View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0708_low_3 (Length: 431)

Name: NF0708_low_3
Description: NF0708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0708_low_3
NF0708_low_3
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (7-416)||(36775301-36775710)
chr2 (45-413)||(36760025-36760390)
chr2 (53-413)||(36788029-36788386)
chr2 (53-342)||(36796432-36796718)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 416
Target Start/End: Original strand, 36775301 - 36775710
Alignment:
Q  7 ttatcttcatctccaatgaaaaaatacgattccaccatagtcactggtgaattggatatatggagttcactcttgacccnnnnnnngaaagatgaagctt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       ||||||||||||||    
T  36775301 ttatcttcatctccaatgaaaaaatacgattccaccatagtcactggtgaattggatatatggagttcaatcttgacccaaaaaaagaaagatgaagctt 36775400  T
Q  107 cacaatcaaaaactcctccttatattcacccacttgtgaaaaattcacaaaattatttgagtgaaaagagtcttgaaatgtgcactgagattcttggatc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36775401 cacaatcaaaaactcctccttatattcacccacttgtgaaaaattcacaaaattatttaagtgaaaagagtcttgaaatgtgcactgagattcttggatc 36775500  T
Q  207 agaaaatggatcagatgggttcttttcttcttacacatcatttgaagataataattccaaggatggtgaaaaattgaaagaaaaggtgaacatagtgaag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36775501 agaaaatggatcagatgggttcttttcttcttacacatcatttgaagataataattccaaggatggtgaaaaattgaaagaaaaggtgaacatggtgaag 36775600  T
Q  307 aaaccacgttgttttcctcctccacttcctttactctttagtcaaagtcaaccactcaaaatgaggccccatcgtgacaatggaagattgtttttgttcc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36775601 aaaccacgttgttttcctcctccacttcctttactctttagtcaaagtcaaccactcaaaatgaggccccaccgtgacaatggaagattgtttttgttcc 36775700  T
Q  407 tagaagtagt 416  Q
    ||||||||||    
T  36775701 tagaagtagt 36775710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 45 - 413
Target Start/End: Original strand, 36760025 - 36760390
Alignment:
Q  45 agtcactggtgaattggatatatggagttcactcttgacccnnnnnnngaaagatgaagcttcacaatcaaaaactcctccttatattcacccacttgtg 144  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36760025 agtcactagtgaattggatatatggagttcaatcttgaaccaaaagaacaaagatgaagcttcacaatcaaaaactcctccttatattcatccacttgtg 36760124  T
Q  145 aaaaattcacaaaattatttgagtgaaaagagtcttgaaatgtgcactgagattcttggatcagaaaatggatcagatgggttcttttcttcttacacat 244  Q
    ||||||||| | |||||| | ||||  |||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||| |||||||| |||   |||||||||||||    
T  36760125 aaaaattcaaacaattatctaagtgctaagagtcttgaaatttgcaccgagagccttggatcagaaactggctcagatggtttc---tcttcttacacat 36760221  T
Q  245 catttgaagataataattccaaggatggtgaaaaattgaaagaaaaggtgaacatagtgaagaaaccacgttgttttcctcctccacttcctttactctt 344  Q
    ||| ||||||||| ||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  36760222 catctgaagataacaattcaaatgatgatgaaaacttgaaagaaaaggtggacatggtgaagaagattcgttgttttcctcctccacttccttcactttt 36760321  T
Q  345 tagtcaaagtcaaccactcaaaatgaggccccatcgtgacaatggaagattgtttttgttcctagaagt 413  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||  ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  36760322 tagtcaaagccaaccacttcaaatgacaccccaacgtgacaatggaaggctgtttttgttcctacaagt 36760390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 53 - 413
Target Start/End: Original strand, 36788029 - 36788386
Alignment:
Q  53 gtgaattggatatatggagttcactcttgacccnnnnnnngaaagatgaagcttcacaatcaaaaactcctccttatattcacccacttgtgaaaaattc 152  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36788029 gtgaattggatatatggagttcaatcttgaaccaaaagaacaaagatgaagcttcacaatcaaaaactcctccttatattcatccacttgtgaaaaattc 36788128  T
Q  153 acaaaattatttgagtgaaaagagtcttgaaatgtgcactgagattcttggatcagaaaatggatcagatgggttcttttcttcttacacatcatttgaa 252  Q
    | | |||||| | ||||  |||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||| |||||||| ||||   ||||||||||||||| |||     
T  36788129 aaacaattatctaagtgctaagagtcttgaaatttgcaccgagagccttggatcagaaactggctcagatggtttct---cttcttacacatcatatgag 36788225  T
Q  253 gataataattccaaggatggtgaaaaattgaaagaaaaggtgaacatagtgaagaaaccacgttgttttcctcctccacttcctttactctttagtcaaa 352  Q
    ||||| ||||| || || | |||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  36788226 gataacaattcaaacgaagatgaaaacttgaaagaaaaggcggacatggtgaagaaaccacgttgttatcctcctccacttccttcactctttagtcata 36788325  T
Q  353 gtcaaccactcaaaatgaggccccatcgtgacaatggaagattgtttttgttcctagaagt 413  Q
    | ||||||||  |||||| |||||  |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  36788326 gccaaccacttcaaatgatgccccgccgtgacaatggaaggttgtctttgttcctacaagt 36788386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 53 - 342
Target Start/End: Original strand, 36796432 - 36796718
Alignment:
Q  53 gtgaattggatatatggagttcactcttgacccnnnnnnngaaagatgaagcttcacaatcaaaaactcctccttatattcacccacttgtgaaaaattc 152  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36796432 gtgaattggatatatggagttcaatcttgaaccaaaagaacaaagatgaagcttcacattcaaaaactcctccttatattcacccacttgtgaaaaattc 36796531  T
Q  153 acaaaattatttgagtgaaaagagtcttgaaatgtgcactgagattcttggatcagaaaatggatcagatgggttcttttcttcttacacatcatttgaa 252  Q
    | |||| ||||| ||||||||||||||  |||| ||||| |||| |||||| ||  |||   | |||||||| |||   |||||||||||||||||||||    
T  36796532 aaaaaactatttaagtgaaaagagtctcaaaatctgcaccgagagtcttggctctcaaagcagttcagatggattc---tcttcttacacatcatttgaa 36796628  T
Q  253 gataataattccaaggatggtgaaaaattgaaagaaaaggtgaacatagtgaagaaaccacgttgttttcctcctccacttcctttactc 342  Q
    ||||| || |||||  ||| |||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||    
T  36796629 gataacaactccaattatgatgaaaaattgaaagaaatagtgagcatggtgaagaaaccacgttcttatcctccttcacttccttcactc 36796718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University