgatcacagagaagtgtgcccttttc 11405632  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagag 186  Q
    || || |   |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11405631 agcttctgtgcacttactcgagatggctgatgtgcgggtaggagagggtgtaccgtcatttacctgagagggtaaagag 11405553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 335 - 486
Target Start/End: Original strand, 3939729 - 3939880
Alignment:
Q  335 cctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatag 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||   ||||||  ||||||| | ||||    
T  3939729 cctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctaggattatcccacctgatgaacgatctcctcccaggttagcgaaccgggagcagcttatag 3939828  T
Q  435 aggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgt 486  Q
    |||||||||||||||   || | |||||||||| | |||||||  |||||||    
T  3939829 aggaggagcatgtcatatagctacctgacacactgacgatcattagggatgt 3939880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 437 - 530
Target Start/End: Original strand, 31593722 - 31593815
Alignment:
Q  437 gaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||  || |||||||||||||    
T  31593722 gaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcaaattgctgacgatattgtggctagccaagccgagatga 31593815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 82 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 28507975 - 28507871
Alignment:
Q  82 tgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggta 181  Q
    |||||||||||  |||| ||  || ||| |||||  |||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  28507975 tgatcacagagcggtgcgccattttcagattatttgcacttactcaagatggctgatttgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctaagcgggtg 28507876  T
Q  182 aagag 186  Q
    |||||    
T  28507875 aagag 28507871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 186
Target Start/End: Original strand, 3939521 - 3939580
Alignment:
Q  127 gggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagag 186  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  3939521 gggatgactggtgtgcgggaaggagagggtgtatcgtcatttacctgagcgggttaagag 3939580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 11382225 - 11382183
Alignment:
Q  144 ggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagag 186  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  11382225 ggaaggagagggtgtatcgtcatttacctgagagggtaaagag 11382183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 37980916 - 37980387
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37980916 caaaggacataaagatgtgcatcattaccgcttacgtctggatcgctttgaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 37980817  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||     
T  37980816 ccattccagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgagtaaagaggaagcttttctatg 37980717  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    |||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||   |  |||||||||||||| || |||| || |||||||||||||| |||    
T  37980716 tacatgatgttcctagacatccgtcatctgtctctcaggtgcctacacatgatcccaccaccgtgctgcaaaaagctcaggcgtggttcttcactgcttg 37980617  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37980616 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcccgtctacatggcttggtctgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatct 37980517  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37980516 cctcccatgccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagggagatgtctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatattgctg 37980417  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37980416 acgatattgtggccaggcaagccgagatga 37980387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 457
Target Start/End: Original strand, 23066717 - 23067172
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    |||||| |||||||||| | |||||||||||| ||| || |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  23066717 caaagggcataaagatgtgtaccattaccgctcacggcttgatcgcttagaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagagatacac 23066816  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    || ||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  23066817 ccttttaaacttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccatcatttacctgagcgggtaaagagccagcttttctatg 23066916  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    |||| ||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  23066917 tacaggatgttcacagacatccatcatctgtcgctcaagtgcctacgcatttgatgaccaccgtgttgcagaacgctcaggtgtggttcttcactgcttg 23067016  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23067017 gggagatgcgtgtgagagaccatggcttcatgc-gctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatct 23067115  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatg 457  Q
    |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  23067116 cctcccaaactggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgctagggagatg 23067172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 174 - 530
Target Start/End: Original strand, 7262576 - 7262931
Alignment:
Q  174 agcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaa 273  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7262576 agcgggtaaagaggcagcttttctatgtacaggatgttcccagacatttgtcatctgtcgctcagatgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcaaaa 7262675  T
Q  274 cgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacct 373  Q
    |||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  7262676 cgctcaagcgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccttggcatcatgcgcctggctacatg-cttggtatgccaaagtctctcaccct 7262774  T
Q  374 cgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcga 473  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||    
T  7262775 cgtattcgcccacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctaacacaccgacga 7262874  T
Q  474 tcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7262875 tcatccgagatgtggtgcatatagctgacgatattgtggtcaggcaagccaagatga 7262931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 217 - 530
Target Start/End: Original strand, 19876264 - 19876576
Alignment:
Q  217 acatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgag 316  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19876264 acatctgtcatctgtcactcaggtgcctatgcatttgctgaccaccgtattgcataacgctcaggtgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgag 19876363  T
Q  317 agaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcga 416  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  19876364 agaccatggcatcatgcgcctg-ctacatggcttggtatgccaaagtctctcacccttgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaggccagcaa 19876462  T
Q  417 acgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcag 516  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||| |||    
T  19876463 acgtggagcagatcattgaggaggagcatgccatggagatgcctgacacactaacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggccag 19876562  T
Q  517 gcaagccgagatga 530  Q
    ||||| ||||||||    
T  19876563 gcaagtcgagatga 19876576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 229 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 10826144 - 10825841
Alignment:
Q  229 tgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagagaccatggcat 328  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||  | || ||| || |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  10826144 tgtccctcaggtgcctacgcaattgctgaccactgtgttgatggacactcaggcgtggttattcactgcttggggagatgggtgtgaaagaccatgacat 10826045  T
Q  329 catgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggag--ca 426  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  10826044 catgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcaca 10825945  T
Q  427 gatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgag 526  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  10825944 gatcatacaggaggagcatgctagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggtcaggcaagccgag 10825845  T
Q  527 atga 530  Q
    ||||    
T  10825844 atga 10825841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 313 - 530
Target Start/End: Original strand, 24169323 - 24169540
Alignment:
Q  313 tgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccg 412  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | |    
T  24169323 tgagagactatggcatcatgctcctggctacatggtttgatatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgataaaggatctcctcccagactg 24169422  T
Q  413 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtgg 512  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  24169423 gcgaacgtggagcagattatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacactgacgatcatccaagatgtggtgcatattgctgacgatattgtgg 24169522  T
Q  513 tcaggcaagccgagatga 530  Q
     |||||||||||||||||    
T  24169523 ccaggcaagccgagatga 24169540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 8 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 9039541 - 9039271
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| || |||| ||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||  | | ||| || |    
T  9039541 cataaagatgtgcaccattaccgctaacggcttgatcgcttagaggtggatgacgtaaggttttctacttatggtgatcatagagagatacgcccttttc 9039442  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaaga 207  Q
    || |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||    
T  9039441 agcttattgtcacttactcaggatgactgatgtgcgggaaggagagggggtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagcttttctatgtacatga 9039342  T
Q  208 tgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctc 278  Q
    |||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||   ||  ||||||||||||| |||||||    
T  9039341 tgttcccagacatttgtcatctgtcactcaggtgcctacgcatgatctcgccaccgtgctgcaaaacgctc 9039271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 180
Target Start/End: Original strand, 7253015 - 7253181
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| ||||||||||| |||||  || |||| ||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  | | ||  ||  || |||    
T  7253015 gatgtgcaccattaccacttactgcttgatcgcttagaggtggatgacgtcagattttctacttatggtgatcacagagagatacgccatttttagctta 7253114  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggt 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7253115 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagggggtgtaccgtcatttacctgagcgggt 7253181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 176
Target Start/End: Original strand, 19876099 - 19876261
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| ||||||||||||| |||  || |||| ||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||  | | ||| || ||  |||    
