View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0672_low_1 (Length: 534)

Name: NF0672_low_1
Description: NF0672
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0672_low_1
NF0672_low_1
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (1-534)||(8865086-8865622)
chr3 (1-534)||(11127135-11127648)
chr3 (238-534)||(10892756-10893054)
chr3 (1-495)||(11156010-11156519)
chr3 (1-495)||(11144832-11145344)
chr3 (1-179)||(10893057-10893235)
chr3 (170-280)||(11193079-11193178)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 8865622 - 8865086
Alignment:
Q  1 acctacacaacaagaagcaagtatgagtccaggaaaaggaaaagtgcagcggcggagcttgaatagtttaatgaggaagcgaaagatatacaaccacata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8865622 acctacacaacaagaagcaagtatgagtccaggaaaaggaaaagtgcagcggcggagcttgaatagtttaatgaggaagcgaaagatatacaaccacata 8865523  T
Q  101 ataaaattatttatactgaatatgtaataaaatgtatgttacaacacagcaagtactattacgttttataaaatctagaaaagtactattaagttttcag 200  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8865522 ataaaattatttataccaaatatgtaataaaatgaatgttacaacacagcaagtactattacgttttataaaatctagaaaagtactattaagttttcag 8865423  T
Q  201 tatcacacagcaagtatagaccatcaagatcttaagaagtttatttagaactttgaaaattgaaaaaagcacagtacctctgcctaaatgttgtgttcca 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8865422 tatcacacagcaagaatagaccatcaagatcttaagcagtttatttagaactttgaaaattgaaaaaagcacagtacctctgcctaaatgttgtgttccg 8865323  T
Q  301 aacttcctttctcttttataatgtttgcgaaactgacgatatgacgggatcacatgatagcgaaaatagtcacttgagcttttcaatctgtaacatgata 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8865322 aacttcctttctcttttataatgtttgcgatactgaagatatgacgagatcacatgatagcgaaaatagtcacttgagcttttcaatctgtaacatgata 8865223  T
Q  401 taggcagaaagaccaagttactagtgacatagttaatttcaagataagagatgctggaagatc---aacattggaataaaattaaaccagatcagttaca 497  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| | ||||||| || |||||||    
T  8865222 tgggcagaaagaccaagttactagtgacatagttaatttcaagataagagatgctggaagatcaacaacattggaataagaataaaccaaataagttaca 8865123  T
Q  498 ggaacaaaagtacatctacctttttcgcctaattttc 534  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8865122 ggaacaaaattacatctacctttttcgcctaattttc 8865086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 534
Target Start/End: Original strand, 11127135 - 11127648
Alignment:
Q  1 acctacacaacaagaa-gcaagtatgagtccaggaaaaggaaaagtgcagcggcggagcttgaatagtttaatgaggaagcgaaagatatacaaccacat 99  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11127135 acctacacaacaagaaagcaagtatgagtccaggaaaaggaaaagtgcagcggcggagcttgaatagtttaatgatgaagcgaaagatatacaaccacat 11127234  T
Q  100 aataaaattatttatactgaatatgtaataaaatgtatgttacaacacagcaagtactattacgttttataaaatctagaaaagtactattaagttttca 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11127235 aataaaattatttatactgaatatgtaataaaatgaatgttacaacacagcaagtactattacgttttataaaatctagaaaagtaatattaagttttca 11127334  T
Q  200 gtatcacacagcaagtatagaccatcaagatcttaagaagtttatttagaactttgaaaattgaaaaaagcacagtacctctgcctaaatgttgtgttcc 299  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  11127335 gtatcacacagcaagtataaactatcaagctcttaagcagtttatttagaactttgaaaattgaaaaaagcacagtacctctgcataaatattgtgttcc 11127434  T
Q  300 aaacttcctttctcttttataatgtttgcgaaactgacgatatgacgggatcacatgatagcgaaaatagtcacttgagcttttcaatctgtaacatgat 399  Q
     ||||||||||||||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11127435 gaacttcctttctcttttata--------------------atgacgggatcacatgatagcgaaaatagtcacttgagcttttcaatctgtaacatgat 11127514  T
Q  400 ataggcagaaagaccaagttactagtgacatagttaatttcaagataagagatgctggaagatcaacattggaataaaattaaaccagatcagttacagg 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  11127515 ataggcagaaagaccaagttactagtgacatagttaatttcaagataagagatgctggaagatcaacattggaataagaataaaccaaatcagttacagg 11127614  T
Q  500 aacaaaagtacatctacctttttcgcctaattttc 534  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  11127615 aacaaaagtacatcta-cttttttgcctaattttc 11127648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 238 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 10893054 - 10892756
Alignment:
Q  238 agtttatttagaactttgaaaattgaaaaaagcacagtacctctgcctaaatgttgtgttccaaacttcctttctcttttataatgtttgcgaaactgac 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10893054 agtttatttagaactttgaaaattgaaaaaagcacagtacctctgcctaaatgttgtgttgagaacttcctttctcttttataatgtttgcgaaactgaa 10892955  T
Q  338 gatatgacgggatcacatgatagcgaaaatagtcacttgagcttttcaatctgtaacatgatataggcagaaagaccaagttactagtgacatagttaat 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10892954 gatatgacgggatcacatgatagcgaaaatagtcacttgagcatttcaatctgtaacatgatataggcagaaagaccaagttactagtgacatagttaa- 10892856  T
Q  438 ttcaagataagagatgctggaagat---caacattggaataaaattaaaccagatcagttacaggaacaaaagtacatctacctttttcgcctaattttc 534  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10892855 ttcaagataagagatgctggaagatcaacaacattggaataagaataaaccaaatcagttacaggaacaaaagtacatctacctttttcgcctaattttc 10892756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 495
