View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0678_low_12 (Length: 423)

Name: NF0678_low_12
Description: NF0678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0678_low_12
NF0678_low_12
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (30-413)||(3300474-3300857)
chr1 (30-409)||(43044744-43045123)
chr1 (30-409)||(43066868-43067247)
chr1 (30-413)||(43083584-43083967)
chr1 (81-413)||(43076774-43077098)
chr1 (32-398)||(38138019-38138385)
chr1 (32-413)||(45983861-45984236)
chr1 (32-382)||(50912150-50912503)
chr1 (34-413)||(7891113-7891492)
chr1 (32-413)||(40034852-40035233)
chr1 (34-124)||(7888848-7888938)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (30-413)||(4231205-4231588)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (34-414)||(4619428-4619808)
chr8 (34-413)||(1846229-1846608)
chr8 (111-347)||(4787648-4787884)
chr8 (32-347)||(4297288-4297603)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (33-414)||(34690585-34690966)
chr2 (33-414)||(34712997-34713378)
chr2 (32-386)||(16231954-16232308)
chr2 (115-237)||(33860757-33860879)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (33-412)||(7519882-7520261)
chr6 (33-412)||(7529419-7529798)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (67-382)||(16348918-16349233)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (104-252)||(39242500-39242650)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 3300857 - 3300474
Alignment:
30 gaacagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccag 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3300857 gaacagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccag 3300758  T
130 acaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3300757 acaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggc 3300658  T
230 tcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtg 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3300657 tcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtg 3300558  T
330 gggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3300557 gggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 3300474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 43045123 - 43044744
Alignment:
30 gaacagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccag 129  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43045123 gaacagatggatgctactacacccaagtactccaagggtagatatgatgaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccag 43045024  T
130 acaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
43045023 acaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggc 43044924  T
230 tcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtg 329  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
43044923 ccttgaccaaatcaatgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtg 43044824  T
330 gggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtc 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
43044823 gggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtcaagtc 43044744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 409
Target Start/End: Original strand, 43066868 - 43067247
Alignment:
30 gaacagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccag 129  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43066868 gaacagatggatgctactacacccaagtactccaagggtagatatgatgaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccag 43066967  T
130 acaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
43066968 acaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggc 43067067  T
230 tcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtg 329  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
43067068 ccttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtg 43067167  T
330 gggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtc 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
43067168 gggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtcaagtc 43067247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 43083967 - 43083584
Alignment:
30 gaacagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccag 129  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43083967 gaacagatggatgctactacacccaagtactccaagggtagatatgatgaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccag 43083868  T
130 acaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
43083867 acaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggc 43083768  T
230 tcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtg 329  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
43083767 acttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtg 43083668  T
330 gggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
43083667 gggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttatcacttttgcccctactggactgacaactgaagtcaagtctgtg 43083584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 81 - 413
Target Start/End: Original strand, 43076774 - 43077098
Alignment:
81 attgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagacaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcg 180  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43076774 attgtggaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagaaaacattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcg 43076873  T
181 agcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtct 280  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||    
43076874 agcgctctacaaaccttaactggtacaagggtccaacccttcttggggcccttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcacctccgact 43076973  T
