View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0689_low_24 (Length: 278)

Name: NF0689_low_24
Description: NF0689
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0689_low_24
NF0689_low_24
[»] chr6 (40 HSPs)
chr6 (16-249)||(31285119-31285352)
chr6 (17-242)||(26623838-26624063)
chr6 (17-242)||(26729815-26730040)
chr6 (16-247)||(26803008-26803239)
chr6 (16-242)||(28786805-28787031)
chr6 (16-242)||(27427001-27427227)
chr6 (16-242)||(27717888-27718114)
chr6 (16-234)||(28792934-28793152)
chr6 (16-241)||(27610509-27610734)
chr6 (16-234)||(27697975-27698193)
chr6 (16-242)||(27705793-27706019)
chr6 (17-242)||(27592411-27592636)
chr6 (16-242)||(27679517-27679743)
chr6 (32-242)||(26647046-26647256)
chr6 (16-242)||(26656532-26656758)
chr6 (32-242)||(26753014-26753224)
chr6 (16-242)||(26762503-26762729)
chr6 (16-242)||(27604093-27604319)
chr6 (16-242)||(27677009-27677235)
chr6 (33-242)||(28781668-28781877)
chr6 (16-242)||(26884637-26884863)
chr6 (16-159)||(26862230-26862373)
chr6 (16-162)||(27337484-27337630)
chr6 (16-162)||(27398224-27398370)
chr6 (16-242)||(27530690-27530916)
chr6 (17-184)||(25492709-25492876)
chr6 (16-207)||(25580324-25580515)
chr6 (24-191)||(26824437-26824604)
chr6 (25-242)||(25539110-25539327)
chr6 (23-130)||(27215131-27215238)
chr6 (16-242)||(26143435-26143661)
chr6 (25-196)||(26056535-26056706)
chr6 (25-196)||(26076505-26076676)
chr6 (25-207)||(25483661-25483843)
chr6 (143-233)||(28297256-28297346)
chr6 (143-233)||(28514727-28514817)
chr6 (151-233)||(28181693-28181775)
chr6 (107-207)||(25511540-25511640)
chr6 (143-207)||(28227554-28227618)
chr6 (143-207)||(28235167-28235231)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (16-242)||(267729-267955)
chr1 (16-203)||(28127064-28127251)
chr1 (16-193)||(28163764-28163941)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (16-242)||(8054-8280)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (16-242)||(2928-3154)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (16-242)||(13064-13290)
scaffold0277 (16-234)||(4101-4319)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (16-242)||(60136-60362)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (16-242)||(18074328-18074554)
chr4 (16-242)||(18698785-18699011)
chr4 (16-242)||(18678945-18679171)
chr4 (16-242)||(18723470-18723696)
chr4 (30-242)||(18654876-18655088)
chr4 (32-242)||(18730905-18731115)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-242)||(29273227-29273453)
[»] scaffold0038 (2 HSPs)
scaffold0038 (143-207)||(28052-28116)
scaffold0038 (143-207)||(35329-35393)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (143-207)||(57810-57874)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 40)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 31285352 - 31285119
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31285352 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtgtacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 31285253  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31285252 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 31285153  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgttcaacta 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31285152 taaaatcatattcatatctgttcatgttcaacta 31285119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26624063 - 26623838
Alignment:
Q  17 ttatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||| | || || | | |||||||||||  |||    
T  26624063 ttatagattgctcttgcaagtgttgatttgcccaagcctccaatcccatacattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatt 26623964  T
Q  117 tcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaat 216  Q
    |||||||||||| | || |||  |||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  26623963 tcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatcttttcaat 26623864  T
Q  217 aaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  26623863 aaaatcatattcatatctgttcatgt 26623838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26730040 - 26729815
Alignment:
Q  17 ttatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||| | || || | | |||||||||||  |||    
T  26730040 ttatagattgctcttgcaagtgttgatttgcccaagcctccaatcccatacattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatt 26729941  T
Q  117 tcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaat 216  Q
    |||||||||||| | || |||  |||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  26729940 tcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatcttttcaat 26729841  T
Q  217 aaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  26729840 aaaatcatattcatatctgttcatgt 26729815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 26803239 - 26803008
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| | || || | ||| |||||||||| ||    
T  26803239 attatagattgctcttgcaagtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgat 26803140  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||| ||||| |||| | |  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26803139 ttcacttcttgtactcgagagtgcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgatcttgttggagatgtatttgactatctctccaa 26803040  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgttcaac 247  Q
    | || |  ||||||||||| ||||||| ||||    
T  26803039 tcaacttgtattcatatctattcatgtccaac 26803008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 28787031 - 28786805
