View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0696_low_4 (Length: 513)

Name: NF0696_low_4
Description: NF0696
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0696_low_4
NF0696_low_4
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (21-507)||(29066569-29067055)
chr7 (84-461)||(3617388-3617765)
chr7 (116-461)||(29058081-29058426)
chr7 (101-461)||(29068847-29069207)
chr7 (108-461)||(28956712-28957065)
chr7 (84-461)||(3618886-3619263)
chr7 (84-461)||(29071309-29071686)
chr7 (106-461)||(29110793-29111148)
chr7 (63-240)||(29061043-29061220)
chr7 (337-461)||(29102176-29102300)
chr7 (337-461)||(29116321-29116445)
chr7 (106-460)||(29078043-29078397)
chr7 (337-461)||(29073213-29073337)
chr7 (98-234)||(29116082-29116218)
chr7 (77-234)||(29101916-29102073)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (101-461)||(11854217-11854577)
chr4 (84-461)||(11851486-11851863)
chr4 (337-461)||(11849831-11849955)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 507
Target Start/End: Original strand, 29066569 - 29067055
Alignment:
Q  21 cagggctttgcaagcacgaggatgacttatgttgtgtgccaggtaaaaaatatcagacatacaaatgttcaccgccggtatctagtcacacgaaggcata 120  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29066569 cagggcgttgcaagcacgaggatgacttatgttgtgtgccaggtaaaaaatatcagacatacaaatgttcaccgccggtatctagtcacacgaaggcata 29066668  T
Q  121 tctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgatacgcctgtggtggcactttcc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29066669 tctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaacggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgatacgcctgtggtggcactttcc 29066768  T
Q  221 actggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaaagtgtggttgcaatggtagttgatgaatgtgactcat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29066769 actggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaaagtgtggttgcaatggtagttgatgaatgtgactcat 29066868  T
Q  321 caaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29066869 caaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaa 29066968  T
Q  421 tcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgatcctccaaaatgaatgcaatttttatttatatttgtttctgtgctgc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29066969 tcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgatcctccaaaatgaatgcaatttttatttatatttgtttctgttctgc 29067055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 84 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 3617765 - 3617388
Alignment:
Q  84 aatgttcaccgccggtatctagtcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaa 183  Q
    ||||||||||  | ||||||| ||| || |||||||| ||||| ||||| |||||  | ||||||||||||||   |||||||||| | ||||| ||  |    
T  3617765 aatgttcaccatcagtatctactcatactaaggcatacctcacacttaatagttttcagaaaggtggagatggaggtggcccttcagcatgtgataatca 3617666  T
Q  184 gtattattccgatgatacgcctgtggtggcactttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaa 283  Q
    |||| |||| |||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||    ||||| || |||||  |||| || ||||||||||  |||||  ||    
T  3617665 gtatcattctgatgatacaccagtcgttgcactttccacaggatggttcaacgacaagagcagatgtctgaacaagattaccataagtgccaatggaaaa 3617566  T
Q  284 agtgtggttgcaatggtagttgatgaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgctt 383  Q
    ||||| || || | ||| |||||||| ||||||||  ||| ||| ||||||| ||||||||| || |||||||| ||| | || ||||||||||||||||    
T  3617565 agtgtagtggccacggtggttgatgagtgtgactctacaatgggatgtgatgaagaacatgattaccaacctccttgtccaaacaacattgttgatgctt 3617466  T
Q  384 caatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||| ||     |||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||    
T  3617465 ctaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggcctagatattacatggtcagatgcttgat 3617388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 116 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 29058426 - 29058081
Alignment:
Q  116 gcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgatacgcctgtggtggcac 215  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||   |||||||||| | ||||| ||  ||||| |||| ||||| || || || || ||||    
T  29058426 gcatacctcacacttaacagttttcaaaaaggtggagatggaggtggcccttcagcatgtgataatcagtatcattctgatgacactccagtcgttgcac 29058327  T
Q  216 tttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaaagtgtggttgcaatggtagttgatgaatgtga 315  Q
    ||||||| |||||||||||   |||||| || |||||  |||| || ||||||||||  |||||  ||||||| || || | ||| |||||||| |||||    
T  29058326 tttccacaggatggttcaacgataagagcagatgtctcaacaaaattaccataagtgccaatggaaaaagtgtagtggccacggtggttgatgagtgtga 29058227  T
Q  316 ctcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtccca 415  Q
    |||| ||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||     
T  29058226 ctcaacaatgggatgtgatgaagaacatgattatcaacctccttgcccaaacaacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcct 29058127  T
Q  416 aggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
        |||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||    