281 accgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcc 380  Q
    ||         ||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||  ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||    
43076974 ac--------aatgtctacaagtttagaggaattggaactgtacctgtggcacgtgttgagactggtgtcttgaaacctggaatggtggtgacttttgcc 43077065  T
381 cctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 413  Q
    ||||||||||||||| || |||| | |||||||    
43077066 cctactggactgacagctaaagtcacgtctgtg 43077098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 32 - 398
Target Start/End: Original strand, 38138019 - 38138385
Alignment:
32 acagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagac 131  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||   | ||||||||||||| |||     
38138019 acagatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagat 38138118  T
132 aaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctc 231  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
38138119 gaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatcattgaacgctctactaaccttgactggtataagggtcccacccttcttgaagctc 38138218  T
232 ttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggg 331  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
38138219 ttgaccaaatcaaggagcctaagaggctattagacaagcctctccgattaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggg 38138318  T
332 gcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaact 398  Q
     || || ||||  |||||| | ||||| |||||||  || ||||||||||| ||||| |||| ||||    
38138319 acgggttgagagcggtgtcttgaaaccaggaatggcggtgacttttgccccaactgggctgaaaact 38138385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 32 - 413
Target Start/End: Original strand, 45983861 - 45984236
Alignment:
32 acagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagac 131  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||| ||||||||||| | |||||| | ||| |||||| |||||||||||||| |         
45983861 acagatggatgccactacacctaaatactctagggataggtatgtagaaattgtgaggcaagttttaccctgtttgaataaggttggctataaactt--- 45983957  T
132 aaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctc 231  Q
       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||     
45983958 ---attccaattgttcccatctctggttttgagggagataacttgattgagcgctctactaatcttgattggtacaagggtccaacccttcttgaagcta 45984054  T
232 ttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggg 331  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
45984055 ttgaccaaatcaacgagcctatgaggccatcagacaagcctctcagaataccacttcaggatgtctacaagattggaggaatcggaactgtgcctgtggg 45984154  T
332 gcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 413  Q
     ||||| |||||||||  | | || |||||||||||  | ||||||||| | ||||| |||  | |||||||||||||||||    
45984155 acgtgttgagactggttccttgaaccctggaatggtgctgacttttgccgcaactgggctgcaagctgaagtgaagtctgtg 45984236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 32 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 50912503 - 50912150
Alignment:
32 acagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctat---aaccca 128  Q
    |||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||    ||||| ||| | | |||| ||||||||||   || | |    
50912503 acagatggatgctactactcccaaatactccaagggtaggtatgaagaaattgttaagatcctttcaccctttctaaagagggttggctatgataatcta 50912404  T
129 gacaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgagg 228  Q
    ||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||| |||| |    
50912403 gatgaaattccgtttattcccatctctggttttgagggagataacatcattgagcgctctactaaccttgactggtacaaaggtcccacccttattgaag 50912304  T
229 ctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgt 328  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| || |||||| ||| ||| |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||    
50912303 ctcttgatcaaatcaaggagcctaatagaccatcacacatgcctctccgattaccacttcaggttgtctacaagattggagaaattggaattgtacctgt 50912204  T
329 ggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccc 382  Q
    ||| ||| | ||||| |||||| | |||| ||||||||| || |||||||||||    
50912203 gggacgtattgagaccggtgtcttgaaacgtggaatggtggtgacttttgcccc 50912150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 34 - 413
Target Start/End: Original strand, 7891113 - 7891492
Alignment:
34 agatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagacaa 133  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||| |||||||||   || ||||| ||| |||||   ||||||||||||||| ||  ||    
7891113 agatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaacaaattgtgagtcaaatttcaccctttttgagtgaggttggctataacctaggtaa 7891212  T
134 aattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctctt 233  Q
    |||||| ||| | || ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||| | || ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    
7891213 aattccttttatccctatctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgattggtacacgggtcccacccttcttgaagctctt 7891312  T
234 gaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggc 333  Q
    |||||| |||    ||||||||||  |  |  || ||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |    
7891313 gaccaattcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggac 7891412  T
334 gtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 413  Q
    | || ||| ||||| || | ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||    
7891413 gcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 7891492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 413
