View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0686-Insertion-8 (Length: 328)

Name: NF0686-Insertion-8
Description: NF0686
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0686-Insertion-8
NF0686-Insertion-8
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (8-328)||(15010741-15011061)
chr1 (8-327)||(15001849-15002168)
chr1 (8-328)||(15036761-15037081)
chr1 (8-327)||(15024859-15025178)
chr1 (8-327)||(15032200-15032519)
chr1 (8-327)||(15016857-15017176)
chr1 (10-324)||(14522677-14522991)
chr1 (12-327)||(14503724-14504039)
chr1 (12-327)||(14532800-14533115)
chr1 (12-324)||(14467548-14467860)
chr1 (27-292)||(15040536-15040801)
chr1 (12-217)||(14481837-14482042)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (18-315)||(6245-6542)
scaffold0400 (12-327)||(12521-12836)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (18-315)||(6889-7186)
scaffold0365 (12-327)||(13164-13479)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (12-145)||(15670735-15670868)
chr7 (12-133)||(14605834-14605955)
chr7 (12-133)||(16025011-16025132)
chr7 (12-107)||(16172519-16172614)
chr7 (58-177)||(17848423-17848542)
chr7 (16-137)||(15677141-15677262)
chr7 (12-82)||(16102867-16102937)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 8 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 15011061 - 15010741
Alignment:
Q  8 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15011061 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaga 15010962  T
Q  108 ttttcaataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010961 ttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacatagacaacataccaagtt 15010862  T
Q  208 ttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgatt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010861 ttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgatt 15010762  T
Q  308 gttacttaaggagagtttgaa 328  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  15010761 gttacttaaggagagtttgaa 15010741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 8 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 15002168 - 15001849
Alignment:
Q  8 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002168 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagg 15002069  T
Q  108 ttttcaataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002068 ttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacatagacaacataccaagtt 15001969  T
Q  208 ttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgatt 307  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  15001968 tttcagggatgaatccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtactggaacttctccataaagatgatt 15001869  T
Q  308 gttacttaaggagagtttga 327  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  15001868 gttacttaacgagagtttga 15001849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 8 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 15037081 - 15036761
Alignment:
Q  8 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15037081 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagg 15036982  T
Q  108 ttttcaataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15036981 ttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaagcttattatggctcaaattcaactgcaataacctagacaacataccaagtt 15036882  T
Q  208 ttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgatt 307  Q
    |||   ||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15036881 tttccaggatgaagccacttaagttatttgttgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgatt 15036782  T
Q  308 gttacttaaggagagtttgaa 328  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  15036781 gttacttaacgagagtttgaa 15036761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 8 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 15025178 - 15024859
Alignment:
Q  8 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  15025178 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccactaagatcaaga 15025079  T
Q  108 ttttcaataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||     
T  15025078 ttttcaataacattcaattgggcaaactcagcaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagataacctaccaagtc 15024979  T
Q  208 ttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgatt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15024978 ttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgatt 15024879  T
Q  308 gttacttaaggagagtttga 327  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  15024878 gttacttaacgagagtttga 15024859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 8 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 15032519 - 15032200
Alignment:
Q  8 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  15032519 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccactaagatcaaga 15032420  T
Q  108 ttttcaataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||     
T  15032419 ttttcaataacattcaattgggcaaactcagcaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagataacctaccaagtc 15032320  T
Q  208 ttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgatt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15032319 ttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgatt 15032220  T
Q  308 gttacttaaggagagtttga 327  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  15032219 gttacttaacgagagtttga 15032200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 8 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 15017176 - 15016857
Alignment:
Q  8 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15017176 agagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaga 15017077  T
Q  108 ttttcaataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  15017076 ttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaacttcaataacctagacaacataccaagtt 15016977  T
Q  208 ttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgatt 307  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15016976 tttcagggatgaagccactgaaattatttgctgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgttcaggaacttctccagaaagatgatt 15016877  T
Q  308 gttacttaaggagagtttga 327  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  15016876 gttacttaacgagagtttga 15016857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 10 - 324
Target Start/End: Original strand, 14522677 - 14522991
Alignment:
Q  10 agagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtt 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |     
T  14522677 agagattattatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgttggtatggttccattcaaaaaattcccgctaagatcaagatc 14522776  T