T  19876099 gatgtgcaccattaccgcgtactgcttgatcgcttagaggtggatgtcgtcaggttttttacttatggtgatcacagagagatacgcccttttcaactta 19876198  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagc 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19876199 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagc 19876261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 2120508 - 2119979
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2120508 caaaggacataaagatgtgcaccattaccgcttacgcctggattccttggaggtggatgacatcaggttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 2120409  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2120408 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 2120309  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||| |||    
T  2120308 tacaggatgttcccagacatctgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcaccaccgtgctgtaaaacgctaaggtgtggttcttcactgcttg 2120209  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  2120208 gggagatgcgtgtgagagaccatgacatcatgcttctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctccctcctgataaaggatct 2120109  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| || |||||| | ||    
T  2120108 cctcccaggctggcaaacgtggagcagatcatcgatgaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgagatggggtgcatatagttg 2120009  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
      | |||||||| ||| |||||||||||||    
T  2120008 atggtattgtggccagacaagccgagatga 2119979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 102 - 530
Target Start/End: Original strand, 2776714 - 2777142
Alignment:
Q  102 cattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatat 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  2776714 cattccagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggaaagggtgtatcgtcatttacctgagcgggtaaagagacatcttttctatgt 2776813  T
Q  202 acaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattgg 301  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||   || |||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| || |    
T  2776814 acaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacacataatctcaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtggttcttcactgcttag 2776913  T
Q  302 ggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2776914 ggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgacaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctc 2777013  T
Q  402 ctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctgg 501  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||  |||||||| ||     
T  2777014 ctcccagggcggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacattgacgatcatccgggatgtgatgcatattgttga 2777113  T
Q  502 cgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2777114 cgatattgtggccaggcaagccgagatga 2777142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 14 - 488
Target Start/End: Original strand, 26391122 - 26391596
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattc-cagttt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||  || |||| ||| | || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  | | || |||| ||| ||    
T  26391122 gatgtgcaccattaccgcttactacttgatcgcttagtggtggatgacgtcaggttttttacttatggtgatcacagagagatacgcc-attctcagctt 26391220  T
Q  113 attgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  26391221 attgtcacttactcgggatggctagtgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagcttttctatgtacaggatgttc 26391320  T
Q  213 ccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtg 312  Q
    | | |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26391321 ctagacatccgtcatctgtcgcgcatatgcctacgcatttgttgaccaccgtgctgcaaaacgatcaggcgtggttcttcactgcttggggagatgcgtg 26391420  T
Q  313 tgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccg 412  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26391421 tgagagaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaggccg 26391520  T
Q  413 gcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtgg 488  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||   |||||||||| |||||||    
T  26391521 acgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactaacgatcatccgagatgtgg 26391596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 8 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 31501785 - 31501263
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31501785 cataaagatgtgcaccattaccgcttacgcctggatcgcttggaggtggatgtcgtcatgttttctatttatggtgatcacagagacgtgcacccatttc 31501686  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaaga 207  Q
    || || |   ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  | | || | |||||||    
T  31501685 agcttctgtgcacttactcgggatgactcatgtgcgggaaggagagggtgtactgtcatttacctgagcgggtaaagaggcaattatcctttgtacaaga 31501586  T
Q  208 tgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagat 307  Q
     ||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||  |  | ||||||  | |||||| ||||||| || ||||||     
T  31501585 cgttcccagacatccgtcagatgtccctcaggtgcctacgcagttgctgaccactgtgtcgatggacgctcaagcgtggttattcactgcttcgggagaa 31501486  T
Q  308 gcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctccca 407  Q
    | |||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31501485 gggtgtgagagagcatgtcatcatgcgcctgactacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctccca 31501386  T
Q  408 ggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatat 507  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| || | |||| ||||||||||||| |||||| ||||  |||||    
T  31501385 ggccgacgaacgtggagtagagcatggaggaggagcatgccagagagatgcctgacaaactgacgattatccgggatgtggtgcatatagctgatgatat 31501286  T
Q  508 tgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  31501285 tgtggccaggcaagccgagatga 31501263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 40613507 - 40612978
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||| || | ||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |    
T  40613507 caaagggcataaatatgtgcaccattaccgcttacggctggatcgcttagaggtggatgatgtgaggttttgtacttatggtgatcacatagatgtgcgc 40613408  T
Q  101 ccattccagtttattgt-cacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctat 199  Q
    || || ||| || |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||| |    
T  40613407 ccttttcagctt-ttgtgcacttactcgggatggctgatgttcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacgtgagcgtgtaaagaggcagtttttcttt 40613309  T
Q  200 atacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgatt 299  Q
     |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||| || |||| ||||||||||| | ||||||    
T  40613308 gtacaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcagatgcctacgcagttgctgaccactgtgttgcaaaatgctcaggtgtggttctaccctgatt 40613209  T
Q  300 ggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatc 399  Q
    ||| | ||| |||||||| || |||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40613208 gggtacatgggtgtgagaaacaatggcatcatgaccctaactacatggtttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatc 40613109  T
Q  400 tcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgct 499  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  40613108 tcctcccaggtcagcgaatgtggagcagattatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggttcatatagct 40613009  T
Q  500 ggcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
       |||||||||| || ||||||||||||||    
T  40613008 aatgatattgtggccaagcaagccgagatga 40612978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 695393 - 694866
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    |||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||  || |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  695393 caaagggcatacagatgtgcatcattaccgcttactgcttgatcgcttagaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagaggtgcac 695294  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    | ||| ||| || |   ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  695293 caatttcagcttctgtgcacttactcgggatgactgatgtgc-ggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagatagtttttctatg 695195  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    |||  ||||||| || ||||||||||  |||| ||||  |||||| ||| |||||||||||  || |||| ||||||| || |||||| | |||||||||    
T  695194 tacgtgatgttctcagacatccgtcagatgtcactcaaatgcctatgcagttgctgaccactatgttgcaaaacgctcaggcgtggttgtacactgattg 695095  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    |||| ||| |||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  695094 gggaaatgggtgtgagaaac-atggcatcatgagcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctctcacctgatgaaggatct 694996  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  |||    
T  694995 cctcccaggtcgacgaacgtgaagcagatcatagaggaggagcacgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatataactg 694896  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
      ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  694895 atgatattgtggctaggcaagccgagatga 694866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Original strand, 4174266 - 4174771
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||||| | | || |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||     
T  4174266 caaagggcataaagttgtgcaccattaccgctcatggcttgatcacttagaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagagatacat 4174365  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    |  || ||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4174366 ctttttcagcttattgtcacttacttgggatgagtgatgtgtgggaaggagatggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagcttttctatg 4174465  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||    
T  4174466 tacaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatt------------tgctgcagaatgctcagatgtggttcttcactgcttg 4174553  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||    
T  4174554 gggagatgcgtgtgagagaccatgacatcatgcgcctgactacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcctattctcccacccgatgaaggatct 4174653  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  4174654 cctccca-gccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagc-----------atgcctaacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctg 4174741  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
      |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  4174742 atgatattgtggccagacaagccgagatga 4174771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 144 - 531
Target Start/End: Original strand, 34458132 - 34458511
Alignment:
Q  144 ggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcc 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||| |||| | | |||| |||||| ||| ||||||||||  ||||||| || ||||    
