View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0714_low_3 (Length: 539)

Name: NF0714_low_3
Description: NF0714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0714_low_3
NF0714_low_3
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (74-514)||(30047778-30048218)
chr8 (76-514)||(7160137-7160575)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (74-514)||(197797-198237)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (74-514)||(3944032-3944472)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (74-514)||(39950958-39951398)
chr7 (74-514)||(26219692-26220132)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (77-514)||(22363663-22364100)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 74 - 514
Target Start/End: Original strand, 30047778 - 30048218
Alignment:
Q  74 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047778 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 30047877  T
Q  174 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047878 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 30047977  T
Q  274 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047978 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 30048077  T
Q  374 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048078 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 30048177  T
Q  474 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048178 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 30048218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 76 - 514
Target Start/End: Original strand, 7160137 - 7160575
Alignment:
Q  76 cagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagag 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160137 cagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattggaaaaatgatgaggttcaaagaagtacagaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagag 7160236  T
Q  176 cacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttg 275  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160237 gacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttg 7160336  T
Q  276 agaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatggga 375  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7160337 tgaattaaccttctagttttgaagaagcttcattaataacataatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgaga 7160436  T
Q  376 actcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaagg 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160437 actcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacaaaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaagg 7160536  T
Q  476 cttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160537 cttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 7160575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 74 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 198237 - 197797
Alignment:
Q  74 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198237 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 198138  T
Q  174 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198137 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 198038  T
Q  274 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198037 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 197938  T
Q  374 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197937 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 197838  T
Q  474 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197837 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 197797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 74 - 514
Target Start/End: Original strand, 3944032 - 3944472
Alignment:
Q  74 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944032 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 3944131  T
Q  174 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944132 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccctaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 3944231  T
Q  274 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944232 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 3944331  T
Q  374 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944332 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 3944431  T
Q  474 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944432 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 3944472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 74 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 39951398 - 39950958
Alignment:
Q  74 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951398 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaattatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 39951299  T
Q  174 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951298 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 39951199  T
Q  274 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 373  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951198 tgtgaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 39951099  T
Q  374 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951098 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 39950999  T
Q  474 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950998 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 39950958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 74 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 26220132 - 26219692
Alignment:
Q  74 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 173  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  26220132 agcagagatattaatgttgatgaaaatgcatattcggattgagaaaatgatgaggtttaaattagtacaaaatctgctgaaattgctcctgacaaacaag 26220033  T
Q  174 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaa-ttgcaattttg 272  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  26220032 agcacataacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatttgattccccaattctaaggagcaaatctctggctgaagtttatgaaaaattgcaattttg 26219933  T
Q  273 ttgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatg 372  Q
    ||| |||| | ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||    
T  26219932 ttgtgaataagccttctagttt-gaagaagtttcattgctaacagaatggaaagatgaaatgaaggaggagctactaactattaataaaaatggtacttg 26219834  T
Q  373 ggaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagca 472  Q
    ||||||||||  |||||| || ||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26219833 ggaactcacttcaagacccaatgataaaaatgtaatagatgttaaatgggtttatagaaccaagttaaatcctgatggttccattcacaaacacaaagca 26219734  T
Q  473 aggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 514  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26219733 aggcttgctgtgaaaggatattctcaaatgactggaattgat 26219692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 514
Target Start/End: Original strand, 22363663 - 22364100
Alignment:
Q  77 agagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagc 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22363663 agagacattgatgttgatgaaaatgtatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagc 22363762  T
Q  177 acacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttga 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22363763 acacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgt 22363862  T
Q  277 gaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaa 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22363863 gaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggcacatgggaa 22363962  T
Q  377 ctcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggc 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  22363963 ctcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggatccattcacaaacacaaaacaaggc 22364062  T
Q  477 ttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22364063 ttgttgtgaaaggatattctcaaatggctagaattgat 22364100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 882 times since January 2019
Visitors: 4356