View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0686-Insertion-1 (Length: 691)

Name: NF0686-Insertion-1
Description: NF0686
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0686-Insertion-1
NF0686-Insertion-1
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (14-373)||(3921823-3922179)
chr4 (14-387)||(4023044-4023411)
chr4 (13-372)||(3984983-3985336)
chr4 (14-373)||(3935171-3935539)
chr4 (229-586)||(3815440-3815800)
chr4 (14-301)||(4000211-4000495)
chr4 (491-691)||(3922309-3922509)
chr4 (14-372)||(4007901-4008253)
chr4 (10-307)||(3799923-3800209)
chr4 (18-598)||(3957285-3957872)
chr4 (14-158)||(3815805-3815949)
chr4 (229-376)||(3808079-3808226)
chr4 (14-158)||(3808231-3808375)
chr4 (274-593)||(3999874-4000202)
chr4 (81-332)||(3998936-3999181)
chr4 (10-368)||(4216817-4217182)
chr4 (28-156)||(3936823-3936950)
chr4 (491-586)||(3935669-3935764)
chr4 (635-691)||(3935780-3935836)
chr4 (491-592)||(4007672-4007773)
chr4 (636-687)||(3999789-3999840)
chr4 (630-680)||(3815373-3815423)
chr4 (493-595)||(3984751-3984853)
chr4 (491-592)||(3998681-3998782)
chr4 (491-592)||(4022830-4022931)
chr4 (638-685)||(3807764-3807811)
chr4 (622-680)||(4007590-4007648)
chr4 (636-680)||(3998599-3998643)
chr4 (235-305)||(4016406-4016476)
chr4 (638-679)||(4022752-4022793)
chr4 (15-105)||(4016597-4016684)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-115)||(13396080-13396188)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 14 - 373
Target Start/End: Original strand, 3921823 - 3922179
Alignment:
Q  14 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaacttt 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  3921823 tcactaaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaattcaaggaaaacaagaaaagggttgagttctggaattgcttcaacttggatgaacttt 3921922  T
Q  114 ctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgattatgttgaaagttatgt 213  Q
    |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  3921923 ctctgataaatattgggttgaatctgcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgaatatgctgaaagttatgt 3922022  T
Q  214 tgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatgat 313  Q
    |||||   |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||      
T  3922023 tgatt---acaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgtgtatcctggaagtagtgttccaaagtggttggagtacaagacaacaatggatggc 3922119  T
Q  314 atgattgttgatctctctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgttttttgcttt 373  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3922120 atgattgttgatctctctccacttcatctctcccctttgttgggttttgttttttgcttt 3922179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 14 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 4023411 - 4023044
Alignment:
Q  14 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaacttt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  4023411 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagtttctgaacaattcaaggaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctggaacttggatgaacatt 4023312  T
Q  114 ctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgattatgttgaaagttatgt 213  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |    ||||||||||||||    
T  4023311 ctctcataaatattgggttgaatctgcaaatgaatttgataaagtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcac---gttgaaagttatgt 4023215  T
Q  214 tgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatgat 313  Q
    |||||||||   |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  4023214 tgattacaa---agataactttgattcttatcaagcagtgtatgtttatcctggaagtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgac 4023118  T
Q  314 atgattgttgatctctctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgttttttgctttgttattgctaagga 387  Q
    |||||||||||||||||||  | | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4023117 atgattgttgatctctctccacattatctctcccctttgctgggctttgttttttgctttgtccttgctaagga 4023044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 13 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 3985336 - 3984983
Alignment:
Q  13 gtcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaactt 112  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |    
T  3985336 gtcactgaagtctgtatttttcccttcaacagttgctgaacaattaaaggaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgcttcaaattggatgaacgt 3985237  T
