View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0716_low_2 (Length: 707)

Name: NF0716_low_2
Description: NF0716
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0716_low_2
NF0716_low_2
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (90-678)||(7429223-7429811)
chr8 (90-669)||(7422817-7423393)
chr8 (90-627)||(7415158-7415692)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (378-426)||(29586753-29586801)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 90 - 678
Target Start/End: Original strand, 7429223 - 7429811
Alignment:
Q  90 attttcctaggtgtggtgagcccaaaaatctcctccatattcaaatcctcttttttcacattattaggtaatctccaattaaatccatgcaacaaattag 189  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7429223 attttcttaggtgtagtgagcccaaaaatctcctccatatttaaatcctcttttttcatatcattaggtaatctccaattaaatccatgcaacaagttag 7429322  T
Q  190 ccaaacttgattgtatcaccttaagaccaagaggataaccaggacacatccttctaccagcacctaatggcaacatcttataatcatgtccttttattat 289  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7429323 ccaaacttgattgaaccaccttaagaccaagaggataaccaggacacatccttctaccagcacctaatggcaacatcttataatcatgtccttttattat 7429422  T
Q  290 atctatatcattgttaataaacctttctggtataaattcatatggattatcccaactatcagaatctcttccaatagtccaagtattgacaagaatcata 389  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7429423 atctatatcattgttaataaacctctctggtataaattcatatggattatcccaactatcagaatctcttccaattgtccaagtattgacaagaatcata 7429522  T
Q  390 gtcccttttggtatatcataaccatcaacattgcaattctcagtagcctctcttggtactaacattggtgttacaggatgaagcctcattgtttctttag 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7429523 gtcccttttggtatatcataaccatcaacattgcaattctcagtagcttctcttggcactaacattggtgtcacaggatgaagcctcattgtttctttag 7429622  T
Q  490 caattgcataaacataaggtaaattgacaatgtctttctcatcaacccatctatctctccctattactctatctagttcctctgtagctctcttgataat 589  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7429623 caattgcaaaaacataaggtaaattgacaatgtctttctcttcaacccatctatctctccctattactctatctagttcctctgtagctctcttgataat 7429722  T
Q  590 ctctggccttttcacaagctcagaaattgcccattctattattacagaagaggtatctgtcccaccagctattaggtcctggggaatag 678  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7429723 ctctggccttttcacaagctcagaaattgcccattctattattacagaagaggtatctgtcccaccagctattaggtcctggggaatag 7429811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 90 - 669
Target Start/End: Original strand, 7422817 - 7423393
Alignment:
Q  90 attttcctaggtgtggtgagcccaaaaatctcctccatattcaaatcctcttttttcacattattaggtaatctccaattaaatccatgcaacaaattag 189  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7422817 attttcctaggagtagtcagcccaaaaatctcctccatattcaaatcctctttcttcatatcattaggtaatctccaattaaatccatgcaacaaattag 7422916  T
Q  190 ccaaacttgattgtatcaccttaagaccaagaggataaccaggacacatccttctaccagcacctaatggcaacatcttataatcatgtccttttattat 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||        
T  7422917 ccaaacttgattgtatcaccttaagaccaagaggataaccaggacacatccttctaccagtaccaaatggcaacaactcataatcatgtccttttac--- 7423013  T
Q  290 atctatatcattgttaataaacctttctggtataaattcatatggattatcccaactatcagaatctcttccaatagtccaagtattgacaagaatcata 389  Q
    |||||||| |||   ||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||  || || |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |    
T  7423014 atctatattattaccaataaacctctcaggtataaactcatatggattgtcccaaacattaggatctcttccaattgtccaagtattgacaagaattaga 7423113  T
Q  390 gtcccttttggtatatcataaccatcaacattgcaattctcagtagcctctcttggtactaacattggtgttacaggatgaagcctcattgtttctttag 489  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  7423114 gtcccttttgggatatcataaccatcaacattgcaatcctcactagcttctcttggcactaacaatggtgctgcaggatgaagcctcattgtttctttag 7423213  T
Q  490 caattgcataaacataaggtaaattgacaatgtctttctcatcaacccatctatctctccctattactctatctagttcctctgtagctctcttgataat 589  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7423214 caattgcaaaaacataaggtaaattgacaatgtctttctcttcaacccatctatctcttcctattactttgtctagttcctccgtagctctcttgataat 7423313  T
Q  590 ctctggccttttcacaagctcagaaattgcccattctattattacagaagaggtatctgtcccaccagctattaggtcct 669  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| | |||| | ||| |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  7423314 ctctggctttttcacaagctcggagattgcccattctactgttactgtagatgtatctgtcccacctgctattaagtcct 7423393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 90 - 627
Target Start/End: Original strand, 7415158 - 7415692
Alignment:
Q  90 attttcctaggtgtggtgagcccaaaaatctcctccatattcaaatcctcttttttcacattattaggtaatctccaattaaatccatgcaacaaattag 189  Q
    |||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7415158 attttcttaggtgtagaaagcccaaaaatctcctccatattcaaatcctcctttttcacattattaggtaatgtccaattaaatccatgcaacaaattag 7415257  T
Q  190 ccaaacttgattgtatcaccttaagaccaagaggataaccaggacacatccttctaccagcacctaatggcaacatcttataatcatgtccttttattat 289  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || | |||||||||||||||        
T  7415258 ccaaacttgtttgaatcaccttaataccaagagggtaaccaggacacatccttctaccagcaccaaatggtaacaactcaaaatcatgtccttttac--- 7415354  T
Q  290 atctatatcattgttaataaacctttctggtataaattcatatggattatcccaactatcagaatctcttccaatagtccaagtattgacaagaatcata 389  Q
    ||||||||| ||   || |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  |||    
T  7415355 atctatatctttaccaagaaacctctcaggcataaattcatatggattctcccaaacctcagaatctcttgcaattgtccaagtattgacaagaactata 7415454  T
Q  390 gtcccttttggtatatcataaccatcaacattgcaattctcagtagcctctcttggtactaacattggtgttacaggatgaagcctcattgtttctttag 489  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||| |||  |||| |||| ||| ||||| | |||||  || ||||| |||||||||||||||||||    
T  7415455 gtccctttgggaatatcgtaaccatcaactttgcaatcctctctagcttctcgtggcactaaaaatggtgccacgggatgtagcctcattgtttctttag 7415554  T
Q  490 caattgcataaacataaggtaaattgacaatgtctttctcatcaacccatctatctctccctattactctatctagttcctctgtagctctcttgataat 589  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| || ||| ||||||  ||    
T  7415555 caattgcgtaaacataaggtaaattcgcaatgtctttctcttcaacccatctatcttttcctatcactctatctagctcctcggttgctttcttgaagat 7415654  T
Q  590 ctctggccttttcacaagctcagaaattgcccattcta 627  Q
    ||||||  || | || ||||| || |||||||||||||    
T  7415655 ctctggttttctaaccagctcggagattgcccattcta 7415692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 378 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 29586801 - 29586753
Alignment:
Q  378 acaagaatcatagtcccttttggtatatcataaccatcaacattgcaat 426  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  29586801 acaagaagcattgtcccttttggtatatcaaaaccacaaacattgcaat 29586753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 383 times since January 2019
Visitors: 4380