View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0661_low_30 (Length: 273)

Name: NF0661_low_30
Description: NF0661
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0661_low_30
NF0661_low_30
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (1-273)||(55292327-55292599)
chr3 (1-273)||(10554361-10554633)
chr3 (1-273)||(54973311-54973584)
chr3 (1-273)||(54975921-54976194)
chr3 (1-273)||(54978531-54978804)
chr3 (151-273)||(16799748-16799870)
chr3 (151-273)||(54046656-54046776)
chr3 (151-273)||(15010214-15010334)
chr3 (145-273)||(603698-603824)
chr3 (145-273)||(10989622-10989750)
chr3 (145-273)||(2035036-2035162)
chr3 (145-273)||(2038543-2038669)
chr3 (145-273)||(2042284-2042410)
chr3 (145-273)||(14038118-14038244)
chr3 (145-273)||(14041586-14041712)
chr3 (182-273)||(39230666-39230756)
chr3 (145-265)||(18958845-18958963)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-273)||(8522857-8523130)
chr6 (1-270)||(15686023-15686287)
chr6 (145-273)||(2287966-2288094)
chr6 (145-273)||(15539212-15539340)
chr6 (151-273)||(16812719-16812839)
chr6 (151-273)||(16829739-16829859)
chr6 (145-273)||(16102284-16102410)
chr6 (198-273)||(29492696-29492770)
chr6 (145-273)||(12595898-12596024)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (1-273)||(41791597-41791870)
chr4 (4-271)||(53387626-53387893)
chr4 (1-273)||(16278013-16278286)
chr4 (1-273)||(14698643-14698914)
chr4 (1-273)||(4170951-4171222)
chr4 (145-273)||(56115656-56115784)
chr4 (59-142)||(21189768-21189851)
chr4 (145-273)||(287031-287157)
chr4 (145-273)||(15280136-15280261)
chr4 (145-273)||(28382765-28382891)
chr4 (145-273)||(47126878-47127004)
chr4 (175-273)||(33848847-33848945)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-273)||(21239028-21239301)
chr2 (1-273)||(21241578-21241851)
chr2 (1-273)||(24504628-24504901)
chr2 (4-273)||(20591011-20591280)
chr2 (1-273)||(31503525-31503797)
chr2 (1-273)||(31506091-31506363)
chr2 (145-273)||(28349011-28349139)
chr2 (151-273)||(12627948-12628068)
chr2 (145-273)||(44620869-44620995)
chr2 (175-273)||(23339249-23339347)
chr2 (145-273)||(41684815-41684941)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (1-273)||(26495811-26496084)
chr5 (1-273)||(29325143-29325416)
chr5 (145-273)||(4397650-4397776)
chr5 (153-271)||(22758719-22758837)
chr5 (150-273)||(26361140-26361260)
chr5 (59-108)||(27869341-27869390)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (1-273)||(16006343-16006616)
chr7 (4-271)||(17505693-17505960)
chr7 (4-271)||(17547254-17547521)
chr7 (1-273)||(21743208-21743479)
chr7 (1-273)||(8776288-8776558)
chr7 (143-273)||(38828172-38828302)
chr7 (145-273)||(35366167-35366293)
chr7 (145-273)||(13733586-13733711)
chr7 (145-273)||(13395517-13395643)
chr7 (145-273)||(48785254-48785380)
chr7 (175-273)||(21065238-21065337)
chr7 (143-273)||(4993426-4993555)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (1-273)||(45134828-45135101)
chr8 (1-273)||(6608177-6608448)
chr8 (1-273)||(7300985-7301255)
chr8 (1-146)||(21415149-21415294)
chr8 (145-273)||(363892-364020)
chr8 (145-261)||(10829505-10829619)
chr8 (151-273)||(44431965-44432087)
chr8 (145-273)||(24707859-24707986)
chr8 (145-273)||(22145439-22145565)
chr8 (182-273)||(22059479-22059569)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (1-273)||(9096-9369)
scaffold0525 (145-273)||(10927-11053)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-273)||(20579388-20579663)
chr1 (143-273)||(2333021-2333151)
chr1 (145-273)||(294139-294267)
chr1 (182-273)||(24087360-24087449)
chr1 (145-273)||(20631257-20631383)
chr1 (145-273)||(37358413-37358538)
chr1 (182-273)||(36181516-36181606)
chr1 (175-273)||(296460-296558)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (1-142)||(1911-2052)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (151-273)||(8554-8676)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (150-273)||(2443-2566)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (150-273)||(162388-162511)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (145-273)||(137879-138007)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (151-273)||(134027-134146)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (197-270)||(1644-1716)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 253; Significance: 1e-141; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 55292327 - 55292599
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292327 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 55292426  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292427 atatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 55292526  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55292527 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttccaagtaacggagtcata 55292599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 10554633 - 10554361
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554633 aggatgtttataatgtttattgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 10554534  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10554533 atatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatggataaatgca 10554434  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554433 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 10554361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 54973584 - 54973311
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54973584 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 54973485  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973484 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 54973385  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973384 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 54973311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 54976194 - 54975921
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54976194 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 54976095  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54976094 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 54975995  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54975994 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 54975921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 54978804 - 54978531
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54978804 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 54978705  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978704 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 54978605  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978604 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 54978531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 151 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16799870 - 16799748
Alignment:
Q  151 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttg 250  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16799870 tgttgattgaatatgatttgatgttgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcaagttg 16799771  T
Q  251 tcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  16799770 acgttctaagtaacggagtcata 16799748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 151 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 54046776 - 54046656
Alignment:
Q  151 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttg 250  Q
    |||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  ||||||| ||||| |||||    
T  54046776 tgttgattgattatgatt-gttgatgattgttggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgcgagttg 54046679  T
Q  251 tcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  54046678 tcgttctaagtaacggagtcata 54046656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 151 - 273
Target Start/End: Original strand, 15010214 - 15010334
Alignment:
Q  151 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttg 250  Q
    |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  ||||||| ||||  |||||    
T  15010214 tgttgattgattatgatt-gttgatgattgatggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgagagttg 15010311  T
Q  251 tcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15010312 tcgttctaagtaacggagtcata 15010334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 603698 - 603824
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | || ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  603698 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgcaggtttatgcttaactgcattcaattagaatatataaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 603795  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  603796 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 603824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 10989622 - 10989750
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 243  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  10989622 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgttgatttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 10989720  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10989721 caagttgtcgttctaagtaaaggagtcata 10989750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 2035036 - 2035162
