View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0684_low_107 (Length: 250)

Name: NF0684_low_107
Description: NF0684
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0684_low_107
NF0684_low_107
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (6-240)||(30598625-30598859)
chr6 (6-240)||(34783155-34783389)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (6-240)||(10646248-10646482)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (6-240)||(49316662-49316896)
chr4 (6-240)||(36666308-36666542)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (6-240)||(33049507-33049741)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (6-240)||(12371877-12372111)
chr2 (6-240)||(9304556-9304790)
chr2 (6-125)||(31920171-31920290)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (6-208)||(522189-522391)
chr7 (6-240)||(45300250-45300484)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (6-240)||(4595274-4595508)
chr8 (42-240)||(31960902-31961100)
chr8 (32-209)||(21141195-21141372)
[»] scaffold0365 (1 HSPs)
scaffold0365 (92-240)||(783-931)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (6-125)||(50373505-50373624)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Original strand, 30598625 - 30598859
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30598625 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 30598724  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30598725 atgattcttcagtgtccacccaaagcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 30598824  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  30598825 tgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 30598859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 34783389 - 34783155
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34783389 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 34783290  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34783289 atgattcttcagtgtccatccaaagcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 34783190  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  34783189 tgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 34783155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Original strand, 10646248 - 10646482
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10646248 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 10646347  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10646348 atgattcttcagtgtccacccaaagcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 10646447  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  10646448 tgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 10646482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 49316896 - 49316662
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49316896 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 49316797  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49316796 atgattcttcagtgtccacccaaagcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 49316697  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  49316696 tgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 49316662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 36666542 - 36666308
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36666542 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 36666443  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36666442 atgattattcagtgtccacccaaagcacgcaaaacagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 36666343  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  36666342 tgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 36666308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Original strand, 33049507 - 33049741
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33049507 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 33049606  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33049607 atgattcttcagtgtccacccaaagcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattgatcatactatgatggtgttatgatgttta 33049706  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  33049707 tgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 33049741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 12372111 - 12371877
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12372111 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattaattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 12372012  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12372011 atgattcttcagtgtccacccaaagcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 12371912  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  12371911 tgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 12371877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Original strand, 9304556 - 9304790
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9304556 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgaaccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 9304655  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9304656 atgattattcagtgtccacccaaagcaagcaaaacagtcataatggaaaatgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 9304755  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  9304756 tgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 9304790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 6 - 125
Target Start/End: Original strand, 31920171 - 31920290
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||| || ||||||||| || |||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  31920171 aggagaagaaacctggaatttaataaaggagtgtgggtgtgacaaagattcattgcctaagatatattgtgctgtcatgaaggataaagacaaacttaga 31920270  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacc 125  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  31920271 atgattcttcagtgtccacc 31920290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 6 - 208
Target Start/End: Original strand, 522189 - 522391
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  522189 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 522288  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  522289 atgattcttcagtgtccacccaaagcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 522388  T
Q  206 tga 208  Q
    |||    
T  522389 tga 522391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Original strand, 45300250 - 45300484
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45300250 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtgaatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 45300349  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45300350 atgattcttcagtgtccacccaaagcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 45300449  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    || |       |||||||||||||||| |||||||    
T  45300450 tgtgtttttttagggagactgttttgttatgatgt 45300484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 4595508 - 4595274
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4595508 aggagaagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 4595409  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4595408 atgattcttcagtgtccacccaaagcatgcaaatcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgttta 4595309  T
Q  206 tgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  4595308 tgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 4595274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 42 - 240
Target Start/End: Original strand, 31960902 - 31961100
Alignment:
Q  42 atgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttagaatgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagca 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31960902 atgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttagaatgattcttcagtgtccacccaaagcacgcaaagca 31961001  T
Q  142 gtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgtttatgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  31961002 gtcataatggaaattgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgtttatgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 31961100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 32 - 209
Target Start/End: Original strand, 21141195 - 21141372
Alignment:
Q  32 aggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttagaatgattcttcagtgtccacccaaggc 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||  | |     
T  21141195 aggagtgtggatgtgacccaaattcattgtctatgatttattgtgctatcatgaaagatgtagacataattagaataattcttcagtgtctacctgaaga 21141294  T
Q  132 acgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatggtgttatgatgtttatgag 209  Q
    |||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  21141295 acgcaaagcagtgataatgcaaacggtctttggctcttctgattaatcatcttatgatggtgttatgatgtttatgag 21141372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 931 - 783
Alignment:
Q  92 tagacatacttagaatgattcttcagtgtccacccaaggcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatgg 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  931 tagacatacttagaatgattcttcaatgtccacccaaagcacgcaaagcagtcataatggaaactgtctttggttcttctgattaatcatactatgatgg 832  T
Q  192 tgttatgatgtttatgagnnnnnnnagggagactgttttgtgatgatgt 240  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||||||    
T  831 tgttatgatgtttatgagtttttttagggagactgttttgttatgatgt 783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 6 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 50373624 - 50373505
Alignment:
Q  6 aggagcagagacttggaatttattagaggagtgtggatgtgacccaaattcattgcctaagatatatcgtgttgtcatgaaagatgtagacatacttaga 105  Q
    ||||| ||| || ||||||||| || |||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  50373624 aggagaagaaacctggaatttaataaaggagtgtgggtgtgacacagattcattgactaagatatattgtgctgtcatgaaggataaagacaaacttaga 50373525  T
Q  106 atgattcttcagtgtccacc 125  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  50373524 atgattcttcagtgtccacc 50373505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1664 times since January 2019
Visitors: 4426