Q  113 tctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgattatgttgaaagttatg 212  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |    |||||||| ||||    
T  3985236 tctctcataaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatggagtttgcatatcaacatttatcgacactggaacatgataaa---gttgaaagctatg 3985140  T
Q  213 ttgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatga 312  Q
    ||||||||||   ||||| | |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3985139 ttgattacaa---agatatccttgattcttatcaagcagtgtatgtatatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatga 3985043  T
Q  313 tatgattgttgatctctctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgttttttgctt 372  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3985042 tatgattgttgatctctcaccacctcatctctcccctttgttgggctttgttttctgctt 3984983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 14 - 373
Target Start/End: Original strand, 3935171 - 3935539
Alignment:
Q  14 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaacttt 113  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    || ||||||||||||||| |||||||||||| | ||    
T  3935171 tcactgaagtctgtattgttcccttcaacagttgctgaacaattcaaggaaaacaagaaagaagttaagttctggaattgcttgaacttggatgagcgtt 3935270  T
Q  114 ctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgattatgttgaaagttatgt 213  Q
    |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3935271 ctctgataaatattgggttgaatctgcaaatcaatttgatgaagtttgcatatcaagatttatcaacagtggaacatgatgattatgttgaaacttatgt 3935370  T
Q  214 tgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaa-ga---- 308  Q
    |||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||        
T  3935371 tgatt---acaaagataactttgattcttatcaagcattgtatgtgtattctggaagtagtgttccagattggtttgagtacaagacaacaaacgagaca 3935467  T
Q  309 -------atgatatgattgttgatctctctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgttttttgcttt 373  Q
           |||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3935468 acaaacgatgacatgattgttgatctctctccacttcatctctcccctttgttgggttttgttttttgcttt 3935539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 229 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 3815800 - 3815440
Alignment:
Q  229 taactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatgatatgattgttgatctc 328  Q
    |||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  3815800 taactttggttctgatgaagcaatgtatgtgtatcctggaagtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgatatgattattgatctc 3815701  T
Q  329 tctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgttttttgctttgttattgctaaggattt--caaattgtatttcaaaattaaattgaaaatcactac 426  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||| || |||||  |||   |||||  |   |||| ||| |||||||||||||||    
T  3815700 tctcagcctcgtctctcacctttattgggctttgtcttttgcattgtttttcctaagtgtttactaaatttca--gcaaatttatattgaaaatcactac 3815603  T
Q  427 aattgagggtggcgatgaaaaggatggtgtcgatatcgacttgcata-tat--cattgcatattcattcagatcatgtatgcatgatatacaaccaacca 523  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||  ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |  |||||| |    
T  3815602 aattgagggtgacaatgaaaaggatggtgtcgatatcaacttgcgtagtatgccattggatatttatttagatcatgtatgcatgatacaggaccaacga 3815503  T
Q  524 tgttctcagtacctaactagaatagnnnnnnntcagacaagctttaaaatcaaggttacagca 586  Q
    ||||||  |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3815502 tgttctgggtacctaactagaatagcaaaaaatcagacaagctttaaaatcaaggttacagca 3815440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 14 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 4000495 - 4000211
Alignment:
Q  14 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaacttt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||    
T  4000495 tcactgaagactgtattgttcccttcaacaatttctgaacaattcaaggaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgcttcaacttggatgaacatt 4000396  T
Q  114 ctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgattatgttgaaagttatgt 213  Q
    |||||  |||||||||||| ||| |  |||||||| | || |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  4000395 ctctcgtaaatattgggttcaatatgaaaatcaatctaatcaagtttgcatatcaacatttattgacactggaacatgatgattatgttgacagttatgc 4000296  T
Q  214 tgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagaca 301  Q
    |||||   || || |||||  |  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4000295 tgatt---acgaatataaccattcttcttatcaagcattgtatgtatatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagaca 4000211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 491 - 691