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||| || | || || | | | |||||||||| ||    
T  28787031 attataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgat 28786932  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28786931 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatctccaa 28786832  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  28786831 taaacttgtattcatatctattcatgt 28786805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 27427001 - 27427227
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| | || || | ||| |||||||||| ||    
T  27427001 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacctgagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgat 27427100  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  27427101 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaa 27427200  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||  || ||||||||||| |||||||    
T  27427201 taagctcgtattcatatctattcatgt 27427227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 27717888 - 27718114
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| || | || || |   | |||||||||| ||    
T  27717888 attataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgat 27717987  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27717988 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggttgacgactggtcttgttggagatgtatttgactatctctccaa 27718087  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||    
T  27718088 taaactcgtattcatatctattcatgt 27718114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 28793152 - 28792934
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||| || | || || | | | |||||||||| ||    
T  28793152 attataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgat 28793053  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28793052 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatctccaa 28792953  T
Q  216 taaaatcatattcatatct 234  Q
    |||| |  |||||||||||    
T  28792952 taaacttgtattcatatct 28792934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 241
Target Start/End: Original strand, 27610509 - 27610734
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| || | || || |   | |||||||||| ||    
T  27610509 attataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgat 27610608  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||| ||||| | || |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  27610609 ttcacttcttgtacttgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggttgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatctctccag 27610708  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatg 241  Q
    |||| || ||||||||||| ||||||    
T  27610709 taaactcgtattcatatctattcatg 27610734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 27697975 - 27698193
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||| |||||||| | || || | | ||||||||||   ||    
T  27697975 attatagattgctcttgcaagtgttgattttcccaagcctccaatcccaaaaattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaattgat 27698074  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||  ||||| | || |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  27698075 ttcactctttgtacttgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatctcttcaa 27698174  T
Q  216 taaaatcatattcatatct 234  Q
    |||| |  |||||||||||    
T  27698175 taaacttgtattcatatct 27698193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 27705793 - 27706019
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| ||| ||||| |||||||| | || || | ||| |||||||||  ||    
T  27705793 attataaattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctccaatgccaaaaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagtgat 27705892  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  27705893 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggatgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaa 27705992  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||  |  ||||||||||| |||||||    
T  27705993 taagcttgtattcatatctattcatgt 27706019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 27592411 - 27592636
Alignment:
Q  17 ttatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatt 116  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| | || || | | | |||||||||| |||    
T  27592411 ttataaattgctttcgcaagtgttgattttcccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgatt 27592510  T
Q  117 tcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaat 216  Q
    |||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  27592511 tcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaat 27592610  T
Q  217 aaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    ||  |  ||||||||||| |||||||    
T  27592611 aagcttgtattcatatctattcatgt 27592636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 27679743 - 27679517
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||| ||||| |||||||| | ||  | | ||| |||||||||| ||    
T  27679743 attatagatttgtcttgcaagtgttgatttccccaaacctccaatgccataaattccaaccatatggaccccatcatcggatccctcatcaagaagcgat 27679644  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  27679643 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaa 27679544  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||  |  ||||||||||| |||||||    
T  27679543 taagcttgtattcatatctattcatgt 27679517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 32 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26647256 - 26647046