T  29058126 caagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgat 29058081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 101 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 29069207 - 29068847
Alignment:
Q  101 tctagtcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgata 200  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||   ||| ||||||   ||||||||  ||||| |||||||||| |    
T  29069207 tctactcacacaaaagcatatctcactcttaatagttttgaaaagggtggagatggaggtggtccttcagaatgtgacaagcagtatcattccgatgaca 29069108  T
Q  201 cgcctgtggtggcactttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaaagtgtggttgcaatggt 300  Q
    | || || || ||||| || || |||||||||||    ||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| || |||||    
T  29069107 ctcccgttgttgcactctcaaccggatggttcaaccgcaagagcaggtgcctcaacaacattaccataagtgcgaatggaaaaagtgtggtggccatggt 29069008  T
Q  301 agttgatgaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaa 400  Q
     |||||||| ||||||||   |||||| ||||||| | ||||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  29069007 tgttgatgagtgtgactccagaaagggatgtgatgaacaacatgattaccaacctccttgtccaaataacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaa 29068908  T
Q  401 gccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    || |||  ||| || |   | |||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||    
T  29068907 gctttaaatgtgcctaaagagcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgat 29068847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 108 - 461
Target Start/End: Original strand, 28956712 - 28957065
Alignment:
Q  108 acacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgatacgcctgt 207  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||   ||||||||||   ||||| ||  | ||  |||| ||||| || || ||    
T  28956712 acaccaaggcatatctcactcttaatagttttcaaaatggtggtgatggaggtggcccttcagaatgtgataatcaataccattctgatgacactccagt 28956811  T
Q  208 ggtggcactttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaaagtgtggttgcaatggtagttgat 307  Q
     || ||||||||||| |||||||||||     |||| ||||||||  | ||||| || || ||||  |||||  |||||||||| || ||||| ||||||    
T  28956812 tgttgcactttccaccggatggttcaaccacgagagcaggtgtctcaaaaacattacaattagtgcgaatgggaaaagtgtggtggccatggttgttgat 28956911  T
Q  308 gaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttag 407  Q
    || ||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||| ||| | || ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||    
T  28956912 gagtgtgactccacaaagggatgtgatgaagaacatgattaccaacctccttgtccaaacaacattgttgatgcttccaaggctgtgtgggaagctttag 28957011  T
Q  408 gtgtcccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    |||| ||     |||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||    
T  28957012 gtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgat 28957065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 84 - 461
Target Start/End: Original strand, 3618886 - 3619263
Alignment:
Q  84 aatgttcaccgccggtatctagtcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaa 183  Q
    ||||||||||| | |  |||| |||||| || ||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||    ||||||||  | ||||| ||| |    
T  3618886 aatgttcaccgtcagcgtctactcacactaaagcatatctcacgctcaacagttttcaaaaaggtggagatggaggcggcccttcggcatgtgataacca 3618985  T
Q  184 gtattattccgatgatacgcctgtggtggcactttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaa 283  Q
     ||  |||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| |  || || || |||||  |||| || ||||| || |  |||||   |    
T  3618986 ataccattctgatgacactcctgttgttgcactttccactggatggttcaacaacaaaagtagatgtctgaacaaaattaccatcagcgcgaatggaaga 3619085  T
Q  284 agtgtggttgcaatggtagttgatgaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgctt 383  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||| || |||||  | | ||| ||||||  ||||||||| || |||||||| |||  ||| ||||| |||||||| |    
T  3619086 agtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcct 3619185  T
Q  384 caatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    | |  ||||||||||||||||| | ||| ||     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3619186 ctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttgat 3619263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 84 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 29071686 - 29071309
Alignment:
Q  84 aatgttcaccgccggtatctagtcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaa 183  Q
    ||||||||||  | || |||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||    || |||||| | ||||| ||  |    
T  29071686 aatgttcaccatcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatca 29071587  T
Q  184 gtattattccgatgatacgcctgtggtggcactttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaa 283  Q
     ||| |||| ||||| || || || || ||||||||||| |||||||||||    ||||| || |||||  |||| || ||||||||||  |||||   |    
T  29071586 atatcattctgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaaga 29071487  T
Q  284 agtgtggttgcaatggtagttgatgaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgctt 383  Q
