View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0705_high_1 (Length: 807)

Name: NF0705_high_1
Description: NF0705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0705_high_1
NF0705_high_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (122-748)||(37562304-37562937)
chr8 (618-748)||(13934962-13935092)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (97-740)||(51421064-51421706)
chr3 (618-727)||(51420891-51421000)
chr3 (612-682)||(49287772-49287844)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (97-740)||(38931331-38931973)
chr1 (618-727)||(38932037-38932146)
chr1 (444-496)||(52747018-52747070)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (612-682)||(4386099-4386171)
chr2 (691-741)||(36391654-36391704)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (628-677)||(32944403-32944452)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (628-677)||(33370794-33370843)
chr4 (615-682)||(43079245-43079311)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (612-682)||(35771152-35771222)
chr7 (624-682)||(35770359-35770419)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 122 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 37562937 - 37562304
Alignment:
Q  122 ccttattttattttctttgctgcaatgtattaatcccaatcgaaaacattgatcatggttttgattgttcattattatatatgaagtggatttcagattt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37562937 ccttattttattttctttgctgcaatgtattaatcccaatccaaaatattgctcatgattttgattgttcattattatatatgaagtggatatcagattt 37562838  T
Q  222 ggagcaatctaagcttccctttcattattagaccacaaatctaacctctgcatttgtatttgttgagtgctgcggcagctaacttaacctgactgcacga 321  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37562837 ggagcaatctaagcttcccttccattattagaccacaaatctaacctctccatttgtatttgttgagtgctgaggcagctaacttaacctgactgcacga 37562738  T
Q  322 atacatannnnnnnnnnnnnnnnnncttccaaaagaaattagccacaacactgtgtgaatttgtatgctaacctgtgtgaatttttatatgttccttcta 421  Q
    |||||||                  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37562737 atacatattttttttccatttttt-cttccaaaagaaattagtcacaacactctgtgaatttgtatgctaacctgtgtgaatttttatatgttccttcta 37562639  T
Q  422 ttattcaagacccaactcttccgtcagccagaggttgagaatatattttgctcaaatcaaacaatttgttcctatatagtgtcctgcaaggattgattac 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37562638 ttattcaagacccaactcttccgtcagccagaggttgagaatatattttgctcaaatcaaacaatttgttcctatatagtgtcctgcaaggattgattac 37562539  T
Q  522 tttgaattgcaaaaagtaagttcatggaatattaattgttaaaattttgaatctgattggtaaaaactatagttctcatggtgttcctggtgg------- 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||           
T  37562538 tttgaattgcaaaaagtaagttcatggaatattgattgttaaaattttgaatctgattggtaaaaactatagttctcatggtgttgctggtggtgggttg 37562439  T
Q  615 -tggggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataaaattgtagatttaatggttaaaattgatttt 713  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  37562438 gtggggatgaaggagagagatggtagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataagattgtagatctaatggttaaaattgacttt 37562339  T
Q  714 cccatggtggaaaataattctcctttcctatgcta 748  Q
    || ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  37562338 cctatggtgggaaacaattctcctttcccatgcta 37562304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 618 - 748
Target Start/End: Original strand, 13934962 - 13935092
Alignment:
Q  618 ggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataaaattgtagatttaatggttaaaattgattttccca 717  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |    
T  13934962 ggatgaatgaaagagatggtagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgacaagattgtagatctaatggttaaaagtgactttccta 13935061  T
Q  718 tggtggaaaataattctcctttcctatgcta 748  Q
    |||||||||| || | |||||||| ||||||    
T  13935062 tggtggaaaacaactttcctttcccatgcta 13935092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 740
Target Start/End: Original strand, 51421064 - 51421706
Alignment:
Q  97 ttaatttcccttgtctctccttcatccttattttattttctttgctgcaatgtattaatcccaatcgaaaacattgatcatggttttgattgttcattat 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  51421064 ttaatttcccttgtctctccttcatccttattttattttctttgatgcaatgtattaatccaaatctaaaacatttctcatggttttgattgtttattat 51421163  T
