View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0729_high_6 (Length: 267)

Name: NF0729_high_6
Description: NF0729
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0729_high_6
NF0729_high_6
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (10-267)||(20046312-20046566)
chr3 (10-267)||(20015873-20016127)
chr3 (10-177)||(17114992-17115159)
chr3 (29-267)||(20036294-20036529)
chr3 (29-181)||(19858344-19858496)
chr3 (10-217)||(26647240-26647447)
chr3 (29-217)||(19849229-19849423)
chr3 (29-267)||(19818746-19818987)
chr3 (29-216)||(19956324-19956511)
chr3 (70-267)||(19812469-19812669)
chr3 (29-217)||(19838632-19838820)
chr3 (106-217)||(26653388-26653499)
chr3 (30-191)||(19832134-19832295)
chr3 (70-216)||(19951361-19951507)
chr3 (107-181)||(19989797-19989871)
chr3 (28-181)||(24839667-24839820)
chr3 (32-181)||(19943989-19944138)
chr3 (140-267)||(30914835-30914959)
chr3 (107-181)||(19853766-19853840)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (29-217)||(9815273-9815461)
chr5 (30-217)||(26354619-26354806)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (10-267)||(12497398-12497651)
chr7 (10-267)||(12521263-12521516)
chr7 (10-217)||(12495667-12495873)
chr7 (10-217)||(12579763-12579969)
chr7 (10-95)||(12519468-12519553)
chr7 (216-267)||(12581581-12581632)
chr7 (10-129)||(12581647-12581766)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-262)||(6397411-6397660)
chr4 (67-267)||(6398452-6398650)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (106-181)||(22689444-22689519)
chr8 (107-181)||(11544345-11544419)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 10 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 20046566 - 20046312
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20046566 aagaaaatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcgtgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcgctgggattg 20046467  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 209  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046466 atcaacatgggttgtggtggtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 20046367  T
Q  210 caccaccaccaactggatattttaacagatcaataattgttttcttaaataaacttaa 267  Q
    ||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20046366 cacc---accaaccggatattttaacagatcaataattgtgttcttaaataaacttaa 20046312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 267
Target Start/End: Original strand, 20015873 - 20016127
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| |||||| | || |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||     |||||    
T  20015873 aagaaaatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 20015972  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 209  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||  |||| ||| | |||| | ||||    
T  20015973 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 20016072  T
Q  210 caccaccaccaactggatattttaacagatcaataattgttttcttaaataaacttaa 267  Q
    |||||||  ||    |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  20016073 caccacccacat---gatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaa 20016127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 17115159 - 17114992
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||||||| | ||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |   | |||    
T  17115159 aagaaaatcatcgacagctaagtctaatgctagcttaacattgtcaattttcacggcctgaaccctatgccacctaaacaataaagggtctccatggttg 17115060  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaaggg 177  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  17115059 atcaacatggattgtggttgtaaatttttgaacctctcccacatccaaatttgaaccaagtaaaaggg 17114992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 29 - 267
Target Start/End: Original strand, 20036294 - 20036529
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggtt 128  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||||  |||| | || ||||||||||||||||||||| |||| ||| |   | || | |||||||||||||||||    
T  20036294 gagtctaatgccatcctaacattgtcaatcatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtccccatggttcaacaacatgggttgtggtt 20036393  T
Q  129 gtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccaccaccaactggata 228  Q
    |||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  || ||||| ||| | ||||| ||||||||||||| ||    || |    
T  20036394 gtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaaggaagtctatcaccaccaacat---gaca 20036490  T
Q  229 ttttaacagatcaataattgttttcttaaataaacttaa 267  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  20036491 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaa 20036529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 29 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 19858496 - 19858344
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggtt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  || |   | |||||||||||||||||||| |    
T  19858496 gagtctaatgccaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgccacctaaacaataaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggct 19858397  T
Q  129 gtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgat 181  Q
     ||| |||  |||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  19858396 ctaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaagcaagtaaaagggtgat 19858344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 26647447 - 26647240
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| |||||| ||||  || |||| |||| |||||||| | |||||||||||   || ||||||||||||||||||||| |||| ||| |   | |||    
T  26647447 aagaaaatcatcaacagccgaatctagtgcccacttaacactgtcaattttcaagatcttaaccttatgccacctaaacaacaaagggtctccttggttg 26647348  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 209  Q
