View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0683_low_44 (Length: 258)

Name: NF0683_low_44
Description: NF0683
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0683_low_44
NF0683_low_44
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-245)||(39030105-39030349)
chr3 (1-239)||(37863234-37863472)
chr3 (6-242)||(37859213-37859449)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-245)||(35250845-35251080)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (6-233)||(5310443-5310670)
chr7 (6-233)||(5289546-5289773)
chr7 (10-233)||(46706841-46707064)
chr7 (6-233)||(5315157-5315384)
chr7 (6-233)||(5284354-5284581)
chr7 (6-233)||(5302542-5302769)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (7-233)||(1492214-1492440)
chr5 (6-235)||(1505021-1505250)
chr5 (6-230)||(1478048-1478272)
chr5 (6-233)||(1482239-1482466)
chr5 (6-233)||(1499286-1499513)
chr5 (65-233)||(1509170-1509338)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (6-221)||(44128632-44128847)
chr1 (6-221)||(44132837-44133052)
chr1 (6-221)||(44141259-44141474)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-233)||(24163639-24163866)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 39030349 - 39030105
Alignment:
Q  1 accatcaacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39030349 accatcaacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataac 39030250  T
Q  101 gctttacatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  39030249 gctttacatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaaccat 39030150  T
Q  201 tgacttaggttgaccccattcattgatagcctttattgctgcttc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39030149 tgacttaggttgaccccattcattgatagcctttattgctgcttc 39030105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 37863234 - 37863472
Alignment:
Q  1 accatcaacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataac 100  Q
    |||| ||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  || || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37863234 accaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataac 37863333  T
Q  101 gctttacatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctt 200  Q
    |||| ||||| || | ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||    
T  37863334 gcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctt 37863433  T
Q  201 tgacttaggttgaccccattcattgatagcctttattgc 239  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  37863434 tgacttaggttgaccccattccttgatagcctttgttgc 37863472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 242
Target Start/End: Original strand, 37859213 - 37859449
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||  || |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  37859213 caacacacgagcacctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagcaccgtgccaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatgtaacgcttc 37859312  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||| || || ||||| |  |||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  37859313 acatatggacgaaggcccaagagctttgtcagctgatagtcggcaccgggcatgtccacgccactggtggtgcaaaagatgaggtgggtaatcttggact 37859412  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagcctttattgctgc 242  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  37859413 taggttgaccccattccttgatggcctttgttgctgc 37859449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 35251080 - 35250845
Alignment:
Q  10 acacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacat 109  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||      
T  35251080 acacgagcacctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaaccataccaccagcgaaacacccttgttggtacatcatataacgtttcaccg 35250981  T
Q  110 atggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttagg 209  Q
    | |||| ||| ||||  |  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  35250980 acggacgaagtcctagcaattttgtgagctgataatcagcaccaggcatatccacaccactagtaatgcaaaatatgaggtgagtgatcttggactttgg 35250881  T
Q  210 ttgaccccattcattgatagcctttattgctgcttc 245  Q
    |||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||    
T  35250880 ttgaccccattccttgatcgcttttgttgctgcttc 35250845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5310670 - 5310443
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||     
T  5310670 caacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttc 5310571  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  5310570 acatatggacgaaggcccaagagttttgtgagttgataatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgact 5310471  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    | |||||||||||||| || ||||||||    
T  5310470 ttggttgaccccattcttttatagcctt 5310443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Original strand, 5289546 - 5289773
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||     
T  5289546 caacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttc 5289645  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||||| ||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  5289646 acatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgact 5289745  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    | |||||||||||||| || ||||||||    
T  5289746 ttggttgaccccattcttttatagcctt 5289773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 10 - 233
Target Start/End: Original strand, 46706841 - 46707064
Alignment:
Q  10 acacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || |  | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  || ||||    
T  46706841 acacgggcacctttgttgttctcagccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacat 46706940  T
Q  110 atggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttagg 209  Q
    |||| | ||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| || |||||||| | ||||||||  || |  || |||||||||||||| ||    
T  46706941 atgggcgaagaccgaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactagtagtgcaaacgattaagtgggtaatctttgactttgg 46707040  T
Q  210 ttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    |||||||||||| || ||||||||    
T  46707041 ttgaccccattcttttatagcctt 46707064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5315384 - 5315157
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  || |  |||| ||||| || ||||||||||||||||| || |  ||     
T  5315384 caacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttc 5315285  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||| | ||| ||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  5315284 acatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgact 5315185  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    | |||||||||||||| || ||||||||    
T  5315184 ttggttgaccccattcttttatagcctt 5315157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5284581 - 5284354
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| ||||||||||||||||| || |  ||     
T  5284581 caacacacgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttc 5284482  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||| | ||| || ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  5284481 acatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgact 5284382  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    | ||||| |||||||| || ||||||||    
T  5284381 ttggttggccccattcttttatagcctt 5284354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5302769 - 5302542
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| ||||||||||||||||| || |  ||     
T  5302769 caacacacgagcacctttgttgttctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttc 5302670  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||| | ||| || ||||| || ||||| ||||| |||||| | ||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  5302669 acatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcagcttcgggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgact 5302570  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    | |||||||||||||| || ||||||||    
T  5302569 ttggttgaccccattcttttatagcctt 5302542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1492440 - 1492214
Alignment:
Q  7 aacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttta 106  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || |  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |  ||||    
T  1492440 aacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatcttttta 1492341  T
Q  107 catatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgactt 206  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || ||||| ||||  |||||||  || |  |||||||||||||||||    
T  1492340 catatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactt 1492241  T
Q  207 aggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
     |||||||||||||| || ||||||||    
T  1492240 tggttgaccccattcttttatagcctt 1492214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 6 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 1505250 - 1505021
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||  || || |||| |||||||| ||||| ||||||||||| || | |||     
T  1505250 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttc 1505151  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||| | ||| |||||||| || ||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  1505150 acatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacaattaagtgagtaatctttgact 1505051  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagccttta 235  Q
    | || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  1505050 ttggctgaccccattcttttatagctttta 1505021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 6 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1478272 - 1478048
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||  || || |||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |||     
T  1478272 caacacacgagcacctttattgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgttggtacatcatatacctcttc 1478173  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||||| ||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||  |||||||| || |  || ||||||||||| |    
T  1478172 acatatggacgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagcgccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaaagatcaagtgtgtaatctttgatt 1478073  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagc 230  Q
    | ||||| |||||||| || |||||    
T  1478072 ttggttggccccattcttttatagc 1478048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1482466 - 1482239
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||| || || ||||| |||||  || || |||| ||||| || ||||||||||||||||| || | |||     
T  1482466 caacacacgagcacctttattattctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaagcatccttgttggtacatcatgtatctcttc 1482367  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||||| ||| |||||||| |||||||| || || || || |||||||| || ||||||||||  || |||||||| |  || ||||||||||| |    
T  1482366 acatatggacgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgtctacaccacttgtggtacaaaatattaagtgtgtaatctttgatt 1482267  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    | ||||| |||||||| || ||||||||    
T  1482266 ttggttggccccattcttttatagcctt 1482239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1499513 - 1499286
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||| |||||  |  |  |||| ||| |||| ||| ||||||||||||| || |  ||     
T  1499513 caacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctgcataacaccctagttggtacatcatgtaccttttc 1499414  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    ||||||||   ||| |||||||| ||||| || || || || || |||||||| || ||||||||  | |||||||| || | ||| ||||| |||||||    
T  1499413 acatatgggttaagacctaagagttttgttagttggtaatccgcaccaggcatgtctacaccactataggtgcaaaaaattaaatgtgtaatatttgact 1499314  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    | |||||||||||||| | |||||||||    
T  1499313 tcggttgaccccattcttcgatagcctt 1499286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1509338 - 1509170
Alignment:
Q  65 caccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgac 164  Q
    |||| |||||||| | ||||||||||||||| || |  |||||||||||   ||| ||||| || || || || ||||| | |||||||| |||||| ||    
T  1509338 cacctgcaaaacacctttgttggtacatcatgtacctttttacatatgggtgaagacctaaaagtttggtaagttgataatgagctccagacatatcaac 1509239  T
Q  165 accacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    ||||||||  |||||||| || | ||| ||||||||||| || || || |||||||| || ||||||||    
T  1509238 accacttgtggtgcaaaagattaaatgtgtaatctttgattttggctggccccattcttttatagcctt 1509170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 44128847 - 44128632
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  || |  | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||     
T  44128847 caacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttc 44128748  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||| | ||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  44128747 acatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgact 44128648  T
Q  206 taggttgaccccattc 221  Q
    | ||||||||||||||    
T  44128647 ttggttgaccccattc 44128632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 44133052 - 44132837
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  || |  | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||     
T  44133052 caacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttc 44132953  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||| | ||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  44132952 acatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgact 44132853  T
Q  206 taggttgaccccattc 221  Q
    | ||||||||||||||    
T  44132852 ttggttgaccccattc 44132837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 44141474 - 44141259
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  || |  | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||     
T  44141474 caacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttc 44141375  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    |||||||| | ||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  44141374 acatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgact 44141275  T
Q  206 taggttgaccccattc 221  Q
    | ||||||||||||||    
T  44141274 ttggttgaccccattc 44141259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Original strand, 24163639 - 24163866
Alignment:
Q  6 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 105  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||  || |  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  |||    
T  24163639 caacacacgagaacctttgttgttctcagccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttt 24163738  T
Q  106 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaatctttgact 205  Q
    ||| |||| | ||| |||||||| |||||||| || || || || ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |  || || ||||||||||    
T  24163739 acacatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatatctacaccacttatagtgcaaaatattaagtgtgtgatctttgact 24163838  T
Q  206 taggttgaccccattcattgatagcctt 233  Q
    | ||||| |||||||| || ||||||||    
T  24163839 ttggttggccccattcttttatagcctt 24163866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 705 times since January 2019
Visitors: 4390