View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0709_low_5 (Length: 341)

Name: NF0709_low_5
Description: NF0709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0709_low_5
NF0709_low_5
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-331)||(34830240-34830570)
chr7 (1-331)||(46485696-46486026)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-331)||(19421365-19421695)
chr5 (1-331)||(20086250-20086580)
chr5 (1-331)||(30825202-30825532)
chr5 (1-331)||(765660-765990)
chr5 (1-331)||(19680294-19680624)
chr5 (1-331)||(41374372-41374702)
chr5 (18-331)||(30663342-30663655)
chr5 (1-215)||(1379966-1380180)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-331)||(10229666-10229996)
chr4 (1-331)||(5057960-5058290)
chr4 (1-282)||(20172903-20173184)
chr4 (61-329)||(18379858-18380126)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-331)||(6900044-6900374)
chr2 (1-331)||(11746442-11746772)
chr2 (1-331)||(37018439-37018769)
chr2 (6-331)||(43803313-43803638)
chr2 (1-331)||(44333996-44334326)
chr2 (1-331)||(36627910-36628240)
chr2 (18-327)||(6004693-6005002)
chr2 (26-236)||(13721677-13721887)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-331)||(42609234-42609564)
chr8 (1-331)||(8590573-8590903)
[»] scaffold0170 (1 HSPs)
scaffold0170 (1-331)||(28339-28669)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-331)||(6410293-6410623)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-331)||(26522797-26523127)
chr3 (18-331)||(39196991-39197304)
chr3 (16-327)||(52608039-52608350)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (1-331)||(22023888-22024218)
chr6 (1-297)||(26335439-26335735)
chr6 (1-328)||(13048564-13048892)
[»] scaffold0504 (1 HSPs)
scaffold0504 (1-331)||(3116-3444)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 34830240 - 34830570
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34830240 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 34830339  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34830340 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 34830439  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34830440 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 34830539  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34830540 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 34830570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 46485696 - 46486026
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46485696 gtcgaatttacgttgaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 46485795  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46485796 gtcggacacaatacacatggcttgtcggagcaccgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 46485895  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46485896 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagattcttcaaaaagaaactccaagcctccttgatctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 46485995  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46485996 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 46486026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 19421365 - 19421695
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19421365 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 19421464  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19421465 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 19421564  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19421565 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 19421664  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19421665 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 19421695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 20086250 - 20086580
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20086250 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 20086349  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20086350 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 20086449  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20086450 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 20086549  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20086550 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 20086580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 30825532 - 30825202
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30825532 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 30825433  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30825432 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 30825333  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30825332 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 30825233  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30825232 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 30825202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 765660 - 765990
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  765660 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcatgcaacttttttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 765759  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  765760 gtcagacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttattgacacatgtctatcagaaatgaggca 765859  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  765860 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 765959  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  765960 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 765990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 19680294 - 19680624
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19680294 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 19680393  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19680394 gtcggacacaatacacatggcttgtcggagcaccgtgccatccattttgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 19680493  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19680494 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagattcttcaaaaagaaactccaagcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 19680593  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19680594 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 19680624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 41374372 - 41374702
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41374372 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 41374471  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41374472 gtcggacacaatacacatggcttgtcagagcaccgtgccatccattttgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 41374571  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41374572 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagattcttcaaaaagaaactccaagcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 41374671  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41374672 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 41374702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 18 - 331
Target Start/End: Original strand, 30663342 - 30663655
Alignment:
Q  18 agagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaataaaca 117  Q
    |||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  30663342 agagatataatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaacgatcgcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaaaacaca 30663441  T
Q  118 tggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgttctcttgtgggg 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  30663442 tggcttgtcggagcatcatgccatccattctgtggatcatcatatgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgagacatatgttcgcctgtgggg 30663541  T
Q  218 tgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaatatcttgttgttcccatc 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30663542 tgacatgctgccttagatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctccccttccacgattgcgaaagcaatgggaaatatcttgttgttcccatc 30663641  T
Q  318 ttgcgcaacagcta 331  Q
    ||||||||||||||    
T  30663642 ttgcgcaacagcta 30663655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 1380180 - 1379966
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1380180 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 1380081  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1380080 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 1379981  T
Q  201 tatgttctcttgtgg 215  Q
    |||||||||||||||    
T  1379980 tatgttctcttgtgg 1379966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 10229996 - 10229666
