View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0737D-Insertion-15 (Length: 760)

Name: NF0737D-Insertion-15
Description: NF0737D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0737D-Insertion-15
NF0737D-Insertion-15
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (8-760)||(31563395-31564147)
chr5 (424-760)||(31578749-31579086)
chr5 (545-760)||(31604528-31604743)
chr5 (545-760)||(31594276-31594491)
chr5 (42-308)||(31579384-31579647)
chr5 (33-319)||(31605002-31605282)
chr5 (33-188)||(31595366-31595518)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 741; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 741; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 31564147 - 31563395
Alignment:
Q  8 gtattttctttatatggctaataaattcaaattgtttctaattgacgctcgtagctttttaatagtacaagctattgctataattgcaactttggggaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31564147 gtattttctttatatggctaataaattcaaattgtttctaattgacgctcgtagctttttaatagtacaagctattgctataattgcaactttggggaag 31564048  T
Q  108 attgctggaactatgatgttgccttcaattttttggaagatgccagttagtgatgttctatctttaggactacttatgagtgctaatggacttacacaat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31564047 attgctggaactatgatgttgccttcaattttttggaagatgccagttagtgatgttctatctttaggactacttatgagtgctaatggacttacacaat 31563948  T
Q  208 tcatttacttgcagactgctctaaatcataaggtaagaaacattataactttcttctcattttcaatcatgtatgtggttaaattggataaagagaaaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31563947 tcatttacttgcagactgctctaaatcataaggtaagaaacattataactttcttctcattttcaatcatgtatgtggttaaattggataaagagaaaaa 31563848  T
Q  308 tgaggagtaaacctttaaatttagttgttatagtattccatatggtccttattactagaggattttcaaaaaagaaaagtttggttctatttataagaaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31563847 tgaggagtaaacctttaaatttagttgttatagtattccatatggtccttattactagaagattttcaaaaaagaaaagtttggttctatttataagaaa 31563748  T
Q  408 atgtctcaatttttactgatgtcaatcaataatgtctacatatttgatgtgagcatatatgtgatttgttgcagactgtaaatgaaaaatactatgcaga 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31563747 atgtctcaatttttactgatgtcaatcaataatgtctacatatttgatgtgaacatatatgtgatttgttgcagactgtaaatgaaaaatactatgcaga 31563648  T
Q  508 tgcgttgataactttaatatggttaactggagccgcgacacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaaatacttatccttaaataggagaaga 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31563647 tgcgttgataactttaatatggttaactggagccacgacacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaaatacttatccttaaataggagaaga 31563548  T
Q  608 accattgaacaatcaacttcagataccgaactaagtctcatggcatgtatacatagtcaagaaaacacaccatccattattaatcttcttgaaatgtcaa 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31563547 accattgaacaatcaacttcagataccgaactaagtctcatggcatgtatacatagtcaagaaaacacaccatccattattaatcttcttgaaatgtcaa 31563448  T
Q  708 acccttcattggagaatcctatttgtttctatgtcctacatcttattcaactt 760  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31563447 acccttcattggagaatcctatttgtttctatgtcctacatcttattcaactt 31563395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 424 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 31579086 - 31578749
Alignment:
Q  424 tgatgtcaatcaataatgtctacatatttga-tgtgagcatatatgtgatttgttgcagactgtaaatgaaaaatactatgcagatgcgttgataacttt 522  Q
    |||||| ||||||||||   ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||  | || ||||| |||  ||||    || ||||||| ||||    
T  31579086 tgatgttaatcaataatagttacatatttgaatgtgaatatatatgtgatttgttgcagcttatagatgaagaatcatatggtattgggttgatagcttt 31578987  T
Q  523 aatatggttaactggagccgcgacacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaaatacttatccttaaataggagaagaaccattgaacaatca 622  Q
    ||||||| |||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31578986 aatatggataacagcagccacaacacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaggtacttatccttaaataggagaagaaccattgaacaatca 31578887  T
Q  623 acttcagataccgaactaagtctcatggcatgtatacatagtcaagaaaacacaccatccattattaatcttcttgaaatgtcaaacccttcattggaga 722  Q
    ||||||||||  |||||  || || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| | |    
T  31578886 acttcagatattgaacttcgtatcttggcatgtatacacagtcaagaaaacacaccatccattatcaatcttcttgaaatgtcaagcccttcattgaaaa 31578787  T
Q  723 atcctatttgtttctatgtcctacatcttattcaactt 760  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31578786 atccaatttgtttctatgtcctacatcttattcaactt 31578749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 545 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 31604743 - 31604528
Alignment:
Q  545 acacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaaatacttatccttaaataggagaagaaccattgaacaatcaacttcagataccgaactaagtc 644  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||    
T  31604743 acacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtc 31604644  T
Q  645 tcatggcatgtatacatagtcaagaaaacacaccatccattattaatcttcttgaaatgtcaaacccttcattggagaatcctatttgtttctatgtcct 744  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31604643 tcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccatccattatcaatcttcttgaaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtcct 31604544  T
Q  745 acatcttattcaactt 760  Q
    ||||||||||||||||    
T  31604543 acatcttattcaactt 31604528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 545 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 31594491 - 31594276
Alignment:
Q  545 acacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaaatacttatccttaaataggagaagaaccattgaacaatcaacttcagataccgaactaagtc 644  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||| |||    
T  31594491 acacccattgtgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataagagaagaaccattgaacaatcagcttcagatattgagctacgtc 31594392  T
Q  645 tcatggcatgtatacatagtcaagaaaacacaccatccattattaatcttcttgaaatgtcaaacccttcattggagaatcctatttgtttctatgtcct 744  Q
    ||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||||||||||    
T  31594391 tcatggcatgtgtacacgatcaagaaaacataccatccatgatcaatcttcttgaaatgtcaaacccttcactgcgaagtcctatttgtttctatgtcct 31594292  T
Q  745 acatcttattcaactt 760  Q
    ||||||||||||||||    
T  31594291 acatcttattcaactt 31594276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 42 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 31579647 - 31579384
Alignment:
Q  42 tttctaattgacgctcgtagctttttaatagtacaagctattgctataattgcaactttggggaagattgctggaactatgatgttgccttcaatttttt 141  Q
    ||||||||| |  ||||||||||| ||||||| |||  | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||| ||    
T  31579647 tttctaattaatactcgtagctttgtaatagtgcaaattgttgctatatttgcatctttggggaaggttgctggaactatg---ttgccttcaatttatt 31579551  T
Q  142 ggaagatgccagttagtgatgttctatctttaggactacttatgagtgctaatggacttacacaattcatttacttgcagactgctctaaatcataaggt 241  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | ||    
T  31579550 ggaagatgccagttactgatgttctatctttaggactacttatgagtgctcaaggcatcacacaattgatttacttgcagactgctctatatcttcatgt 31579451  T
Q  242 aagaaacattataactttcttctcattttcaatcatgtatgtggttaaattggataaagagaaaaat 308  Q
    ||||| || ||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||||||    
T  31579450 aagaatcactataattttcttctatttttcaatcatgtatctggttatgttgcataaagataaaaat 31579384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 33 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 31605282 - 31605002
Alignment:
Q  33 ttcaaattgtttctaattgacgctcgtagctttttaatagtacaagctattgctataattgcaactttggggaagattgctggaactatgatgttgcctt 132  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||||||| ||||  ||| ||||||| | ||||| || |||||  |||||||||| ||| ||| ||||||   |||||||    
T  31605282 ttcaaatttttcgtaattgatgctcgtacctttgcaattgtacaagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatg---ttgcctt 31605186  T
Q  133 caattttttggaagatgccagttagtgatgttctatctttaggactacttatgagtgctaatggacttacacaattcatttacttgcagactgctctaaa 232  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||  | |||||| |  |||||||||||||| || | ||    
T  31605185 caatttattcgaagatgccagttaatgatgttctatttttaggactacttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaa 31605086  T
Q  233 tcataaggtaagaaacattataactttcttctcattttcaatcatgtatgtggttaaattggataaagagaaaaatgaggagtaaac 319  Q
     | | | ||||||  || ||||    |||||| |||||| || ||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||    
T  31605085 cctttatgtaagattcaatata---ctcttctaattttccattatgtatgtgattaatttgcatagagagaaaaatgaggaataaac 31605002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 33 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 31595518 - 31595366
Alignment:
Q  33 ttcaaattgtttctaattgacgctcgtagctttttaatagtacaagctattgctataattgcaactttggggaagattgctggaactatgatgttgcctt 132  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||| ||||| |||  || |||  ||||||| || |||||  |||||| ||| ||| ||| |||||| ||   ||||    
T  31595518 ttcaaattgtttttaattgattctcgttgctttgtaactgtgcaaattattgctgtatttgcatttttgggaaaggttggtggtactatgctg---cctt 31595422  T
Q  133 caattttttggaagatgccagttagtgatgttctatctttaggactacttatgagt 188  Q
    |||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31595421 caatttatttgaagatgccacttactgatgttctatctttaggactactcatgagt 31595366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University