Target Start/End: Original strand, 3922309 - 3922509
Alignment:
Q  491 tcagatcatgtatgcatgatatacaaccaaccatgttctcagtacctaactagaatagnnnnnnntcagacaagctttaaaatcaaggttacagcatgga 590  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3922309 tcagatcatgtgtgtatgatttacgaccaaccttgttctcagcacctaactagaatagcaaaaaatcagacaagctttaaaatcaaggttacagcatgga 3922408  T
Q  591 caataccctggcttaatgaagaggatgaaccaagacgagaggtaaagttaaaagggtttggcatgagccccataaaccactcaacatatcgcaatctaat 690  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3922409 caataccctggtttaatgaagaggatgaaccaagacgagaggtaaagttaaaagggtttggcatgagccccataaaccagtcaacatatcgcaatctaat 3922508  T
Q  691 t 691  Q
    |    
T  3922509 t 3922509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4008253 - 4007901
Alignment:
Q  14 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaacttt 113  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||| ||  ||| |||||||| | |||| ||||| ||| ||    
T  4008253 tcactgaagactgtatggttccctttaacagcttctgaacagttcaaggaaaacaagaaaagggttctgttatggaattgtttgaacctggataaacgtt 4008154  T
Q  114 ctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgattatgttgaaagttatgt 213  Q
    |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| |    |||||||||||| ||||    
T  4008153 ctcttataaatattgagttgaatattcaaatcaatataatgaagtttgcatatcaacatttatcgacactggaacataac---tatgttgaaagtaatgt 4008057  T
Q  214 tgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatgat 313  Q
    |||||   ||||| | |  |||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||| |||||| |||||| || |||||    
T  4008056 tgatt---acaaacaaacgtttggttcttatcaagcattttatgtgtatccaggaagtaccgttcctgagtggttggcgtacaaaacaacacaggatgat 4007960  T
Q  314 atgattgttgatctctctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgttttttgctt 372  Q
    |||||||||||||||| ||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4007959 atgattgttgatctctttccaaatcatctcccccctttgttgggctttgttttttgctt 4007901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 3800209 - 3799923
Alignment:
Q  10 taagtcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaa 109  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||| |||| | || |||||||||| |||||| || |||    
T  3800209 taagtcactgaatgctgtattgttcccttcaacagttgctggacaattaaaggaaaacaagaaaatgattaacttttggaattgcttgaactttgaagaa 3800110  T
Q  110 ctttctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgattatgttgaaagtt 209  Q
    |||||||||| | ||| | |||||||||| || || ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||   || | |||| ||||||||    
T  3800109 ctttctctcatacataattggttgaatctacagattaatttgatgaagtttgcatatcaacatttatcgacactggaac---ataagtatgctgaaagtt 3800013  T
Q  210 atgttgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaag 307  Q
    ||||||        |||||| |||||| |||| ||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3800012 atgttg--------aaagattactttgcttcttatcaagcaccgtatgtttattctggaagtagtgttccatagtggttggagtacaagacaacaaag 3799923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 598
Target Start/End: Original strand, 3957285 - 3957872
Alignment:
Q  18 tgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaa-gaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaactttctc 116  Q
    ||||||||||||| ||||||||    |||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||    
T  3957285 tgaagactgtatttttcccttct---gttgctcaacaattcaaggaaaacaaagaaaaggattgagttctggaattgcttgaacttggatgaatgctctc 3957381  T
Q  117 tcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgatta---tgttgaaagttatgt 213  Q
    ||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| || ||| ||||| | |  |||||  |||| ||| | |      ||||||  |||     
T  3957382 tcataaatattgggttgaatgtgcagatcaatttgatgaagtttgcatatcgacattcagcggcactgttacatcatgctaaaagcaatgaaagcaatgc 3957481  T
Q  214 tgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatgat 313  Q
    |||||   |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| || || |||||    
T  3957482 tgatt---acaaagataaatttgattcttatcaagcagtgtatttgtatcctggaagtagtgttccagagtggttcaagtacaggacagcacaggatgat 3957578  T
Q  314 atgattgttgatctctctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgttttttgctttgttattgctaaggatttcaaattgtatttcaaaattaaat 413  Q
    |||||| ||||||||||||    |   |||||||||||||||||||||||||||||||   |  |||| ||||| | | |||| | || | ||||| |||    