    |||||  |||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||| | |||| ||||||    
T  26647347 atcaaattgggttgtggttgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttccaaaggatatctat 26647248  T
Q  210 caccacca 217  Q
    ||||||||    
T  26647247 caccacca 26647240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 19849423 - 19849229
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatg------ggtt 122  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  || |   | ||| ||||||||      || |    
T  19849423 gagtctaatgccaacctaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgccatctaaacaataaaggatccccatggttggtcaacatggtttgtggct 19849324  T
Q  123 gtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccacca 217  Q
    ||||||| || |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||  || |  ||||||||||||||||||    
T  19849323 gtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaaagggtgatttaagagtaatctccaagggaaatctatcaccacca 19849229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 29 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 19818987 - 19818746
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtgg-- 126  Q
    ||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||| |||| ||| |   | || |||||||||| ||||||      
T  19818987 gagtctaatgccatcctaacattgtcaatttccaaggcctgaacatcatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcaacatggtttgtggca 19818888  T
Q  127 ----ttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccaccaccaac 222  Q
        ||| |  |||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| | |||||||||||||||   ||||||    
T  19818887 gtggttgcatatttttgaacctctcccacacccatatttgaaccaaataaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggaaatctatcacc---accaac 19818791  T
Q  223 tggatattttaacagatcaataattgttttcttaaataaacttaa 267  Q
     | ||||||| ||| |||||  ||| |||||||||| ||||||||    
T  19818790 agaatattttgacaaatcaactatttttttcttaaacaaacttaa 19818746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 29 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 19956511 - 19956324
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggtt 128  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||| | |||| | || ||||||||||||||||||||| |||| ||  ||  | || | ||||||||||||||| |    
T  19956511 gagtctaatgccatcctaacattgtcaactatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggttcctatggttcaacaacatgggttgtggct 19956412  T
Q  129 gtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccacc 216  Q
    |||| |||  |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||   |||| |||||||||||||    
T  19956411 gtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctgaaggatatctatcaccacc 19956324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 70 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 19812669 - 19812469
Alignment:
Q  70 aaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgg------gttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttga 163  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||   | ||||||||||| |      |||||||||| || |||  |||||||||||| ||||||| ||||    
T  19812669 aaccttatgccacctaaacaaaaaagggtcgccatggttgatcaacatagtttgttgttgtggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaatttga 19812570  T
Q  164 accaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccaccaccaactggatattttaacagatcaataattgttttcttaaataaac 263  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||  || |  ||||||||||   |||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  19812569 accaagtaaaagggtgattgaagagtaatctccaagggaaatctat---caccaccaacaggatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaac 19812473  T
Q  264 ttaa 267  Q
    ||||    
T  19812472 ttaa 19812469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 29 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 19838820 - 19838632
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggtt 128  Q
    |||||||| |||| | ||| ||| |||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||| |   | || | |||||| ||||||||||    
T  19838820 gagtctaaagccatcctaatattgtcaattatcaaggccttaactttatgccacctaaacaaaaaagggtccccctggttcaacaacattggttgtggtt 19838721  T
Q  129 gtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccacca 217  Q
    |||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||| | |||| || |||||| ||||    
T  19838720 gtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatgtatcacaacca 19838632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 106 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 26653499 - 26653388
Alignment:
Q  106 attgatcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaat 205  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | | | ||| ||| | |||||||    
T  26653499 attgatcaacttgggttgtggttgcaaatttgtgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatcgtagattaacttccaaaggaaat 26653400  T
Q  206 ctatcaccacca 217  Q
    ||||||||||||    
T  26653399 ctatcaccacca 26653388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 30 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 19832295 - 19832134
Alignment:
Q  30 agtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggttg 129  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |  || |     || | ||||||||||||||| ||    
T  19832295 agtctaatgccatcctaacattgtcaattaccaaggccttaaccttatgccacctaaacaaaaatggttcccctttgttcaacaacatgggttgtggatg 19832196  T
Q  130 taattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaa 191  Q
    ||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  19832195 taaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaa 19832134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 70 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 19951507 - 19951361
