View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0671_low_9 (Length: 483)

Name: NF0671_low_9
Description: NF0671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0671_low_9
NF0671_low_9
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (8-453)||(21763929-21764372)
chr7 (8-441)||(21628001-21628435)
chr7 (9-418)||(21704542-21704952)
chr7 (8-394)||(21788152-21788539)
chr7 (8-415)||(21651971-21652379)
chr7 (8-436)||(21771842-21772271)
chr7 (8-446)||(21808003-21808445)
chr7 (8-418)||(21663994-21664411)
chr7 (8-430)||(21725783-21726206)
chr7 (8-436)||(21714067-21714493)
chr7 (8-418)||(21992069-21992492)
chr7 (10-431)||(21785289-21785714)
chr7 (8-340)||(21646720-21647053)
chr7 (8-454)||(15713474-15713933)
chr7 (8-454)||(21681500-21681960)
chr7 (8-259)||(21623252-21623503)
chr7 (16-280)||(21745570-21745834)
chr7 (8-245)||(21792084-21792321)
chr7 (10-252)||(21689479-21689721)
chr7 (336-429)||(21740994-21741087)
[»] scaffold0182 (3 HSPs)
scaffold0182 (142-445)||(25182-25486)
scaffold0182 (337-430)||(34421-34514)
scaffold0182 (8-165)||(25526-25683)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 21764372 - 21763929
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
21764372 cgaacaacatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccagttaaagttaaaacatcatcgctaaaacgacccttcagttc 21764273  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21764272 atcgatgttatcagcaatcttttggtgtagttcctctggattaagtgcggtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 21764173  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccc 307  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
21764172 ttcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtgcttccccaaatttgacatccttctgcggtaatatggcaccc 21764073  T
308 tttgtatctt-ggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaatatt 406  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||      
21764072 tttgtatcttgggtcgtgaattttggggtgtttgctttga---ttgtagctccacaaatttttctttaagagtttgggatgccatcattcattcaataca 21763976  T
407 ctaatggttgagagatattgatcttgcaaagttacgaaattatgaat 453  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
21763975 ctaatggttgagggatattgatcttgcaaagttacgaaatcatgaat 21763929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 8 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 21628435 - 21628001
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||    |||||||| |||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
21628435 cgaacaacatccacgacagcttttcttcaaggcatccaaagccttgaagagagtttcccgttaaatttaaaacatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 21628336  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||      
21628335 atcaatgttatcagcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccaatgttttctatgtattttgatgcccacacaagcttgtacttctctcctatg 21628236  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccc 307  Q
     |||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| |||| |    | |||||| | | ||  | |||||    
21628235 ttcagatttgtactgccatgatggataggacctattgacacaaacttgggtgagtaatacttcccaaaatcttttttatttctgagatgatcggccaccc 21628136  T
308 tttgtatc-ttggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaatatt 406  Q
    |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||     
21628135 tttgtatctttggtcgtgcatttcggggtgtttgctttgaattttttaactccacaaatttttctttaatagtttgggatgccatcattctttcaatata 21628036  T
407 ctaatggttgagagatattgatcttgcaaagttac 441  Q
     |||||||||||  ||||||||||| |||| ||||    
21628035 ataatggttgaggaatattgatctttcaaacttac 21628001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 9 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 21704952 - 21704542
Alignment:
9 gaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttca 108  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||  | |||||||| |||||| |||||  ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
21704952 gaacaatatccacgacagcttttcatcaaggcactcaaagccttgaagagagtttccggttagagttaaaacatcatcgctaaaacgacccttcagttca 21704853  T
109 tcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaaca 208  Q
    || || ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||     
21704852 tcaatgttatctgcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccggtgttttctatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaact 21704753  T
209 tcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccct 308  Q
    |||||  ||   |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||| | || | | || |||    |  ||||| | || | | |||||||    
21704752 tcagagttggattgtcatgatggataggacctatcgacactaacttgggtgagtaatgctgctcaaagttttttctacttctgagatactcttgcaccct 21704653  T
