View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0673_low_8 (Length: 479)

Name: NF0673_low_8
Description: NF0673
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0673_low_8
NF0673_low_8
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (4-331)||(16406-16733)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (4-331)||(25695731-25696058)
chr8 (4-331)||(24912446-24912773)
chr8 (1-331)||(25715564-25715894)
chr8 (10-331)||(25453353-25453674)
chr8 (4-331)||(25647383-25647710)
chr8 (4-331)||(25800649-25800976)
chr8 (10-331)||(25323027-25323348)
chr8 (4-331)||(25605008-25605335)
chr8 (1-331)||(25341351-25341681)
chr8 (10-331)||(25686018-25686342)
chr8 (10-331)||(24874825-24875146)
chr8 (10-331)||(25570257-25570578)
chr8 (1-256)||(25311445-25311700)
chr8 (4-331)||(25476032-25476359)
chr8 (4-331)||(23258575-23258890)
chr8 (4-331)||(22900172-22900499)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (57-331)||(3945-4219)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-331)||(10324224-10324545)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (144-331)||(5101666-5101853)
chr2 (144-331)||(5119225-5119412)
chr2 (139-331)||(5080121-5080313)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (147-331)||(16885950-16886134)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (144-331)||(14412432-14412619)


Alignment Details
Target: scaffold0070 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Original strand, 16406 - 16733
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16406 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagtgggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 16505  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
16506 cgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatttggtaaagatt 16605  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16606 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 16705  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
16706 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 16733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25696058 - 25695731
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25696058 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 25695959  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
25695958 cgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagatt 25695859  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
25695858 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaa 25695759  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
25695758 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 25695731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Original strand, 24912446 - 24912773
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
24912446 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcatgggaagcttcttgatggtgagatgattgc 24912545  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
24912546 agttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagatt 24912645  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
24912646 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaa 24912745  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
24912746 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 24912773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25715894 - 25715564
Alignment:
1 aaattgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||    
25715894 aaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaaggaaagcttcatgatggtgagatgat 25715795  T
101 tgcagttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaag 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25715794 tgcagtaaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaag 25715695  T
201 attatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtc 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||    
25715694 attatcagaagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagaaaaatggttatattcaaataaatattgtc 25715595  T
301 taagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
25715594 taagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 25715564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 10 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25453674 - 25453353
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25453674 aagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 25453575  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
25453574 agtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgaagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagc 25453475  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
25453474 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtaatggaattcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctcagtttct 25453375  T
310 tgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||||||||||||||||||||||    
25453374 tgcaaaggttaaatataatgat 25453353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25647710 - 25647383
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25647710 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaaggggagcatttggatctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 25647611  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
25647610 agttaaagtaattgatttacaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgtaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagatt 25647511  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
25647510 atcagaagttgatcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaa 25647411  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
     |||||||||||||||||||||||||||    
25647410 atttcttgcaaaggttaaatataatgat 25647383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25800976 - 25800649
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
25800976 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcctgatggtgagatgattgc 25800877  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||    
25800876 agtcaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgtcatcgaaatttggtaaagatt 25800777  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
25800776 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaa 25800677  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||    
25800676 atttcttacaaaggttaaatataatgat 25800649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 10 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25323348 - 25323027
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
25323348 aagcaactaatggattaaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcagggaaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 25323249  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