T  34458132 ggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgag-------agagacagtttttatctgtacatgatgtttccagacatccgtcagatgtcgcttagatgcc 34458224  T
Q  244 tacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctac 343  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||  | |||||||| | || |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||  |||| ||||    
T  34458225 tacgcagttgctgaccactgtgttgcaaaacgctcatgcgtggttctacccttattggggacatgggtgtgagagaccatgacatcatgaccctgactac 34458324  T
Q  344 atggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagc 443  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  34458325 atggcttggtatgtcaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcct-ccatgctggcgaacatggagcagattatagaggaggagc 34458423  T
Q  444 atgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgagatgat 531  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34458424 atgtcagggagatgcctgacacactgacgatcattcgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggccaggcaagccgagatgat 34458511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 28652124 - 28652325
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28652124 caaaggacataaagatgtgcaccattaccgcttacgcctggatcgcttggaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 28652223  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28652224 ccattccagcttattgtcacttactcgagatggctaatgtgcgggaaggagagggtgttgcgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagcttttctata 28652323  T
Q  201 ta 202  Q
    ||    
T  28652324 ta 28652325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 517
Target Start/End: Original strand, 29901750 - 29902232
Alignment:
Q  23 cattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtcactt 122  Q
    ||||||||| |||  ||||||| ||| |||| |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || ||  || |   |||||    
T  29901750 cattaccgcctacttctggatcgcttagaggtggatgatgtgaggttttctacatatggtgatcacagagaagtgcgcccttttcaccttctgtgcactt 29901849  T
Q  123 actcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaacatcc 222  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||   | ||  || | |||||||  || ||| ||||||    
T  29901850 actcgggatggctgatgtgcgagaaggagaaggtgtatcgtcatttacctgagcgggtaaaaaggttgtttgactttgtacaagacatttccagacatcc 29901949  T
Q  223 gtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagagacca 322  Q
     ||| ||||||||||| |||            ||||||| ||| |||   ||  || || |||||||| | ||||||||| | ||  |||| ||||| ||    
T  29901950 ttcagctgtcgctcagatgc------------tgaccactgtgttgctagactttcaggcgtggttctaccctgattgggtacataggtgtcagagagca 29902037  T
Q  323 tggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtgg 422  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||    
T  29902038 tggcatcatgatcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcatattctaccacctgatgaaggatcttctcctaggccgatgaacgtgg 29902137  T
Q  423 agcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcagg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| ||| || ||||   ||||||||||||||    
T  29902138 agcagatcatagaggaggagcatgcgagagagatgctcgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcagatagctgataatattgtggtcagg 29902232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 466
Target Start/End: Original strand, 21832967 - 21833414
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||| ||| |||| |||||| || | ||  ||||| |||| ||||||||||||  |||| ||||| ||| ||||||||    
T  21832967 gcaccattatcgcgtactcctggatcgcttagaggtggatgaagtgaggtggtctacatatgatgatcacagagagatgcatccatttcagcttattgtc 21833066  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaac 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| | ||| ||| || | |||| ||  |||||||||    
T  21833067 acttactcgggatggcttatgtgcgggaagaagagggtgtactgtcatttaccagagcgggttaagtggcagttttcctttgtacatgacattcccaaac 21833166  T
Q  219 atccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagag 318  Q
    ||||||||  ||||||| || | |||| | |  ||||| |  | ||| ||    || ||   | | |||||| |  ||||||| || |   ||||| |||    
T  21833167 atccgtcagatgtcgctgagattcctaaggagatgctggctcctgtgttgatagaccctattgcggggttctaccttgattggagacaaaggtgtgggag 21833266  T
Q  319 accatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaac 418  Q
    ||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21833267 accatggcaacatgagcctggatacatggcttggtatgccaaagtcactcaccgtcagattatcccacctgatgaaggatctcctcccaggctggcgaac 21833366  T
Q  419 gtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacaca 466  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||| |||||||||    
T  21833367 gtggagcagattatagaggaggagcatggtagagagatccctgacaca 21833414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 298 - 453
Target Start/End: Original strand, 19508349 - 19508504
Alignment:
Q  298 ttggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaagga 397  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  19508349 ttggggaaatgggtatgagagaccattgcatgatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcactctcgtattctcccacctgatgaagga 19508448  T
Q  398 tctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcaggga 453  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  19508449 tctcctcccagaccggcgaacatggagcagatcatagaggagaagcatgccaggga 19508504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 317 - 487
Target Start/End: Original strand, 26172511 - 26172681
Alignment:
Q  317 agaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcga 416  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26172511 agaccatggcatcacgagcctggctacatggcttggtattccaaagtctctcaccctcggattaacccacctgatgaaggatctcctcctaggccggcga 26172610  T
Q  417 acgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtg 487  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  26172611 acgtggagcatattatagaggaggagtatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatcagggatgtg 26172681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 358 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 15738514 - 15738384
Alignment:
Q  358 caaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatg 457  Q
    |||||||||| | |||| |||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  15738514 caaagtctctaaccctcatattctcccatctgatgaaggatctcctcataggccggcgaacgtggagcagattatagaggaggagcatgccagagagatg 15738415  T
Q  458 cctgacacaccggcgatcatccgggatgtgg 488  Q
    |||||||||| | |||||||  |||||||||    
T  15738414 cctgacacactgacgatcattagggatgtgg 15738384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 173
Target Start/End: Original strand, 20723159 - 20723261
Alignment:
Q  71 tctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttac 170  Q
    ||||| |||| |||||| |||||  ||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| | |||||||||||||||||    
T  20723159 tctacatatgatgatcatagagaaatgcgcccttttcagcttattgtcacttactcgggataacttatgtgcgggaaggaaaaggtgtaccgtcatttac 20723258  T
Q  171 ctg 173  Q
    |||    
T  20723259 ctg 20723261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 98
Target Start/End: Original strand, 34458027 - 34458102
Alignment:
Q  23 cattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgc 98  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||| || || |||| ||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  34458027 cattaccgcttacggctggatctcttagaggtggatgatgtgaacttttgtacttatcgtgatcagagagatgtgc 34458102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 369
Target Start/End: Original strand, 20725397 - 20725430
Alignment:
Q  336 ctggctacatggcttggtatgccaaagtctctca 369  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20725397 ctggctacatggcttggtatgtcaaagtctctca 20725430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Original strand, 45034139 - 45034668
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||| |||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  45034139 caaaggacataaagatgtgcaccattaccgctcacgacttgatcgcttaaaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagagatacac 45034238  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    || || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  45034239 ccttttcagcttattgtcacttactcgggatgactgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctgagcgggtaaagaggcagcttttctatg 45034338  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    | || |||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | |    
T  45034339 tgcaggatgttccgagacatctgtcatccgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcattgctcg 45034438  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45034439 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgcgcctagctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatct 45034538  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  45034539 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcacagaggaggagcatgtcaggaagatgcctgacacactggcgatcatccgggaggtggtgcatatagctg 45034638  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
      |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  45034639 atgatattgtggccaggcaagctgagatga 45034668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 530
Target Start/End: Original strand, 52560594 - 52561084
Alignment:
Q  41 gatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgt 140  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  | | ||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52560594 gatcgcttagaggtggatgacgtcaggttttctccttatggtgatcacagagagatacgccctttttagcttattgtcacttactcgggatggctgatgt 52560693  T
Q  141 gcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggt 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  52560694 gcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagcttttctatgtacaggatgttcccagacatccatcatatgtcgctcaggt 52560793  T
Q  241 gcctacgcattt-gctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctgg 339  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  52560794 gcctacacattttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcaggtgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatgacatcatgcgcctgg 52560893  T
Q  340 ctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggag 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  52560894 ctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaggccagcgaacgtggagcatatcatagaggag 52560993  T
Q  440 gagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  52560994 gagcatgccagggagatgtctgacacactgacaatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggccaggcaagccgagatga 52561084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 525
Target Start/End: Original strand, 18907679 - 18908190