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  2035036 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2035133  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2035134 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 2035162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 2038543 - 2038669
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  2038543 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2038640  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2038641 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 2038669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 2042284 - 2042410
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  2042284 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2042381  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2042382 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 2042410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 14038244 - 14038118
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  14038244 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14038147  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14038146 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 14038118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 14041712 - 14041586
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  14041712 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14041615  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14041614 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 14041586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 39230756 - 39230666
Alignment:
Q  182 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39230756 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcata 39230666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 18958963 - 18958845
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | || |||| | ||| |||| | ||| ||||||||||| || | ||||| ||||||||||  |||||||| | ||    
T  18958963 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgatcgctggattatacttaattgcattcaattagaatgtacaatatgttggttcgagttgtaag-tggc 18958866  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacg 265  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  18958865 gagttgtcgttctaagtaacg 18958845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 8523130 - 8522857
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8523130 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 8523031  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8523030 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 8522931  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522930 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 8522857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 15686023 - 15686287
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15686023 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 15686122  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15686123 atatgatggttattattgctgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattga-----atttgctgctgattgttggtttatgcataaacgca 15686217  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15686218 ttcaattggattatacaagatgttggtgccggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtc 15686287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 2287966 - 2288094
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2287966 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 2288065  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2288066 aagttgacgttctaagtaacggagtcata 2288094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 15539340 - 15539212
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15539340 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttagtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 15539241  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15539240 aagttgtcgttctaagtaacagagtcata 15539212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 151 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16812839 - 16812719
Alignment:
Q  151 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttg 250  Q
    |||||||||| ||||||| | || ||| ||||||||||| | ||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  16812839 tgttgattgattatgatt-gttgatgaatgttggtttatacttaactgtattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaa-gttgtgagttg 16812742  T
Q  251 tcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  16812741 tcgttataagtaacggagtcata 16812719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16829859 - 16829739
Alignment:
Q  151 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttg 250  Q
    |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  16829859 tgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaa-gttgttagttg 16829762  T
Q  251 tcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||| |||||||| ||||||||    
T  16829761 tcgttataagtaacagagtcata 16829739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16102410 - 16102284
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  16102410 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 16102313  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16102312 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 16102284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 198 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 29492770 - 29492696
Alignment:
Q  198 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| ||||| ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||    
T  29492770 gcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgggttgtaag-ttgtgagatgtcgttataagtaacggagtcata 29492696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 12596024 - 12595898
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||||| |  | |||||| | ||    
T  12596024 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggtccgagctgtaag-tggc 12595927  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12595926 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 12595898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 41791870 - 41791597
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41791870 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 41791771  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791770 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 41791671  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791670 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 41791597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 4 - 271
Target Start/End: Original strand, 53387626 - 53387893
Alignment:
Q  4 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387626 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 53387725  T
Q  104 tgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattc 203  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  53387726 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatgcatgcattc 53387825  T
Q  204 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtca 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387826 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtca 53387893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 16278013 - 16278286
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16278013 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctacttgttgt 16278112  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  16278113 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 16278212  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcg-ttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  16278213 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtttctaagtaatggagtcata 16278286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 14698914 - 14698643
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698914 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 14698816  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  14698815 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 14698716  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698715 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 14698643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 4171222 - 4170951
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4171222 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctacttgttgt 4171124  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4171123 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 4171024  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4171023 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 4170951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 56115656 - 56115784
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 243  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  56115656 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 56115754  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56115755 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 56115784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 59 - 142
Target Start/End: Original strand, 21189768 - 21189851
