View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0707_high_11 (Length: 388)

Name: NF0707_high_11
Description: NF0707
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0707_high_11
NF0707_high_11
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (7-360)||(2350913-2351266)
chr2 (9-360)||(2303339-2303690)
chr2 (8-360)||(2326893-2327245)
chr2 (9-360)||(2321040-2321392)
chr2 (9-360)||(2330609-2330960)
chr2 (26-360)||(2293743-2294077)
chr2 (33-360)||(2310081-2310408)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (225-360)||(26506746-26506881)
chr8 (138-360)||(41127050-41127272)
chr8 (250-360)||(26494726-26494836)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 360
Target Start/End: Original strand, 2350913 - 2351266
Alignment:
Q  7 tagataatacttccacggctttgcaatggattatggcaaatttggtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatggg 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350913 tagatactacttccacggctttgcaatggattatggcaaatttggtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatggg 2351012  T
Q  107 tcatgatggaaatggagagaaggtggaagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatcca 206  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351013 tcgtgatggaaatggagagaaggtggaagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatcca 2351112  T
Q  207 ccggggcataatgtgttaccacacgcggtgacagaggatgtgctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagaga 306  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351113 ccggggcataatgtgttgccacacgcggtgacagaggatgtgctttttaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagaga 2351212  T
Q  307 tggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggt 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351213 tggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggt 2351266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 9 - 360
Target Start/End: Original strand, 2303339 - 2303690
Alignment:
Q  9 gataatacttccacggctttgcaatggattatggcaaatttggtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatgggtc 108  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||     
T  2303339 gatactacttccactactttgcaatggattatggcgaatttggttaagtacccagaagtgcagaggaggcttgtggaggagattcgggaggtgatgggtg 2303438  T
Q  109 atgatggaaatggagagaaggtggaagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccacc 208  Q
     |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2303439 gtgatgagaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaagaattgcagaaacttcggtatttgaaatgtgttgttttggaagggttgaggcgtcatccacc 2303538  T
Q  209 ggggcataatgtgttaccacacgcggtgacagaggatgtgctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatg 308  Q
    |||||||  | |||| ||||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  2303539 ggggcattttctgttgccacacgcggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctggcggagatg 2303638  T
Q  309 gggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggt 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2303639 gggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggt 2303690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 8 - 360
Target Start/End: Original strand, 2326893 - 2327245
Alignment:
Q  8 agataatacttccacggctttgcaatggattatggcaaatttggtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatgggt 107  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||| | ||||||    
T  2326893 agatactacttccaccgctttgcattggattatggcgaatttggtgaagtacccggacgttcaaaggaggcttgtgcaggagattagggagttcatgggt 2326992  T
Q  108 catgatggaaatggagagaaggtggaagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccac 207  Q
      ||||||   || |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326993 ggtgatggtgttgtagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaagtgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccac 2327092  T
Q  208 cggggcataatgtgttaccacacgcggtgacagaggatgtgctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagat 307  Q
    | ||||||  |||||| || || || ||||  || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2327093 cagggcattttgtgttgcctcatgcagtgagcgatgatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagat 2327192  T
Q  308 ggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggt 360  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2327193 ggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggt 2327245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 9 - 360
Target Start/End: Original strand, 2321040 - 2321392
Alignment:
Q  9 gataatacttccacggctttgcaatggattatggcaaatttggtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatgggtc 108  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||| |     
T  2321040 gatactacttccactgctttgcagtggattatggcgaatttggtgaagtacccggaagtgcaggggaggcttgtggaggagattcgtgaggtgatggtta 2321139  T
Q  109 atgatggaaatggagagaaggtggaagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccacc 208  Q
     |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||   ||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2321140 gtgatgacaatggagagaaggaggaagtgaaagaggaaaacttgcagaaacttcgatatttgaagtgcgtggttttggaagggatgaggcgtcatccacc 2321239  T
Q  209 -ggggcataatgtgttaccacacgcggtgacagaggatgtgctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagat 307  Q
     |||||||  ||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || | |||||    
T  2321240 aggggcattttgtgttggcacacacggtgaaagaggatgtggttttgaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctgtcggagat 2321339  T
Q  308 ggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggt 360  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2321340 ggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaaggt 2321392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 9 - 360
Target Start/End: Original strand, 2330609 - 2330960