Target Start/End: Original strand, 40034852 - 40035233
Alignment:
32 acagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagac 131  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||| ||||||| |||||| | |  | ||  ||  |||||  |||||||||||||||| |       
40034852 acagatggatgcaactacacccaaatactctaagggtaggtttgaagaacttgtgacgaatttctccccccttttgatcaaggttggctataacctatct 40034951  T
132 aaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctc 231  Q
     | ||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| |||     
40034952 gacattccatttattcccatatctggttttgttggagaaaacatcattgagcgctctactaaccttgattggtacaaaggtcccaccctttttgaagcta 40035051  T
232 ttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggg 331  Q
    | ||||||||||| |  || |||||||||||||| ||||| |||||  ||||  | |||  ||| |||| |||||||||||||||    |||||||| ||    
40035052 tcgaccaaatcaaagtaccgaagaggccatcagataagcctctccgattaccaatccagtctgtttacatgattggaggaattggagtcgtgcctgttgg 40035151  T
332 gcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 413  Q
     |||||   |||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||  ||  ||||||||||| |||||||    
40035152 tcgtgttatgactggtgtcttgaaaccaggaatggctgtgacttttgccccaactggggtgcaaactgaagtgaggtctgtg 40035233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 124
Target Start/End: Original strand, 7888848 - 7888938
Alignment:
34 agatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataa 124  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||  |||  ||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||   |||||||||||||    
7888848 agatggatgccactacacccatatactcctaggacaggtatgaagaaattgtgaatcaagtttcaccctttttgagagaggttggctataa 7888938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 30 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 4231588 - 4231205
Alignment:
30 gaacagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccag 129  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
4231588 gaacagatggacgccactactcccaagtactccaagagcaggtatgatgaaattgtgaaggaagtatcatcctacatgaagaaggttggctataacccag 4231489  T
130 acaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggc 229  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
4231488 ataaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgattgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtccaacacttcttgaggc 4231389  T
230 tcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtg 329  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
4231388 tcttgatcaaatcaatgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactacctcttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgttcctgtg 4231289  T
330 gggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 413  Q
    || ||||| |||||||||  ||| |||||||||||||| || |||||||| || |||||||||  ||||||||| |||||||||    
4231288 ggacgtgttgagactggtaccatgaaacctggaatggtggtgacttttgctccaactggactgcaaactgaagtcaagtctgtg 4231205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 34 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 4619808 - 4619428
Alignment:
34 agatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagacaa 133  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||| |||  ||||||||||||| ||||||| |   |||||  || |||| ||| | |||||||||||||  | ||    
4619808 agatggatgccactgcacccaaatactccaagtataggtatgaagaatttgtgaaaggtttttcacactttttggagaggattggctataaccctaaaaa 4619709  T
134 aattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctctt 233  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||    
4619708 aattacatttgttcccatctctggttttgagggagataacttgattgagcgttcttctaatcttgactggtacgagggtcccacccttcttgaagctctt 4619609  T
234 gaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggc 333  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      
4619608 gaccaaatcaacgagcctaataggccatcaaacaagcctctccgattaccacttcgggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggat 4619509  T
334 gtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtgc 414  Q
    |||| ||||| |||||| | |||||||||||| | || ||||||||||| | ||| |||  | ||||||| ||||||||||    
4619508 gtgttgagaccggtgtcttgaaacctggaatgatggtgacttttgccccgattgggctgcaagctgaagtaaagtctgtgc 4619428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 34 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 1846608 - 1846229
Alignment:
34 agatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagacaa 133  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||| |||||||||   || ||||| ||| |||||   ||||||||||||||||||  ||    
1846608 agatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaacaaattgtgagtcaaatttcaccctttttgagcgaggttggctataacccaggtaa 1846509  T
134 aattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctctt 233  Q
    |||||| ||| | || ||||||||||  |||||||||||||| || |||| |||| | || ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    
1846508 aattccttttatccctatctctggttacgagggagataacatcattgagcactcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctctt 1846409  T
234 gaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggc 333  Q
    ||||||||||    ||||||||||  |  |  || ||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |    
1846408 gaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggac 1846309  T
334 gtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 413  Q
    | || ||| ||||| || | ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||    
1846308 gcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 1846229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 111 - 347