Q  110 ttcaataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtttt 209  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  14522777 ttcaataacattcaattgaccaagttcaacaggaatgtttccttcaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacctagacaaccttccaagtttt 14522876  T
Q  210 ttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgt 309  Q
    | |||||| || ||||| ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||| |    
T  14522877 tcagggataaaaccacttaaattatttgttgcaagatccaatgtagttagttcatgcaatgatgcaatctgcataggaacttctcccgaaagatgattat 14522976  T
Q  310 tacttaaggagagtt 324  Q
    ||||||  |||||||    
T  14522977 tacttatcgagagtt 14522991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 14504039 - 14503724
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtttt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| | ||    
T  14504039 agattattatgtgagagattcaatgtttctaaatgatttaacactccaaacattgaaggtatcgttccattcataaaatttccactgagatcaagatctt 14503940  T
Q  112 caataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtttttt 211  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||| || | |||||||||||||||||||||||| || | ||||  ||||||| | |||||| || |    
T  14503939 caataacatttaatcggccaaactcaacgggaatgtttccttcaaacttattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttct 14503840  T
Q  212 agggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgtta 311  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||   ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  14503839 agggatgaagccacttaaattatttgttgcaagctccaaggtagttagtgcttgcaatgatgcaatttgtataggaacctctccagaaagatgattgtta 14503740  T
Q  312 cttaaggagagtttga 327  Q
    ||||  ||||||||||    
T  14503739 cttatcgagagtttga 14503724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 12 - 327
Target Start/End: Original strand, 14532800 - 14533115
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtttt 111  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||  ||||||||||||| | ||    
T  14532800 agattattatgtgaaagattcaatgtttgtaagtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccactcataacattttcactaagatcaagatctt 14532899  T
Q  112 caataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtttttt 211  Q
    ||||||| || |||||| |||||||| |||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||| || | ||||  ||||||| | |||||| || |    
T  14532900 caataacctttaattggtcaaactcaacaggaatgtttccttcgaacttattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttct 14532999  T
Q  212 agggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgtta 311  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  14533000 agggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgtta 14533099  T
Q  312 cttaaggagagtttga 327  Q
     |||  ||||||||||    
T  14533100 tttatcgagagtttga 14533115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 14467860 - 14467548
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtttt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||||||| | ||    
T  14467860 agattattatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactgtccaaacattgctggaatggttccgttcaaaaaattctcactaagatcaagatctt 14467761  T
Q  112 caataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtttttt 211  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||  |||||||||| || | |||| |||||| ||| |||||||| || |||||||| |||||  | ||||||| |||    
T  14467760 caagaacatttaattggccaaactcgacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgtaataacattgacaaacttccaagttgttt 14467661  T
Q  212 agggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgtta 311  Q
     |||||  | ||||| ||||||||| ||| ||||||||| | |  |||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14467660 tgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctccaaggtatctagtttttgcaatgatgcaacttgtgcaggaacttctcctgaaagatgattgtta 14467561  T
Q  312 cttaaggagagtt 324  Q
    ||||  |||||||    
T  14467560 cttaccgagagtt 14467548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 27 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 15040801 - 15040536
Alignment:
Q  27 agattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggttttcaataacattcaatt 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |    
T  15040801 agattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgttggtatggttccattcaaagaattcccactaagatcaagattttcaataacttttaact 15040702  T
Q  127 ggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagttttttagggatgaagccact 226  Q
    | |||| |||| |||||||||| || | ||||||||||||||||| ||| || || ||||||||||| ||  | ||||||| ||| |||| |||||||||    
T  15040701 gtccaatctcatcaggaatgtttccttcaaacttattttggctcatatttaagtgtaataacatagataatcttccaagttgttttgggacgaagccact 15040602  T
Q  227 caaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttc 292  Q
     ||||||||| |||| ||||||||   ||  | ||  | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  15040601 taaattatttgttgccagctccaagatagcaacttccttcaatgaggcaatttgtacaggaacttc 15040536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 14482042 - 14481837
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtttt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||||||| | ||    
T  14482042 agattattatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactgtccaaacattgctggaatggttccgttcaaaaaattctcactaagatcaagatctt 14481943  T
Q  112 caataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtttttt 211  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||  |||||||||| || | |||| |||||| ||| |||||||| || |||||||| |||||  | ||||||| |||    
T  14481942 caagaacatttaattggccaaactcgacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgtaataacattgacaaacttccaagttgttt 14481843  T
Q  212 agggat 217  Q
     |||||    
T  14481842 tgggat 14481837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 6542 - 6245
Alignment:
Q  18 ttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggttttcaataa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  6542 ttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactctccaagcattgttggtatggttccattcaaaacattctcgctaagatcaagattttcaataa 6443  T
Q  118 cattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagttttttagggat 217  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||  ||  | ||||||| ||  |||||    
T  6442 ttttcaattgtccaaactcagcaggaatgtctccttcaaacttattttggctcaaattcaagtccaataaattaggtaatcttccaagttgttctgggat 6343  T
Q  218 gaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgttactta 315  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||   ||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||||    