T  3957579 atgattattgatctctctccttttttcctctcccctttgttgggctttgttttttgctccatccttgccaaggactcccaattttgttaccaaattgaat 3957678  T
Q  414 tgaaaatcactacaattga------gggtggcgatgaaaaggatggtgtcgatatcgacttgcata--tatcattgc-atattcattcagatcatgtatg 504  Q
    |||| ||||||||||||||      || ||  || |||||||||||||||  ||||  | || |||  |||  || |  || |  |||||||||||||||    
T  3957679 tgaatatcactacaattgatgttgtggatgatgaagaaaaggatggtgtcagtatcttcatgtataggtattttttctctagtttttcagatcatgtatg 3957778  T
Q  505 catgatatacaaccaaccatgttctcagtacctaactagaatagnnnnnnntcagacaagctttaaaatcaaggttacagcatggacaataccc 598  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| |  ||||||||||| ||||        |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  3957779 catgatatacgacccaccatgttcacgctacctaactagcatagcaaaaaagcagacaaggtttaaaatcaaggttacagcaaggacaacaccc 3957872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 3815949 - 3815805
Alignment:
Q  14 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaacttt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||  ||    
T  3815949 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaattcaaggaaaacaagaaaagtgttgagttctggaattgcgagaacttggatgaaagtt 3815850  T
Q  114 ctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagt 158  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  3815849 ctctcataaatgttgggttgaatgttcaaatcaatttaatgaagt 3815805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 229 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 3808226 - 3808079
Alignment:
Q  229 taactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatgatatgattgttgatctc 328  Q
    |||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  3808226 taactttggttctgatgaagcaatgtatgtgtatcctggaagtaatgttccagagtggtttgagtacaagacaacaaaggatgacaagattgttgatctc 3808127  T
Q  329 tctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgttttttgctttgtt 376  Q
    ||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3808126 tctccacctcacctctcccccttgttgggctttgttttttgctttgtt 3808079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 14 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 3808375 - 3808231
Alignment:
Q  14 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaacttt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||  |||||||||||||  ||    
T  3808375 tcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaattcaaggaaaacaagaaaagtgttgagttctggcattgcaagaacttggatgaaagtt 3808276  T
Q  114 ctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagt 158  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  3808275 ctctcataaatgttgggttgaatgttcaaatcaatttaatgaagt 3808231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 274 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 4000202 - 3999874
Alignment:
Q  274 tgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatgatatgattgttgatctctctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgttttttgcttt 373  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| || ||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4000202 tgttcgagagtggttggagtacaagacaacagaggatgacatgattgttaatatctctccacttcatctctcctctttgttgggctttgttttttgcttt 4000103  T
Q  374 gttattgctaaggatttcaaattgtatttcaaaattaaattgaaaatcactacaa------ttgagggtggcgatgaaaaggatggtgtcgatatcgact 467  Q
    ||  |||||||||  | ||| |  | || |||||||  |||||| |||||| |||      |||||||||  | |||||||||||||||||||||  ||     
T  4000102 gtccttgctaaggtctccaattattgttacaaaattgtattgaacatcactgcaattgatgttgagggtgatggtgaaaaggatggtgtcgatatataca 4000003  T
Q  468 tgcatat--atcat-tgcatattcattcagatcatgtatgcatgatatacaaccaaccatgttctcagtacctaactagaatagnnnnnnntcagacaag 564  Q
    || || |  ||| | |   || | ||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||       ||| |||||    
T  4000002 tggatgtggatcgtgtttgtaataattcagatcatgtgtgtatgatatacgacccaccattttctcagtacctaactagaatagcgaaaaatcatacaag 3999903  T
Q  565 ctttaaaatcaaggttacagcatggacaa 593  Q
     || |||||||||||| ||||| ||||||    
T  3999902 gttcaaaatcaaggttgcagcaaggacaa 3999874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 81 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 3999181 - 3998936
Alignment:
Q  81 agttctggaattgctcgaacttggatgaactttctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaac 180  Q
    |||| |||||||| | |||| ||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||||| ||||||||||| | || |||||| || |||||||||  || ||    
