View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0715_low_2 (Length: 540)

Name: NF0715_low_2
Description: NF0715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0715_low_2
NF0715_low_2
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (22-540)||(35341027-35341551)
chr2 (340-540)||(35356006-35356201)
chr2 (338-540)||(35374634-35374827)
chr2 (329-540)||(35335863-35336068)
chr2 (418-540)||(35346378-35346498)
chr2 (338-533)||(35351450-35351645)
chr2 (384-506)||(35343142-35343258)
chr2 (384-506)||(35368516-35368632)
chr2 (442-540)||(35364670-35364766)
chr2 (22-113)||(35346778-35346867)
chr2 (241-334)||(35372076-35372167)
chr2 (384-500)||(35347814-35347928)
chr2 (241-288)||(35346594-35346641)
chr2 (158-334)||(35351719-35351887)
chr2 (418-540)||(35371847-35371967)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 35341551 - 35341027
Alignment:
Q  22 catcatcacgtcattattgttgtggataatcctctgaatcaagggaattcataaattgaatgtctaaagattttgagttaagttgtagtgtccaacaaat 121  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||     
T  35341551 catcatcacgtcattattgtgttggataatcctctgaattgaaagaattcataaattgaatgtctaaaggttttgagttaagttgtagtgtctaacaaag 35341452  T
Q  122 aatccaaatgtatgtaatattttggttcaaatgtggataatccttcgaatttcactcttgaaccaaaagtttgagagtttttcgcccttaaccca---aa 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||      |     
T  35341451 aatccaaatgtatgaaatattttggttcaaatgtggataatcctttgaatttcactcttgacccaaaagtttgagagtttttcgcccttgacttcttgag 35341352  T
Q  219 agtatagtgttataagaatttataatatccccaaaattgaatatgatccaagcaaaattattactctcgtagccgcgtcattatggcttccaaagaatat 318  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  35341351 tgtatagtgttataagaatttataatatccccaaaattcaatatgatccaagcaaaattattactctcgtagccgcgtcatt--ggcttgcaaagaatat 35341254  T
Q  319 catcaaatgacaacatgtcgttccactttctacattcaacactttatatgttctacaaccattaagcatccactcaaacattctattttgtcaatattaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35341253 catcaaatgacaacatgtcgttccactttctacattcaacactttatatgttctacaaccattaagcatccactcaaacattctattttgtcaatattaa 35341154  T
Q  419 ttcttgaatctatgctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtggctgcacaagatccc-----attacacaagcaagc 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||    
T  35341153 ttcttgaatctatgctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtggctgcacaagatcccattatattacacaagcaagc 35341054  T
Q  514 aattagcgatgcacacacctgaagcaa 540  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||    
T  35341053 aatgagcgatgcacacacctgaagcaa 35341027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 340 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 35356201 - 35356006
Alignment:
Q  340 tccactttctacattcaacactttatatgttctacaaccattaagcatccactcaaacattctattttgtcaatattaattcttgaatctatgctgcttc 439  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||  ||||||      
T  35356201 tccactttctacatccaacactttatatgttctacatccattaagcatccactcaaacattctattttgtcaat----attcttgattcttagctgctat 35356106  T
Q  440 ttccaacgtgtatgctgaat-tgtaaagacaattttgccaatgtggctgcacaagatcccattacacaagcaagcaattagcgatgcacacacctgaagc 538  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||| | ||  |||| ||||||| ||||    
T  35356105 ttccaacgtgtaagctgaatgtgtaaagacaa--ttgccaatgtggctgcacaagattctattacacatgcaggcactgaggtatgctcacaccttaagc 35356008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 338 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 35374827 - 35374634
Alignment:
Q  338 gttccactttctacattcaacactttatatgttctacaaccattaagcatccactcaaacattctattttgtcaatattaattcttgaatctatgctgct 437  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||  ||||||    
T  35374827 gttccactatctacatccaacactttatatgtcc--caaccattgtgcatccactcaaacattctattttgtcaat----attcttgattcttagctgct 35374734  T
Q  438 tcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtggctgcacaagatcccattacacaagcaagcaattagcgatgcacacacctgaag 537  Q
      ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||| | ||  |||| ||||||| |||    
T  35374733 atttccaacgtgtatgctgaa-tgtaaagacaa--ttgccaatgtggctgcacaagattctattacacatgcaggcactgaggtatgctcacaccttaag 35374637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 329 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 35336068 - 35335863
Alignment:
Q  329 caacatgtcgttccactttctacattcaacactttatatgttctacaaccat--taagcatccactcaaacattctattttgtcaatattaattcttgaa 426  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    ||||||||     
T  35336068 caacttgtcgttccactttctacatcaaacactttatatgttc-ccaaccattatatgcatccactcaaacattttattttgtcaat----attcttgat 35335974  T
Q  427 tctatgctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtggctgcacaagatcccattacacaagcaagcaattagcgatgca 526  Q
    ||| |||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||   ||| ||||     
T  35335973 tctttgcttctt-ttccaacgtgtaagttgaattgtaaagacaa--ttgccaatgtggctacacaagatgccattacacatgcaggcaccgagccatgct 35335877  T
Q  527 cacacctgaagcaa 540  Q
    ||||||| ||||||    
T  35335876 cacaccttaagcaa 35335863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 418 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 35346498 - 35346378
Alignment:
Q  418 attcttgaatctatgctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtggctgcacaagatcccattacacaagcaagcaatt 517  Q
    |||||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||       
T  35346498 attcttgattctatgctgcattttccaacgtgtaagctgaattgtaaagacaa--ttgccaatgtggctgcacaagatcccattgcacatgcaggcatcg 35346401  T
Q  518 agcgatgcacacacctgaagcaa 540  Q
    ||| |||| ||||||| ||||||    
T  35346400 agccatgctcacaccttaagcaa 35346378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 338 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 35351645 - 35351450
