View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0733_low_101 (Length: 267)

Name: NF0733_low_101
Description: NF0733
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0733_low_101
NF0733_low_101
[»] scaffold0222 (1 HSPs)
scaffold0222 (5-171)||(17823-17989)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-171)||(25361343-25361513)
chr2 (2-171)||(44998223-44998393)
chr2 (125-171)||(26922028-26922074)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (1-171)||(14687836-14688006)
chr4 (1-171)||(15349894-15350066)
chr4 (5-74)||(11498666-11498735)
chr4 (5-132)||(18290068-18290195)
chr4 (2-74)||(10628739-10628811)
chr4 (2-74)||(45241017-45241090)
chr4 (92-137)||(11498759-11498804)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-171)||(20000290-20000461)
chr8 (2-171)||(45562635-45562805)
chr8 (89-171)||(8213-8294)
chr8 (2-71)||(17618732-17618801)
chr8 (2-74)||(20041222-20041294)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-171)||(27044876-27045047)
chr1 (1-171)||(21786507-21786677)
chr1 (2-74)||(22627186-22627259)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (2-171)||(3247142-3247312)
chr3 (1-171)||(6812853-6813026)
chr3 (2-74)||(15023684-15023757)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-171)||(22063561-22063733)
chr6 (8-171)||(25966153-25966315)
chr6 (2-74)||(23520224-23520296)
chr6 (111-170)||(23520341-23520400)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (5-171)||(14223674-14223842)
chr7 (2-171)||(13633625-13633794)
chr7 (2-171)||(13740305-13740474)
chr7 (5-171)||(12565002-12565161)
chr7 (9-171)||(542030-542197)
chr7 (2-171)||(4310615-4310783)
chr7 (114-171)||(16327869-16327926)
chr7 (1-69)||(16327806-16327874)
chr7 (2-74)||(8784244-8784317)
chr7 (5-41)||(5395275-5395311)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (1-171)||(52597-52768)
[»] scaffold0566 (2 HSPs)
scaffold0566 (89-171)||(584-666)
scaffold0566 (1-72)||(691-762)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (13-69)||(18488142-18488198)
chr5 (10-74)||(23602798-23602862)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (2-74)||(9486-9559)
scaffold0012 (2-74)||(13589-13662)
[»] scaffold0384 (1 HSPs)
scaffold0384 (10-73)||(15230-15293)


Alignment Details
Target: scaffold0222 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 5 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 17989 - 17823
Alignment:
Q  5 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggtttaatg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||    
T  17989 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaatttttttggtttttgggttagggtttaatg 17890  T
Q  105 gtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17889 gtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 17823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 109; Significance: 7e-55; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 25361513 - 25361343
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||              | ||||||||||    
T  25361513 tggaaaggttggtttagtgatgggttgaggtttaagtgaggttgatgagtttaataatggagattggtgaagaatttttttggtttttgcgttagggttt 25361414  T
Q  101 aatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25361413 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 25361343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 44998393 - 44998223
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatgg-gttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggttt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||              | ||||||||||    
T  44998393 ggaagggttggtttagtgatggtgtttgggtttaagtgaggtttatgagttgaatgatgaagattggtaaagaatttttttggtttttgagttagggttt 44998294  T
Q  101 aatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  44998293 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaaagttggttttgattggtggttaatgtttgaaatgatga 44998223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 26922074 - 26922028
Alignment:
Q  125 atggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26922074 atggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 26922028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 14687836 - 14688006
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggttt 100  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||              ||||||||||||    
T  14687836 tggaaagattggcttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattagtgaagaatttttttggtttttgggttagggttt 14687935  T
Q  101 aatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14687936 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttaattggtggtaaatgtttggaatgatga 14688006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 15349894 - 15350066
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa--nnnnnnnnnnnnnngggttagggt 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||    
T  15349894 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaatttttttttggtttttgggttagggt 15349993  T
Q  99 ttaatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349994 taaatagtgtagaatttggtgtttgaatggatgattgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 15350066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 74
Target Start/End: Original strand, 11498666 - 11498735
Alignment:
Q  5 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11498666 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 11498735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 18290195 - 18290068
Alignment:
Q  5 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggtttaatg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||    
T  18290195 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgagattaacgagtttaatgatggagattggtgaagaatttgtttggtttttgggttagggtttaatg 18290096  T
Q  105 gtgtacaatttggtgtttggatggatga 132  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18290095 gtgtagaatttggtgtttggatggatga 18290068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 10628811 - 10628739
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  10628811 ggaagggttggtttagtgatgggttttggttttagtgaggtttatgagttgaatggtggagattggtgaagaa 10628739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Original strand, 45241017 - 45241090
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatggg-ttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  45241017 ggaagggttggtttagtgatggggtttgggtttaagtgaggtttatgagttgaataacggagattggtgaagaa 45241090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 137
Target Start/End: Original strand, 11498759 - 11498804
Alignment:
Q  92 ttagggtttaatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgtt 137  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  11498759 ttagggtttaatggtgtagaatttggtgtttggatggataaatgtt 11498804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 20000461 - 20000290
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaaga-annnnnnnnnnnnnngggttagggtt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||    
T  20000461 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagatttttttttgatttttgggttagggtt 20000362  T