Alignment:
Q  32 gcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgttgtattc 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  26647256 gcaagtgttgatttacccaaacctccagtaccataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatc 26647157  T
Q  132 gaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaataaaatcatattcata 231  Q
    |  |||  |||||||||||||| ||||| |||| |||    ||||||||||||||||||||||||| || |||||| |  |||||||| |  ||||||||    
T  26647156 gggactctaatccaacagggtatttggctacatgtaaaatgacacgattgatcttgttggagatgtcttcgactatcttcccaataaacttgtattcata 26647057  T
Q  232 tctgttcatgt 242  Q
    ||| |||||||    
T  26647056 tctattcatgt 26647046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26656758 - 26656532
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||| | ||| | |  |||| | |||||||||||||||||    
T  26656758 attataaattgctttggcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgagaacctcatccttagatcccttatcaagaagcaat 26656659  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||| |||||||||| |||    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |   |||    
T  26656658 ttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaacatgtaaaaaaacacgattgatcttgtcggagatgtctttgactatattctcaa 26656559  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  26656558 taaacttgtattcatatctattcatgt 26656532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 32 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26753224 - 26753014
Alignment:
Q  32 gcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgttgtattc 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  26753224 gcaagtgttgatttacccaaacctccagtaccataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatc 26753125  T
Q  132 gaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaataaaatcatattcata 231  Q
    |  |||  |||||||||||||| ||||| |||| |||    ||||||||||||||||||||||||| || |||||| |  |||||||| |  ||||||||    
T  26753124 gggactctaatccaacagggtatttggctacatgtaaaatgacacgattgatcttgttggagatgtcttcgactatcttcccaataaacttgtattcata 26753025  T
Q  232 tctgttcatgt 242  Q
    ||| |||||||    
T  26753024 tctattcatgt 26753014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26762729 - 26762503
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||| | ||| | |  |||| | |||||||||||||||||    
T  26762729 attataaattgctttggcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgagaacctcatccttagatcccttatcaagaagcaat 26762630  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||| |||||||||| |||    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |   |||    
T  26762629 ttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaacatgtaaaaaaacacgattgatcttgtcggagatgtctttgactatattctcaa 26762530  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  26762529 taaacttgtattcatatctattcatgt 26762503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 27604093 - 27604319
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| || | || || |   | |||||||||  ||    
T  27604093 attataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagagat 27604192  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||| | ||| ||||| | |||||    
T  27604193 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaataggataattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatttctttcactatctttccaa 27604292  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||  || ||||||||||| |||||||    
T  27604293 taagctcgtattcatatctattcatgt 27604319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 27677009 - 27677235
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| | || || | | | |||||||||| ||    
T  27677009 attataaattgctttcgcaagtgttgattttcccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgat 27677108  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    |||| |||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||     || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  27677109 ttcatttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggttgttgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaa 27677208  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||  |  ||||||||||| |||||||    
T  27677209 taagcttgtattcatatctattcatgt 27677235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 33 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 28781877 - 28781668
Alignment:
Q  33 caagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttcctt-atcaagaagcaatttcacttgttgtattc 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||   ||| || |||| | | ||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||    
T  28781877 caagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatcctgactccattatca-tatccttcaccaagaagcgatttcacttgttgtactc 28781779  T
Q  132 gaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaataaaatcatattcata 231  Q
    |  |||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||    
T  28781778 gggactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagtgctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcata 28781679  T
Q  232 tctgttcatgt 242  Q
    ||| |||||||    
T  28781678 tctattcatgt 28781668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26884863 - 26884637
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  26884863 attataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaattcctaccatgtgtaccccttcgttagattccttatcaagaagcaat 26884764  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    || | |||||||| |||  |||  |||||||||||||| ||||| |||| |||    ||||||||||| |||| |||||| | || |||||| |  || |    