25323248 agtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagt 25323149  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
25323148 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgttgacaaatggttatattcaaataactattgtctaaatttct 25323049  T
310 tgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    | ||||||||||||||||||||    
25323048 tacaaaggttaaatataatgat 25323027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25605335 - 25605008
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
25605335 ttgtgcaagcaacaaatggattcaatgagagtaatttccttggaaggggagcatttggatctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgaaatgattgc 25605236  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25605235 cgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 25605136  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||    
25605135 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagaaaaatggttatattcaaataactattgtctaa 25605036  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||    
25605035 atttcttacaaaggttaaatataatgat 25605008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25341681 - 25341351
Alignment:
1 aaattgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
25341681 aaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgagatgat 25341582  T
101 tgcagttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaag 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
25341581 tgccgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatatggttaag 25341482  T
201 attatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtc 300  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||      
25341481 attatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaattggttatattcaaataacaattgaa 25341382  T
301 taagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
25341381 taaatttcttgcaaaggttaaatataatgat 25341351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25686342 - 25686018
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25686342 aagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcatgggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 25686243  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||    
25686242 agtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaatgagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctagtaaagattatcggt 25686143  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaa---ataactattgtctaagtt 306  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||   ||||||||||||||| ||    
25686142 agttgctcaaatcttgattttaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataataactattgtctaaatt 25686043  T
307 tcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
25686042 tcttacaaaggttaaatataatgat 25686018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 10 - 331
Target Start/End: Original strand, 24874825 - 24875146
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | || || |||||||        ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||    
24874825 aagcaacaaatggattcaatgagagaaaattacttggaagggggagctttggctctgtgtatcaaggggagcttcctgatggtgagattattgcagtcaa 24874924  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
24874925 agtatttgatttacaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgtcatcgaaatctggtaaagattatcagt 24875024  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24875025 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 24875124  T
310 tgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||||||||||||||||||||||    
24875125 tgcaaaggttaaatataatgat 24875146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 10 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25570578 - 25570257
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | || || |||||||        ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||    
25570578 aagcaacaaatggattcaatgagagaaaattacttggaagggggagctttggctctgtgtatcaaggggagcttcctgatggtgagattattgcagtcaa 25570479  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
25570478 agtatttgatttacaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagt 25570379  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25570378 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaagtttct 25570279  T
310 tgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||||||||||||||||||||||    
25570278 tgcaaaggttaaatataatgat 25570257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 25311700 - 25311445
Alignment:
1 aaattgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
25311700 aaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgagatgat 25311601  T
101 tgcagttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaag 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||    
25311600 tgccgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaag 25311501  T
201 attatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtc 256  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25311500 attatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtc 25311445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25476359 - 25476032
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||         ||||||||||| |||| |||||| || |   ||| ||||||||||||    
25476359 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagtgtaatttacttggacgggggggctttggctctgtatatcgggggaatctccgcaatgatgagatgattgc 25476260  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| || ||||||    
25476259 ggttaaagtaattgatttgcagtcagaggcaaaagcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcaacgagaaatctacgacatcgaaatcttgttaagatt 25476160  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||| | |||| | |    
25476159 atttgtagttgttcaaatctcgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtggacaaatggttatatttaaataattgttgtttga 25476060  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
25476059 gtttcttgcaaaggttgaatataatgat 25476032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 23258890 - 23258575
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||        ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
23258890 ttgtgcaagcaacaaatggattcaatgagagcaatttacttggaacggggggctttggctctgtgtatcaagggaagcttcctgatggtgagatgattgc 23258791  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||            |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
23258790 agttaaagtatttgatttgcaaaca------------aagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacggcatcgaaatctggttaagatt 23258703  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||| ||||  |||    