T  6342 gaagccactgaaattatttgttgcaagctccaagatagttattttatgcaataatgcaatttgttcaggaacttctcctacaagatgattgctactta 6245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 12836 - 12521
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtttt 111  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||| ||||| | ||    
T  12836 agattattatgtgaaagattcaatgtttgtatgtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccgttcaaaaaatttccactaaggtcaagatctt 12737  T
Q  112 caataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtttttt 211  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||   |||||||| || | |||| ||||||||||||||||||| || | ||||  ||||||| | |||||| || |    
T  12736 caataacttctaattggccaaactcaatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttct 12637  T
Q  212 agggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgtta 311  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  12636 agggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgtta 12537  T
Q  312 cttaaggagagtttga 327  Q
     |||  ||||||||||    
T  12536 tttatcgagagtttga 12521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 7186 - 6889
Alignment:
Q  18 ttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggttttcaataa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  7186 ttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactctccaagcattgttggtatggttccattcaaaacattctcgctaagatcaagattttcaataa 7087  T
Q  118 cattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagttttttagggat 217  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||  ||  | ||||||| ||  |||||    
T  7086 ttttcaattgtccaaactcagcaggaatgtctccttcaaacttattttggctcaaattcaagtccaataaattaggtaatcttccaagttgttctgggat 6987  T
Q  218 gaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgttactta 315  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||   ||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||||    
T  6986 gaagccactgaaattatttgttgcaagctccaagatagttattttatgcaataatgcaatttgttcaggaacttctcctacaagatgattgctactta 6889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 13479 - 13164
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtttt 111  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||| ||||| | ||    
T  13479 agattattatgtgaaagattcaatgtttgtatgtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccgttcaaaaaatttccactaaggtcaagatctt 13380  T
Q  112 caataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacatagacaacataccaagtttttt 211  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||   |||||||| || | |||| ||||||||||||||||||| || | ||||  ||||||| | |||||| || |    
T  13379 caataacttctaattggccaaactcaatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttct 13280  T
Q  212 agggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgtta 311  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  13279 agggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgtta 13180  T
Q  312 cttaaggagagtttga 327  Q
     |||  ||||||||||    
T  13179 tttatcgagagtttga 13164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 145
Target Start/End: Original strand, 15670735 - 15670868
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtttt 111  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |  | ||||||||||| |||||| | |||||||| |  ||| ||||| ||||||||  |||    
T  15670735 agattgttatgtgaaatattcaatgtttctaagcgtttcaggtttccaagcattggtggtatagctccattcaaaacatttccactgagatcaagacttt 15670834  T
Q  112 caataacattcaattggccaaactcagcaggaat 145  Q
    |||  || || ||||| ||||||||| |||||||    
T  15670835 caaggactttaaattgtccaaactcatcaggaat 15670868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 14605955 - 14605834
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtttt 111  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| |||   || ||||||  ||||||||||||||| ||||||| || | |||| ||||| ||||| ||| |||    
T  14605955 agattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatccaaaaaatttccactgagatctaggattt 14605856  T
Q  112 caataacattcaattggccaaa 133  Q
    |||  ||||| ||||| |||||    
T  14605855 caaggacattaaattgtccaaa 14605834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 16025132 - 16025011
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggtttt 111  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| |||   || ||||||  ||||||||||||||| ||||||| || | |||| ||||| ||||| ||| |||    
T  16025132 agattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatccaaaaaatttccactgagatctaggattt 16025033  T
Q  112 caataacattcaattggccaaa 133  Q
    |||  ||||| ||||| |||||    
T  16025032 caaggacattaaattgtccaaa 16025011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 16172614 - 16172519
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaagg 107  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| |||   || ||||||  ||||||||||||||| |||||||| | | |||| ||||| |||||||||    
T  16172614 agattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatttaaaaaatttccactcagatcaagg 16172519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 17848542 - 17848423
Alignment:
Q  58 caagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggttttcaataacattcaattggccaaactcagcaggaatgttccccttaaa 157  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| || | | |||||||||||||||||||  ||| ||  || || ||||||||||||||| ||||||| || || |||||    
T  17848542 caagcgttgacggtattgttccgttgagaaaattcccactaagatcaagactttgaaggactttaaattggccaaactcaacaggaatatttcctttaaa 17848443  T
Q  158 cttattttggctcaaattca 177  Q
     || || |||||||||||||    
T  17848442 tttgttatggctcaaattca 17848423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 137
Target Start/End: Original strand, 15677141 - 15677262
Alignment:
Q  16 tgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccattcatagaattcccactaagatcaaggttttcaat 115  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| || |  | ||||||||||| |||||||| ||| |||| |  ||| ||||| ||||||||  ||||||     
T  15677141 tgttatgtgaaatattcaatgtttctaagcgtttcaggtttccaagcattggtggtatggctcctttcaaaacatttccactgagatcaagactttcaag 15677240  T
Q  116 aacattcaattggccaaactca 137  Q
     || || ||||| |||||||||    
T  15677241 gactttaaattgtccaaactca 15677262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 16102937 - 16102867
Alignment:
Q  12 agattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccatt 82  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| |||   || ||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  16102937 agattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatt 16102867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University