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10229996 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 10229897  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10229896 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 10229797  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10229796 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 10229697  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10229696 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 10229666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 5058290 - 5057960
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5058290 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 5058191  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5058190 gtcggacacaaaacacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 5058091  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5058090 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 5057991  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5057990 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 5057960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 20173184 - 20172903
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20173184 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 20173085  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20173084 gtcggacacaatacacatggcttgtcggagcactgtgccatccattatgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 20172985  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgatt 282  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20172984 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagattcttgaaaaagaaactccaagcctccttggtctcgccttccacgatt 20172903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 61 - 329
Target Start/End: Original strand, 18379858 - 18380126
Alignment:
Q  61 tctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcat 160  Q
    ||||||||||| | || || |||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||| |   || ||||||| ||||||||||||   |||||||||||    
T  18379858 tctccatccttcagtgctcacataaatttttgtgcaatgtgccggacgcaatacacattggaagttggagcattgtgccatccatttcttggatcatcat 18379957  T
Q  161 acgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctc 260  Q
    | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| || ||||| | |||||| | ||||||||||||||||||    
T  18379958 atgcgctctttattgatgcatgtctatcagaaatgaggcataagttatcttgtggtgtgacgtgttgcctcagatttttgagaaagaaactccatgcctc 18380057  T
Q  261 cttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaatatcttgttgttcccatcttgcgcaacagc 329  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| | || | |||||||||    
T  18380058 cttggtctcaccttccacgattgcaaaagcaatgggaaatattttgttattctcttcctacgcaacagc 18380126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6900374 - 6900044
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6900374 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 6900275  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6900274 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 6900175  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6900174 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 6900075  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6900074 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 6900044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 11746442 - 11746772
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11746442 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 11746541  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11746542 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 11746641  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11746642 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 11746741  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11746742 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 11746772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 37018769 - 37018439
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37018769 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 37018670  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37018669 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 37018570  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37018569 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 37018470  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37018469 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 37018439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 6 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 43803638 - 43803313
Alignment:
Q  6 atttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgtgtcgg 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43803638 atttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgtgtcgg 43803539  T
Q  106 acacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43803538 acacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattatgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgt 43803439  T
Q  206 tctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaatatctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43803438 tctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaatatctt 43803339  T
Q  306 gttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  43803338 gttgttcccatcttgcgcaacagcta 43803313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 44333996 - 44334326
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44333996 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 44334095  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44334096 gtcggacacaatacacatggcttgtcggagcaccgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 44334195  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44334196 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagattcttcaaaaagaaactccaagcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 44334295  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44334296 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 44334326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 36627910 - 36628240
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36627910 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 36628009  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36628010 gtcggacacaatacacatggcttgtcggagcaccgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 36628109  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36628110 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagattcttcaaaaagaaattccaagcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 36628209  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36628210 atcttgttgttcccatcttgcacaacagcta 36628240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 18 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 6005002 - 6004693
Alignment:
Q  18 agagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaataaaca 117  Q
    |||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  6005002 agagatataatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaacgatcgcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaaaacaca 6004903  T
Q  118 tggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgttctcttgtgggg 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  6004902 tggcttgtcggagcatcatgccatccattatgaggatcatcatatgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgttcgcctgtgggg 6004803  T
Q  218 tgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaatatcttgttgttcccatc 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6004802 tgacatgctgccttagatttttcaaaaagaaacttcatgcctccttggtctcacctttcacgattgcgaaagcaatgggaaatatcttgttgttcccatc 6004703  T
Q  318 ttgcgcaaca 327  Q
    ||||||||||    
T  6004702 ttgcgcaaca 6004693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 26 - 236
Target Start/End: Original strand, 13721677 - 13721887
Alignment:
Q  26 gatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaataaacatggcttgt 125  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||  |  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  13721677 gatttttacccatgccttcaactttcttattaagttctccatccttgaacgatcgcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaaaacacatggcttgt 13721776  T
Q  126 cggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgttctcttgtggggtgacatgc 225  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  13721777 tggagcatcatgccatccattatgtggatcatcatacgcactctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgttcggctgtggggtgacatgc 13721876  T
Q  226 tgccttaaatt 236  Q
    |||||||||||    
T  13721877 tgccttaaatt 13721887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 42609234 - 42609564