Q  100 taatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
     ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20000361 aaatggtgtagaatttggtgtttgaatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 20000290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 2 - 171
Target Start/End: Original strand, 45562635 - 45562805
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatgg-gttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggttt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||               ||||||||||||    
T  45562635 ggaagggttggtttagtgatggtgtttgggtttaagtgaggtttatgagttgaatgatggagattggtgaagattttttttggttttcgggttagggttt 45562734  T
Q  101 aatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45562735 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaaagttggttttgattggtggttaatgtttggaatgatga 45562805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 89 - 171
Target Start/End: Original strand, 8213 - 8294
Alignment:
Q  89 gggttagggtttaatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8213 gggttagggtttaatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaaagttg-ttttgattggtggttaatgtttggaatgatga 8294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 17618801 - 17618732
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaa 71  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  17618801 ggaagggttggtttactgatggggtttggtttaagtgaggtttatgagttgaatggtggagattggtgaa 17618732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Original strand, 20041222 - 20041294
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    |||| |||||||||||||||||| |  || || ||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  20041222 ggaagggttggtttagtgatggggtttggatttagtaaggtttatgagttgaatggtggagattggtgaagaa 20041294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 27045047 - 27044876
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa-nnnnnnnnnnnnnngggttagggtt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||    
T  27045047 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaattttttttggtttttgggttagggtt 27044948  T
Q  100 taatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
     ||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27044947 aaatagtgtagaatttggtgtttgaatggatgattgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 27044876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 21786507 - 21786677
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa-nnnnnnnnnnnnnngggttagggtt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||               |||||| ||||    
T  21786507 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggcttaagtgaggttgatgagtttaatgatggggattggtgaagaattttttttggtttttgggtta-ggtt 21786605  T
Q  100 taatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21786606 taatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtagtaaatgtttggaatgatga 21786677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Original strand, 22627186 - 22627259
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatggg-ttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  22627186 ggaagggttggtttagtgatggggtttaggtttaagtgaggtttatgagttgaatggtggagattggtgaagaa 22627259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 2 - 171
Target Start/End: Original strand, 3247142 - 3247312
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatggg-ttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||    
T  3247142 ggaaaggttggtttagtgatggggttggggtttaagtgaggtttatgagtttaatgatggagattggtgaagaatctttttggtttttgggttagggttt 3247241  T
Q  101 aatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  3247242 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttgtgattggtgtttaatgtttggaatgatga 3247312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 6813026 - 6812853
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa---nnnnnnnnnnnnnngggttaggg 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||    
T  6813026 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaattttttttttggtttttgggttaggg 6812927  T
Q  98 tttaatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    || ||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6812926 ttaaatagtgtagaatttggtgtttgaatggatgattgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 6812853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 15023757 - 15023684
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatggg-ttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||||||||||    
T  15023757 ggaagggttggtttagtgatggggttgtagtttaagtgaagtttaagagttgaatgatggagtttggtgaagaa 15023684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 22063561 - 22063733
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa--nnnnnnnnnnnnnngggttagggt 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||    
T  22063561 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaatttttttttggtttttgggttagggt 22063660  T
Q  99 ttaatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063661 taaatagtgtagaatttggtgtttgaatggatgattgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 22063733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 8 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 25966315 - 25966153
Alignment:
Q  8 gttggtttagtgatggg-ttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggtttaatggt 106  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |               ||||| |||||||||||    
T  25966315 gttggtttagtgatggggtttgggtttaagtcaggtttatgagttgaatggtggagattggtgaagcatttttggtgttt---ggttatggtttaatggt 25966219  T
Q  107 gtac-aatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  25966218 gtacgaatttggtgtttggatggatgaaagttgattttgattgatggtttatgtttggaatgatga 25966153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Original strand, 23520224 - 23520296
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  23520224 ggaaaggttggtttagtgatgaggttgggtttaagtgaggtttatgagtttaatcatggatattggtgaagaa 23520296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 111 - 170
Target Start/End: Original strand, 23520341 - 23520400
Alignment:
Q  111 aatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatg 170  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||  |||||||||||||||    
T  23520341 aatttggggtttggatggatgaatgttggttttgatggttggtttatgtttggaatgatg 23520400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 171
Target Start/End: Original strand, 14223674 - 14223842
Alignment:
Q  5 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaaga--annnnnnnnnnnnnngggttagggtttaa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||| ||    
T  14223674 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagcgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagattttttttttggtttttgggttagggttaaa 14223773  T
Q  103 tggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14223774 tggtgtagaatttggtgtttaaatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 14223842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 2 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 13633794 - 13633625