Q  197 tatatatgaagtggatttcagatttggagcaatctaagcttccctttcattattagaccacaaatctaacctctgcatttgtatttgt--tgagtgctgc 294  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  51421164 tatatatgaagtggatatcagatttggagcaatctaagcttcccttccattattagaccacaaatctaacctctgcatttgtatttgtgttgagtgctga 51421263  T
Q  295 ggcagctaacttaacctgactgcacgaatacatannnnnnnnnnnnnnnnnncttccaaaagaaattagccacaacactgtgtgaatttgtatgctaacc 394  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||     
T  51421264 ggcaactaacctaacctgactgcacgaatacatattttttt-----------cttccaaaagaaattagtcacaatagtgtgtgaatttgtatgctaact 51421352  T
Q  395 tgtgtgaatttttatatgttccttctattattcaagacccaactcttccgtcagccagaggttgagaatatattttgctcaaatcaaacaatttgttcct 494  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  51421353 tgtgtaaatttttatatgttccttctattattcaagacccaactgttccgtcagccagaggttgagaatatattttcctcaaatcaaacaatttgttcct 51421452  T
Q  495 atatagtgtcctgcaaggattgattactttgaattgcaaaaagtaagttcatggaatattaattgttaaaattttgaatctgattggtaaaaactatagt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51421453 atatagtgtcctgcaaggattgattactttgaattgcaaaaagtaagttcatggaatattgattgttaaaattttgaatctgattggtaaaaactatagt 51421552  T
Q  595 tctcatggtgttcctgg--------tggtggggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataaaatt 686  Q
    |||||||||||| ||||        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  51421553 tctcatggtgttgctggtggtgggttggtggggatgaaggagagagatggtagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataagatt 51421652  T
Q  687 gtagatttaatggttaaaattgattttcccatggtggaaaataattctcctttc 740  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  51421653 gtagatttaatggttcaaattgactttcccatggtgggaaacaattcccctttc 51421706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 618 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 51421000 - 51420891
Alignment:
Q  618 ggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataaaattgtagatttaatggttaaaattgattttccca 717  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |    
T  51421000 ggatgaatgaaagagatggtagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgacaagattgtagatctaatggttaaaaatgactttccta 51420901  T
Q  718 tggtggaaaa 727  Q
    ||||||||||    
T  51420900 tggtggaaaa 51420891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 612 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 49287844 - 49287772
Alignment:
Q  612 tggtggggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgaca--aaaatatagtgttgagagtgtatgataa 682  Q
    |||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  49287844 tggtagggatgaaggagagtgatggttgtggaagatagtgacaaaaaaatttggtgttgagagtgtatgataa 49287772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 38931973 - 38931331
Alignment:
Q  97 ttaatttcccttgtctctccttcatccttattttattttctttgctgcaatgtattaatcccaatcgaaaacattgatcatggttttgattgttcattat 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  38931973 ttaatttcccttgtctctccttcatccttattttattttctttgatgcaatgtattaatccaaatctaaaacatttctcatggttttgattgtttattat 38931874  T
Q  197 tatatatgaagtggatttcagatttggagcaatctaagcttccctttcattattagaccacaaatctaacctctgcatttgtatttgt--tgagtgctgc 294  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  38931873 tatatatgaagtggatatcagatttggagcaatctaagcttcccttccattattagaccacaaatctaacctctgcatttgtatttgtgttgagtgctga 38931774  T
Q  295 ggcagctaacttaacctgactgcacgaatacatannnnnnnnnnnnnnnnnncttccaaaagaaattagccacaacactgtgtgaatttgtatgctaacc 394  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||     
T  38931773 ggcaactaacctaacctgactgcacgaatacatattttttt-----------cttccaaaagaaattaatcacaatagtgtgtgaatttgtatgctaact 38931685  T
Q  395 tgtgtgaatttttatatgttccttctattattcaagacccaactcttccgtcagccagaggttgagaatatattttgctcaaatcaaacaatttgttcct 494  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38931684 tgtgtaaatttttatatgttccttctattattcaagacccaactgttccgtcagccagaggttgagaatatattttcctcaaatcaaacaatttgttcct 38931585  T
Q  495 atatagtgtcctgcaaggattgattactttgaattgcaaaaagtaagttcatggaatattaattgttaaaattttgaatctgattggtaaaaactatagt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931584 atatagtgtcctgcaaggattgattactttgaattgcaaaaagtaagttcatggaatattgattgttaaaattttgaatctgattggtaaaaactatagt 38931485  T