309 ttgtatc-ttggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaatattc 407  Q
    ||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      
21704652 ttgtatctttggtcgtgcatttggaggtgtttgctttgaattttttaactcgacaaatttttctttaatagtttgggatgccatcattcattcaatataa 21704553  T
408 taatggttgag 418  Q
    |||||||||||    
21704552 taatggttgag 21704542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 8 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 21788539 - 21788152
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||   |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
21788539 cgaacaacatccacgacagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagacttgccagttaaagttaaaacatcgtcgccaaaatgacccttcagttc 21788440  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||| || ||||| ||||||| |||||| || ||||||||| |  || |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
21788439 atcaatgttatctgcaatctttttgtgcagatcctctggaatgtgtccagtgttttcgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaac 21788340  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccc 307  Q
     ||| || ||   |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||| | |||| | || |||    | |||||| | || | || |||||    
21788339 ttcaaatttgtgttgtcatgatggataggacctaccgacaacaacttgggcgagtaatgcttctcaaagttttttctatttctgagatactctgccaccc 21788240  T
308 tttgtatctt-ggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcat 394  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
21788239 tttgtattttcggtcgtgaattttggggtgtttgctttgatttttgtaactccacaaatttttcattaatagtttgggatgccatcat 21788152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 21652379 - 21651971
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||    
21652379 cgaacaacatccacgacaacttttcttcaaggctatcaaagccttcaagagacttgccagttaaagttaaaacatcgtcgctaaaatgaccctttagttc 21652280  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
     |  |||||||| ||||||| ||||||| | |||||| || |||   |  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||       
21652279 gttaattttatcggcaatctttttgtgtcgatcctctagaataaagccgttgttttctatgtattttgctgcccacataagcttatactcctctcctggt 21652180  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccc 307  Q
     ||| || ||   ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||| |  ||| | |||||     | |||||| | || | ||||||||    
21652179 ttcatatttgtattgtcatgatggataggacctattgaaacaaacttgggggtgtaatgtttctcaaaattgtttctatttctgagatactgtggcaccc 21652080  T
308 tttgtatc-ttggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaatatt 406  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||     
21652079 tttgtatctttggtcgtgaattttggggtgtttgctttgatttttgtagttccacaaatttttctttaatagtttgggatgccatcattcaatcaatata 21651980  T
407 ctaatggtt 415  Q
     ||||||||    
21651979 ataatggtt 21651971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 21772271 - 21771842
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||   || ||||||||| ||| |||  |||| |||||||||||||    
21772271 cgaacaacatccacgacaacttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaagttaaaacatcatcgtcaaaatgacccttcagttc 21772172  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |   | |  | ||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||     
21772171 atcaatgttatcagcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtatccgttattttctatgtattttgctgcccacataagtttgtacttctctgctaat 21772072  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccc 307  Q
    ||||||| ||   | | |||||| ||||||||||||||||   ||||||||| ||| | |||| | || |||    | |||||| |  | | | ||||||    
21772071 atcagatttgtgttatgatgatgaataggacctattgacacacacttgggtgagtaatgcttctcaaagttttttctatttctgagagactttagcaccc 21771972  T
308 tttgtatctt-ggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaatatt 406  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
21771971 tttgtatcttcggtcttgaattttggggtatttgctttgatttttgtagttccacaaatttttctttaatagtttcggatgccatcattcattcaatatg 21771872  T
407 ctaatggttgagagatattgatcttgcaaa 436  Q
     ||||||||||| |||||||||||| ||||    
21771871 ataatggttgagggatattgatctttcaaa 21771842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 446
Target Start/End: Original strand, 21808003 - 21808445
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||  |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
21808003 cgaacaacatccatgacagcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagactggccggttaaagttaaaacatcgtcgccaaaatgacccttcagttc 21808102  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||   |  |||||||||||||||  || | |||| |||||||||||||||||||||||    
21808103 atcgatgttatcagcaatctttttgtgtagatcctctagaataaagccgctgttttctatgtatttcgcagaccacataagcttgtacttctctcctaac 21808202  T