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||  || |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  18907679 gatgtgcaccattaccgcttactgcttgatcgcttagaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtcatcacagagacgtgcacccatttcagctta 18907778  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| || | ||||||||    
T  18907779 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcaacttttttatgtataggatgttcc 18907878  T
Q  214 caaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgt 313  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  18907879 cagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtggttctttactgcttggggagatgtgtgt 18907978  T
Q  314 gagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 413  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18907979 gagataccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 18908078  T
Q  414 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggt 513  Q
      ||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||| |||||     
T  18908079 aaaacgtggagcatatcatagaggaccagcatgtcagagagatgcctgacacactgatgatcatctgggatgtggtgcatatagctgacgatactgtggc 18908178  T
Q  514 caggcaagccga 525  Q
    ||||||||||||    
T  18908179 caggcaagccga 18908190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 18943637 - 18943126
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||    
T  18943637 gcaccattaccgctcacgcctggatcgcttggaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcatagagacgtgcacccatttcagcctattgtc 18943538  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaac 218  Q
     |||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||| |||| |||||||||| ||    
T  18943537 gcttactcgagatggctgatgtgtgggatggagagggtgtaccgtcatttacctaagcgggtaaagaggaagcttttttatgtacaggatgttcccagac 18943438  T
Q  219 atccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||| |||| |||||||  | ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  18943437 atccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcaccaccgtgttgcaaaacgctcatgcgtggtacttcactgcttggggagatgcgtgtaagag 18943338  T
Q  319 accatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaac 418  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  18943337 accatggcatcatgcgcctagctagatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggacctcctcccaggccggagaac 18943238  T
Q  419 gtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggc 518  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||| |  |||||||| | |||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||||    
T  18943237 gtggaccagattatagaggaagagcatgccagagagatgcttgacacactgatgatcatcctgtatgtggtgcatatacctgacgatattgtggccaggc 18943138  T
Q  519 aagccgagatga 530  Q
    ||||||||||||    
T  18943137 aagccgagatga 18943126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Original strand, 48164277 - 48164801
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||| || |||| ||| |||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  | | |    
T  48164277 caaagggcataaagatgtgcac-attaccgctcacggcttgatcgcttagaggtgaatgacgtcagattttctacttatggtgatcaccgagagatacgc 48164375  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    || || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  48164376 ccttttcagcttattgtcacttactcgggatgactgatgtgcgggaaggagatgatgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagcttttctatg 48164475  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    |||||||||||||||    ||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  48164476 tacaagatgttccca----tctatcatatgtcgctcaggtgcctacgcattcgctgaccaccgtgccgcaaaacgctcaggtgtggttcttcactgcttg 48164571  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48164572 gggagatgcgtgtgagagatcatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtataccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatct 48164671  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||  |||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||  |||    
T  48164672 cctcccagggcggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcataccagagagatgtttgacacactgacgatcatccgagatgtggtgcatataactg 48164771  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
      |||||||||  |||| ||||||||||||    
T  48164772 atgatattgtgaccaggaaagccgagatga 48164801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 8 - 530
Target Start/End: Original strand, 8661 - 9183
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||   || |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||| |||| |||||| |    
T  8661 catacagatgtgcaccattaccgcttattgcttgatcgcttagaggtggatgacgtcaggttttctacctacagtgatcacagagaggtgcgcccatttc 8760  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaaga 207  Q
    || || |   ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||    
T  8761 agcttctgtgcacttactcggaatgggtgatgtgcaggaaggatagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagcttgtctatgtacagga 8860  T
Q  208 tgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagat 307  Q
      |||||| ||||| | ||  |||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||  | ||||||    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  8861 cattcccagacatctgccagatgtccctcaggtgcatacgcagttgctgaccactgtgttgatggacgctcacacgtggttattcactgcttggggagat 8960  T
Q  308 gcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctccca 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  8961 gcgtgtgagagaccatggcatcatgcgcctggctacatgacttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctccttcca 9060  T
Q  408 ggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||    
T  9061 ggccggcgaacgtggagcagatcataaaggaggagcatgccagggaaatgcctgacacagtgacgatcatccgggatgtggtgcatattgctgatgatat 9160  T
Q  508 tgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  9161 tgtggccaggcaagccgagatga 9183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 14 - 527
Target Start/End: Original strand, 55150316 - 55150828
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| ||||||||||||||||   || |||| |||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||     
T  55150316 gatgtgcaccattaccgcttaatgcttgatcgcttaaaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcatagagacatgcacccatttcagcttc 55150415  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcc 213  Q
    |   |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| | | || | |||| || |||||    
T  55150416 tgtgcacttactcgggatggctcatgtgcgggaaggagagggtgtatcgttatttacatgagcgggtaaagagacagttatcctttgtacatgacgttcc 55150515  T
Q  214 caaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgt 313  Q
    || ||||||||||  |||| |||| ||||||| ||| ||||||||||| ||| ||  | |||||| |  |||||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  55150516 cagacatccgtcagatgtccctcaagtgcctaggcaattgctgaccactgtgttgatggacgctcagacgtggttattcactgcttgaggagatgcgtgt 55150615  T
Q  314 gagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 413  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55150616 gagagaccatgatatcatgcgcctggttacatggcttggtatgccaaattctcccaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 55150715  T
Q  414 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggt 513  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  55150716 cgaatgtggatcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatg-ctgacacactgatgatcatccgagatgtggtgcatattgctgacgatattatggt 55150814  T
Q  514 caggcaagccgaga 527  Q
    ||||||||||||||    
T  55150815 caggcaagccgaga 55150828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 180972 - 180641
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| || |||| ||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||   | | |    
T  180972 caaagggcataaaaatgtgcaccattaccgcttacggcttgatcgcttagaggtggatgacgtcagattttctacttatggtgataacagagggatacgc 180873  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    || || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||     
T  180872 ccttttcagcttattgtcacttactcgggatgactgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcaacttttctatg 180773  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||    
T  180772 tacaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcagttgctgaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtggttcttcactgcttg 180673  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatg 332  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  180672 gggagatgcgtgtgagaaaccatggcatcatg 180641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Original strand, 38110625 - 38110989
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    |||||||||||||||||  || |||| ||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||  | | ||| || ||| ||||||||    
T  38110625 gcaccattaccgcttactgcttgatcgcttagaggttgatgacgtcaggttttctacttatggcgatcacaaagagatacgcccttttcagcttattgtc 38110724  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaac 218  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||    
T  38110725 acttactcgggatggttgatgtgcgggaaggatatgatgtaccgtcatttacctgagtgggtaaagagacagcttttctatgtacatgatgttcccagac 38110824  T
Q  219 atccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagag 318  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  | |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||     
T  38110825 atccgtcatctatcgttcagatgcctacgcatttgctaaccactgtgctgcaaaacgctcaagcgtggttcttcactgcttggagagatgcttgtgagaa 38110924  T
Q  319 accatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctcc 383  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38110925 accatggcatcatgagcctggctacaaggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcc 38110989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 326 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 178153 - 177949
Alignment:
Q  326 catcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagc 425  Q
    |||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  178153 catcatacgcctgactatatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacgtgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagc 178054  T
Q  426 agatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccga 525  Q
    |||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||| | |||||||| | ||||||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  178053 agatcatataggaggagcatgccaaagagatgcctgacacactgacgatcatctgagatgtggtgcatatagctgatgatattgtggccaggcaagccga 177954  T
Q  526 gatga 530  Q
    |||||    
T  177953 gatga 177949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 13826950 - 13826783
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||| |||||| || | ||  ||||  |||| |||||| |||||  ||||||| || ||| ||||||||    
