View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0665_low_2 (Length: 474)

Name: NF0665_low_2
Description: NF0665
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0665_low_2
NF0665_low_2
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (77-445)||(30243127-30243495)
chr5 (77-445)||(30339280-30339648)
chr5 (73-445)||(30434802-30435174)
chr5 (73-445)||(30399045-30399417)
chr5 (80-443)||(4380640-4381003)
chr5 (73-445)||(30748623-30748995)
chr5 (77-445)||(30482384-30482752)
chr5 (73-445)||(30059337-30059709)
chr5 (73-390)||(30714185-30714502)
chr5 (77-445)||(29852279-29852647)
chr5 (73-443)||(29871168-29871538)
chr5 (73-445)||(30677919-30678294)
chr5 (75-439)||(30205496-30205863)
chr5 (143-437)||(30474363-30474657)
chr5 (279-442)||(29709866-29710029)
chr5 (123-212)||(17418970-17419059)
chr5 (123-209)||(29709731-29709817)
chr5 (295-444)||(30203131-30203280)
chr5 (123-256)||(30522432-30522565)
chr5 (123-256)||(30562772-30562905)
chr5 (191-340)||(17982005-17982152)
chr5 (204-258)||(30203318-30203372)
chr5 (351-439)||(30429934-30430022)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (73-445)||(20297354-20297726)
chr4 (207-254)||(52351128-52351175)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (75-443)||(26706314-26706682)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (191-390)||(7582597-7582796)
chr1 (191-439)||(7098401-7098649)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 77 - 445
Target Start/End: Original strand, 30243127 - 30243495
Alignment:
Q  77 ttcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattata 176  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||     
T  30243127 ttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaaaactggaattatt 30243226  T
Q  177 ttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttgtcta 276  Q
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30243227 cgaaatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctagaggtactccaattatcttgtcta 30243326  T
Q  277 cgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtc 376  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||    | |||||||||||||||||||||||||    
T  30243327 ccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtc 30243426  T
Q  377 ttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    ||||||||||||||  ||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243427 ttccatctcttaaagacctctttgtatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 30243495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 77 - 445
Target Start/End: Original strand, 30339280 - 30339648
Alignment:
Q  77 ttcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattata 176  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||| ||||| ||   | ||||    
T  30339280 ttcttagtaatttaatttctcttaatctttggaattgcaacaaaattgtgctgcttcagttacttggtaaactaccatctctaaaaaatcttagagtata 30339379  T
Q  177 ttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttgtcta 276  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    | |||    
T  30339380 tcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttacaacgccta 30339479  T
Q  277 cgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtc 376  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  30339480 ccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaacttgacaatctcctattgccctaaaattggactgccatgtc 30339579  T
Q  377 ttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    ||||||||||||||  ||||  |||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339580 ttccatctcttaaagacctctatgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 30339648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 73 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 30435174 - 30434802
Alignment:
Q  73 attattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaat 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||||||   |     
T  30435174 attattcttagtaatttaatttctcttaaacttggggattgcaacaaaattgtgcggcttccgttatttggtaaactaccatctctaaaaaaacttagag 30435075  T
Q  173 tatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttg 272  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||  | |    
T  30435074 tatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggctttcccatctttggaggtactcgaattacatgg 30434975  T
Q  273 tctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgcca 372  Q
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||    | |||||||||||||||||||||    
T  30434974 gttaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgcca 30434875  T
Q  373 tgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| |||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434874 tgtcttccatctcttaaagacctcggtgtcgatggacgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 30434802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 73 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 30399417 - 30399045
Alignment:
Q  73 attattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaat 172  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| || | || |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  30399417 attattcttagtaatttagtttctcttgaacttgggaattgcaagaaagttgtgcgacttcagttaattggtaaactaccgtctctaaaaaaactggaat 30399318  T
Q  173 tatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttg 272  Q
    ||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||   ||    
T  30399317 tatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgagggttttcccatctctggaggaactccatttactatg 30399218  T
Q  273 tctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgcca 372  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||  | |||||||||||||||| |||||    