208 atcagatctgatctgt-catgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcacc 306  Q
     |||||| | || | | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| | |||| | | |||||   | |||||| | || |  | ||||    
21808203 ttcagat-ttatatttccatgatggataggacctattgataccaacttgggtgagtaatgcttctcaagatttgttctatttctgagatactcagccacc 21808301  T
307 ctttgtatc-ttggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaa---tagtttggggtgccatcattcattcaa 402  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||| ||||  |||| || ||   ||||||||| | |||||||||||||||    
21808302 ctttgtatctttggtcgtgaattttggggtatttgatttgaattttttagctccacaatctttttttcaagggtagtttgggattccatcattcattcaa 21808401  T
403 tattctaatggttgagagatattgatcttgcaaagttacgaaat 446  Q
    |||  |||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||    
21808402 tataataatggctgaggaatattgatcttgcaaagtaacgaaat 21808445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 21664411 - 21663994
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaat---atcgtcgctaaaacgacccttcag 104  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||   ||| |||  |||| ||||||||||    
21664411 cgaacaatatccacgacagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcag 21664312  T
105 ttcatcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcct 204  Q
    ||||||||| ||||||  ||||| ||||||||| |||  |||||| |||   || ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
21664311 ttcatcgatgttatcaaaaatctttttgtgtagatcccgtggattgagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcct 21664212  T
205 aacatcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggca 304  Q
    ||| |||||||||   || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||| | || |||    | |||||| | |  | |||||    
21664211 aacttcagatctgtattgccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaatacttctcaaagttttttctgtttctgagattgtgtggca 21664112  T
305 ccctttgtatc-ttggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaa---tagtttggggtgccatcattcattc 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||| |||| ||||| || ||   ||||||||| ||||||||||| |||    
21664111 ccctttgtatctttggtcgtgaactttggggtatttgctttgaattttctagctccacaatttttttttcaagggtagtttgggatgccatcattctttc 21664012  T
401 aatattctaatggttgag 418  Q
    |||||  |||||||||||    
21664011 aatataataatggttgag 21663994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 21726206 - 21725783
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||   || ||| ||||| |||||||  |||| |||||||||||||    
21726206 cgaacaacatccacgacagcttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaagctaaaacatcgtcgtcaaaatgacccttcagttc 21726107  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |  || | |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||| ||||     
21726106 atcaatgttatcagcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtccggtgttttctatgtattttgctgcccacataagtttgtactactctgctaat 21726007  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccc 307  Q
    ||||||| ||   | | |||||| ||||||||||||||||   ||||||||| ||| | |||| | || |||    | |||||| |  | | | ||||||    
21726006 atcagatttgtgttctgatgatgaataggacctattgacacacacttgggtgagtaatgcttctcaaagttttttctatttctgagagactttagcaccc 21725907  T
308 tttgtatctt-ggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaatatt 406  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
21725906 tttgtatcttcggtcttgaattttgggatatttgctttgatttttgtagttccacaaatttttctttaatagtttcggatgccatcattcattcaatatg 21725807  T
407 ctaatggttgagagatattgatct 430  Q
     ||||||||||| || ||||||||    
21725806 ataatggttgagggaaattgatct 21725783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 21714493 - 21714067
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||   |   || ||| ||||| ||||| |  |||| |||||||||||||    
21714493 cgaacaacatccacgatagcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagaccaactggttgaagctaaaacatcgttgtcaaaatgacccttcagttc 21714394  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||| || ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |  ||   |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||  |    
21714393 atcaatgttatctgcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtctggtgttttctatgtattttgctgcccacataagtttgtacttctctcctttc 21714294  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctg---cggtaatatggca 304  Q
     |||||| ||   ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||| | |||| | |||||||   | ||||||   |||| |     ||    
21714293 ttcagatttggattgtcatgatggataggacctaatgacacaaacttgggtgagtaatgcttctcaaaatttgttctatttctgaaacggtcaac---ca 21714197  T