T  13826950 gcaccattaccgctcacggctggatcgcttagaggtggatgatgtgaggtggtctatatatgatgatcaaagagagatgcacccttttcagcttattgtc 13826851  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagag 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||    
T  13826850 acttactcgggatggctgatgtgcgagaaggagaggatgtaccgtcatttacctgagcgagttaagag 13826783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 310 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 54315628 - 54315452
Alignment:
Q  310 gtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccagg 409  Q
    |||| ||| |||||||||||||   ||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||| ||| | ||| ||| || |||||||||||||||| | |||    
T  54315628 gtgtcagaaaccatggcatcattagcctgcttacatggcttggta--ccaaagtctttcacccttggattatcccacatgatgaaggatctccttctagg 54315531  T
Q  410 ccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtgg 488  Q
     ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  | |||||||| |||||||||    
T  54315530 acggcgaacgtggaacagaatatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacattgacgatcatcagggatgtgg 54315452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 343 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 13826626 - 13826523
Alignment:
Q  343 catggcttgg-tatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggagga 441  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||    
T  13826626 catggcttgggtatgccaaagtctctcaccctcggattatcccacctgatgaaggatctcgtcccaggccggcgaaccgggagcagcttatagaggagga 13826527  T
Q  442 gcat 445  Q
    ||||    
T  13826526 gcat 13826523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 8317697 - 8317170
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8317697 caaaggacataaagatgtgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggaggtggatgacgtcagattttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 8317598  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||     
T  8317597 tcattccagcttattgtcactaactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtaaaccgtcatttacctgagcgggtaacgatacagcttttctatg 8317498  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||  ||    | |||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||| |||    
T  8317497 tacaagatgttcccagacatccgccatctgtcgctcaggtgcttacagatgatatcaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtgattcttcactgcttg 8317398  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8317397 gggagatgctattgagagaccatggcatcatgctcctggctacatagcttggtatcccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatct 8317298  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8317297 cctcccagggcggcgaacgtggaccagatcatagaggaggagcatgccagggagatgcttgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatattgctg 8317198  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagat 528  Q
     ||||||||||| || |||| |||||||    
T  8317197 acgatattgtggccaagcaaaccgagat 8317170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Original strand, 41269326 - 41269855
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |  |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41269326 caaaggacataaatatgtgcaccaatttcgctcacgcctggatcgcttggaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 41269425  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    | ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||   ||||||||||     
T  41269426 ctatttcaacttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcggaaaggagatggtgtaacgtcatttatttgagcgggtaaagaggaggcttttctatg 41269525  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||   || ||||| |||||||| ||||||| ||  ||||||||||||| |||    
T  41269526 tacaggatgttcccagacatccgtcatctgttgctcaggtgcctacgcatgatctcaccactgtgctgcaaaacgctcaggcatggttcttcactgcttg 41269625  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  41269626 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgcgcctgactacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctaatgaaggatct 41269725  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    |||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  41269726 cctcccagacctacgaacgtggaacagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctg 41269825  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
      |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  41269826 atgatattgtggccaggcaaaccgagatga 41269855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 19 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 42096404 - 42095893
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    ||||||||| |||||||  || |||| ||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||  || ||| ||||||||    
T  42096404 gcaccattatcgcttactgcttgatcgcttagaggtggatgatgtcaggttttctacttatggtgatcacagagagatgcgccattttcagcttattgtc 42096305  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaac 218  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  42096304 acttactcgggatgactgatgagcgggaaggagatggtataccgtcatttacctgtgcgggtaaagaggtagcttttctatgtacaagatgttctcagac 42096205  T
Q  219 atccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagag 318  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  42096204 atccgtcatctgtcgctcagatgcttacgcatttgctgaccactgtgctgcaaaacgttaaggcgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagaa 42096105  T
Q  319 accatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaac 418  Q
     |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42096104 tccatggcatcatgagcctggctatatggcttggtatgccaatgtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaac 42096005  T
Q  419 gtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggc 518  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||| | | |||||||||| ||||||| ||||||   ||  ||||||||||  ||||    
T  42096004 gtggagcggatcatagaggaggagcatgccagagaaatgtctgacacgctgacgatcatccgagatgtggtgcatatatttgatgatattgtggctaggc 42095905  T
Q  519 aagccgagatga 530  Q
    ||||||||||||    
T  42095904 aagccgagatga 42095893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 8 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 44116567 - 44116046
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  44116567 cataaagatgtgcaccattaccgcttatgccaggatcgcttggaggtggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacatagacgtgcatccatttc 44116468  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaaga 207  Q
    || || |   |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | || | |||| ||    
T  44116467 agcttctgtgcacttactcgggatggctcatgttcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagttatcctttgtacagga 44116368  T
Q  208 tgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagat 307  Q
     ||||||| |||||| |||  |||| || ||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||  | |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||    
T  44116367 cgttcccagacatccatcagatgtcccttaggtgcctacgcagttgctaaccactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttggggagat 44116268  T
Q  308 gcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctccca 407  Q
    | ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44116267 gggtgagagagaccatggcatcattcgcctggctacatgacttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctccca 44116168  T
Q  408 ggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatat 507  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| | ||||||||  |||||||| |||||| ||||  |||||    
T  44116167 ggccgacg-acgtggagcaaatcatagaggaggagcatgccaaggagacgcctgacacactgacgatcatctaggatgtggtgcatatagctgatgatat 44116069  T
Q  508 tgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  44116068 tgtggccaggcaagccgagatga 44116046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 310 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 20477965 - 20477745
Alignment:
Q  310 gtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccagg 409  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20477965 gtgtgagagaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccagg 20477866  T
Q  410 ccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattg 509  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  20477865 ccggcgaacgtggagcagatcatacaggaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatatgggatgtggtgcatattgctgatgatattg 20477766  T
Q  510 tggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||| |||||| ||||||||||    
T  20477765 tggccaggcatgccgagatga 20477745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 358 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 18701469 - 18701339
Alignment:
Q  358 caaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatg 457  Q
    |||||||||| | |||| |||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18701469 caaagtctctaaccctcatattctcccatctgatgaaggatctcctcataggccggcgaacgtggagcagattatagaggaggagcatgccagagagatg 18701370  T
Q  458 cctgacacaccggcgatcatccgggatgtgg 488  Q
    |||||||||| | |||||||  |||||||||    
T  18701369 cctgacacactgacgatcattagggatgtgg 18701339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 2870836 - 2870684
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||| | ||||| | ||||  ||||| |||| ||||||| |||  |||||||| || ||| |||||  |    
T  2870836 gcaccattaccgctcacggctggatcgcttagaggtgtatgacatgaagtggtctacatatgatgatcaccgagcggtgcacccttttcagcttattaac 2870737  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacct 172  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||||| || ||||| |||||||||||||    
T  2870736 acttactcgggatggctgatacgcgggaagg-gatggtgtgccgtcatttacct 2870684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 111 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 23714048 - 23713987
Alignment:
Q  111 ttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacct 172  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23714048 ttattgtcacttactcgggatgacttatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcgtttacct 23713987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 57 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 15292189 - 15291715
Alignment:
Q  57 atgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggt 156  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | | ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15292189 atgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagaaatacgccctttttagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggt 15292090  T
Q  157 gtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctg 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15292089 gtaccgtcatttacctgagcgggtaaaggg-cagcttttctatgtacaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctg 15291991  T