Q  595 tctcatggtgttcctggtgg--------tggggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataaaatt 686  Q
    |||||||||||| |||||||        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38931484 tctcatggtgttgctggtggtgggttggtggggatgaaggagagagatggtagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataagatt 38931385  T
Q  687 gtagatttaatggttaaaattgattttcccatggtggaaaataattctcctttc 740  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  38931384 gtagatctaatggttcaaattgactttcccatggtgggaaacaattcccctttc 38931331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 618 - 727
Target Start/End: Original strand, 38932037 - 38932146
Alignment:
Q  618 ggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataaaattgtagatttaatggttaaaattgattttccca 717  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |    
T  38932037 ggatgaatgaaagagatggtagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgacaagattgtagatctaatggttaaaaatgactttccta 38932136  T
Q  718 tggtggaaaa 727  Q
    ||||||||||    
T  38932137 tggtggaaaa 38932146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 52747070 - 52747018
Alignment:
Q  444 gtcagccagaggttgagaatatattttgctcaaatcaaacaatttgttcctat 496  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  52747070 gtcagtcagaggttgaaaatatcttttcctcaaatcaaacaaattgttcctat 52747018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 46; Significance: 8e-17; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 612 - 682
Target Start/End: Original strand, 4386099 - 4386171
Alignment:
Q  612 tggtggggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaa--tatagtgttgagagtgtatgataa 682  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  4386099 tggtggggatgaaggagagtgatggttgtggaagatagtgacaaaaaattctagtgttgagagtgtatgataa 4386171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 691 - 741
Target Start/End: Original strand, 36391654 - 36391704
Alignment:
Q  691 atttaatggttaaaattgattttcccatggtggaaaataattctcctttcc 741  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || || |||||||    
T  36391654 atttaatggttaaaatttactttcccatggtggaaaacaactcccctttcc 36391704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 628 - 677
Target Start/End: Original strand, 32944403 - 32944452
Alignment:
Q  628 gagagatgctagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtat 677  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  32944403 gagagatggtagtggaagatagtgacaataatctagtgttgagggtgtat 32944452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 628 - 677
Target Start/End: Original strand, 33370794 - 33370843
Alignment:
Q  628 gagagatgctagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtat 677  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  33370794 gagagatggtagtggaagatagtgacaataatctagtgttgagggtgtat 33370843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 615 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 43079311 - 43079245
Alignment:
Q  615 tggggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaatatagtgttgagagtgtatgataa 682  Q
    ||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  43079311 tggggatgagggagagagatgatgatggaagatagcgataaaa-tatagtgttgagagtgcatgataa 43079245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 612 - 682
Target Start/End: Original strand, 35771152 - 35771222
Alignment:
Q  612 tggtggggatgaaggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaa--tatagtgttgagagtgtatgataa 682  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | |||||  |||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||    
T  35771152 tggtggggatgaaggagagtgatggttgtgga--atagtgacaaaaaattatggtgttgagagtgtataataa 35771222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 624 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 35770419 - 35770359
Alignment:
Q  624 aggagagagatgctagtggaagatagtgacaaaaa--tatagtgttgagagtgtatgataa 682  Q
    ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||    
T  35770419 aggagagtgatggttgtggaagatagtgacaaaaaattctggtgttgagagtgtatgataa 35770359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1390 times since January 2019
Visitors: 4368