Target Start/End: Original strand, 4787648 - 4787884
Alignment:
111 aaggttggctataacccagacaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagg 210  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || ||||| || ||| |||||||||| | ||    
4787648 aaggttggctataacccaaatgaaattccatttgttcccatctctagttttgatggagataacttgattgaccgctccactaattttgactggtaaatgg 4787747  T
211 gtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggagg 310  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||  ||| || |||||||||||||||||| |   ||| ||||| |||||  ||  |||| ||||||||||||||||    
4787748 gtccgacccttcttgaagctattgacagaatgaaagagcctaagaggccatcaaatttgcctctccgactaccaattatggatttctacaagattggagg 4787847  T
311 aattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggt 347  Q
    ||| ||   |||| ||||||| |||||||||||||||    
4787848 aatcggagttgtgtctgtgggacgtgtcgagactggt 4787884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 4297603 - 4297288
Alignment:
32 acagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagac 131  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| | || |||||||| | ||||     || |||||| | |||||||||  |||||||||||||| ||| |     
4297603 acagatggatgccactacacccaaatactccatggataggtatgtaaaaatatcagagcaagttttaacctatttgatcaaggttggctataagccatat 4297504  T
132 aaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctc 231  Q
     ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || ||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||     
4297503 gaaattccatttattcccatctctagttttgacggagataacttgattgaccgctccactaattttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagcta 4297404  T
232 ttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggg 331  Q
    |||||  ||| || | ||||  |||||||||| |    || ||||| ||| |  |||||||| |||| || |||||||||||  |   ||||||||||||    
4297403 ttgacataatgaaagggcctgcgaggccatcaaattttcctctccgactatcaattcaggatttctagaatattggaggaatcagagatgtgcctgtggg 4297304  T
332 gcgtgtcgagactggt 347  Q
     |||||||||||||||    
4297303 ccgtgtcgagactggt 4297288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 33 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 34690966 - 34690585
Alignment:
33 cagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagaca 132  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||| |||| ||||||||||  ||||||||||| | ||||| ||  ||||| || | |||| |||||| |||| |    
34690966 cagatggatgccattacacccaaatactccaaggataggtatgaactaattgtgaagggaatttcacccgctttgatgaggattggttataacacagata 34690867  T
133 aaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctct 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
34690866 aaattccatttgttcccatctctggttataagggagataacatcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctct 34690767  T
233 tgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtgggg 332  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||  |  | ||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| ||     
34690766 tgaccaaatcgacgagcctaagaggccttcaggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcgga 34690667  T
333 cgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtgc 414  Q
    ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| |||  | ||| ||| ||||||||||    
34690666 cgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgc 34690585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 33 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 34713378 - 34712997
Alignment:
33 cagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagaca 132  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||| |||| ||||||||||  ||||||||||| | ||||| ||  ||||| || | |||| |||||| |||| |    
34713378 cagatggatgccattacacccaaatactccaaggataggtatgaactaattgtgaagggaatttcacccgctttgatgaggattggttataacacagata 34713279  T
133 aaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctct 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
34713278 aaattccatttgttcccatctctggttataagggagataacatcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctct 34713179  T
233 tgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtgggg 332  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||  |  | ||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| ||     
34713178 tgaccaaatcgacgagcctaagaggccttcaggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcgga 34713079  T
333 cgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtgc 414  Q
    ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| |||  | ||| ||| ||||||||||    
34713078 cgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgc 34712997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 32 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 16232308 - 16231954
Alignment:
32 acagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagac 131  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||  || ||||||| ||||||||||| ||||||| ||  ||||| || | |||| |||||| | ||     
16232308 acagatgaatgccactacaccgaaatactccaaggacagatatgaagtaattgtgaagggagtttcacccgctttgacgaggattggttataacgctgat 16232209  T
132 aaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctc 231  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||  | || ||||||||| |||| |||     
16232208 gatattccatttgttcccatctctggttttaagtgagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttgttgaagcta 16232109  T
232 ttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggg 331  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||   || |||||| || || || || |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