T  3999181 agttatggaattgtttgaacctggataaacgttctcacataaatgttgagttgaatattcaaatcaatataataaagtttgcatatcaacattattcgac 3999082  T
Q  181 actggaacatgatgattatgttgaaagttatgttgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttcca 280  Q
    | |||||||| |    |||||||||||| |||||||||||||   | |||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||    
T  3999081 attggaacataac---tatgttgaaagtaatgttgattacaa---acataagtttggttcttatcaagcattgtatgtttatccaggaagcagtgtttca 3998988  T
Q  281 gagtggttggagtacaagacaacaaagaatgatatgattgttgatctctctc 332  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| |||| | |||| ||||| ||||||    
T  3998987 gagtcgttggagtacaaaacaacaaaggatgacaggattattgatatctctc 3998936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 4217182 - 4216817
Alignment:
Q  10 taagtcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaa-----cttgg 104  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||| |||| | || |||||||||| |||     ||| |    
T  4217182 taagtcactgaatgctgtattgttcccttcaacagttgctggacaattaaaggaaaacaagaaaatgattaacttttggaattgcttgaattgaactttg 4217083  T
Q  105 atgaactttctctcagaaatattgggttgaatcttcaaatcaatttgatgaagtttacacatcaacatttatcaacactggaac------atgatga--- 195  Q
    | ||||||||||||| | ||||| |||||||||| || || |||| ||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||      |||||||       
T  4217082 aagaactttctctcatacatatttggttgaatctacagattaattagatgatgtttgcatatcaacatttatcgacactggaacataagtatgatgaaag 4216983  T
Q  196 ttatgttgaaag-ttatgttgattacaacaaagataactttgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagta 294  Q
    |||||||||||| |||  ||| ||   |  |||    |  |  |||| ||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4216982 ttatgttgaaagattactttgcttcttatcaagcattcaattcttcttatcaagcaccgtatgtttattctggaagtagtgttccatagtggttggagta 4216883  T
Q  295 caagacaacaaagaatgatatgattgttgatctctctcagcctcatctctcccctttgttgggctttgtttttt 368  Q
    |||||||||||||        |||||||||||| || |  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  4216882 caagacaacaaag--------gattgttgatctttccccacctcatctctgccctttgttgggcttagtttttt 4216817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 156
Target Start/End: Original strand, 3936823 - 3936950
Alignment:
Q  28 attgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggatgaactttctctcagaaatatt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||  | ||  |||||||| |||||||    
T  3936823 attgttcccttcaacagttgctgaacaattaaaggaaaacaa-aaaagagttgagttctggaattgctggaacttgattaaatgttctctcataaatatt 3936921  T
Q  128 gggttgaatcttcaaatcaatttgatgaa 156  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  3936922 gggttgaatgttcaaatcaatttaatgaa 3936950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 491 - 586
Target Start/End: Original strand, 3935669 - 3935764
Alignment:
Q  491 tcagatcatgtatgcatgatatacaaccaaccatgttctcagtacctaactagaatagnnnnnnntcagacaagctttaaaatcaaggttacagca 586  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3935669 tcagatcatgtgtgtatgatttacgaccaaccttgctctcagtacctaactagaatagcaaaaaatcagacaagctttaaaatcaaggttacagca 3935764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 635 - 691
Target Start/End: Original strand, 3935780 - 3935836
Alignment:
Q  635 aagttaaaagggtttggcatgagccccataaaccactcaacatatcgcaatctaatt 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  3935780 aagttaaaagggtttggcatgagccccataaaccagtcaacacatcgcaatctaatt 3935836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 491 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 4007773 - 4007672
Alignment:
Q  491 tcagatcatgtatgcatgatatacaaccaaccatgttctcagtacctaactagaatagnnnnnnntcagacaagctttaaaatcaaggttacagcatgga 590  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||| |||       ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  4007773 tcagatcatgtgtgcatgatacacgaccaacgatgttctcggtacctaactagagtagcaaagaatcatacaaggtttaaaatcaaggttacagcaagga 4007674  T
Q  591 ca 592  Q
    ||    
T  4007673 ca 4007672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 636 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 3999840 - 3999789
Alignment:
Q  636 agttaaaagggtttggcatgagccccataaaccactcaacatatcgcaatct 687  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3999840 agttaaaagggtttggcatcagccccataaaccactcaacatatcacaatct 3999789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 630 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 3815423 - 3815373
Alignment:
Q  630 aggtaaagttaaaagggtttggcatgagccccataaaccactcaacatatc 680  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3815423 aggtgaagttaaaagggtttggcatgagccccataaaccagtcaacatatc 3815373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 3984853 - 3984751
Alignment:
Q  493 agatcatgtatgcatgatatacaaccaaccatgttctcagtacctaactagaatagnnnnnnntcagacaagctttaaaatcaaggttacagcatggaca 592  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||       |||||||    |||||||||||||||||||| |||||    
T  3984853 agatcatgtgtgcatgatatacgaccaaccatgttctcactacctaaccagcatagccaaaagtcagacacaggttaaaatcaaggttacagcaaggaca 3984754  T
Q  593 ata 595  Q
    |||    
T  3984753 ata 3984751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 491 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 3998782 - 3998681
Alignment:
Q  491 tcagatcatgtatgcatgatatacaaccaaccatgttctcagtacctaactagaatagnnnnnnntcagacaagctttaaaatcaaggttacagcatgga 590  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||       ||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||    
T  3998782 tcagatcatgtgtgcatgatacacaaccaacaatgttctcggtacctaactagtgtagcaaagaatcatacaaggtttaaaattaaggttacagcaagga 3998683  T
Q  591 ca 592  Q
    ||    
T  3998682 ca 3998681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 491 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 4022931 - 4022830
Alignment:
Q  491 tcagatcatgtatgcatgatatacaaccaaccatgttctcagtacctaactagaatagnnnnnnntcagacaagctttaaaatcaaggttacagcatgga 590  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||       | ||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  4022931 tcagatcatgtgtgcatgatatacgaccaaccattttctcactacctaactagcatagcaaacaataagagaaggtttaaaatcaaggttacggcaagga 4022832  T
Q  591 ca 592  Q
    ||    
T  4022831 ca 4022830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 638 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 3807811 - 3807764
Alignment:
Q  638 ttaaaagggtttggcatgagccccataaaccactcaacatatcgcaat 685  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  3807811 ttaaaagggtttggcatgagccctataaaccagtcaacatatcacaat 3807764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 622 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 4007648 - 4007590
Alignment:
Q  622 aagacgagaggtaaagttaaaagggtttggcatgagccccataaaccactcaacatatc 680  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  4007648 aagaccagaggtggagttaaaagggtttggcataagccccataagcaactcaacatatc 4007590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 636 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 3998643 - 3998599
Alignment:
Q  636 agttaaaagggtttggcatgagccccataaaccactcaacatatc 680  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  3998643 agttaaaagggtttggcataagccccataagcaactcaacatatc 3998599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 235 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 4016476 - 4016406
Alignment:
Q  235 tgattctcatcaagcattgtatgtgtatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaa 305  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| || ||  |||||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  4016476 tgattctcatcaagcactttatgtgtatccagggagctgtgttccagattggtttgaatataagacaacaa 4016406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 638 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 4022793 - 4022752
Alignment:
Q  638 ttaaaagggtttggcatgagccccataaaccactcaacatat 679  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  4022793 ttaaaagggttaggaatcagccccataaaccactcaacatat 4022752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 4016684 - 4016597
Alignment:
Q  15 cactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttgga 105  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||| ||| || |||| ||||||| ||| |||   |||||||| ||| |||||    
T  4016684 cactgaagactgtgttgttcccttcaa---ttgctgaacaattcaaggagaacaggaaaagggttgtgtttgcgaattgcttgaaattgga 4016597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 13396188 - 13396080
Alignment:
Q  7 atgtaagtcactgaagactgtattgttcccttcaacagttgctgaacaatccaacgaaaacaagaaaaggattgagttctggaattgctcgaacttggat 106  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  13396188 atgtaagtcactgaagtctgtagtgttcccttcaaaagttaccgaacaattcaaggaaaacaagaaaaggatagagttttggaattgcttgaacttggat 13396089  T
Q  107 gaactttct 115  Q
    |||| ||||    
T  13396088 gaacgttct 13396080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 834 times since January 2019
Visitors: 4356