    ||||| || || |  || |||||||| ||||||||  | | ||| ||||||| ||||||||| || |||||||| ||| | || ||||||||||||||||    
T  29071486 agtgtagtggccactgtggttgatgagtgtgactctacgatgggatgtgatgaagaacatgattaccaacctccttgtccaaacaacattgttgatgctt 29071387  T
Q  384 caatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||| ||     |||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||    
T  29071386 ccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgat 29071309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 106 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 29111148 - 29110793
Alignment:
Q  106 tcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgatacgcct 205  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||   ||| ||||||   ||||||||  ||||| |||| ||||| || |||    
T  29111148 tcacaccaaagcatatctcactcttaatagttttcaaaagggtggagatggaggtggtccttcagaatgtgacaagcagtatcattctgatgacactcct 29111049  T
Q  206 gtggtggcactttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaaagtgtggttgcaatggtagttg 305  Q
    || || ||||||||||| |||||||||||   ||| || ||||||||  ||||||| || || ||||  |||||   || ||| || || ||||| ||||    
T  29111048 gttgttgcactttccaccggatggttcaaccataaaagcaggtgtctaaacaacattacaatcagtgctaatggaagaaatgtcgtggccatggttgttg 29110949  T
Q  306 atgaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagcctt 405  Q
    | || || || ||   |||||| ||||||| | | ||||| || ||||| || ||| | || ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||    
T  29110948 acgagtgcgattctagaaagggatgtgatgaacagcatgactaccaaccaccgtgtccaaacaacattgttgatgcttccaaagctgtgtggaaagcttt 29110849  T
Q  406 aggtgt-cccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    |||||| || || ||| |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||    
T  29110848 aggtgtgcctaaagaa-caatggggtggtcttgatattacatggtcagatgcttgat 29110793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 63 - 240
Target Start/End: Original strand, 29061043 - 29061220
Alignment:
Q  63 gtaaaaaatatcagacatacaaatgttcaccgccggtatctagtcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatgg 162  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||  | || ||||||| || |||| ||||||||||  |||||| |||| |||||||  |||||||||| |     
T  29061043 gtaaaaaatatcacacatacaaatgtttaccatccgtgtctagtcgcatgaagtcatatctcacatttaacattttcaaaaaaggcagagatggtaacga 29061142  T
Q  163 cccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgatacgcctgtggtggcactttccactggatggttcaatactaa 240  Q
    |||  |||| || |||||  ||||||||||| |||| || || |||||  |||| || || |||||||||||||||||    
T  29061143 cccaccaacatgcgacaatgagtattattccaatgacactccggtggtttcactctcaaccggatggttcaatactaa 29061220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 337 - 461
Target Start/End: Original strand, 29102176 - 29102300
Alignment:
Q  337 agaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttg 436  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||| ||     ||||||||||||| |||    
T  29102176 agaacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattg 29102275  T
Q  437 gatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  29102276 gacattacatggtctgatgcttgat 29102300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 337 - 461
Target Start/End: Original strand, 29116321 - 29116445
Alignment:
Q  337 agaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttg 436  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||| ||     ||||||||||||| |||    
T  29116321 agaacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattg 29116420  T
Q  437 gatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  29116421 gacattacatggtctgatgcttgat 29116445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 29078397 - 29078043
Alignment:
Q  106 tcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgatacgcct 205  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    || ||||||   ||||||||  | ||| |||| ||||| || |||    
T  29078397 tcacaccaaagcatatctcactcttaatagttttgaaaagggtggagatggaggcggtccttcagaatgtgacaagcaatatcattcagatgacactcct 29078298  T
Q  206 gtggtggcactttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaaagtgtggttgcaatggtagttg 305  Q
    || || ||||||||||| |||||||||||   ||| || ||||||||  ||||||| || || ||||  |||||   || ||| || || ||||| || |    
T  29078297 gttgttgcactttccaccggatggttcaaccataaaagcaggtgtctaaacaacattacaatcagtgctaatggaagaaatgtcgtggccatggttgtcg 29078198  T
Q  306 atgaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagcctt 405  Q
    | || || || ||   |||||| ||||||| | | ||||| || ||||| || ||| | || ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||    
T  29078197 acgagtgcgattctagaaagggatgtgatgaacagcatgactaccaaccaccttgtacaaacaacattgttgatgcttccaaagctgtgtggaaagcttt 29078098  T
Q  406 aggtgt-cccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttga 460  Q
    |||||| || || ||| |||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||    
T  29078097 aggtgtgcctaaagaa-caatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttga 29078043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 337 - 461