T  30399217 cctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctgagttgagaatcacagcttgccctaaacttggagtgcca 30399118  T
Q  373 tgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399117 tgtcttccatctcttaaatccctctatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 30399045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 80 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 4381003 - 4380640
Alignment:
Q  80 ttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattt 179  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||   ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |      
T  4381003 ttagtaatttaatttctcttaaactttgtgtttgcaacaaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaacatctctaaaaaaattggaattatttcg 4380904  T
Q  180 tatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttgtctacga 279  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  4380903 tacggataatctgaaatacttggatgatgatgaatttgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgaattatattgtctacca 4380804  T
Q  280 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtcttc 379  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||   |||    ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4380803 aacataaaggggttattgaaagtggaaagaggggagttgtttccttgtctttctaacttggatatctagaattgccctaaacttggactgccatgtcatc 4380704  T
Q  380 catctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacctt 443  Q
    |||||||||||  ||||| |||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4380703 catctcttaaacacctcgttgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacctt 4380640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 73 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 30748995 - 30748623
Alignment:
Q  73 attattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaat 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||   ||    
T  30748995 attattcttagtaatttaatttctcttgaacttgagatttgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactaagat 30748896  T
Q  173 tatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttg 272  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| | |||   |     
T  30748895 tatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagtatggtatggaggtgagcgttttcccatctctagaggaactcaacttaaaatc 30748796  T
Q  273 tctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgcca 372  Q
     |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||   ||||||||| ||||||||||||||    
T  30748795 cctaccaaacatagagggattattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctgggattgccctgaacttggactgcca 30748696  T
Q  373 tgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748695 tgtcttccatctcttaaatccctccatttatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 30748623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 77 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 30482752 - 30482384
Alignment:
Q  77 ttcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattata 176  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  30482752 ttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattatc 30482653  T
Q  177 ttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttgtcta 276  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  ||  ||||| |||   |  |||    
T  30482652 ttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgatggttttccgatctctgatggatctccatttacgataccta 30482553  T
Q  277 cgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttc-tactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgt 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    |||||| ||||||||||||||||| |    
T  30482552 cgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttcttacttgga-aatctcatattgccataaacttggactgccatct 30482454  T
Q  376 cttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    |||||||||||| ||  ||||  |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482453 cttccatctcttgaaggcctctatgtggatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 30482384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 73 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 30059709 - 30059337
Alignment:
Q  73 attattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaat 172  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||  |  ||| ||  || |||||||||||| || |||| ||| |||||||||| | ||||| |||||||    
T  30059709 attattcttagtaatttagtttctcttaaacttaagcgttgtaagaaagttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaaaacctggaat 30059610  T
Q  173 tatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttg 272  Q
    ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |      
T  30059609 tatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggaactcgtattatatca 30059510  T
Q  273 tctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgcca 372  Q
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||  ||| |||| ||||||||||||||||    
T  30059509 gttaccaaacatagagggtttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctctgaatgccgtaaacttggactgcca 30059410  T
Q  373 tgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059409 tgtcttccatctcttaaatccctcactgtatcggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 30059337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 73 - 390
Target Start/End: Original strand, 30714185 - 30714502
Alignment:
Q  73 attattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaat 172  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  ||||    |||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||  ||    