Target Start/End: Original strand, 11156010 - 11156519
Alignment:
Q  1 acctacacaacaagaagcaagtatgagtccaggaaaaggaaaagtgcagcggcggagcttgaatagtttaatgaggaagcgaaagatatacaaccacata 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||| |||| || ||| |||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11156010 acctgcacaacaagaaacaagtatgaggccaggaaaagcgaaagagcagtggtggaacttgaataattttacgaggaagtgaaagatatacaaccgcata 11156109  T
Q  101 ataaaattatttata--ctgaatatgtaataaaatgtatgttacaacacagcaagtactattacgttttat--------aaaatctagaaaagtactatt 190  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||   | | ||| | || |   ||        |||||| |||||||||||| |    
T  11156110 ataaaattatttatataccgaatatgtaataaaatgaatgttacaacacct-atgaactctaacttgagattgtccaacaaaatcaagaaaagtactagt 11156208  T
Q  191 aagttttcagtatcacacagcaagtatagaccatcaagatcttaagaagtttatttagaactttgaaaattgaaaaaagcacagtacctctgcctaaatg 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  11156209 aagttttcagtatcacacagcaagtatagaccatcaagatcttcagcaatttatttagaactttgaaaatcgaaaaaaacacagtacctatgcctcaatg 11156308  T
Q  291 ttgtgttccaaacttcctttctcttttataatgtttgcgaaactgacgatatgacgggatcaca-----tgatagcg-aaaatagtcacttgagcttttc 384  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||     |||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  11156309 ttgtgttccgaagttcctttctcttttataatgcttgcgaaactgaagatatgatgggatcacatgttctgatagcgaaaaatagtcacttgatctcttc 11156408  T
Q  385 aatctgtaacatgatataggcagaaagaccaagttactagtgacatagttaatttcaagataagagatgctggaagatcaacattggaataaaattaaac 484  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  11156409 aatctgtaacatgatataggtagaaagaccaagttactagtgacatatttcatttcaagataagagatgctggaagatcaacattggaataagaataaag 11156508  T
Q  485 cagatcagtta 495  Q
    || ||||||||    
T  11156509 caaatcagtta 11156519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 495
Target Start/End: Original strand, 11144832 - 11145344
Alignment:
Q  1 acctacacaacaagaagcaagtat---gagtccaggaaaaggaaaagtgcagcggcggagcttgaatagtttaatgaggaagcgaaagatatacaaccac 97  Q
    |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||  |||| |||| |||||| |||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||| |    
T  11144832 acctacaccacaagaagcaagtattatgagtccaggaaaagcgaaagagcagtggcggaacttgaataattttacgaggaagtgaaagatatacaaccgc 11144931  T
Q  98 ataataaaattatttata--ctgaatatgtaataaaatgtatgttacaacac--agcaagtacta---ttacgtttt---ataaaatctagaaaagtact 187  Q
    ||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||| ||||||||||||  |  || | |||   | |  || |   | |||||| |||||||||||    
T  11144932 ataataaaattatttatataccaaatatgtaataaaatgaatgttacaacacctatgaaat-ctaacttcagattgtccaacaaaatcaagaaaagtact 11145030  T
Q  188 attaagttttcagtatcacacagcaagtatagaccatcaagatcttaagaagtttatttagaactttgaaaatt-gaaaaaagcacagtacctctgccta 286  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||     
T  11145031 aataagctttcagtatcacacagcaagtgcagaccatcaagatcttaagcaatttatttagaactttgaaaataagaaaaaaacacagtacctctgcctc 11145130  T
Q  287 aatgttgtgttccaaacttcctttctcttttataatgtttgcgaaactgacgatatgacgggatcacatg-----atagcgaaaatagtcacttgagctt 381  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||     ||||| ||||||||||||||||||     
T  11145131 aatgttgtgttccgaacgtcctttctcaattataatgcttgcgaaactgaagatatgatgggatcacatgttcttatagcaaaaatagtcacttgagctc 11145230  T
Q  382 ttcaatctgtaacatgatataggcagaaagaccaagttactagtgacatagttaatttcaagataagagatgctggaagatcaacattggaataaaatta 481  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  11145231 ttcaatctgtaacatgatataggtagaaagaccaagttaatagtgacatatttcatttcaagataagagatgctggaagatcaacattggaataagaata 11145330  T
Q  482 aaccagatcagtta 495  Q
    || || ||||||||    
T  11145331 aagcaaatcagtta 11145344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 10893235 - 10893057
Alignment:
Q  1 acctacacaacaagaagcaagtatgagtccaggaaaaggaaaagtgcagcggcggagcttgaatagtttaatgaggaagcgaaagatatacaaccacata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10893235 acctacacaacaagaagcaagtatgagtccaggaaaaggaaaagtgcagcggcggagcttgaatagtttaatgaggaagcgaaagatatacaaccacata 10893136  T
Q  101 ataaaattatttatactgaatatgtaataaaatgtatgttacaacacagcaagtactattacgttttataaaatctaga 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10893135 ataaaattatttatactgaatatgtaataaaatgaatgttacaacacagcaagtactattacgttttataaaatctaga 10893057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 170 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 11193178 - 11193079
Alignment:
Q  170 aaaatctagaaaagtactattaagttttcagtatcacacagcaagtatagaccatcaagatcttaagaagtttatttagaactttgaaaattgaaaaaag 269  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |          |||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||     
T  11193178 aaaatcaagaaaagtactactaagttttcagtattacacagcaagttt----------gatcttgagaaatttattttgaagtttgaaaattgaaaaaa- 11193090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3082 times since January 2019
Visitors: 4027