Q  257 accaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagaga--ccatggcatcatgctcctggctacatggcttggta 354  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  15291990 accaccgtgttgcagaacgctcaggtgtggttcttcactgcttggggagatgtgtgtgagagagaccatggcatcgtgcgcctggctacatgacttggta 15291891  T
Q  355 tgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggag 454  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  15291890 tgccaaagtctctcaccctcgtattctcctaccttatgaaggatctcctcccaggccggcgaacatggagcagatcatagaggaggagcattccagggag 15291791  T
Q  455 atgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15291790 atgtctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatattgtggtcaggcaagccgagatga 15291715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 8 - 530
Target Start/End: Original strand, 31387002 - 31387524
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31387002 cataaagatgtccaccattaccgcttacgtatggatcgcttggaggtggatgacgttaggttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccatttc 31387101  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaaga 207  Q
    || ||||   |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | | || | |||| ||    
T  31387102 agcttatgtgcacttactcgggatggctcatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgagtaaagaggcagttatcctttgtacatga 31387201  T
Q  208 tgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagat 307  Q
     ||||| | ||||||||||  |||| |||| |||||||||||  |||| ||||| ||| ||  | |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||    
T  31387202 cgttcctagacatccgtcagatgtccctcatgtgcctacgcagatgctaaccactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttggggagat 31387301  T
Q  308 gcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctccca 407  Q
    | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  31387302 gggtgtgagagaccatgacatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcaca 31387401  T
Q  408 ggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatat 507  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||    
T  31387402 gggcggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagggagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatat 31387501  T
Q  508 tgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  31387502 tgtggccaggcaagccgagatga 31387524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 46192948 - 46192419
Alignment:
Q  1 caaaggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcac 100  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| || |||| ||| |||| ||||||  ||| |||||||||||||  |||||| |||||  | |||    
T  46192948 caaagggcataaagatgtgcaccattaccacttacggcttgatcgcttagaggtggatgatttcaggttttctacttatactgatcatagagaaatacac 46192849  T
Q  101 ccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctata 200  Q
    |  ||  || |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||     
T  46192848 cattttaagcttattgtcacttactcgggatgactgatgtgcgggaagaagaggatgtaccgtcatttacctgagcgggaaaagaggtagcttttctatg 46192749  T
Q  201 tacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattg 300  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  || ||| || |||||||||||||| |||    
T  46192748 tacaggatgttcccagacatccgtcagatgtcgctcagatgcctacacatttgctgaccaccgtgctgcaagacactcaggcgtggttcttcactgcttg 46192649  T
Q  301 gggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatct 400  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  46192648 gggagatgtgtgtgagaaaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagaatct 46192549  T
Q  401 cctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctg 500  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||| |||||| | ||    
T  46192548 cctcccaggcctgcgaacgtggaacatatcatagaggatgagcatgtcagggagatgtctgacacactcacgatcatccgggatgtggtgcatatagttg 46192449  T
Q  501 gcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
      |||||||||| |||||||||||||||||    
T  46192448 atgatattgtggccaggcaagccgagatga 46192419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 14 - 527
Target Start/End: Original strand, 50914358 - 50914871
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||  || |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||     
T  50914358 gatgtgcaccattaccgcttactgcttgatcgcttagaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccatttcagcttc 50914457  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcc 213  Q
    |   ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | || | |||| || |||||    
T  50914458 tgtgcacttacccgggatggctcatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagttatcctttgtacaggacgttcc 50914557  T
Q  214 caaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgt 313  Q
    || ||||||||||  |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||  | |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  50914558 cagacatccgtcagatgtccctcaagtgcctacgcagttgctgaccactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttggggagatgcgtgt 50914657  T
Q  314 gagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 413  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||    
T  50914658 gagagaccatgacatcatgcacctagttacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaagtcgg 50914757  T
Q  414 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggt 513  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||     
T  50914758 tgaatgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagggagatgcctgacacactgaggatcatccgagatgtggtgcatattgttgacgatattgtggc 50914857  T
Q  514 caggcaagccgaga 527  Q
    ||||||||||||||    
T  50914858 caggcaagccgaga 50914871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 14 - 530
Target Start/End: Original strand, 18242433 - 18242949
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| ||||||||| | |||||  || |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  18242433 gatgtgcaccattaacacttactgcttgatcgcttagaggtggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccatttcagctta 18242532  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcc 213  Q
    |   |||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | || | ||||||| |||||    
T  18242533 tgtgcacttacttgggatgactcatgtgcgggaaggagagggtgtactgtcatttacctgagcgggtaaagagacagttatcctttgtacaagacgttcc 18242632  T
Q  214 caaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgt 313  Q
    || |||||||| |  |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||  | ||||||  |  ||||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  18242633 cagacatccgtaagatgtccctcaggtgcctacgcagttgctgaccactgtgttgatggacgctcatgcctggttattcactgctcggggagatgcgtgt 18242732  T
Q  314 gagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 413  Q
    |||| |  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18242733 gagatattatggcatcatgcgcctggttacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcctacctgatgaaggatcttctcccaggccgg 18242832  T
Q  414 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggt 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||||     
T  18242833 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgttagggagatgcctgacacactgacgatcatcccggatctggtgcatattgctgacgatattgtggc 18242932  T
Q  514 caggcaagccgagatga 530  Q
    |||||||||||| ||||    
T  18242933 caggcaagccgatatga 18242949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 4 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 27106677 - 27106152
Alignment:
Q  4 aggacataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcaccca 103  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27106677 aggacataaagatatgcaccattaccgcttacgcatggatcgcttggaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagacgtgcatcca 27106578  T
Q  104 ttccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatac 203  Q
    || ||| || |   ||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | | || | |||    
T  27106577 tttcagcttctgtgcacgtactcgggatgactcatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgaacgggtaaagag-cagttatcctttgtac 27106479  T
Q  204 aagatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattgggg 303  Q
    | || ||| ||| |||||||||   |||| |||||||||||||||  ||||||| ||| ||| ||  | |||||| || |||||| ||||||| ||| ||    
T  27106478 atgacgtttccagacatccgtcggatgtccctcaggtgcctacgcgattgctgatcactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttgagg 27106379  T
Q  304 agatgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcct 403  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||| ||||||||||     
T  27106378 agatgggtgtgagagaccatggcatcatgcgccttgctacatggcttggtatgccaaagtctctcacccttgtattctcccatctgataaaggatctcca 27106279  T
Q  404 cccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||| ||||  |    
T  27106278 cccaggccggcgaacgtggagcaaatcatagaggaggagcatgtcagggagatgtctgacacactgacgatcatccgggatatggtgcatatagctgatg 27106179  T
Q  504 atattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  27106178 atattgtggtcaggcaagccgagatga 27106152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 8 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 42464271 - 42463749
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  42464271 cataaagatgtgcaccatcaccgcttacgtatggatcgcttggaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcatagagacgtgcatccatttc 42464172  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaaga 207  Q
    || || |   |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | || | || | ||    
T  42464171 agcttctgtgcacttactcgggatggctcatgtgcgggaaggagatggtgtaccgtcatttacctgagtgggtaaagaggcagttatcctttgtatagga 42464072  T
Q  208 tgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagat 307  Q
     ||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||  | |||||| ||||||||| ||| ||  || |||||||    
T  42464071 cgttcccagacatccgtcagatgtccctcaggtgcctacgcagttgctgaccactgtgttgatggacgctcaggtgtggttattccctacttagggagat 42463972  T
Q  308 gcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctccca 407  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  42463971 gggtgtgagagaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctccta 42463872  T
Q  408 ggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatat 507  Q
    || |||| |||||||| | |||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||    
T  42463871 ggtcggccaacgtggatccgatcatcgaggagaagcatgccagggagatgtctgacacactaacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgatgatat 42463772  T
Q  508 tgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    |||||||||| ||||||||||||    
T  42463771 tgtggtcaggaaagccgagatga 42463749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 8 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 4912584 - 4912062
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||| |    