305 ccctttgtatctt-ggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaat 403  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
21714196 ccctttgtatcttcggtcgtgaattttggggtgtttgcattgatttttgtagctccacaaatttttctttaatagtttgggatgccatccttcattcaat 21714097  T
404 attctaatggttgagagatattgatcttgcaaa 436  Q
    |   ||||  ||||| |||||||||||| ||||    
21714096 a---taatatttgagggatattgatctttcaaa 21714067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 8 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 21992492 - 21992069
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
21992492 cgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagactttccagctaaagttaaaacatcgtcactaaaatgacccttcagttc 21992393  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||| || |||||   ||||| ||||||||| ||   |||||||||| | |  ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
21992392 atcaatgttatcgataatctttttgtgtagatcgcatggattaagtcctgcattttcgatgtattttgctgcccacgtaagcttgtacttctctcctaac 21992293  T
208 atcagatctg-at--------ctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaat 298  Q
     |||||| || ||         || |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||| | || | |    | ||| || | || |    
21992292 ttcagatttgcattgcttgtattgccatgatggataggacctattgacaccaatttgggtgagtagtgcttctcaaagtcttttctatttttgagatact 21992193  T
299 atggcaccctttgtatct-tggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaa---tagtttggggtgccatcat 394  Q
     || |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||    |||||||| |||||||||    
21992192 ctgccaccctttgtatctgtgttcgtgaattttggggtatttgctttgaattttctagctccacaattttttcttcaagggaagtttgggatgccatcat 21992093  T
395 tcattcaatattctaatggttgag 418  Q
    |||||||||||  |||||||||||    
21992092 tcattcaatataataatggttgag 21992069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 21785714 - 21785289
Alignment:
10 aacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttcat 109  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||  ||  |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||    
21785714 aacaacatccacgacagcttttcttcaaggctaccaaagtcttcaagagactggccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagttcat 21785615  T
110 cgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacat 209  Q
      || ||||| ||||||| ||||||||| ||   ||||||  |  |  | || || | ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||  | |    
21785614 taatgttatcggcaatctttttgtgtagatcgcgtggattgcggcctatattctcgaggtattttgcggcccacataagcttgtacttctctcctgtctt 21785515  T
210 cagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccctt 309  Q
    ||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| | |||| | || |||  | | |||||  | || | | ||||||||    
21785514 cagatttggattgtcatgatggataggacctattgacactaacttgggtgagtaatgcttctcaaagtttttcctatttcttagatactcttgcaccctt 21785415  T
310 tgtatc-ttggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaa---tagtttggggtgccatcattcattcaatat 405  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||| ||||| || ||   ||||||||| || ||||||| |||||||||    
21785414 tgtatctttggtcgtgaattttggggtatttgctttgaattttctagctccacaatttttttttcaagggtagtttgggatgtcatcattgattcaatat 21785315  T
406 tctaatggttgagagatattgatctt 431  Q
      |||||||| || ||||||||||||    
21785314 gataatggttaagggatattgatctt 21785289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 8 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 21647053 - 21646720
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||  | ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
21647053 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctacggaagcctttaagagacttgccggtcaaagttaaaacgtcgtcgctaaaatgacccttcagttc 21646954  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcc-tctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaa 206  Q
    ||| || |||||  |||||| ||||||||| ||| |||  |||   | | |||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||     
21646953 atcaatgttatctacaatctttttgtgtagatccttcttaatt-cttcccgtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtatttctctcctat 21646855  T
207 catcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcacc 306  Q
    | |||| | ||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | || | | || ||||   | |||||| | || | |||||||    
21646854 cttcagctttggattgtcatgatggataggacctattgacaccaacttgggggtgtaatgctcctcaaattttgttctatttctgagatactgtggcacc 21646755  T
307 ctttgtatc-ttggtcgtgaattttggggtgtttg 340  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
21646754 ctttgtatctttggtcgtgaattttggggtgtttg 21646720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 8 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 15713933 - 15713474
