View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0656_low_6 (Length: 443)

Name: NF0656_low_6
Description: NF0656
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0656_low_6
NF0656_low_6
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (206-424)||(37568096-37568314)
chr5 (206-424)||(33887705-33887923)
chr5 (23-141)||(37567913-37568031)
chr5 (23-141)||(33887522-33887640)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (206-424)||(4444293-4444511)
chr6 (206-424)||(13511605-13511823)
chr6 (23-141)||(4444110-4444228)
chr6 (23-141)||(13511888-13512006)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (206-424)||(38966616-38966834)
chr4 (23-141)||(38966433-38966551)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (206-424)||(33902252-33902470)
chr3 (23-141)||(33902069-33902187)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (206-424)||(35599692-35599910)
chr2 (206-424)||(40655494-40655712)
chr2 (206-424)||(37364727-37364945)
chr2 (23-141)||(35599975-35600093)
chr2 (23-141)||(37364544-37364662)
chr2 (23-141)||(40655777-40655895)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (206-424)||(18335201-18335419)
chr7 (23-141)||(18335019-18335137)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (23-114)||(9763774-9763865)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Original strand, 37568096 - 37568314
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37568096 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 37568195  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37568196 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtagggcctctttccagca 37568295  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    |||||||||||||||||||    
T  37568296 gtctcgtgacgaagtcgga 37568314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Original strand, 33887705 - 33887923
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33887705 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 33887804  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33887805 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtagggcctctttccagca 33887904  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    || ||||||||||||||||    
T  33887905 gtttcgtgacgaagtcgga 33887923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Original strand, 37567913 - 37568031
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567913 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 37568012  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    |||||||||||||||||||    
T  37568013 acaattattaagtagttag 37568031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Original strand, 33887522 - 33887640
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887522 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 33887621  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  33887622 acaattattaattagttag 33887640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Original strand, 4444293 - 4444511
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4444293 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 4444392  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4444393 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtagggcctctttccagca 4444492  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    || ||||||||||||||||    
T  4444493 gtttcgtgacgaagtcgga 4444511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 13511823 - 13511605
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13511823 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 13511724  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13511723 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtagggcctctttccagca 13511624  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    || ||||||||||||||||    
T  13511623 gtttcgtgacgaagtcgga 13511605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Original strand, 4444110 - 4444228
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4444110 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 4444209  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4444210 acaattattaagtagttag 4444228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 13512006 - 13511888
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512006 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 13511907  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  13511906 acaattattaattagttag 13511888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Original strand, 38966616 - 38966834
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38966616 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 38966715  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38966716 ctttgccttctctgatttcgtcttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtagggcctctttccagca 38966815  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    |||||||||||||||||||    
T  38966816 gtctcgtgacgaagtcgga 38966834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Original strand, 38966433 - 38966551
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966433 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 38966532  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    |||||||||||||||||||    
T  38966533 acaattattaagtagttag 38966551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Original strand, 33902252 - 33902470
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33902252 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 33902351  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33902352 ctttgccttctctgatttcgtcttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtagggcctctttccagca 33902451  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    |||||||||||||||||||    
T  33902452 gtctcgtgacgaagtcgga 33902470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Original strand, 33902069 - 33902187
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33902069 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacctagcttctttgcctaattgacaagaaac 33902168  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  33902169 acaattattgagtagttag 33902187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 35599910 - 35599692
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35599910 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 35599811  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35599810 ctttgccttctctgatttcgtcttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtagggcctctttccagca 35599711  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    |||||||||||||||||||    
T  35599710 gtctcgtgacgaagtcgga 35599692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 40655712 - 40655494
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40655712 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 40655613  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40655612 ctttgccttctctgatttcgtcttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtagggcctctttccagca 40655513  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  40655512 gtcttgtgacgaagtcgga 40655494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Original strand, 37364727 - 37364945
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37364727 cagagttattatatttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 37364826  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37364827 cttttccttctctgatttcgtcttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtagggcctctttccagca 37364926  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    | |||||||||||||||||    
T  37364927 gcctcgtgacgaagtcgga 37364945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 35600093 - 35599975
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600093 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 35599994  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    |||||||||||||||||||    
T  35599993 acaattattaagtagttag 35599975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Original strand, 37364544 - 37364662
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37364544 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 37364643  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    |||||||||||||||||||    
T  37364644 acaattattaagtagttag 37364662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 40655895 - 40655777
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40655895 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 40655796  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    |||||||||||||||||||    
T  40655795 acaattattaagtagttag 40655777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 206 - 424
Target Start/End: Original strand, 18335201 - 18335419
Alignment:
Q  206 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctgtgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgccctgttctt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18335201 cagagttattatttttaattaccagtcgacgggcatgctctgctttgcttatgcagcctcccgtgtggatgcatccccctttctctgatgctctgttctt 18335300  T
Q  306 ctttgccttctctgatttcgccttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggctccccgatccagtaaggcctctttccagca 405  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  18335301 ctttgccttctctgatttcgtcttaaactctggactcccccaatagtccaccaactgcctcataagtggcttcccgatccagtagggcctctttccagca 18335400  T
Q  406 gtctcgtgacgaagtcgga 424  Q
    |||||||||||||||||||    
T  18335401 gtctcgtgacgaagtcgga 18335419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 141
Target Start/End: Original strand, 18335019 - 18335137
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18335019 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattgacaagaaac 18335118  T
Q  123 acaattattaagtagttag 141  Q
    || ||||||||||||||||    
T  18335119 acgattattaagtagttag 18335137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 84; Significance: 9e-40; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 9763865 - 9763774
Alignment:
Q  23 atcatcaacatattggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagctcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattga 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9763865 atcatcaacatactggcctgatcgatatgtgtgggtcttcttgtggagttcatttatgtatggctccctacccagcttctttgcctaattga 9763774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2709 times since January 2019
Visitors: 4011