23258702 atcagcagttgttccaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtggacaaatggttatattcagataaccattgcttaa 23258603  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
     |||||||||||||||||||||||||||    
23258602 atttcttgcaaaggttaaatataatgat 23258575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Original strand, 22900172 - 22900499
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||       |||||| ||||| ||| |||||||||||    ||||||||||  ||||    
22900172 ttgtgcaagcaacaaatggatttaatgagagtaatttgcttggaaggggaggatttgggtctgtgtatgaggggaagctttcaaatggtgagatatttgc 22900271  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     |||||||| ||||||||| | || |||  ||||| |  ||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
22900272 ggttaaagtgattgatttgaactcggaggaaaaattacggagctttgatcgagaatgcaatgcattgagaaatctacggcatcgaaatctggttaagatt 22900371  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| | |||| |||    
22900372 atcagcagttgttcaaatattgatttcaaagcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtggacaaatggttatattcaaataattgttgtttaa 22900471  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
     |||||||||||||||||||||||||||    
22900472 atttcttgcaaaggttaaatataatgat 22900499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 57 - 331
Target Start/End: Original strand, 3945 - 4219
Alignment:
57 tttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcag 156  Q
    ||||| ||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||    
3945 tttggttctgtgtatgaggggaagcttcctaatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttgcaatctgaggcaaaatcaaagagttttgatgtag 4044  T
157 aatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtc 256  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4045 aatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtc 4144  T
257 aaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
4145 aaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataaataatgtataaatttcttgcaaaggttaaatataatgat 4219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 10324545 - 10324224
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| || |||||||        ||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||    
10324545 ttgtggaagcaacaaatggtttcaatgagagtaaattacttggaagggggagctttggctctgtgtatcaggggatgcttcctgacggtgagatgattgc 10324446  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    ||| |||||||||||||      ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
10324445 agtcaaagtaattgatt------cagaggcaaaatcaacaagctttgatgcagaatgcaatgtaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagatt 10324352  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||  |||    
10324351 atcagtagttgttcaaatcatgatttcaaagcattggtgctggagttcatgtcaaatggaagtgtggacgattggttatattcagataactattgcttaa 10324252  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||    
10324251 atttcttgcataggttaaatataatgat 10324224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 64; Significance: 9e-28; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 144 - 331
Target Start/End: Original strand, 5101666 - 5101853
Alignment:
144 agctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtga 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | || || |||||| | ||||| ||  | ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||    
5101666 agctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaaccttcgacatagaaatctagttcaaattatgagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtga 5101765  T
244 tggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||  ||||||||| | |   ||||||||||||||| || ||||||||    
5101766 tggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaagatggttatactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 5101853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 144 - 331
Target Start/End: Original strand, 5119225 - 5119412
Alignment:
144 agctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtga 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | || || |||||| | ||||| ||  | ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||    
5119225 agctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaaccttcgacatagaaatctagttcaaattatgagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtga 5119324  T
244 tggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||  ||||||||| | |   ||||||||||||||| || ||||||||    
5119325 tggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaagatggttatactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 5119412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 5080313 - 5080121
Alignment:
139 caaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcatt 238  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||| ||  |||| ||||  ||||| |||||| || ||||||  || ||    
5080313 caaaaagctttaatgcagaatgcaatgctatgcgcaatcttcggcatcgaaatcttgttgagatcatcaccagttgttcaaatgttaatttcaggtcttt 5080214  T
239 ggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||  | || |  ||||||||  |  ||||||||| | || ||||||||||||| || | |||||||||    
5080213 ggtaatggagttaatgtcaaatggaagcttggaaaaatggttatacactgataactattttttaggtttcttgcaaagattgactataatgat 5080121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 147 - 331
Target Start/End: Original strand, 16885950 - 16886134
Alignment:
147 tttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgg 246  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| | | ||| |||||||| ||||| ||  || |||| |  ||||| ||||||   |||||||| |||||||||||||    
16885950 tttgacgcagaatgcaatgcaatgcgcattcttcgacatcgaaatcttgttgaggttattacaagttgttcaaataaagatttcaagtcattggtgatgg 16886049  T
247 agttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |  |||||||| ||  ||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||    
16886050 agtttatgtcaaatggaagtgttgaaaaatggttatactcggataactattgtttagatttcttgcaaaggttgaatataatgat 16886134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 144 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 14412619 - 14412432
Alignment:
144 agctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtga 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | || || || ||| | ||||| ||  | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||    
14412619 agctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaacctccggcatagaaatctcgtccaaattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtga 14412520  T
244 tggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 331  Q
    ||||||| |||||||| |||||| | || |  |||||||| || |||||| ||| | |   ||||||||||||||| || ||||||||    
14412519 tggagtttatgtcaaacggaagtttggaaaaatggttatactctaataacaattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 14412432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 864 times since January 2019
Visitors: 4356