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||  ||| |||| ||| ||||||||  |||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||    
15713933 cgaacaacatccatgacagcttttcttctaggctaccaaatccttgaagtgactttccggttaaagttaaaacatcgtcactaaaatgacacttcagttc 15713834  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||| || |   | |||||||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||    
15713833 atcaatgttatcagcaatctttttgtgcagttcctctagaatgcttccagtgtttttgatgtattttgccgcccacataagcttgtacttctcccctgac 15713734  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccc 307  Q
     | |||| ||   |||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||| ||| | | || |  |||||    | |||||| | ||   ||||||||    
15713733 tttagatttgtattgtcatgatggatagggcctattgaaaccaacttaggtgcgtaatgcatctcataatttttactttttctgagatagcctggcaccc 15713634  T
308 tttgtatc-ttggtcgtgaattttggggtgtttgctttg---------aattttgtaactcgacaaatttttctttaa---tagtttggggtgccatcat 394  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||         || |||||| ||| |||| ||||| || ||   ||||||| | |||||||||    
15713633 tttgtatctttggtcgtgaactttggggtgtttgctttgtatttatgtaactttgtagctccacaatttttttttcaagggtagtttgcgatgccatcat 15713534  T
395 tcattcaatattctaatggttgagagatattgatcttgcaaagttacgaaattatgaatc 454  Q
    ||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
15713533 tcattcattataatcatggttgagggatattgatcttgcaaagtcacgaaattatgaatc 15713474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 21681960 - 21681500
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||  |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| |||    
21681960 cgaacaacatccatgataacttttcttcaaggctatgatagccttcaagagactcgccggttaaagttaaaacatcgtcgctaaaatggcccttcaattc 21681861  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||| || ||||||||||| | ||||| ||| |||| | || |   | |||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
21681860 atcaatgttatcagcaatttttttgtatagatccttttgaatgcttccagtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaac 21681761  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccc 307  Q
     | |||||||   || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||  |||| | || |   || ||||   | ||| ||   ||   ||||||||    
21681760 tttagatctgtattgccatgatggataggacctattgacacaaacttggggctgtaatgctccttaaattttgttctatttttgacataccgtggcaccc 21681661  T
308 tttgtatc-ttggtcgtgaattttggggtgtttgctttgaat---------tttgtaactcgacaaatttttctttaa---tagtttggggtgccatcat 394  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||         |||||| ||| ||||  ||||||| ||   ||||||||| || ||||||    
21681660 tttgtatctttggtcgtgaattttggggtgtttgatttgtatctatgtatatttgtagctccacaatattttcttcaagggtagtttgggatgacatcat 21681561  T
395 tcattcaatattctaatggttgagagatattgatcttgcaaagtt-acgaaattatgaatc 454  Q
    ||||||||| |  |||||||||||  ||||||||||| |||| || |||||||||| ||||    
21681560 tcattcaatgtaataatggttgaggaatattgatctttcaaacttaacgaaattataaatc 21681500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 8 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 21623503 - 21623252
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
21623503 cgaacaacatccacgacagcttttctttaatgctaccaaagccttcaagagactttccggttaaagttaaaacatcgtcactaaaatgacccttcagttc 21623404  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcc-tctgga-ttaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctccta 205  Q
    ||| || |||||||||||||  ||||| |  ||| |||| | ||   ||  |||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
21623403 atcaatattatcagcaatcttgttgtgcatatccttctgaacttttctg--gtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctccta 21623306  T
206 acatcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtg 259  Q
    || |||||| ||   || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
21623305 acttcagatttgtattgccatgatggataggacctattgacaccaacttgggtg 21623252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 21745834 - 21745570
Alignment:
16 atccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttcatcgattt 115  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  | |||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |    
21745834 atccacgacagcttttcttcaaggcattcaaagccttgaagagaatttccagttaaagttaaaacatcgtcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgt 21745735  T
116 tatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacatcagatc 215  Q
    ||||| |||||| |||||| || || | ||||||  |  | || || || | ||||| |||||||||| ||||||| ||||  ||||||  | | ||||     
21745734 tatcaacaatctttttgtgcagatcgtgtggattgtggcctgtattctcgaggtattttgctgcccacataagcttatactcttctcctgtctttagatt 21745635  T
216 tgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttg 280  Q
