View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0719_low_13 (Length: 400)

Name: NF0719_low_13
Description: NF0719
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0719_low_13
NF0719_low_13
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-371)||(22889292-22889662)
chr7 (5-371)||(22815031-22815397)
chr7 (1-352)||(22898263-22898614)
chr7 (1-352)||(22840052-22840403)
chr7 (1-345)||(22885594-22885934)
chr7 (1-352)||(22875916-22876267)
chr7 (1-345)||(22831031-22831375)
chr7 (31-346)||(22805339-22805654)
chr7 (2-352)||(22809645-22809995)
chr7 (1-352)||(22893944-22894295)
chr7 (68-371)||(22880631-22880934)
chr7 (113-353)||(22842264-22842516)
chr7 (9-204)||(22858470-22858665)
chr7 (2-292)||(22913669-22913959)
chr7 (259-347)||(22858677-22858765)
chr7 (48-130)||(22922209-22922291)
chr7 (44-130)||(22933300-22933386)
chr7 (1-52)||(22880591-22880642)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-346)||(21150369-21150714)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (33-130)||(15628278-15628375)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 371
Target Start/End: Original strand, 22889292 - 22889662
Alignment:
Q  1 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||      
T  22889292 catcataatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaattttgacg 22889391  T
Q  101 agtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccct 200  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22889392 agtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccactgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatctggtagccct 22889491  T
Q  201 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22889492 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaatatttgcatattgaggtattatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacgcttt 22889591  T
Q  301 cactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgtcctttggctctttctatttcattg 371  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  22889592 cactggaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaaccatgtcctttgtctctttctgtatcattg 22889662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 5 - 371
Target Start/End: Original strand, 22815031 - 22815397
Alignment:
Q  5 ataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||    
T  22815031 ataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattgatatcatcaaactgcaaatcttgacgagtg 22815130  T
Q  105 tcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagcccttttg 204  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  22815131 tcaagctcaacaccaaaaacatggttgttactgtttccattgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttg 22815230  T
Q  205 ttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcact 304  Q
    | ||||||| ||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22815231 taggagaaagaacaaaaacaattccttggccactaaaaggtggatattgaggtcttattgcaaacacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcatt 22815330  T
Q  305 agaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgtcctttggctctttctatttcattg 371  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||    
T  22815331 ggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtatcattg 22815397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 22898263 - 22898614
Alignment:
Q  1 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |     ||     
T  22898263 catcataatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataat 22898362  T
Q  101 agtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccct 200  Q
    ||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  22898363 agtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggatttgttaaagagaccaaggtattgactttgtagtgaatttggtagccct 22898462  T
Q  201 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 300  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  22898463 tttgtaggagagacaacaaaaacaattccatggccactaagagttggatattgaggtcttatggcaaacacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttc 22898562  T
Q  301 cactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgtccttt 352  Q
    || |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  22898563 cattagaagtgttcttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcttt 22898614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 22840052 - 22840403
Alignment:
Q  1 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||     
T  22840052 catcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaag 22840151  T
Q  101 agtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccct 200  Q
    ||| ||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  22840152 agtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgccaccgtttccaatgttggattggttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagccct 22840251  T
Q  201 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 300  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  22840252 tttgtaggagaaataacgaaaacaattccatggccactaagagttggatatgaagattttatggaaaatacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttc 22840351  T
Q  301 cactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgtccttt 352  Q
    | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  22840352 cgctggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcttgtccttt 22840403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Original strand, 22885594 - 22885934
Alignment:
Q  1 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  22885594 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttgatc 22885693  T
Q  101 agtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccct 200  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |  | ||||||||| ||||||||||    
T  22885694 agtgtcaagctcaataccaaaaacatggctgctactgtttccattgttggaattgtt--agagaccaaggtattaatattgtagtgaatttggtagccct 22885791  T
Q  201 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 300  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | |||| ||||||| | || ||||||||||||||||||||||||    
T  22885792 tttgtaggtgaaataacaaaaacaattccatggccactatgagttggatattaagattttatagcaaataaagaattagttgagaaagaagacacacttt 22885891  T
Q  301 cactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcat 345  Q
    ||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22885892 cact--gagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcat 22885934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 22875916 - 22876267
Alignment:
Q  1 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 100  Q
    |||| |||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  |     |||    
T  22875916 catcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaac 22876015  T
Q  101 agtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccct 200  Q
    ||  ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  22876016 agaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagccct 22876115  T
Q  201 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 300  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22876116 tttgtaggagaaacaacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttc 22876215  T
Q  301 cactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgtccttt 352  Q
    || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  22876216 cattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtccttt 22876267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Original strand, 22831031 - 22831375
Alignment:
Q  1 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |      
T  22831031 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatgattatcattgatatcatcaaactcaaaatttttacg 22831130  T
Q  101 agtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccct 200  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  22831131 agtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccct 22831230  T
Q  201 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 300  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||    | | |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  22831231 tttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaatacaaaagtagttgagaaagatgacacacttg 22831330  T
Q  301 cactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcat 345  Q
    || | ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  22831331 cattcgaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcat 22831375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 31 - 346
Target Start/End: Original strand, 22805339 - 22805654
Alignment:
Q  31 ctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggtt 130  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||| | |||||||  |  | |||| ||||||||||||||| |  ||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  22805339 ctgatttcagatcattgatattaataccatcgtggttattgtcaacatcaccaaactcaaaatctttagaagtgtcaagttcaacaccaaaaacatggtt 22805438  T
Q  131 gctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagcccttttgttggagaaataacaaaaacaattcca 230  Q
    || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22805439 gccactgtttccattgttggaatcattaaagagaccaaggtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgttggagaaagaacaaaaacaattcca 22805538  T
Q  231 tggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactagaagtgtttttgaaaactattggat 330  Q
    ||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22805539 tggccagtaaaaggtggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactggaagtgtttttgaaaactattggat 22805638  T
Q  331 ttggatagaaagcatg 346  Q
    ||||||||||||||||    
T  22805639 ttggatagaaagcatg 22805654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 2 - 352
Target Start/End: Original strand, 22809645 - 22809995
Alignment:
Q  2 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaaca 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |  | ||| |    
T  22809645 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaaga 22809744  T
Q  102 gtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccctt 201  Q
    || || |  |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| || |  ||||| ||| |||||||    
T  22809745 gtatctagttcaacaccgaaaacatggttactactgtttccattgttggattggttaaagagaccaagatattgacttgcttttgaatttggcagccctt 22809844  T
Q  202 ttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttc 301  Q
    |||| || |||| |||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22809845 ttgtaggtgaaacaacaaatacaattccatgggaactaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagatacactttc 22809944  T
Q  302 actagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgtccttt 352  Q
    |||   |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  22809945 actgatagtgtttttgaaaactacaggatttggatagaaagcatgtccttt 22809995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 22893944 - 22894295
Alignment:
Q  1 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||     
T  22893944 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaat 22894043  T
Q  101 agtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccct 200  Q
    ||| ||||  |||||| ||||||| |||||||||   |||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||| | ||||||| ||||||||||    
T  22894044 agtatcaagttcaacaccaaaaacgtggttgctaggatttccattgttggaatcgtcaaagagaccaaggtatgaaccttggagtgaatttggtagccct 22894143  T
Q  201 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 300  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||     
T  22894144 tttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactataagttggaccttgatgtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaatgaagaaacacttc 22894243  T
Q  301 cactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgtccttt 352  Q
    || | |||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  22894244 cattggaagtgttcttcaaaactatagggtttggatagaaagcatgtgcttt 22894295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 68 - 371
Target Start/End: Original strand, 22880631 - 22880934
Alignment:
Q  68 atcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagacca 167  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||| ||||||||||    
T  22880631 atcattgatatcgtcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctaatgtttccagtgttgaaagtgtcaaagagacca 22880730  T
Q  168 aggtattgacctggtagtgaatctggtagcccttttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaa 267  Q
    ||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |  || || |||   || | | |||||||    
T  22880731 aggtatttacttggtagcgaatttggtagcccttttgttggtgaaacaacaaaaacaagtccatggccacaagtagctgtatacctagatttgatggcaa 22880830  T
Q  268 atacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgtcctttggctctttctatttc 367  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||    
T  22880831 atacaaaagtagttgagaaagaatacacactttcattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtgtc 22880930  T
Q  368 attg 371  Q
    ||||    
T  22880931 attg 22880934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 113 - 353
Target Start/End: Original strand, 22842264 - 22842516
Alignment:
Q  113 aacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagcccttttgttggagaa 212  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||    
T  22842264 aacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatttggttgcccttttgtaggtgaa 22842363  T
Q  213 at----aacaa--aaacaattccatggccaccaagagtt------ggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 300  Q
    |     |||||  ||||||| || ||||||| |||||||      |||| | ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22842364 agttgaaacaacaaaacaatcccgtggccactaagagttagttctggatctggagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 22842463  T
Q  301 cactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgtcctttg 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  22842464 cactagaagtgtttttgaaaactattggttttggatataaagcatgacctttg 22842516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 204
Target Start/End: Original strand, 22858470 - 22858665
Alignment:
Q  9 tatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  22858470 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccagcatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaa 22858569  T
Q  109 actcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagcccttttg 204  Q
     |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||    
T  22858570 gctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 22858665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 292
Target Start/End: Original strand, 22913669 - 22913959
Alignment:
Q  2 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaaca 101  Q
    ||||||||||||||| | ||  || ||  |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||   ||    || |    
T  22913669 atcataatatcctgccgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataata 22913768  T
Q  102 gtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccctt 201  Q
    || |||| ||| | | |||||||||||||  |  ||||||||||||| || |  || || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  22913769 gtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgattcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccctt 22913868  T
Q  202 ttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaaga 292  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22913869 ttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaaga 22913959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 259 - 347
Target Start/End: Original strand, 22858677 - 22858765
Alignment:
Q  259 ttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgt 347  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22858677 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgt 22858765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 48 - 130
Target Start/End: Original strand, 22922209 - 22922291
Alignment:
Q  48 atatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggtt 130  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22922209 atatctataccaacatggttatcattaatatcaccaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaagatggtt 22922291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 44 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 22933386 - 22933300
Alignment:
Q  44 attgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggtt 130  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  22933386 attgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaactcaaagtcttgagcagtgtcaaactcgacagcaaaaatatggtt 22933300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Original strand, 22880591 - 22880642
Alignment:
Q  1 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatc 52  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  22880591 catcataatatcctgcagaaattgaatttactgatttcaaatcattgatatc 22880642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 21150714 - 21150369
Alignment:
Q  1 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 100  Q
    |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150714 catcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttgaac 21150615  T
Q  101 agtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatctggtagccct 200  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||| ||    
T  21150614 agtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgtgttggtagtgaatttggtagctct 21150515  T
Q  201 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  21150514 tttgtaggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgaaaaagaaaacacacttt 21150415  T
Q  301 cactagaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatg 346  Q
    | |  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21150414 cgccggaagtgttttcgaaaactataggatttggatagaaagcatg 21150369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 130
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628375
Alignment:
Q  33 gattgcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggtt 130  Q
    |||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||   ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaacccaaagtctaagacagtgtcaaattcaacagcaaaaagatggtt 15628375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1103 times since January 2019
Visitors: 4402