T  26884763 tttaattgttgtactcggtactgtaatccaacagggtatttggctacatgtaaaacaacacgattgattttgtcggagatatcttcgactatcttcccga 26884664  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| || ||||| ||||| |||||||    
T  26884663 taaactcgtattcgtatctattcatgt 26884637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 26862373 - 26862230
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| || || |||| ||||||||||||||    
T  26862373 attataaattgcttttgcaagtgttgatttccccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgtgtaccccttcatcagattccatatcaagaagcaat 26862274  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggc 159  Q
    |||||||||| || |||  |||| |||||||||||||| |||||    
T  26862273 ttcacttgttctactcgggactttaatccaacagggtatttggc 26862230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 162
Target Start/End: Original strand, 27337484 - 27337630
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||    
T  27337484 attataaattgcttttgcaagtgttgattttcccaagcctctagtaccataaagtcctaccatgttgaccccttcatcagattcctcatcaagaagcaat 27337583  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaac 162  Q
    || |||||||||| |||  |||  |||||||||||||| ||||||||    
T  27337584 tttacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaac 27337630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 162
Target Start/End: Original strand, 27398224 - 27398370
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||    
T  27398224 attataaattgcttttgcaagtgttgattttcccaagcctctagtaccataaagtcctaccatgttgaccccttcatcagattcctcatcaagaagcaat 27398323  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaac 162  Q
    || |||||||||| |||  |||  |||||||||||||| ||||||||    
T  27398324 tttacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaac 27398370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 27530690 - 27530916
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||||||| | | || || ||  | ||||||| ||  |    
T  27530690 attataaattgcttttgcaagtgttgatttacctatgcctccagtaccataaagtcctaccatgtggacctcatcatcagatttttcatcaagatgccct 27530789  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||| ||||||| |||  |||  ||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||| | ||| ||||||| |||| || |||||| | |||||    
T  27530790 ttcacatgttgtactcgggactgtaatccaacaggatatttggcaacatctaagggctcacgactaatcctgttggaaatgtcttcgactatctttccaa 27530889  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||    
T  27530890 taaactcgtattcatatctattcatgt 27530916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 184
Target Start/End: Original strand, 25492709 - 25492876
Alignment:
Q  17 ttatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatt 116  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| | | |  | || | ||| ||| ||||||||||    
T  25492709 ttatagattgattttgcaagtgttgatttacctaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaactcatcctcagatacctcatctagaagcaatt 25492808  T
Q  117 tcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatc 184  Q
    |||| ||||||| |||  | |  |||||||||||||| |||||||||| ||| |  ||||||||||||    
T  25492809 tcacgtgttgtactcgggattgtaatccaacagggtatttggcaacatgtaatgaaacacgattgatc 25492876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 16 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25580515 - 25580324
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||| | |  | ||   || | ||||||||||||    
T  25580515 attataaactgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccacatcctcagagcccatgtcaagaagcaat 25580416  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactat 207  Q
    |||||||||| ||||||  |||  |||||||||||||| ||||| || | |||    ||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  25580415 ttcacttgttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcgactat 25580324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 26824604 - 26824437
Alignment:
Q  24 ttgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttg 123  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||||||||| |||||| | | || || ||| |||||||||||  ||||||||||    
T  26824604 ttgcttttgcaagtgttgatttacctaaacctccaataccgtaaagtcctaccatatggaccacatcatcagattcgttatcaagaagagatttcacttg 26824505  T
Q  124 ttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttgg 191  Q
    ||||| |||  |||  |||||||| ||||| |||||||||| |||    ||||||||||||| |||||    
T  26824504 ttgtactcgggactgtaatccaaccgggtatttggcaacatgtaaactaacacgattgatctggttgg 26824437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 25539327 - 25539110
Alignment:
Q  25 tgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgt 124  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||| ||||| | |  | ||   ||   |||||||||||||||||||||    
T  25539327 tgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccaagtcaagaagcaatttcacttgt 25539228  T
Q  125 tgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaataaaatcat 224  Q
    | |||| |  |||  |||||||||||||| ||||| ||||||||    ||| ||||||| ||||||||||||| || |||||| |   ||||||| |  |    
T  25539227 tctattggggactgtaatccaacagggtatttggccacatataaaaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgt 25539128  T
Q  225 attcatatctgttcatgt 242  Q
    |||||||||| |||||||    
T  25539127 attcatatctattcatgt 25539110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 27215238 - 27215131
Alignment:
Q  23 attgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcactt 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    |||| ||||||||||||||||||| |||  |||| | |||| |||||||||||||| ||||    
T  27215238 attgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccagctccatgaagtcctaccatgtggacctcttccttagatcccttgtcaagaagcaattttactt 27215139  T
Q  123 gttgtatt 130  Q
    ||||||||    
T  27215138 gttgtatt 27215131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26143661 - 26143435
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | ||| |||||||||||||| ||||| | |  | ||   || | ||||||||||||    
T  26143661 attataaactgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccaaaaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccatgtcaagaagcaat 26143562  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||| || ||||||  |||  |||||||||||||| ||||| |||| |||    ||| ||||||| ||||||||||||| || |||||| |   |||    
T  26143561 ttcacttcttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacatttaaaaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcgactatcttctcaa 26143462  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  26143461 taaacttgtattcatatctattcatgt 26143435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 25 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 26056706 - 26056535
Alignment:
Q  25 tgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgt 124  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | ||| ||| |||||||||| ||||| | || | ||   || | |||||||||||||||||||||    
T  26056706 tgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccggtaccaaaaattcctaccatgcggacctcattctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgt 26056607  T
Q  125 tgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatg 196  Q
    | ||||||  |||  |||||||||||||| ||||| || | |||    ||| ||||||||||||||||||||    
T  26056606 tctattcgggactgcaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatcttgttggagatg 26056535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 25 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 26076676 - 26076505
Alignment:
Q  25 tgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgt 124  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | ||| ||| |||||||||| ||||| | || | ||   || | |||||||||||||||||||||    
T  26076676 tgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccggtaccaaaaattcctaccatgcggacctcattctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgt 26076577  T
Q  125 tgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatg 196  Q
    | ||||||  |||  |||||||||||||| ||||| || | |||    ||| ||||||||||||||||||||    
T  26076576 tctattcgggactgcaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatcttgttggagatg 26076505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 25 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25483843 - 25483661
Alignment:
Q  25 tgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgt 124  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | ||| |||||||||||||| ||||| | |  | ||   || | |||||||||||||||||||||    
T  25483843 tgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccaaaaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgt 25483744  T
Q  125 tgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactat 207  Q
    | ||||||  |||  |||||||||||||| ||||| || | |||     || ||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  25483743 tctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaatcatgattgatattgttggagatgtattggactat 25483661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 233
Target Start/End: Original strand, 28297256 - 28297346
Alignment:
Q  143 ccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaataaaatcatattcatatc 233  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |   ||||||| |||||||||||||    
T  28297256 ccaacggggtaatcggcaacatataaaggaacacgattgatcttgctggatacgtatttgactatcttctcaataaactcatattcatatc 28297346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 28514817 - 28514727
Alignment:
Q  143 ccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaataaaatcatattcatatc 233  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |   ||||||| |||||||||||||    
T  28514817 ccaacggggtaatcggcaacatataaaggaacacgattgatcttgctggatacgtatttgactatcttctcaataaactcatattcatatc 28514727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 28181775 - 28181693
Alignment:
Q  151 gtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaataaaatcatattcatatc 233  Q
    ||||| |||||||||||| || |||| ||||||||| ||||| | |||||||||||| | | | ||||| |||||||||||||    
T  28181775 gtaatcggcaacatataaaggaacacaattgatctttttggaaacgtatttgactatcttttcgataaactcatattcatatc 28181693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25511640 - 25511540
Alignment:
Q  107 agaagcaatttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgacta 206  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  |||  |||||||||||||| ||||| || |  ||    ||| ||||||||||||||||||||| || |||||    
T  25511640 agaagcaatttcacttgttctattcgggactgcaatccaacagggtatttggctacgttcaaaaaaacatgattgatcttgttggagatgtcttcgacta 25511541  T
Q  207 t 207  Q
    |    
T  25511540 t 25511540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 28227618 - 28227554
Alignment:
Q  143 ccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactat 207  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||||| || || |||||||||||    
T  28227618 ccaacagggtaatcggcaacatgtaaaggaacatgattgatcttgttagatatatatttgactat 28227554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 28235231 - 28235167