T  30714185 attattcttagtaatttagtttctcttgtacttctccattgcaagaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactgagat 30714284  T
Q  173 tatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttg 272  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  30714285 tatatggtatcaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccctctctggagatactcgaattatcttg 30714384  T
Q  273 tctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatc-attgattgccctaaacttggactgcc 371  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  30714385 tctacgaaacatagtggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttctctttctaaattggtaatcgattg-ttgccctaaacttggactgcc 30714483  T
Q  372 atgtcttccatctcttaaa 390  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30714484 atgtcttccatctcttaaa 30714502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 77 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 29852647 - 29852279
Alignment:
Q  77 ttcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattata 176  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||  ||| |||||     
T  29852647 ttcttagtagtttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttactttgtaaactaccatatctaaaaaagttggtattatt 29852548  T
Q  177 ttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttgtcta 276  Q
        ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||    | |||    
T  29852547 caaaatggataatctgaaatacttagatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggagatacttctattacaacgccta 29852448  T
Q  277 cgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtc 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  29852447 cgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagagggaagatatttccttgtctttctaatttgaaaatctcatattgccctgaacttggactgccatgtc 29852348  T
Q  377 ttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    |||||||||| ||| | |||  |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852347 ttccatctctgaaactgctccatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 29852279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 73 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 29871538 - 29871168
Alignment:
Q  73 attattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaat 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29871538 attattcttagtaatttaatttctcttaaacttgaggattgcaacaagattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaat 29871439  T
Q  173 tatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttg 272  Q
    ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||| |      
T  29871438 tatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtatggaggtgaggattttcccatctctggaggaactcgtattatataa 29871339  T
Q  273 tctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgcca 372  Q
      ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||     | ||||||||| |||||||||||    
T  29871338 gttaccaaacatagagggtttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatttggaaatgccctaaaattggactgcca 29871239  T
Q  373 tgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacctt 443  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||   ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871238 tgtcttccatctcttaaagacctcgttgccgatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacctt 29871168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 73 - 445
Target Start/End: Original strand, 30677919 - 30678294
Alignment:
Q  73 attattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaat 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | | |||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| |||| ||||  ||    
T  30677919 attattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggaatgcaacaaaattgtgcggcttccgttacgtggtaaactaccatctctaaaaagactgagat 30678018  T
Q  173 tatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttg 272  Q
    ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||  ||     
T  30678019 tatctcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatgaaggtgagggttttcccatctctggagaaactcttattagattc 30678118  T
Q  273 tctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaa---cttggactg 369  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||    |||||||||||   |||||||||    
T  30678119 tctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaggttggatatctggaattgccctaaactgcttggactg 30678218  T
Q  370 ccatgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||   |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678219 ccatgtcttccatctcttaaagaactcgagatatggggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 30678294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 75 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 30205863 - 30205496
Alignment:
Q  75 tattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaat-tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaatt 173  Q
    |||||| ||||||||| || |||||  ||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||| |  ||    
T  30205863 tattctcagtaatttagttgctcttgtactttggaattgtga-gaaatgtgtgcggcttccgtcatttggtaaactacaatctttgaaaaaactcgcttt 30205765  T
Q  174 atattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaa---tctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatct 270  Q
      ||  ||||||| || |||||||||||||||||||||||   ||| | |||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||  ||||       
T  30205764 gcataatatgaatgatttgaaatacttggatgatgatgaagaatctcaagatggtattgtggcgaggattttcccatctctggaggtactcatattagaa 30205665  T
Q  271 tgtctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgc 370  Q
       |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| || |||     ||||||||||||||||||||    