Alignment:
Q  70 aaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaa 169  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||| |   | || |||  |||||||||||||||||| |||   ||||||||||| | ||||| |||||||||     
T  19951507 aaccttatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcggcatgggttgtggttgtaaatttttaaacctctcccaaatccaaatttgaaccaag 19951408  T
Q  170 taaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccacc 216  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||| | |||| |||||||||||||    
T  19951407 taaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggatatctatcaccacc 19951361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 107 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 19989871 - 19989797
Alignment:
Q  107 ttgatcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgat 181  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19989871 ttgatcagcatgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgat 19989797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 28 - 181
Target Start/End: Original strand, 24839667 - 24839820
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggt 127  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| |  ||| |    ||||  |||| ||||||||||     
T  24839667 tgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctcgattattgcccaacttgggttgtggc 24839766  T
Q  128 tgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgat 181  Q
    || || |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  24839767 tgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgat 24839820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 32 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 19944138 - 19943989
Alignment:
Q  32 tctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggttgta 131  Q
    ||||||||||||   ||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| |  ||| |    |||||||||| | |||||||| || |    
T  19944138 tctaatgccaaccccacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctccattattgatcaactttggttgtggctgca 19944039  T
Q  132 attttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgat 181  Q
    | |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  19944038 aatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgat 19943989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 30914959 - 30914835
Alignment:
Q  140 aacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccaccaccaactggatattttaacagat 239  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||||| | |||||||||  ||| |||||  || | |||| ||||||||||||||   ||| |||||||| ||| |     
T  30914959 aacctctcccaaacccaaatttgtaccaagtcaaagggtgagtgaagagtaacctccataggacatctatcaccacca---acttgatattttgacaaac 30914863  T
Q  240 caataattgttttcttaaataaacttaa 267  Q
    |||  |||||||||||||| ||||||||    
T  30914862 caactattgttttcttaaacaaacttaa 30914835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 19853840 - 19853766
Alignment:
Q  107 ttgatcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgat 181  Q
    ||||||||| | |||||||| || || |||  ||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  19853840 ttgatcaacttcggttgtggctgcaaatttatgaatctctcccacacccaagcttgtaccaagtaaaagggtgat 19853766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 29 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 9815461 - 9815273
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggtt 128  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||| ||| |    
T  9815461 gagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctccgtgattgatcaacatgggttctggct 9815362  T
Q  129 gtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccacca 217  Q
    |||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||| | |||| ||||||||||||||    
T  9815361 gtaaattttggaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccacca 9815273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 217
Target Start/End: Original strand, 26354619 - 26354806
Alignment:
Q  30 agtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggttg 129  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || || ||| ||||||| ||||||||||||| ||| |   | ||||||||||||||||| |||||    
T  26354619 agtctaattccagcttaacattgtcaattttcaaggcttgtaccctatgccatctaaacaataaagggtctccacggttgatcaacatgggttgcggttg 26354718  T
Q  130 taattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccacca 217  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||| ||||| ||| | |||| ||||||||||||||    
T  26354719 taattttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaacggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccacca 26354806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 12497651 - 12497398
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||   ||  || | |||    
T  12497651 aagaaaatcattgacagttgagcctaatgcacacttaacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttg 12497552  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 209  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||| |||    
T  12497551 atcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatat 12497453  T
Q  210 caccaccaccaactggatattttaacagatcaataattgttttcttaaataaacttaa 267  Q
     | |||||  ||   ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12497452 tatcaccaataa---gatgttttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaa 12497398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 12521516 - 12521263
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||   ||  || | |||    