Target Start/End: Original strand, 29073213 - 29073337
Alignment:
Q  337 agaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttg 436  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||| ||     ||||||||||||| |||    
T  29073213 agaacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattg 29073312  T
Q  437 gatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    || ||||||||||| ||||||||||    
T  29073313 gacattacatggtccgatgcttgat 29073337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 234
Target Start/End: Original strand, 29116082 - 29116218
Alignment:
Q  98 gtatctagtcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatg 197  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||| || || ||||| ||| |||||||||||||   ||| |||||| | ||||| ||  | ||| ||||||| |    
T  29116082 gtatctactcacactaaagcatatctcacgctcaatagttttgaagaaggtggagatggaggtggtccttcagcgtgtgataatcaatatcattccgacg 29116181  T
Q  198 atacgcctgtggtggcactttccactggatggttcaa 234  Q
    | || || || || |||||||| ||||||||||||||    
T  29116182 acaccccggttgttgcactttctactggatggttcaa 29116218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 234
Target Start/End: Original strand, 29101916 - 29102073
Alignment:
Q  77 acatacaaatgttcaccgccggtatctagtcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtg 176  Q
    ||||| ||||| |||||  | ||||||| |||||| || || |||||||| || || |||||  || |||||||||||||   ||| |||||| | ||||    
T  29101916 acatataaatgctcaccatcagtatctactcacactaaagcgtatctcacgctcaatagttttcaagaaggtggagatggaggtggaccttcagcgtgtg 29102015  T
Q  177 acaacaagtattattccgatgatacgcctgtggtggcactttccactggatggttcaa 234  Q
    | ||  | ||| |||||||||| || || || || |||||||| ||||||||||||||    
T  29102016 ataatcaatatcattccgatgacaccccggttgttgcactttctactggatggttcaa 29102073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 101 - 461
Target Start/End: Original strand, 11854217 - 11854577
Alignment:
Q  101 tctagtcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgata 200  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||   ||| ||||||   ||||||||  ||||| |||||||||| |    
T  11854217 tctactcacacaaaagcatatctcactcttaatagttttgaaaagggtggagatggaggtggtccttcagaatgtgacaagcagtatcattccgatgaca 11854316  T
Q  201 cgcctgtggtggcactttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaaagtgtggttgcaatggt 300  Q
    | || || || ||||| || || |||||||||||    ||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| || |||||    
T  11854317 ctcccgttgttgcactctcaaccggatggttcaaccacaagagcaggtgcctcaacaacattaccataagtgcgaatggaaaaagtgtggtggccatggt 11854416  T
Q  301 agttgatgaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaa 400  Q
     |||||||| ||||||||   |||||| ||||||| | ||||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  11854417 tgttgatgagtgtgactccagaaagggatgtgatgaacaacatgattaccaacctccttgtccaaataacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaa 11854516  T
Q  401 gccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    || |||  ||| || |   | |||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||    
T  11854517 gctttaaatgtgcctaaagagcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgat 11854577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 84 - 461
Target Start/End: Original strand, 11851486 - 11851863
Alignment:
Q  84 aatgttcaccgccggtatctagtcacacgaaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaatggcccttcaacttgtgacaacaa 183  Q
    ||||||||||  | || |||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||    || |||||| | ||||| ||  |    
T  11851486 aatgttcaccatcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatca 11851585  T
Q  184 gtattattccgatgatacgcctgtggtggcactttccactggatggttcaatactaagagaaggtgtcttcacaacatcaccataagtggaaatggtcaa 283  Q
     ||| |||| ||||| || || || || ||||||||||| |||||||||||    ||||| || |||||  |||| || ||||||||||  |||||   |    
T  11851586 atatcattctgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaaga 11851685  T
Q  284 agtgtggttgcaatggtagttgatgaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgctt 383  Q
    |||||||| || |  || |||||||| ||||||||  | | ||| ||||||| ||||||||| || |||||||| ||| | || ||||||||||||||||    
T  11851686 agtgtggtggccactgtggttgatgagtgtgactctacgatgggatgtgatgaagaacatgattaccaacctccttgtccaaacaacattgttgatgctt 11851785  T
Q  384 caatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||| ||     |||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||    
T  11851786 ccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgat 11851863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 337 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 11849955 - 11849831
Alignment:
Q  337 agaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttg 436  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||| ||     ||||||||||||| |||    
T  11849955 agaacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattg 11849856  T
Q  437 gatattacatggtctgatgcttgat 461  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  11849855 gacattacatggtctgatgcttgat 11849831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University