T  30205664 atcctaccaaacttagaagggttattgaaagtggaaagaggtgagatgtttccttgtctttctcgtttaaccatctccttttgccctaaacttggactgc 30205565  T
Q  371 catgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 439  Q
    ||||||||  ||||||||||  ||| | |||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30205564 catgtcttgtatctcttaaaaacctagatgtattgggatgtaacaatgagttgctgaggtcaatctcta 30205496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 143 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 30474657 - 30474363
Alignment:
Q  143 gtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggtttt 242  Q
    |||||||||||||||| ||||| || |||||||    |||||||||| || ||||| ||||||||| ||||| | | |||||| | |||||||||| |||    
T  30474657 gtaaactaccatctctaaaaaagcttgaattatggggtatgaataatatgcaatacatggatgatgctgaatatcatgatggtgtagaggtgagggcttt 30474558  T
Q  243 cccatctctggaggtactccaattatcttgtctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgaca 342  Q
     |||||  ||||   | |   | || |  | ||||||||| ||||| | || ||||||||| ||| | | || ||||| | |  |||||||| ||||||     
T  30474557 tccatccttggaaaaattgttactagcaggactacgaaacttagagcgtttgttgaaagtgcaaataagagatatgttccttcttctttctaatttgacc 30474458  T
Q  343 atcattgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctc 437  Q
    || |||||||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||||  ||||  ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30474457 attattgattgccctaaacttgtgttgccatgccttccatcccttaaagacctcattgtatttggatgtaacaatgagttactgagatcaatctc 30474363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 279 - 442
Target Start/End: Original strand, 29709866 - 29710029
Alignment:
Q  279 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 378  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||       | | ||||||||| |||| ||||||||    
T  29709866 aaacttagaggggttagtgaatgtggaaagagaggaggtgtttccttgtccttctattttgaaaattgccctcttcactaaacttgaactgtcatgtctt 29709965  T
Q  379 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacct 442  Q
    || ||||||| |  ||||| ||| |  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29709966 ccgtctcttatagacctcgatgtttcgggatgtaacaatgagttactgagatcaatctctacct 29710029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 123 - 212
Target Start/End: Original strand, 17418970 - 17419059
Alignment:
Q  123 tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatga 212  Q
    |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||| |||  ||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17418970 tgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 17419059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 209
Target Start/End: Original strand, 29709731 - 29709817
Alignment:
Q  123 tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatga 209  Q
    |||||| ||||| ||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  29709731 tgtgcgccttccttcatttggtaaactactatctctaaaaaaactggaattatacagtatgcgtaatctgaaatacttggatgatga 29709817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 295 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 30203280 - 30203131
Alignment:
Q  295 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaattcc 394  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |   |||   |||     || ||||||||||  |||| |||||||||||| | |||||  ||    
T  30203280 ttgaaagtggaaagagaggagatgtttccttgtctttttcaattggatatcgccttttaccctaaacttcaactgtcatgtcttccatatgttaaaaacc 30203181  T
Q  395 tcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttc 444  Q
    |   |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  30203180 tttatgtaaatgaatgtaacaatgagttactgaggtcgatctctagcttc 30203131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 256
Target Start/End: Original strand, 30522432 - 30522565
Alignment:
Q  123 tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggat 222  Q
    |||||||||||| ||||||  |||| |||||||||| ||||||||  ||||||  | |||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||    |||    
T  30522432 tgtgcggcttccatcacttgctaaattaccatctctcaaaaaactccaattatggtatatggataatgtgcagtatgtggatgatgaagaatcaagcgat 30522531  T
Q  223 ggtatggaggtgagggttttcccatctctggagg 256  Q
    ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30522532 ggtgtggaggttaggggtttcccatctctggagg 30522565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 256
Target Start/End: Original strand, 30562772 - 30562905
Alignment:
Q  123 tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggat 222  Q
    |||||||||||| ||||||  |||| |||||||||| ||||||||  ||||||  | |||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||    |||    
T  30562772 tgtgcggcttccatcacttgctaaattaccatctctcaaaaaactccaattatggtatatggataatgtgcagtatgtggatgatgaagaatcaagcgat 30562871  T
Q  223 ggtatggaggtgagggttttcccatctctggagg 256  Q
    ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30562872 ggtgtggaggttaggggtttcccatctctggagg 30562905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 17982152 - 17982005
Alignment:
Q  191 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttgtctacgaaacatagaggg 290  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||| |||    |||||||||||||||| |||||  ||||  |  | ||  |||| |||||||    
T  17982152 tgaaatacttggatgatgatgaatttgaaaatggtgtggagatgataaatttcccatctctggagatactcacattaaataatttatcaaacttagaggg 17982053  T
Q  291 gttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttga 340  Q
      | ||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| |||||    
T  17982052 tctgttgaaagtggaaagaggagaaatg--tccttgtctttctattttga 17982005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 204 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 30203372 - 30203318