T  4912584 cataaagatgtgcaccattaccgcttacgcctagatcgcttggaggtgggtgacgtcaggttttctacttatagtaatcacaaagacgtgaacccatttc 4912485  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaaga 207  Q
    || || |   ||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || | ||||  |    
T  4912484 agcttctgtgcacttactcaggatgactcatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagttatcctttgtacataa 4912385  T
Q  208 tgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagat 307  Q
     ||||| | ||||| ||||  |||| ||||||||||| || | ||||||||||| ||| ||  | |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||    
T  4912384 cgttccgagacatctgtcagatgtccctcaggtgcctccgtagttgctgaccactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttggggagat 4912285  T
Q  308 gcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctccca 407  Q
    | ||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  4912284 gggtgggagagaccatggcattatgcgcttggctacatggcttggtatgtcaaagtctctcaccctcgtattctcccatccgatgaaggatctcctccca 4912185  T
Q  408 ggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  | |  |||||    
T  4912184 ggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccaggaagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatataaccgatgatat 4912085  T
Q  508 tgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  4912084 tgtggccaggcaagccgagatga 4912062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 134 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 42056272 - 42055876
Alignment:
Q  134 ctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaacatccgtcatctgtcg 233  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  42056272 ctgatgtgcgggaaggagaaggtgtatcgtcatttacatgagtgggtaaagaggcagcttttctatgtacaggatgttcccagacatctgtcatctgtcg 42056173  T
Q  234 ctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgc 333  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42056172 ctcaggtgcctatgcatttgttgaccaccgtgctgcagaactctcagttgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgc 42056073  T
Q  334 tcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcata 433  Q
     ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  42056072 gcctggctacatgatttggtatgtcaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaagccagcgaacgtggagcagatcata 42055973  T
Q  434 gaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| | |||||| | ||| |||||||||| || | |||| |||||||    
T  42055972 gaggaggagcatgccaaggagatgcctgacacactgacgatcatccaggatgttgtgcatatagttggtgatattgtggccaagaaagctgagatga 42055876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 530
Target Start/End: Original strand, 5619798 - 5620314
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||  || ||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | || || || ||| |||    
T  5619798 gatgtgcaccattaccgcttactgcttgatcgtttagaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagagatacatccttttcagctta 5619897  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcc 213  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||    
T  5619898 ttgtcacttactcggaatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagtgggtaaagaggcatcttttctatgtacatgatgttcc 5619997  T
Q  214 caaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgt 313  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5619998 cagacatccgtcatctgtcgctcagatgcctacgcattcgctgaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgt 5620097  T
Q  314 gagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 413  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5620098 gagagaccatgtcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 5620197  T
Q  414 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggt 513  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| |||||| | || |||||||||||     
T  5620198 cgaacatggagcagatcatagaggacgagcatgccagagatatgcctgacacactgatgatcatccgagatgtggtgcatatagttgacgatattgtgga 5620297  T
Q  514 caggcaagccgagatga 530  Q
    ||| |||||||||||||    
T  5620298 cagacaagccgagatga 5620314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 19269392 - 19268899
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    |||||||||||||||| | || |||| ||| |||| | |||| || | ||||| ||||||||||||||| ||||  |||| |||  | ||| || |   |    
T  19269392 gcaccattaccgcttatggcttgatcgcttagaggtgaatgatgtgaggttttgtacttatggtgatcatagaggagtgcgccctgttcagcttctgtgc 19269293  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcccaaac 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||   | | ||||||| ||||||| ||    
T  19269292 acttactcgggatggatgatgtgcaggaatgagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtatagaggcagtttgagtttgtacaagacgttcccatac 19269193  T
Q  219 atccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagag 318  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||| | ||| ||| |||   ||||||  |||||||||| | ||||||||| | ||  |||| ||||    
T  19269192 atccgtcatctgtagctcagatgcctacgtagttgctaaacactgtgttgctagacgctcaagtgtggttctaccctgattgggtacataggtgttagag 19269093  T
Q  319 accatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaac 418  Q
    | ||||| | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19269092 agcatggaagcatgatcatggctacatggcttggtatgccaaagtctctcacccttgtattctcctacctgatgaaggatctcctcccaggccggtgaac 19268993  T
Q  419 gtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtgg 512  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||  | |||||||| | |||||||| | ||||||| |||||| ||||  ||||||||||    
T  19268992 gtggagcaaatcatagaggacgagcatgccagagagacacgtgacacactgacgatcatctgagatgtggtgcatatagctgatgatattgtgg 19268899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 8 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 33522962 - 33522461
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||||| ||| ||||| |||| ||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| | | |||     
T  33522962 cataaatatgtgcaccgttactgcttacggctggatcgcttagaggtggatgacgtcaggttttgtacttatggtgatcacagagaagtgcccactttc- 33522864  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaaga 207  Q
    ||||| |   ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||| || | |||  ||    
T  33522863 agtttctgtgcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggataaggtgtaccgtcatttaacttagcgggtaaagaggcagttttcctttgtaccgga 33522764  T
Q  208 tgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagat 307  Q
     ||||| | ||||| ||||| |||||||||| ||| || ||| ||| ||||||| ||  ||||  |||||| ||   |||||| |  |||||| | | ||    
T  33522763 cgttcctagacatctgtcatatgtcgctcagatgcatatgcagttgatgaccactgtattgcaagacgctcaggctcggttctaccttgattgagtacat 33522664  T
Q  308 gcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctccca 407  Q
    | |||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  33522663 gggtgtgagaaaccatggcatcatgaccctgactacatggcttgtaatgccaaagtctcttaccctcgtattctctcacctgctgaaggatctcctccca 33522564  T
Q  408 ggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatat 507  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||| || ||| ||||||||  |  ||||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||    
T  33522563 ggccggcgaacgtggagcagattatagaggagtatcatgccagagatatgtctgacacattgaagatcatccgagatgtggtgcatatagctgatgatat 33522464  T
Q  508 tgt 510  Q
    |||    
T  33522463 tgt 33522461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 343 - 530
Target Start/End: Original strand, 2946044 - 2946231
Alignment:
Q  343 catggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggag 442  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2946044 catgacttggtatgtcaaagtctctcaccatcgtattctcccacctgatgaaggatctcctccctggccggcgaacgtggagcagatcatagagaaggag 2946143  T
Q  443 catgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  2946144 catgccagggagatgcctgacacactgacaatcatccgggatgtggtgcatatagttgatgatattgtggccaggcaagccgagatga 2946231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 310 - 530
Target Start/End: Original strand, 33523212 - 33523431
Alignment:
Q  310 gtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccagg 409  Q
    |||||||| |||||| |||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||     
T  33523212 gtgtgagaaaccatgacatcatgaccctagctacatggcttgctatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatcttctctcaga 33523311  T
Q  410 ccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattg 509  Q
    ||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  |||  |||||||    
T  33523312 ccgacgaacgtggagcaaattataaaggaggagcatg-cagagagatgtctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatataactgatgatattg 33523410  T
Q  510 tggtcaggcaagccgagatga 530  Q
    ||| |||| ||| ||||||||    
T  33523411 tggccaggaaagacgagatga 33523431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 14 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 12025526 - 12025011
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||  || |||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | | ||| || ||  |||    
T  12025526 gatgtgcaccattaccgcttactgcttgatcgcttaaagggggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcacagagagatacgcccttttcaactta 12025427  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||    
T  12025426 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaagaagagggtgtatcgtcatttacctgagcggataaagaggcagcttttctatgtacatgatgttcc 12025327  T
Q  214 caaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12025326 caaacatccgtcatctgtcgctcagatgtctacgcatttgctgaccaccgtgttgcaaaacgcttaggcgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgt 12025227  T
Q  314 gagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 413  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  12025226 gagagaccatggcatcatgc-gctggctacatggtttggtatgcaaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcttcccaagccgg 12025128  T
Q  414 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggt 513  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||| ||||| |  ||||||||| ||||||| |||||| | || |||||||||||     
T  12025127 cgaatgtggagcagatcatagagaaggagcatgccagagagatgtctggcacactgatgatcatccgagatgtggtgcatatagatgacgatattgtggc 12025028  T
Q  514 caggcaagccgagatga 530  Q
    |||| ||||||||||||    
T  12025027 caggaaagccgagatga 12025011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 14 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 39389433 - 39388938
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| |||||||||||||||||  || |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | ||||| || ||| |||    
T  39389433 gatgtgcaccattaccgcttactgcttgatcgcttagaggtggatgacgtcaggttttctagttatggtgatcacagagagatacacccttttcagctta 39389334  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaagatgttcc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||    