Alignment:
Q  143 ccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactat 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||| || |  |||||||||||    
T  28235231 ccaacagggtaatcggcaacatataaaggaacatgattgatcttgtttgatacatatttgactat 28235167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 267729 - 267955
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| | || || | | |||||||||||||||    
T  267729 attatagattgctcttgcaagggttgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagcaat 267828  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| | || ||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  267829 ttcacttgttgtacttgagaccataatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctcacgactgatcttgttggagatgtatttgactatctctccaa 267928  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  267929 taaacttgtattcatatctattcatgt 267955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 203
Target Start/End: Original strand, 28127064 - 28127251
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | | || |  | ||||||| ||||||||     
T  28127064 attataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccaataccataaagtcctaccatgtggacctcatcatcatatcccttatcgagaagcaaa 28127163  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttga 203  Q
    ||||||||||||| | |   ||  ||||||||||| || |||||||||| ||||   |||||||||||| ||| ||| |||| |||||    
T  28127164 ttcacttgttgtacttggtcctgtaatccaacaggatatttggcaacatgtaagaaaacacgattgatcctgtcggatatgtctttga 28127251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Original strand, 28163764 - 28163941
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| | | || |  | ||||||| |||||||||    
T  28163764 attataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtatcataaagtcctaccatgtggacctcatcatcatatcccttatcgagaagcaat 28163863  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggag 193  Q
    ||||||||||||| | || | |  ||||||||||| || || ||||||| |||    |||||||||||| ||| ||||    
T  28163864 ttcacttgttgtacttgagattgtaatccaacaggatattttgcaacatgtaaaaaaacacgattgatcctgtcggag 28163941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 8280 - 8054
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || | || || | | | |||||||||| ||    
T  8280 attataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgat 8181  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  8180 ttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaa 8081  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  8080 taaacttgtattcatatctattcatgt 8054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 2928 - 3154
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| || | || || |   | |||||||||| ||    
T  2928 attataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgat 3027  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3028 ttcacttgttgtactcgagacttcattccaacagggtaattggcaacatgtaagggttgacgactggtcttgttggagatgtatttgactatctctccaa 3127  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||    
T  3128 taaactcgtattcatatctattcatgt 3154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 13064 - 13290
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || | || || | | | |||||||||| ||    
T  13064 attataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgat 13163  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  13164 ttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaa 13263  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  13264 taaacttgtattcatatctattcatgt 13290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 4101 - 4319
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | || | || || | | | |||||||||| ||    
T  4101 attataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtgggctccatgatcagatccttcatcaagaagcgat 4200  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||  | || ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  4201 ttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgatgactgatcttgttggagatgttcttgactatctctccaa 4300  T
Q  216 taaaatcatattcatatct 234  Q
    |||| |  |||||||||||    
T  4301 taaacttgtattcatatct 4319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 60362 - 60136
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| | || || | ||| |||||||||| ||    
T  60362 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacctgagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgat 60263  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  60262 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaa 60163  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||  || ||||||||||| |||||||    
T  60162 taagctcgtattcatatctattcatgt 60136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 18074554 - 18074328
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| | || || | ||| |||||||||| ||    
T  18074554 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacctgagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgat 18074455  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  18074454 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaa 18074355  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||  || ||||||||||| |||||||    
T  18074354 taagctcgtattcatatctattcatgt 18074328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 18698785 - 18699011
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||| |||| || | || || | | ||||||||||||  |    