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatgg-gttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||              |||||||| |||    
T  13633794 ggaaaggttggtttagtgatggtgtttgagtttaagtgagttttatgagttgaatgatggagattggtgaagaattttttggttttt-gggttaggtttt 13633696  T
Q  101 aatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13633695 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggttaatgtttggaatgatga 13633625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 2 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 13740474 - 13740305
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatgg-gttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||              |||||||| |||    
T  13740474 ggaaaggttggtttagtgatggtgtttgagtttaagtgagttttatgagttgaatgatggagattggtgaagaattttttggttttt-gggttaggtttt 13740376  T
Q  101 aatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13740375 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggttaatgtttggaatgatga 13740305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 5 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 12565161 - 12565002
Alignment:
Q  5 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggtttaatg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||    
T  12565161 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaatttttttggttattgggttagggtttaatg 12565062  T
Q  105 gtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||| ||       ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  12565061 gtgtagaa-------tttggatggatgaatcttggtttttattggtggttgatgtttggaatgatga 12565002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 9 - 171
Target Start/End: Original strand, 542030 - 542197
Alignment:
Q  9 ttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatga---gtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnn--gggttagggtttaat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||                 ||||||||||| |||    
T  542030 ttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgatgagtttaatgaaggagattggtgaagacttttttttttgtttttgggttagggttaaat 542129  T
Q  104 ggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  542130 agtgtagaatttggtgtttgaatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 542197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 4310783 - 4310615
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnngggttagggttta 101  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||  |||||||              |||||| ||||||    
T  4310783 ggaagggttggtttagtgataggtttgggcttaagtgaggtttatgagttcaatggtggagattcatgaagaatttttggttttt--gggttatggttta 4310686  T
Q  102 atggtgtacaattt-ggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4310685 acggtgtacgattttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtttatgtttggaatgatga 4310615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 171
Target Start/End: Original strand, 16327869 - 16327926
Alignment:
Q  114 ttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16327869 ttggtgtttgaatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 16327926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 69
Target Start/End: Original strand, 16327806 - 16327874
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtg 69  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |   |||||||||||||    
T  16327806 tggaaaggttggtttagtgatgggttagggtttaagtgaggttgatgaattgatgaatggagattggtg 16327874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Original strand, 8784244 - 8784317
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatggg-ttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8784244 ggaaaagttggtttagcgatggggttggggtttaagtaaggtgtttgagtttaatgatggagattggtgaagaa 8784317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 5395311 - 5395275
Alignment:
Q  5 aaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgagg 41  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5395311 aaggttggtttagtgatgagttggggtttaagtgagg 5395275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 52597 - 52768
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaannnnnnnnnnnnnn-gggttagggtt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||               ||||||||| |    
T  52597 tggaaagtttggtttagtgatgggtcagggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaacaattttttttggtttttgggttagggat 52696  T
Q  100 taatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52697 taatggtttagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatggttggaatgatga 52768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0566
Description:

Target: scaffold0566; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 89 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 666 - 584
Alignment:
Q  89 gggttagggtttaatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 171  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  666 gggttagggtttaatggtgtaaaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 762 - 691
Alignment:
Q  1 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaag 72  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  762 tggaaaggttggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggaggttggtgaag 691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 13 - 69
Target Start/End: Original strand, 18488142 - 18488198
Alignment:
Q  13 tttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtg 69  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18488142 tttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtg 18488198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 74
Target Start/End: Original strand, 23602798 - 23602862
Alignment:
Q  10 tggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  23602798 tggtttagtgatgggttttggttttagtgaggtttatgagttgaatggtggagattggtgaagaa 23602862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Original strand, 9486 - 9559
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatggg-ttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  9486 ggaagggttggtttagtgatggggtttgggtttaagtgaggtttatgagttcaatggtggagattggtgaagaa 9559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 2 - 74
Target Start/End: Original strand, 13589 - 13662
Alignment:
Q  2 ggaaaggttggtttagtgatggg-ttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaagaa 74  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  13589 ggaagggttggtttagtgatggggtttgggtttaagtgaggtttatgagttcaatggtggagattggtgaagaa 13662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0384 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0384
Description:

Target: scaffold0384; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 73
Target Start/End: Original strand, 15230 - 15293
Alignment:
Q  10 tggtttagtgatgggttggggtttaagtgaggttgatgagtttaatgatggagattggtgaaga 73  Q
    ||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  15230 tggtttagtgatggggtttggttttagtgaggtttatgagttgaatggtggaggttggtgaaga 15293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4782 times since January 2019
Visitors: 4839