Alignment:
Q  59 ttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattatta 142  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| || |  ||||||||||||||    
T  21189768 ttatatgttatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgcttattatta 21189851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 287157 - 287031
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  287157 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 287060  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  287059 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 287031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 15280136 - 15280261
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| |||||||| ||||     
T  15280136 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaa-gttgt 15280232  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  15280233 gagttgtcgttataagtaatggagtcata 15280261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 28382891 - 28382765
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  28382891 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 28382794  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28382793 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 28382765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 47126878 - 47127004
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  47126878 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 47126975  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47126976 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 47127004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 175 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 33848945 - 33848847
Alignment:
Q  175 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcg-ttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33848945 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 33848847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 21239028 - 21239301
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21239028 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 21239127  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239128 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 21239227  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239228 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 21239301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 21241578 - 21241851
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21241578 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 21241677  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241678 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 21241777  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241778 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 21241851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 24504901 - 24504628
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24504901 aggatgtttgtaatgtttaatgatgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 24504802  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24504801 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 24504702  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24504701 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 24504628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Original strand, 20591011 - 20591280
Alignment:
Q  4 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20591011 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgttgtata 20591110  T
Q  104 tgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattc 203  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20591111 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataaatgcattc 20591210  T
Q  204 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591211 aattggattatacaagatgttggtttaggttgtaaggctgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 20591280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31503797 - 31503525
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31503797 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgt 31503698  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  31503697 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 31503598  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31503597 ttcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 31503525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31506363 - 31506091
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31506363 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgt 31506264  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  31506263 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 31506164  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31506163 ttcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 31506091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 28349139 - 28349011
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta-aggttg 243  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||| | ||||    
T  28349139 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtagaagttg 28349041  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28349040 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 28349011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 151 - 273
Target Start/End: Original strand, 12627948 - 12628068
Alignment:
Q  151 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttg 250  Q
    |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||||| |||| |||||    
T  12627948 tgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaactgcattcaattagaacatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgcgagttg 12628045  T
Q  251 tcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  12628046 tcgttctaagtaacggagtcata 12628068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 44620995 - 44620869
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  44620995 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 44620898  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44620897 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 44620869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 175 - 273
Target Start/End: Original strand, 23339249 - 23339347
Alignment:
Q  175 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcg-ttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23339249 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 23339347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 41684815 - 41684941
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| | ||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  41684815 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactacattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 41684912  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41684913 gagttgtcgttctaggtaacggagtcata 41684941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 26496084 - 26495811
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26496084 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 26495985  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495984 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 26495885  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495884 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 26495811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 29325143 - 29325416
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29325143 aggatgtctgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 29325242  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325243 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 29325342  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325343 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 29325416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 4397776 - 4397650
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||| ||||     
T  4397776 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattcgaatatacaaggtgttggttcgggttgtaa-gttgt 4397679  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  4397678 gagttgtcgttataagaaacggagtcata 4397650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 271
Target Start/End: Original strand, 22758719 - 22758837
Alignment:
Q  153 ttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgcaagttgt 251  Q
    |||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||||||||||    
T  22758719 ttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgcaagttgt 22758817  T
Q  252 cgttctaagtaacggagtca 271  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  22758818 cgttctaagtaatggagtca 22758837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 273
Target Start/End: Original strand, 26361140 - 26361260
Alignment:
Q  150 ctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagtt 249  Q
    ||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| |||||||| ||||  ||||    
T  26361140 ctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaa-gttgtgagtt 26361236  T
Q  250 gtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||| |||| ||||||||||||    