Alignment:
Q  338 gttccactttctacattcaacactttatatgttctacaaccattaa--gcatccactcaaacattctattttgtcaatatta---attcttgaatctatg 432  Q
    |||||||||||||| | |||||||||| ||||||  |||| ||||   |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    |||||| ||| |  |    
T  35351645 gttccactttctacttccaacactttaaatgttcc-caactattatatgcatccactcaaacattcgattttttcaatattcttgattctttaattt--g 35351549  T
Q  433 ctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtggctgcacaagatcccattacacaagcaagcaattagcgatgcacacacc 532  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||  |||| |||| ||||||    
T  35351548 ctgcttcttccaacgtgcatgctgacttataaaaacaatt--gccaatgtggctgcacaagattccattacacatgctagcacgtagccatgctcacacc 35351451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 384 - 506
Target Start/End: Original strand, 35343142 - 35343258
Alignment:
Q  384 gcatccactcaaacattctattttgtcaatattaattcttgaatctatgctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtg 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||| |||||||  ||||||| | || ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35343142 gcatccactcaaacattctattttgtcaat----attcttgattctttgctgctatttccaacatttaagctgaattgtaaagacaa--ttgccaatgtg 35343235  T
Q  484 gctgcacaagatcccattacaca 506  Q
    ||||| ||| || ||||||||||    
T  35343236 gctgcccaatatgccattacaca 35343258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 384 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 35368632 - 35368516
Alignment:
Q  384 gcatccactcaaacattctattttgtcaatattaattcttgaatctatgctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtg 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||| |||||||  ||||||| | || ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35368632 gcatccactcaaacattctattttgtcaat----attcttgattctttgctgctatttccaacatttaagctgaattgtaaagacaa--ttgccaatgtg 35368539  T
Q  484 gctgcacaagatcccattacaca 506  Q
    ||||| ||| || ||||||||||    
T  35368538 gctgcccaatatgccattacaca 35368516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 442 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 35364766 - 35364670
Alignment:
Q  442 ccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtggctgcacaagatcccattacacaagcaagcaattagcgatgcacacacctgaagcaa 540  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||| ||||||| ||||||    
T  35364766 ccaacatgtacgctgaattgtaaagacaaat--gccaatgtggctgcacaagatcccattacacatgcaagcaaggagccatgctcacaccttaagcaa 35364670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 35346867 - 35346778
Alignment:
Q  22 catcatcacgtcattattgttgtggataatcctctgaatcaagggaattcataaattgaatgtctaaagattttgagttaagttgtagtgtc 113  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||  || |||||||||||| ||||    
T  35346867 catcgtcacgtcattattgttgcggataatcctctgaattgagggaattcataagtcgaatgtctaaaga--ttaagttaagttgtattgtc 35346778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 241 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 35372167 - 35372076
Alignment:
Q  241 taatatccccaaaa-ttgaatatgatccaagcaaaattattactctcgtagccgcgtcattatggcttccaaagaatatcatcaaatgacaacat 334  Q
    ||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35372167 taatatcccaaaaagttcaacatgatccaagcaaaattattactctcgccgccgcgtgat--tggcttccaaagaat-tcatcaaatgacaacat 35372076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 384 - 500
Target Start/End: Original strand, 35347814 - 35347928
Alignment:
Q  384 gcatccactcaaacattctattttgtcaatattaattcttgaatctatgctgcttcttcca-acgtg----tatgctgaattgtaaagacaattttgcca 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||| |||| ||| ||||| |||||    |||||||||||||| ||||||  ||||||    
T  35347814 gcatccactcaaacattctattttgtcaat----attcttgagtctttgcttctt-ttccatacgtgtatatatgctgaattgtagagacaa--ttgcca 35347906  T
Q  479 atgtggctgcacaagatcccat 500  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  35347907 atgtggctgcacaagaccccat 35347928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 35346641 - 35346594
Alignment:
Q  241 taatatccccaaaattgaatatgatccaagcaaaattattactctcgt 288  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35346641 taatatcaccaaaattaaatatgatccaagcaaaattattactctcgt 35346594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 35351887 - 35351719
Alignment:
Q  158 ataatccttcgaatttcactcttgaaccaaaagtttgagagtttttcgcccttaacccaaaagtatagtgttataagaatttataatatccccaaaattg 257  Q
    |||||||| |||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||| |   | | |||||||||| ||| ||  |||||||||  ||||| |     
T  35351887 ataatcctccgaactccactcttgacccagaagtttgagagtttttgtcccttga---atatgtatagtgttttaaaaagatataatatctacaaaaata 35351791  T
Q  258 aa-tatgatccaagcaaaattattactctcgtagccgcgtcattatggcttccaaagaatatcatcaaatgacaacat 334  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||     |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35351790 aaatatgatccaagcaaaattattactctcgt-gcatggt-----tggcttccaaagaatatcatgaaatgacaacat 35351719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 418 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 35371967 - 35371847
Alignment:
Q  418 attcttgaatctatgctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtggctgcacaagatcccattacacaagcaagcaatt 517  Q
    |||||||| ||| || ||||| |  ||||||||| ||||||||||||||| || |  |||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||      
T  35371967 attcttgattctttgttgcttttatcaacgtgtaagctgaattgtaaagagaaat--gccaatgatgctgcacaagatcccattacacatggaagcaagg 35371870  T
Q  518 agcgatgcacacacctgaagcaa 540  Q
    ||| |||| ||||||| ||||||    
T  35371869 agccatgctcacaccttaagcaa 35371847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 360 times since January 2019
Visitors: 4379