16232108 ttgaccaaatcagcgagcctaagaggcccgaaggcaagcctctgcgacttccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtggg 16232009  T
332 gcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctact 386  Q
     ||||| |||||||| ||  |||| || ||||||||  | |||||||||||||||    
16232008 acgtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactgacttttgcccctact 16231954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 115 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 33860879 - 33860757
Alignment:
115 ttggctataacccagacaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcc 214  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
33860879 ttggctataacctagacaaagttccatttgttcccatctctggttttgagggagataacttgattgagcgctctactaatcttgactggtacaagggtcc 33860780  T
215 tacccttcttgaggctcttgacc 237  Q
     ||||||||||| ||||||||||    
33860779 cacccttcttgaagctcttgacc 33860757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 136; Significance: 8e-71; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 33 - 412
Target Start/End: Original strand, 7519882 - 7520261
Alignment:
33 cagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagaca 132  Q
    ||||||||||| || || || |||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
7519882 cagatggatgctaccacccccaagtactcaaaggctaggtacgatgaaatcgtgaaggaagtttcatcctacttgaagaaggttggttacaacccagaca 7519981  T
133 aaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctct 232  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||| | ||||| || ||||||||||||||||| || || || |||||||||||    
7519982 aaatcccatttgttccaatctctggttttgaaggtgacaacatgattgagaggtctaccaaccttgactggtacaagggaccaactctccttgaggctct 7520081  T
233 tgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtgggg 332  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||| | || ||  | || ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||     
7520082 tgaccagatcaacgagcccaagagacccacagacaagcccctcaggcttccattgcaagatgtttacaagattggtggtattggaactgtgccagttgga 7520181  T
333 cgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgt 412  Q
    ||||| ||||| ||| |  | || || || |||||||| |||||||  || |||||  ||||||||||||| ||||||||    
7520182 cgtgttgagaccggtattgtgaagcccggtatggttgtgacttttggacccactggtttgacaactgaagttaagtctgt 7520261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 33 - 412
Target Start/End: Original strand, 7529419 - 7529798
Alignment:
33 cagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagaca 132  Q
    ||||||||||| || || || |||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||    
7529419 cagatggatgctaccacccccaagtactcaaaggctaggtacgatgaaatcgtgaaggaagtttcatcctacttgaagaaggttggttacaaccctgaca 7529518  T
133 aaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctct 232  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| ||| | || || || ||||||||||||||||| || || || |||||||||||    
7529519 aaatcccatttgttcccatctccggatttgaaggtgacaacatgattgagaggtccaccaaccttgactggtacaagggaccaactctccttgaggctct 7529618  T
233 tgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtgggg 332  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||| | || ||  | || ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||     
7529619 tgaccagatcaacgagcccaagagacccacagacaagcccctcaggcttccattgcaagatgtttacaagattggtggtattggaactgtgccagtcgga 7529718  T
333 cgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgt 412  Q
    ||||| ||||| ||| |  | || || || |||||||| |||||||  || ||||| || ||||||||||| ||||||||    
7529719 cgtgttgagaccggtattgtgaagcccggtatggttgtgacttttggacccactggtctaacaactgaagttaagtctgt 7529798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 67 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 16349233 - 16348918
Alignment:
67 gtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagacaaaattccatttgttcccatctctggttttgaggg 166  Q
    |||||| ||||||||||||||   || |||||||   ||||| ||| ||||||||||| | |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||    
16349233 gtaggtttgaagaaattgtgagtcaactttcatcaattttgatgaacgttggctataaacaagacgaagttacatttgttcccatctctggttttgaggg 16349134  T
167 agataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagac 266  Q
    ||||||| || | |||| ||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
16349133 agataacttggttgagccctctacaaaacttgatgggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgaccgaatcaacgagcctaagaggctatcagac 16349034  T
267 aagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatgg 366  Q
    ||||| |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  || || |||  ||  |||||  |||||||||| | |||||||||||||    
16349033 aagcctctccgattaccacttcagggtgtctacaagattggaggaattggagctttggctgcaggatgtgtcaggactggtgtcttgaaacctggaatgg 16348934  T
367 ttgtcacttttgcccc 382  Q
    | || |||||| ||||    
16348933 tggtgactttttcccc 16348918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 9e-40; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 104 - 252
Target Start/End: Original strand, 39242500 - 39242650
Alignment:
104 tttgaagaaggttggctataacccagacaaaattccatttgttcccatctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactgg 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||    
39242500 tttgaagaaggttggctataacccagacaaaactcgatttgttcccatctctggttttaacggagataacttgattgagcgctctactaatattgactgg 39242599  T
204 tacaagggtcctacccttcttga--ggctcttgaccaaatcaacgagccta 252  Q
    |||||  |||| |||||||||||   |||||||||| | ||||||||||||    
39242600 tacaacagtcccacccttcttgaagcgctcttgaccgattcaacgagccta 39242650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 694 times since January 2019
Visitors: 4390