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42609234 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 42609333  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42609334 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 42609433  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42609434 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacaattgcaaaagctatgggaaat 42609533  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42609534 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 42609564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 8590573 - 8590903
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8590573 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 8590672  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8590673 gtcggacacaatacacatggcttgtcggagcaccgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 8590772  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8590773 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagattcttcaaaaagaaactccaagcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 8590872  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8590873 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 8590903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0170 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: scaffold0170
Description:

Target: scaffold0170; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 28339 - 28669
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28339 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcattcaactttcttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 28438  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28439 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 28538  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28539 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 28638  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28639 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 28669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6410623 - 6410293
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6410623 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgcatgcaacttttttctttagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 6410524  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  6410523 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttattgacacatgtctatcaaaaatgaggca 6410424  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6410423 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 6410324  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6410323 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 6410293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 26522797 - 26523127
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26522797 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 26522896  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26522897 gtcggacacaatacacatggcttgtcggagcaccgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 26522996  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26522997 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagattcttcaaaaagaaactccaagcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 26523096  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26523097 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 26523127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 18 - 331
Target Start/End: Original strand, 39196991 - 39197304
Alignment:
Q  18 agagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaataaaca 117  Q
    |||||||| |||||||| ||||| | ||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  39196991 agagatataatttttactcatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaacgatcgcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaaaacaca 39197090  T
Q  118 tggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgttctcttgtgggg 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  39197091 tggcttgtcggagcatcatgccatccattttgtggatcatcatatgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgttcgcatgtgggg 39197190  T
Q  218 tgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaatatcttgttgttcccatc 317  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  39197191 tgacatgttgccttagatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccactattgcgaaagcaatgagaaatattttgttgttcccatc 39197290  T
Q  318 ttgcgcaacagcta 331  Q
    ||||||||||||||    
T  39197291 ttgcgcaacagcta 39197304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 16 - 327
Target Start/End: Original strand, 52608039 - 52608350
Alignment:
Q  16 aaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaataaa 115  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  52608039 aaagggataagatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaacgatcgcataaagttttgtgcaatgtgtcggacacaaaaca 52608138  T
Q  116 catggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggcatatgttctcttgtgg 215  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||    
T  52608139 catggcttgtaggagcatcatgccatccattatgtggatcatcataagcactctttatcgacacatgtctatcagaaatgagacatatgttcgactgtgg 52608238  T
Q  216 ggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaatatcttgttgttccca 315  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52608239 ggtgacatgatgccttagatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctccccttccacgattgcaaaagcaatgggaaatatcttgttgttccca 52608338  T
Q  316 tcttgcgcaaca 327  Q
    ||||| ||||||    
T  52608339 tcttgtgcaaca 52608350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 22023888 - 22024218
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22023888 gtcgaatttacgtggaaagagatatgttttttacccatgccttcaactttcttcttaagttccccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 22023987  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22023988 gtcggacacaatacacatggcttgtcggagcaccgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 22024087  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22024088 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagattcttcaaaaagaaactccaagcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 22024187  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22024188 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 22024218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 26335439 - 26335735
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26335439 gtcgaatttacgtggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 26335538  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26335539 gtcggacacaatacacaaggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 26335638  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatggga 297  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26335639 tatgttctcctgtggggtgacatgctgccttagatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatggga 26335735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 13048564 - 13048892
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  13048564 gtcgaatttacgaggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttgaatgatcgcataaagttctatgcaatgt 13048663  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13048664 gtcggacacaaaacacatggcttgtcgaagcatcgtgccatccattctgtagatcatcatacgcactctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 13048763  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    |||||||   |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13048764 tatgttcggctgtggggtgacatgttgccttagatttttcaaaaagaaactccatgccttctaggtctcgccttccacgattgcaaaagcaatgggaaat 13048863  T
Q  301 atcttgtt-gttcccatcttgcgcaacag 328  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  13048864 atcttgttatttcccatcttgcgcaacag 13048892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0504 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: scaffold0504
Description:

Target: scaffold0504; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 3116 - 3444
Alignment:
Q  1 gtcgaatttgcgtggaaagagatatgatttttacccatgcatacaactttctgctgtagttctccatccttgaatgatctcataaagttttgtgcaatgt 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  3116 gtcgaatttacgaggaaagagatatgatttttacccatgccttcaactttcttcttaagttctccatccttaaatgatcgcataaagttttgtgcaatat 3215  T
Q  101 gtcggacacaataaacatggcttgtcggagcatcgtgccatccattctgtggatcatcatacgcgctctttatcgacacatgtctatcagaaatgaggca 200  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  3216 gtcggacacaaaacacatggcttgtctc-gcatcgtgccatccattatgtggatcatcatacgcactctttaacgacacatgtttatcagaaatgaggca 3314  T
Q  201 tatgttctcttgtggggtgacatgctgccttaaatttttcaaaaagaaactccatgcctccttggtctcgccttccacgattgcaaaagctatgggaaat 300  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  3315 tatgttcgcctgtggg-tgacatgctgccttagatttttcaaaaagaaacgtcatgcctccttggtctcacctaccacgattgcaaaagcaatgggaaat 3413  T
Q  301 atcttgttgttcccatcttgcgcaacagcta 331  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3414 atcttggtgttcccatcttgcgcaacagcta 3444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University