    ||   ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||| | |||||||    
21745634 tggattgtcatgatggataggacctaatgacaccaacttgggtgagtaatgcttctcaaaatttg 21745570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 8 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21792321 - 21792084
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||| |   |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||       
21792321 cgaacaatatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccgtcaagagacttgcgggttaaagttaaaacatcatcgctaaaacgatccttcagcgt 21792222  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||| || ||||| ||||||| |||||| || || |   || |   | |||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
21792221 atcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttcagaatgctttcagtttttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaac 21792122  T
208 atcagatctgatctgtcatgatggataggacctattga 245  Q
      ||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||    
21792121 tccagatctgtactgccatgatggatgggacctattga 21792084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 21689721 - 21689479
Alignment:
10 aacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttcat 109  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||  | || ||||||| ||||||   |||| |||||||||||| ||    
21689721 aacaacatccacgatagcttttcttcaagactatcaaagccttcgagagaatttccggtcaatgttaaaacatcgtcatcaaaatgacccttcagtttat 21689622  T
110 cgattttatcagcaatctgtttgtgtag-ttcctctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaaca 208  Q
    | || |||||| |||| | ||||||||| | ||||| || |   | |||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||     
21689621 caatgttatcaacaatgtttttgtgtagatccctct-gaatgcttccagtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaact 21689523  T
209 tcagatctgatctgtcatgatggataggacctattgacaacaac 252  Q
    | |||  |    || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
21689522 ttagagatttattgccatgatggataggaccttttgacatcaac 21689479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 336 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 21741087 - 21740994
Alignment:
336 gtttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaatattctaatggttgagagatattgatc 429  Q
    ||||||||| | ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||    
21741087 gtttgctttaatttttgtagctccacaattttttctttaatagtttgggatgccatcattcattcaatataataatggttgaggaatattgatc 21740994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 142 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 25486 - 25182
Alignment:
142 tctggattaagtgcagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacatcagatctgatctgtcatgatggataggaccta 241  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    |||||||||||||||||||||    
25486 tctggattaagtggagtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacttcagatttttattgtcatgatggataggaccta 25387  T
242 ttgacaacaacttgggtgtgtagtacttccccaaatttgacatctttctgcggtaatatggcaccctttgtatcttgg-tcgtgaattttggggtgtttg 340  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
25386 ttgacaccaacttgggtttgtagtacttcctcaaatttggtatctttctgcggtaatatgccaccctttgtatcttgggtggtgaattttggggtgtttg 25287  T
341 ctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaatattctaatggttgagagatattgatcttgcaaagtta 440  Q
    |||||| ||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
25286 ctttgatttttgtagctcctcaattttttctttaagagtttgggctgccatcattcattcaatacactaatggttgagggatattgatcttgcaaagtta 25187  T
441 cgaaa 445  Q
    |||||    
25186 cgaaa 25182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 337 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 34514 - 34421
Alignment:
337 tttgctttgaattttgtaactcgacaaatttttctttaatagtttggggtgccatcattcattcaatattctaatggttgagagatattgatct 430  Q
    |||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||    
34514 tttgctttgatttttgtagttccacaaatttttctttaatagtttcggatgccatcattcattcaatatgataatggttgagggaaattgatct 34421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 25683 - 25526
Alignment:
8 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccacttaaagttaaaatatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 107  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||  |     
25683 cgaacaacatcaacgacagcttttcttcaagggtaccaaagccttcaagagactttttagttaaagttaaaacatcctcgctaaaatgacccttcaaatt 25584  T
108 atcgattttatcagcaatctgtttgtgtagttcctctggattaagtgcagtgttttct 165  Q
    || ||| |  ||| |||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||  |||||||    
25583 attgatgtcttcatcaatctttttgtatagtttctctgctttaagtgcaaagttttct 25526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2689 times since January 2019
Visitors: 4010