T  39389333 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagaggatgtagcgtcatttacctgaacaggtaaagaggcagcttttctatgtacaggatgttcc 39389234  T
Q  214 caaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgt 313  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    |||||||||||| | ||    
T  39389233 cagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaatgctcaggtgtggttcttc----attggggagatgtgcgt 39389138  T
Q  314 gagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccgg 413  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39389137 gagagaccatggcatcatgcgtct-gctaaatggcttggtatgccaaagtctctc----------------acctgatgaaggatctcctcccaggccgg 39389055  T
Q  414 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggt 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||  |||||  |||  |||||||||||    
T  39389054 cgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgccagtgagatgtatgacacactgacgatcatccgggatgtggtacatataactgatgatattgtggt 39388955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 224 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 54602982 - 54602676
Alignment:
Q  224 tcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatgcgtgtgagagaccat 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   || |||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54602982 tcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcaccaccatgctgcaaaacgctcaggcgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccat 54602883  T
Q  324 ggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtgga 423  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54602882 ggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctatcaccctcgtattctcccacctgatgaaggatctcctcccagggcggcgaacgtgga 54602783  T
Q  424 gcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggcaagcc 523  Q
      ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||||    
T  54602782 ttagatcatagaggaggagcatgccagagagatgcctgacacactgacgatcatccgggatgtggtgcatatagctgacgatattgtggttaggcaagcc 54602683  T
Q  524 gagatga 530  Q
    |||||||    
T  54602682 gagatga 54602676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 321 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 16347410 - 16347214
Alignment:
Q  321 catggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgt 420  Q
    ||||||||||||  | ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  16347410 catggcatcatgagcttgggtacatgtcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggttctcctcctaggccggcgaatgt 16347311  T
Q  421 ggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcagg 517  Q
    | ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| | ||||||||||| || ||| ||| || ||||  |||||||||| ||||    
T  16347310 gaagcagattatagaggaggagcatgccagagagatgtctgacacactgacgatcatccggaatatggtgcagatagctgatgatattgtggccagg 16347214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 14 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 54603145 - 54602988
Alignment:
Q  14 gatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagttta 113  Q
    |||| |||||||||||| ||||  || |||| ||| |||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  54603145 gatgtgcaccattaccggttactgcttgatcgcttagaggtggatgatgtcaggttttctacatatggtgatcacagagacgtgcacccatttcagctta 54603046  T
Q  114 ttgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacc 171  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  54603045 ttgtgatttactcgggatggctgatgtgcgggaagaagagggtgtaccgtcgtttacc 54602988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 16358079 - 16357915
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||| || | |||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||| || |    
T  16358079 catacagatgtgcagcattaccgcttacggctggatcgcttagaggtggatgatgtgaggttttctacttatgatgatcaaagagaagtgcgcccttttc 16357980  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacct 172  Q
    || ||||   |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16357979 agcttatgtgcacttaatcgggatggctgatgtgcgggaaggagaaggtgtaccgtcatttacct 16357915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 377 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 11867509 - 11867427
Alignment:
Q  377 attctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcc 459  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||  || ||||||||    
T  11867509 attctcccacctgaagaagaatctcctcccaggtcggcgaaccaggagcagcttatagaggaggagcatgctagagagatgcc 11867427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 2)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 321 - 517
Target Start/End: Original strand, 45451 - 45647
Alignment:
Q  321 catggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgt 420  Q
    ||||||||||||  | ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  45451 catggcatcatgagcttgggtacatgtcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggttctcctcctaggccggcgaatgt 45550  T
Q  421 ggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcagg 517  Q
    | ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| | ||||||||||| || ||| ||| || ||||  |||||||||| ||||    
T  45551 gaagcagattatagaggaggagcatgccagagagatgtctgacacactgacgatcatccggaatatggtgcagatagctgatgatattgtggccagg 45647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 172
Target Start/End: Original strand, 22659 - 22823
Alignment:
Q  8 cataaagatgcgcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattcc 107  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||| || | |||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||| || |    
T  22659 catacagatgtgcagcattaccgcttacggctggatcgcttagaggtggatgatgtgaggttttctacttatgatgatcaaagagaagtgcgcccttttc 22758  T
Q  108 agtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacct 172  Q
    || ||||   |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22759 agcttatgtgcacttaatcgggatggctgatgtgcgggaaggagaaggtgtaccgtcatttacct 22823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 63; Significance: 4e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 18833 - 18699
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    ||||||||| |||||||  || |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| || |   |    
T  18833 gcaccattatcgcttactgcttgatctcttagaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcatagagacgtgcatccatttcagcttctgtgc 18734  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagag 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  18733 acttactcgggatggctaatgtgcgggaaggagag 18699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 63; Significance: 4e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 153
Target Start/End: Original strand, 54011 - 54145
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    ||||||||| |||||||  || |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| || |   |    
T  54011 gcaccattatcgcttactgcttgatctcttagaggtggatgacgtcaggttttctacttatggtgatcatagagacgtgcatccatttcagcttctgtgc 54110  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagag 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  54111 acttactcgggatggctaatgtgcgggaaggagag 54145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 345 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 63056 - 62935
Alignment:
Q  345 tggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaaggatctcctcccaggccggcgaacgtggagcagatcatagaggaggagca 444  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||| | | ||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||  | ||||| ||||||||    
T  63056 tggcttggtatgtcaaagtctctcaccctcggattatcccaacggatgaaggatctcctcccaggtcagcgaaccgggagcaacttatagatgaggagca 62957  T
Q  445 tgtcagggagatgcctgacaca 466  Q
    || ||| |||||||||||||||    
T  62956 tgccagagagatgcctgacaca 62935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 63374 - 63207
Alignment:
Q  19 gcaccattaccgcttacgcctggatcacttggagggggatgacgtcaagttttctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtc 118  Q
    |||||||||||||  || ||| |||| ||| |||| ||||||||  ||||  ||| | |||| |||| | ||||  |||| ||| || ||| |||||  |    
T  63374 gcaccattaccgccgactcctagatcgcttagaggtggatgacgcgaagtggtctgcatatgatgataagagagcggtgcgcccttttcagattatttgc 63275  T
Q  119 acttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagag 186  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  63274 acttactcacgatggctgatgtgcaggaaggagatggtgtaccatcatttacctgagcgggtgaagag 63207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1043 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold1043
Description:

Target: scaffold1043; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 420 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 3203 - 3093
Alignment:
Q  420 tggagcagatcatagaggaggagcatgtcagggagatgcctgacacaccggcgatcatccgggatgtggcgcatattgctggcgatattgtggtcaggca 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||   || ||||| | ||||||| |||||| ||||  |||||||| | ||||||    
T  3203 tggagcagatcatagaggaggagcatgccagagagatgtctgacacactaacggtcatctgagatgtggtgcatatagctgatgatattgtagccaggca 3104  T
Q  520 agccgagatga 530  Q
    | |||||||||    
T  3103 aaccgagatga 3093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0751 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0751
Description:

Target: scaffold0751; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 209 - 315
Target Start/End: Original strand, 1804 - 1910
Alignment:
Q  209 gttcccaaacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctccggtgtggttcttcactgattggggagatg 308  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||| | | ||  | |||||  || |||||| ||||||| |||||||||||    
T  1804 gttcccagacatccgtcagatgtccctcaggtgcctacgcagttgctgaccactgcgttgatggacgcttaggcgtggttattcactgcttggggagatg 1903  T
Q  309 cgtgtga 315  Q
    |||||||    
T  1904 cgtgtga 1910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 173
Target Start/End: Original strand, 26988 - 27090
Alignment:
Q  71 tctacttatggtgatcacagagacgtgcacccattccagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttac 170  Q
    ||||| |||| |||||| |||||  ||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| | |||||||||||||||||    
T  26988 tctacatatgatgatcatagagaaatgcgcccttttcagcttattgtcacttactcgggataacttatgtgcgggaaggaaaaggtgtaccgtcatttac 27087  T
Q  171 ctg 173  Q
    |||    
T  27088 ctg 27090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 369
Target Start/End: Original strand, 29226 - 29259
Alignment:
Q  336 ctggctacatggcttggtatgccaaagtctctca 369  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29226 ctggctacatggcttggtatgtcaaagtctctca 29259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2609 times since January 2019
Visitors: 4010