View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0714_low_17 (Length: 415)

Name: NF0714_low_17
Description: NF0714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0714_low_17
NF0714_low_17
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (3-409)||(4443493-4443899)
chr6 (3-409)||(13512217-13512623)
chr6 (5-232)||(28694555-28694782)
chr6 (5-119)||(10082242-10082356)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-409)||(38965819-38966223)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (5-409)||(35600303-35600707)
chr2 (5-409)||(40656105-40656509)
chr2 (5-409)||(37363980-37364384)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (3-409)||(33886905-33887311)
chr5 (5-409)||(37567320-37567703)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (5-409)||(18334405-18334809)
chr7 (3-272)||(38702721-38702990)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (3-409)||(33901449-33901855)
chr3 (5-265)||(26249191-26249451)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (5-409)||(34676480-34676883)
[»] scaffold0164 (1 HSPs)
scaffold0164 (5-350)||(1-346)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (5-409)||(9764075-9764478)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 409
Target Start/End: Original strand, 4443493 - 4443899
Alignment:
Q  3 gacatcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 102  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443493 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 4443592  T
Q  103 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443593 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 4443692  T
Q  203 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443693 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 4443792  T
Q  303 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443793 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaggtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 4443892  T
Q  403 atctcac 409  Q
     ||||||    
T  4443893 ttctcac 4443899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 13512623 - 13512217
Alignment:
Q  3 gacatcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 102  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512623 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 13512524  T
Q  103 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512523 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 13512424  T
Q  203 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 302  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512423 ggatcaggtcctgctgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 13512324  T
Q  303 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512323 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaggtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 13512224  T
Q  403 atctcac 409  Q
     ||||||    
T  13512223 ttctcac 13512217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 5 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 28694782 - 28694555
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694782 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 28694683  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694682 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 28694583  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatggg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694582 atcaggtcctgttgggtttgcatatggg 28694555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 119
Target Start/End: Original strand, 10082242 - 10082356
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| |    
T  10082242 catcatcatcatcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacattttgtcggcttccactccg 10082341  T
Q  105 ctgcccaacaccttg 119  Q
    |||||||||||||||    
T  10082342 ctgcccaacaccttg 10082356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Original strand, 38965819 - 38966223
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965819 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 38965918  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965919 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 38966018  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966019 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 38966118  T
Q  305 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38966119 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 38966218  T
Q  405 ctcac 409  Q
    |||||    
T  38966219 ctcac 38966223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 35600707 - 35600303
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600707 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 35600608  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600607 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 35600508  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600507 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 35600408  T
Q  305 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35600407 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 35600308  T
Q  405 ctcac 409  Q
    |||||    
T  35600307 ctcac 35600303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 40656509 - 40656105
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656509 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 40656410  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656409 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 40656310  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656309 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 40656210  T
Q  305 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40656209 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 40656110  T
Q  405 ctcac 409  Q
    |||||    
T  40656109 ctcac 40656105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Original strand, 37363980 - 37364384
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  37363980 catcatcatcatcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacattttgtcggcttccactctg 37364079  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37364080 ctgcccaacaccttgctcattcctattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattcttgttgcttcctaaccacctcatgg 37364179  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  37364180 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggaaacaagctgttcttgagtcaacctagtgatcatatcccgcattttgggagtgagctcaggttgccgagaag 37364279  T
Q  305 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  37364280 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgcccctttttctt 37364379  T
Q  405 ctcac 409  Q
    |||||    
T  37364380 ctcac 37364384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 409
Target Start/End: Original strand, 33886905 - 33887311
Alignment:
Q  3 gacatcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 102  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886905 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 33887004  T
Q  103 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887005 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 33887104  T
Q  203 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 302  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887105 ggatcaggtcctgctgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 33887204  T
Q  303 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887205 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaggtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 33887304  T
Q  403 atctcac 409  Q
     ||||||    
T  33887305 ttctcac 33887311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Original strand, 37567320 - 37567703
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567320 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 37567419  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    |||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567420 ctgcccaacacct---------------------tgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 37567498  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567499 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 37567598  T
Q  305 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcat 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37567599 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggaagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 37567698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Original strand, 18334405 - 18334809
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334405 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 18334504  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334505 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgatcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 18334604  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334605 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 18334704  T
Q  305 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18334705 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 18334804  T
Q  405 ctcac 409  Q
    |||||    
T  18334805 ctcac 18334809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 3 - 272
Target Start/End: Original strand, 38702721 - 38702990
Alignment:
Q  3 gacatcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 102  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702721 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 38702820  T
Q  103 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702821 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 38702920  T
Q  203 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccg 272  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702921 ggatcaggtcctgctgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccg 38702990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 409
Target Start/End: Original strand, 33901449 - 33901855
Alignment:
Q  3 gacatcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 102  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33901449 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcttccgcatcatcatcacacactagaggagccctcacactctctcggcttccacta 33901548  T
Q  103 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 202  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901549 tgctgcccaccaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 33901648  T
Q  203 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 302  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901649 ggatcagctcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccggatttctggagtgagctcaggttgccgaga 33901748  T
Q  303 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 402  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901749 agaaccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 33901848  T
Q  403 atctcac 409  Q
     ||||||    
T  33901849 ttctcac 33901855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 5 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 26249451 - 26249191
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249451 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacaccctggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 26249352  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249351 ctgcccaacaccttgctcattcatattcaagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 26249252  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatca 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249251 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatca 26249191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Original strand, 34676480 - 34676883
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676480 catcatcatcatcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcagcacaaactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 34676579  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676580 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaat-tgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 34676678  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34676679 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcatatcccgcatttcgggagtgagctcaggttgccgagaag 34676778  T
Q  305 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcat 404  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  34676779 agccctccccaacattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgcccctttttctt 34676878  T
Q  405 ctcac 409  Q
    |||||    
T  34676879 ctcac 34676883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0164 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0164
Description:

Target: scaffold0164; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 346 - 1
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  346 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 247  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  246 ctgcctaataccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 147  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  146 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 47  T
Q  305 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacc 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 9764478 - 9764075
Alignment:
Q  5 catcatcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 104  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||| ||    
T  9764478 catcatcatcatcttcgcc-tcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacattttgtcggcttctactatg 9764380  T
Q  105 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 204  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||    
T  9764379 ctgcccaacaccttgctcattcctattccagccttgttcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattcttgttgcttcctaaccaccttctgg 9764280  T
Q  205 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 304  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  9764279 atcagctcttgttgggtttgcatttgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcatatcccgcatttcgggagtgagctcaggttgccgacaag 9764180  T
Q  305 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  9764179 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgcccctttttctt 9764080  T
Q  405 ctcac 409  Q
    |||||    
T  9764079 ctcac 9764075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1099 times since January 2019
Visitors: 4363