Alignment:
Q  9 gataatacttccacggctttgcaatggattatggcaaatttggtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatgggtc 108  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||     
T  2330609 gatactacttccaccgctttgcaatggattatggcgaatttggtgaagtacccggacgttcaggggaagcttgtggaggagattacagaggtgatgggtg 2330708  T
Q  109 atgatggaaatggagagaaggtggaagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccacc 208  Q
      ||||    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330709 gcgatgatgctggagagaaggaggaagtgaaagaggaagacttgcataaacttcggtatttgaagtgcgtggttttggaagggttgaggcgtcatccacc 2330808  T
Q  209 ggggcataatgtgttaccacacgcggtgacagaggatgtgctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatg 308  Q
     ||||||   ||||| || ||||| ||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2330809 agggcatttcgtgttgcctcacgcagtgagcgaggatgtggttttgaatggttatttggtgcctaaagatgggacggtgaattttatggttgcagagatg 2330908  T
Q  309 gggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggt 360  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  2330909 gggttggaccctcgtgtttgggaggatccaatggaatttaagccagaaaggt 2330960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 26 - 360
Target Start/End: Original strand, 2293743 - 2294077
Alignment:
Q  26 tttgcaatggattatggcaaatttggtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatgggtcatgatggaaatggagag 125  Q
    |||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  2293743 tttgcagtggattatggcgaatgtagtgaagtacccagaagtgcaggggaggcttgtggaggagattcgggaggtgatgggtggtgatgaaaatggagag 2293842  T
Q  126 aaggtggaagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggcataatgtgttac 225  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |  ||| |    
T  2293843 aaggaggaagtgaaagaggaagacttgcagaaacttcggtatttgaagtgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggaaatttccgttgc 2293942  T
Q  226 cacacgcggtgacagaggatgtgctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgt 325  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || |||| ||||||| || ||||||||||||    
T  2293943 cacacgcggtgaaagaggatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttcttgctggcggagatggcgttggatcctcgtgt 2294042  T
Q  326 ttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggt 360  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||    
T  2294043 ttgggaggacccgttggagtttaagccagaaaggt 2294077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 33 - 360
Target Start/End: Original strand, 2310081 - 2310408
Alignment:
Q  33 tggattatggcaaatttggtgaagtaccccgacgtgcaagggaggcttgtggacgagattagggaggtgatgggtcatgatggaaatggagagaaggtgg 132  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||    
T  2310081 tggattatggcgaatgtggtgaagtacccagaagtgaaggggaggcttgtggaggagattcgggaggtgatgggtggtgatgaaaatggagagaaggagg 2310180  T
Q  133 aagtgaaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggcataatgtgttaccacacgc 232  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   |  ||| ||||||||    
T  2310181 aagtgaaagaggaagacttgcagaaactttggtatttgaagtgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccatcggggaaatttccgttgccacacgc 2310280  T
Q  233 ggtgacagaggatgtgctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggag 332  Q
    ||||| |||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |  |||| ||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  2310281 ggtgaaagaggatgtggttttggacggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttctttctggcggagatggcgttggatcgtcgtgtttgggag 2310380  T
Q  333 gatccaatggagtttaagccagagaggt 360  Q
    || ||| |||||||||||||||| ||||    
T  2310381 gacccattggagtttaagccagaaaggt 2310408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 360
Target Start/End: Original strand, 26506746 - 26506881
Alignment:
Q  225 ccacacgcggtgacagaggatgtgctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtg 324  Q
    ||||| || ||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||  |||    
T  26506746 ccacatgcagtgaccgaggatgtgatttttaacggttacttggtgcctaaaaatgggacagttaattttatggtggcagaggttgggtgggatccaagtg 26506845  T
Q  325 tttgggaggatccaatggagtttaagccagagaggt 360  Q
    ||||||||||||| ||||  || |||||||| ||||    
T  26506846 tttgggaggatcccatggcattcaagccagataggt 26506881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 138 - 360
Target Start/End: Original strand, 41127050 - 41127272
Alignment:
Q  138 aaagaggaagatttgcagaaacttttgtatctgaaatgtgtggttttggaagggttgaggcgtcatccaccggggcataatgtgttaccacacgcggtga 237  Q
    ||||||||||| |||||||| ||    ||||| || |||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||   |||||| || || |||||||    
T  41127050 aaagaggaagacttgcagaacctaccatatctaaagtgtgtgattttggaagggctgaggtgtcacccaccggggcactttgtgttgccccatgcggtga 41127149  T
Q  238 cagaggatgtgctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatcc 337  Q
      ||||||||| ||||  | ||||| ||| |||||||||||| |   || ||||| ||||||||||| || ||| |||| ||| |||||||||| |||||    
T  41127150 aggaggatgtggttttcgacggttacttgctgcctaaaaatgtggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctagtgtttgggaagatcc 41127249  T
Q  338 aatggagtttaagccagagaggt 360  Q
    | |||||||||| ||||| ||||    
T  41127250 attggagtttaaaccagaaaggt 41127272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 250 - 360
Target Start/End: Original strand, 26494726 - 26494836
Alignment:
Q  250 tttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaa 349  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || |  |||||    |||||||||||||| | || ||||||    
T  26494726 ttttgaatggttacttggtgcctaaaaatgggactgtgaattttatggtggcagatataggattagatccaacggtttgggaggatcctacggtgtttaa 26494825  T
Q  350 gccagagaggt 360  Q
    |||||||||||    
T  26494826 gccagagaggt 26494836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1536 times since January 2019
Visitors: 4422