T  12521516 aagaaaatcattgacagttgagcctaatgcacacttaacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttg 12521417  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 209  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||| |||    
T  12521416 atcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatat 12521318  T
Q  210 caccaccaccaactggatattttaacagatcaataattgttttcttaaataaacttaa 267  Q
     | |||||  ||   ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12521317 tatcaccaataa---gatgttttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaa 12521263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 12495667 - 12495873
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| |||  || | |||    
T  12495667 aagaaaatcattgacacttgagtctaatgcaaactgaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgtggttg 12495766  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 209  Q
    || |||||||| ||||||||  | |||| |||||||||||  | |||||||| | |||||||||| ||||||| || |||||||| || |||| || |||    
T  12495767 atgaacatggg-tgtggttgatagtttgtgaacctctcccgtatccaaacttaagccaaataaaaaggtgatataagagtaaattaaataggatatatat 12495865  T
Q  210 caccacca 217  Q
    || |||||    
T  12495866 catcacca 12495873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 12579763 - 12579969
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| |||  || | |||    
T  12579763 aagaaaatcattaacacttgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgcggttg 12579862  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 209  Q
    ||||| ||||| ||||||||  | |||| |||||||||||  | |||||||| | |||| ||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || |||    
T  12579863 atcaatatggg-tgtggttgatagtttgtgaacctctcccgtatccaaacttaagccaagtaaaaaggtgatggaagagtaaattaaacaggatatatat 12579961  T
Q  210 caccacca 217  Q
    || |||||    
T  12579962 catcacca 12579969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 10 - 95
Target Start/End: Original strand, 12519468 - 12519553
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaag 95  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  12519468 aagaaaatcattgacacttgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaag 12519553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 12581632 - 12581581
Alignment:
Q  216 caccaactggatattttaacagatcaataattgttttcttaaataaacttaa 267  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12581632 caccaacaagatattttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaa 12581581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 12581766 - 12581647
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| ||||| | |||||||| |||||||  ||||||||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |   |   || | |||    
T  12581766 aagaaaatcattggcagttgagcctaatgcacacttaacattgctaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaatatatgttatatgtggttg 12581667  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttg 129  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  12581666 atcaacatgggttgtggttg 12581647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 262
Target Start/End: Original strand, 6397411 - 6397660
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattg 109  Q
    ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||  || |  |     
T  6397411 aagaaaattatcgacagttgagtctcatgccaacttaatattgtcaattttaaaggcctgaaccttataccacctaaaaaataaagggtctatgtgggta 6397510  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 209  Q
    |||||||| |||||||   | || | || |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  6397511 atcaacataggttgtgaacgcaaatgtgtgaacctcttccacgcccaaacttgaaccaagtaaaaaggtgatagaagagtaaattcaacatgaaatttat 6397610  T
Q  210 caccaccaccaactggatattttaacagatcaataattgttttcttaaataaa 262  Q
    || ||||| |||   |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6397611 catcaccaacaa---gatatttcgacaaatcaataattgttttcttaaataaa 6397660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 67 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 6398650 - 6398452
Alignment:
Q  67 ctgaaccttatgccacctaaacaataaagtgtcgctgggattgatcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaacc 166  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||| ||  |||   |||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  6398650 ctgaaccttatgcttcttaaacaataaagagtgtctgttgttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgtgaacctctcccacacctaaacttgaacc 6398551  T
Q  167 aaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccaccaccaactggatattttaacagatcaataa-ttgttttcttaaataaactt 265  Q
    |  ||||| ||||| |  | |||||||||||||||||||||||   || || ||||  |||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||| ||    
T  6398550 acgtaaaaaggtgacaacagagtaaattcaacaggaaatctat---catcatcaacatgatattttgacatatcaataattttttttcttaaataaagtt 6398454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 181
Target Start/End: Original strand, 22689444 - 22689519
Alignment:
Q  106 attgatcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgat 181  Q
    |||||||||||||||  ||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22689444 attgatcaacatgggccgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgat 22689519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 107 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 11544419 - 11544345
Alignment:
Q  107 ttgatcaacatgggttgtggttgtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgat 181  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || |||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  11544419 ttgatcaacttgggttttggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaatgggtgat 11544345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4668 times since January 2019
Visitors: 4838