T  26361237 gtcgttataagaaacggagtcata 26361260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 59 - 108
Target Start/End: Original strand, 27869341 - 27869390
Alignment:
Q  59 ttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatg 108  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  27869341 ttatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg 27869390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16006616 - 16006343
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16006616 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 16006517  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006516 atatgatggttattattgttgtagtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 16006417  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006416 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 16006343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 4 - 271
Target Start/End: Original strand, 17505693 - 17505960
Alignment:
Q  4 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17505693 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 17505792  T
Q  104 tgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattc 203  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  17505793 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattc 17505892  T
Q  204 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtca 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17505893 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtca 17505960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 4 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 17547521 - 17547254
Alignment:
Q  4 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547521 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 17547422  T
Q  104 tgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattc 203  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  17547421 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattc 17547322  T
Q  204 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtca 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547321 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtca 17547254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 21743208 - 21743479
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21743208 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 21743306  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  21743307 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 21743406  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21743407 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 21743479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 8776558 - 8776288
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  8776558 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactcgttgt 8776459  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776458 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgt---tgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 8776362  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776361 attcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 8776288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 143 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 38828302 - 38828172
Alignment:
Q  143 tatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 242  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||| |||||  ||||||| |||    
T  38828302 tatgttgctattgattgaatatgatttgttgctgactgctggtttgtgcatagctgcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgagttgtaaagtt 38828203  T
Q  243 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38828202 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 38828172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 35366293 - 35366167
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  ||||||| |||      
T  35366293 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaattgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gtttt 35366196  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35366195 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 35366167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 13733586 - 13733711
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  13733586 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 13733682  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||    
T  13733683 gagttgtcgttataagtaacggagtcata 13733711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 13395517 - 13395643
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  13395517 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 13395614  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13395615 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 13395643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 48785380 - 48785254
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  48785380 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 48785283  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48785282 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 48785254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 273
Target Start/End: Original strand, 21065238 - 21065337
Alignment:
Q  175 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||| || ||| ||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21065238 tgattgctgatttgtgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgcgttgtaaaagttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 21065337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 4993555 - 4993426
Alignment:
Q  143 tatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 242  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| |     
T  4993555 tatgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgatggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tg 4993458  T
Q  243 gcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcata 273  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4993457 gcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 4993426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 45134828 - 45135101
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45134828 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 45134927  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45134928 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 45135027  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45135028 attcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 45135101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 6608177 - 6608448
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6608177 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaacg-aggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 6608275  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 200  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  6608276 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 6608375  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6608376 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 6608448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 7300985 - 7301255
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7300985 aggacgtttgtaatgtttaatgacatcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 7301084  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||   ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7301085 atatgatggttattatggtcgttgtctcgctgcttgttattatatgt---tgttgaattgaatatgatttgctgttgattgttggtttatgcataaatgc 7301181  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7301182 attcaattagattatacaagatgttagttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 7301255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 21415149 - 21415294
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  21415149 aggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgt 21415248  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatg 146  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  21415249 atatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattattatatg 21415294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 364020 - 363892
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 243  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  364020 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 363922  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  363921 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 363892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 261
Target Start/End: Original strand, 10829505 - 10829619
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||||||| | ||  ||||| || |||||||| |||||||||  ||||||| |||||    
T  10829505 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcataactacaaacaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgc 10829602  T
Q  245 aagttgtcgttctaagt 261  Q
     ||||||||||||||||    
T  10829603 gagttgtcgttctaagt 10829619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 44432087 - 44431965
Alignment:
Q  151 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgcaagtt 249  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||||||||    
T  44432087 tgttgattgagtatgatt-gttgctgattgatggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgcaagtt 44431989  T
Q  250 gtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||| |||||||||||||    
T  44431988 gtcgttctaaataacggagtcata 44431965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 24707859 - 24707986
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaat-atgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttg 243  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| |||||||| ||||    
T  24707859 tgttgctgttgattgaattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttcgggttgtaa-gttg 24707956  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
      ||||||| || |||||||||||||||||    
T  24707957 tgagttgtcattataagtaacggagtcata 24707986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 22145439 - 22145565
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  22145439 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 22145536  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22145537 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 22145565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 273
Target Start/End: Original strand, 22059479 - 22059569
Alignment:
Q  182 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||  |||| ||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22059479 tggtttatacttaactgcattcaattagattgtacaatgtgttagttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcata 22059569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9369 - 9096
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9369 aggatgttggtaaggtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 9270  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttactgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9269 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattgttatatgttgttgttgaattgaatatgattcgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 9170  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9169 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaactgagtcata 9096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Original strand, 10927 - 11053
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  10927 tgttactgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 11024  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11025 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 11053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 20579663 - 20579388
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20579663 aggatgtttgtagtgtttaatgacgtcgacttaggtcgatgaacaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 20579564  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattat---atgttactgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaa 196  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||   |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20579563 atatgatggttattattgttgt-gtctcgctacttattattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaa 20579465  T
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20579464 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcgggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagccata 20579388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 143 - 273
Target Start/End: Original strand, 2333021 - 2333151
Alignment:
Q  143 tatgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 242  Q
    |||||| || ||||||||||||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||  ||||  ||||||| |||    
T  2333021 tatgttgctattgattgaatatgttttgttgctgactgctggtttgtgcataactgcattcaattagaatatacaaggtgtgagttcgagttgtaaagtt 2333120  T
Q  243 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2333121 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 2333151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 294267 - 294139
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta-aggttg 243  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| |||  ||||  |||||| | ||||    
T  294267 tgttgctgttaattgaatatgatt-gttgctgattgctagtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaagttcgagttgtagaagttg 294169  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  294168 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 294139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 24087449 - 24087360
Alignment:
Q  182 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||| || |||||||| |||||||  || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24087449 tggtttatgcttaactacattcaattagaatatacaaggtgttggtcgag-ttgtaag-ttgcgagttgtcgttctaagtaacggagtcata 24087360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 20631383 - 20631257
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  20631383 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 20631286  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20631285 gagttgtcgttctaagtaacggagtcata 20631257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 37358538 - 37358413
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  37358538 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcagttagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 37358442  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||    
T  37358441 gagttgtcgttataagtaacggagtcata 37358413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 36181606 - 36181516
Alignment:
Q  182 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36181606 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcata 36181516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 175 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 296558 - 296460
Alignment:
Q  175 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcg-ttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  296558 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 296460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 82; Significance: 9e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 2052 - 1911
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaattacgagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2052 aggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgt 1953  T
Q  101 atatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattatta 142  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||    
T  1952 atatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatta 1911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 151 - 273
Target Start/End: Original strand, 8554 - 8676
Alignment:
Q  151 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgcaagtt 249  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||||||||    
T  8554 tgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgcaagtt 8652  T
Q  250 gtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  8653 gtcgttctaagtaacggagtcata 8676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 2566 - 2443
Alignment:
Q  150 ctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgcaagt 248  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  |||||||||    
T  2566 ctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgcaagt 2468  T
Q  249 tgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  2467 tgtcgttctaagtaacggagtcata 2443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 162511 - 162388
Alignment:
Q  150 ctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgcaagt 248  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  |||||||||    
T  162511 ctgttgattgattatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgcaagt 162413  T
Q  249 tgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  162412 tgtcgttctaagtaacggagtcata 162388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 138007 - 137879
Alignment:
Q  145 tgttactgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt-g 243  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  || |    
T  138007 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaacttcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaatttg 137909  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  137908 caagttgtcgttctaagtaatggagtcata 137879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 273
Target Start/End: Original strand, 134027 - 134146
Alignment:
Q  151 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttg 250  Q
    |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  134027 tgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaa-gttgtgagttg 134123  T
Q  251 tcgttctaagtaacggagtcata 273  Q
    ||||| |||| ||||||||||||    
T  134124 tcgttataagaaacggagtcata 134146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 197 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 1716 - 1644
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtc 270  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||    
T  1716 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtc 1644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1319 times since January 2019
Visitors: 4114