Alignment:
Q  204 tgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggta 258  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  30203372 tgatgatgaatctcacaatggtatggaggtgaggattttcccatatttggaggta 30203318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 351 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 30430022 - 30429934
Alignment:
Q  351 ttgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 439  Q
    ||||| |||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||   |||  |||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  30430022 ttgccttaaacttgggttgccatgcctttcatcttttaaagaactcattgtagatggatgtaacaatgagttactggagtcaatctcta 30429934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 73 - 445
Target Start/End: Original strand, 20297354 - 20297726
Alignment:
Q  73 attattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaat 172  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || |||||  |||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||  |     
T  20297354 attattcttagtaatttagtttcttttgaacttgagaattgcaacgaaattgtgcagcttccgttaattggtaaactaccatctctaaaaaaactgacaa 20297453  T
Q  173 tatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttg 272  Q
    ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||    
T  20297454 tatctggtatgtataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcgggatggtagggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgacttattttg 20297553  T
Q  273 tctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgcca 372  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||    | ||||||||||||||| |||||    
T  20297554 tctacaaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgaaaatctccaaatgccctaaacttggaatgcca 20297653  T
Q  373 tgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttcc 445  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||  ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  20297654 tgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcgatccatgtaacaatgagttactgagatcaatctctactttcc 20297726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 207 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 52351175 - 52351128
Alignment:
Q  207 tgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctgga 254  Q
    |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52351175 tgatgaatctcacgatggtgtgggggtgagggttttcccatctctgga 52351128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 75 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 26706682 - 26706314
Alignment:
Q  75 tattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaatta 174  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  26706682 tattcttagtaatttagtttctcttgaacttggggattgcaagaaatttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctagaaaaactggaatta 26706583  T
Q  175 tattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttgtc 274  Q
    | || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |        
T  26706582 tcttctatggttaatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggcatggaggtgagggttttcccatctctgaaggtactccacttatatgagt 26706483  T
Q  275 tacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatg 374  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||  |||||||||     |||||||||| || |||||||||||    
T  26706482 taccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggaaaggtgtttccttgtctttctcgtttgacaatatactattgccctaagctaggactgccatg 26706383  T
Q  375 tcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacctt 443  Q
    ||||||||||||||||| ||||  ||| |  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26706382 tcttccatctcttaaatccctcaatgtttcgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatccctacctt 26706314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 191 - 390
Target Start/End: Original strand, 7582597 - 7582796
Alignment:
Q  191 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttgtct-acgaaacatagagg 289  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  ||||| |||| |||||  ||||||||||||| ||||||||   | | |  || || || |||| ||||||    
T  7582597 tgaaatacttggatgatgatgaatttcacaatggtttggaagtgagaattttcccatctcttgaggtacttataat-tgatgacttaccaaacttagagg 7582695  T
Q  290 ggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaa 389  Q
    |||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||   ||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||    
T  7582696 ggttgttgaaagtggaaaaaaaggagatgtttccttgtctttctattttgaacatcaacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgttaa 7582795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 191 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 7098649 - 7098401
Alignment:
Q  191 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccaattatcttgtctacgaaacatagaggg 290  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||  ||||   |||    |  | | |||| |||||||    
T  7098649 tgaaatacttggatgataatgaatttcacaatggtatggaggtaaggattttcccatctctagagacactcttgttacgcgggatgccaaacttagaggg 7098550  T
Q  291 gttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaa 390  Q
      | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||    ||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||| |    
T  7098549 actgttgaaagtggaaagagatgagacgtttccttgtctttctattttggaaatcgacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgttaga 7098450  T
Q  391 ttcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 439  Q
      ||||  |||| |||||||||| ||| || | |||| |||||||||||    
T  7098449 gacctctatgtagatgaatgtaataataagatgctgaagtcaatctcta 7098401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 681 times since January 2019
Visitors: 4098