T  18698785 attataaattgctttcgcaagtgttgatttacccatgcctccaatgccataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgct 18698884  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  18698885 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagacgtatttgactatatctccaa 18698984  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  18698985 taaacttgtattcatatctattcatgt 18699011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 18678945 - 18679171
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||| || | || || |   | |||||||||| ||    
T  18678945 attataaattgcttttgcaagtgttaatttacccatgcctccaatgccataaagtcctaccatgcggactccatcataagatcattcatcaagaagcgat 18679044  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  18679045 ttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgccgactgatcttgttagagacgtatttgactatctctccaa 18679144  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  18679145 taaacttgtattcatatctattcatgt 18679171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 18723470 - 18723696
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||| |||| |||| ||   ||||| | | |||||||||||| ||    
T  18723470 attataaattccttttgcaagtgttgattttcccatgcctccaataccataaagtcctatcatgcggactccaccattagatcctttatcaagaagcgat 18723569  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    ||||||||||||| |||| |||  || |||||||||||| ||||||||| |||||||  |||| |||||||||||  ||  ||||||||||| | |||||    
T  18723570 ttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaagtggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttgttgacatatttgactatctttccaa 18723669  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  18723670 taaacttgtattcatatctattcatgt 18723696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 30 - 242
Target Start/End: Original strand, 18654876 - 18655088
Alignment:
Q  30 ttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgttgtat 129  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||| |||| |||| ||   || || | | |||||||||||| |||||||||||||||     
T  18654876 ttgcaagtgttgattttcccatgcctccaataccataaagtcctatcatgcggactccaccatcagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtac 18654975  T
Q  130 tcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaataaaatcatattca 229  Q
    |||| |||  || |||||||||||| ||||| ||| |||||||  |||| |||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||| |  ||||||    
T  18654976 tcgagactgcaacccaacagggtaactggcagcatgtaagggctgacgactgatcttgttggagacatatttgactatctttccaataaacttgtattca 18655075  T
Q  230 tatctgttcatgt 242  Q
    ||||| |||||||    
T  18655076 tatctattcatgt 18655088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 32 - 242
Target Start/End: Original strand, 18730905 - 18731115
Alignment:
Q  32 gcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgttgtattc 131  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||| |||| |||| ||   || || | | |||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  18730905 gcaagtgttgattttcccatgcctccaataccataaagtcctatcatgcggactccaccataagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactc 18731004  T
Q  132 gaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaataaaatcatattcata 231  Q
    || |||  || |||||||||||| ||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||  ||||||||||| | | ||||||| |  ||||||||    
T  18731005 gagactgcaacccaacagggtaaatggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagacatatttgactatcttttcaataaacttgtattcata 18731104  T
Q  232 tctgttcatgt 242  Q
    ||| |||||||    
T  18731105 tctattcatgt 18731115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 29273227 - 29273453
Alignment:
Q  16 attatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtggacccctttattagtttccttatcaagaagcaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||| |||| ||| | || || | | |||||||||||| ||    
T  29273227 attatagattgctcttgcaagggttgatttacccaagccaccaatcccataaattccaaccatatggatcccatcatcagatccattatcaagaagcgat 29273326  T
Q  116 ttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatgtctccaa 215  Q
    || |||||||||| | || |||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  29273327 ttgacttgttgtacttgagactgtaatccaacagggtatttggcaacatgtaagggcacgcggctgatcttgttggagatgtatttgactatctctccga 29273426  T
Q  216 taaaatcatattcatatctgttcatgt 242  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  29273427 taaacttgtattcatatctattcatgt 29273453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 28116 - 28052
Alignment:
Q  143 ccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactat 207  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||||| || || |||||||||||    
T  28116 ccaacagggtaatcggcaacatgtaaaggaacatgattgatcttgttagatatatatttgactat 28052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 35393 - 35329
Alignment:
Q  143 ccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactat 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||| || |  |||||||||||    
T  35393 ccaacagggtaatcggcaacatataaaggaacatgattgatcttgtttgatacatatttgactat 35329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 207
Target Start/End: Original strand, 57810 - 57874
Alignment:
Q  143 ccaacagggtaattggcaacatataagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactat 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||| || |  |||||||||||    
T  57810 ccaacagggtaatcggcaacatataaaggaacatgattgatcttgttagatacatatttgactat 57874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1353 times since January 2019
Visitors: 4368