View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0740_high_75 (Length: 316)

Name: NF0740_high_75
Description: NF0740
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0740_high_75
NF0740_high_75
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-287)||(37427745-37428031)
chr5 (59-287)||(37701442-37701667)
chr5 (59-285)||(37394067-37394293)
chr5 (5-285)||(37434406-37434689)
chr5 (59-287)||(37638499-37638727)
chr5 (59-287)||(37710260-37710488)
chr5 (59-287)||(37822657-37822885)
chr5 (59-287)||(37695348-37695576)
chr5 (59-287)||(37531853-37532081)
chr5 (59-287)||(37592957-37593185)
chr5 (59-287)||(37402177-37402405)
chr5 (70-287)||(37439834-37440051)
chr5 (99-287)||(37383505-37383693)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (59-287)||(16844175-16844403)
chr4 (48-287)||(24218910-24219149)
chr4 (162-285)||(16846844-16846966)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 37427745 - 37428031
Alignment:
1 tcaatcttatgttaaatgtttgctcaaaaagtctaacaaaccattatggtttcccaatgaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37427745 tcaatcttatgttaaatgtttgctcaaaaagtctaacaaaccattatggtttcccaatgaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtccc 37427844  T
101 acatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttcatatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
37427845 acatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttcagatgttgaatgtggtggttgatcttcatcatttttgcatgat 37427944  T
201 ttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37427945 ttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgttggccggtaggtatgatt 37428031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 59 - 287
Target Start/End: Original strand, 37701442 - 37701667
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| |||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||    
37701442 gaagaatacattatatcccaagagcaacccgaatattgccccacatgcatatcctattgctaccgctttccagccaaatcctga---ctcttcatcttca 37701538  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     |||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
37701539 gatgttgaatgaggtggaagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatg 37701638  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
37701639 tatcaaactgttggcctgtaggtatgatt 37701667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 59 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 37394293 - 37394067
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| |||||||||| | || |||| |||||| ||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
37394293 gaagaatacattatatcccaacagcaacccatatattgccccacatccatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttca 37394194  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
37394193 gatgttgaatgcggtggaagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattcccttcataagaatcatttccaaatg 37394094  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatga 285  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||    
37394093 tatcaaattgttgacctgtaggtatga 37394067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 5 - 285
Target Start/End: Original strand, 37434406 - 37434689
Alignment:
5 tcttatgttaaatgtttgctcaaaaagtctaacaaaccattatggtttcccaatgaagag---tacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtccca 101  Q
    |||||||||||| || ||||||| |||||||| || |||||  ||||| ||| ||||||    |||| |||||||||| | || ||||||||||| ||||    
37434406 tcttatgttaaacgtatgctcaacaagtctaagaagccattggggttttccagtgaagaagaatacattatatcccaacagcaacccaaatattgcccca 37434505  T
102 catgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttcatatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatt 201  Q
    ||| ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||  ||||||  || |||||||||||||    
37434506 catccatatccgatcactaccgttttccagccaaatcctgattcttcttcgtcttcagatgttgaatgtggtggcagatctttctcgtttttgcatgatt 37434605  T
202 tagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgttggccggtaggtatga 285  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| || ||||||||||    
37434606 tagacaatgggaatccacataacattgtatttccttcataggaatcattttcaaatgtagcaaattgttgacccgtaggtatga 37434689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 59 - 287
Target Start/End: Original strand, 37638499 - 37638727
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| |||||||||| | || ||| ||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
37638499 gaagaatacattatatcccaatagcaacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatccggattcttcttcatcttca 37638598  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     |||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
37638599 gatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatg 37638698  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    ||| ||||||||| ||  |||||||||||    
37638699 tattaaactgttgacctttaggtatgatt 37638727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 59 - 287
Target Start/End: Original strand, 37710260 - 37710488
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| ||||||| || | || ||| ||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
37710260 gaagaatacattatatccgaatagcaacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttca 37710359  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     |||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
37710360 gatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatggaaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatg 37710459  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    ||| ||||||||| ||  |||||||||||    
37710460 tattaaactgttgacctttaggtatgatt 37710488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 59 - 287
Target Start/End: Original strand, 37822657 - 37822885
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| ||||||| || | || ||| || |||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
37822657 gaagaatacattatatccgaatagcaacccgaagattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttca 37822756  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     |||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
37822757 gatgttgaatgaggtggccgatcttcctcatttttgcatgatttagacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatg 37822856  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    ||| ||||||||| ||  |||||||||||    
37822857 tattaaactgttgacctttaggtatgatt 37822885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 59 - 287
Target Start/End: Original strand, 37695348 - 37695576
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| ||||||||||||  | |||  |||||| ||||||| ||||||  ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
37695348 gaagaatacattatatcccaagaggaacccggatattgccccacatccatatccaattgccacagctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttca 37695447  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
37695448 gatgtcgaatgtggtggtagatcttcatcatttttgcataatctagacaatgggaatccacataacatagtattcccttcataggaatcatttccaaacg 37695547  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    ||| ||||||||| ||  |||||||||||    
37695548 tattaaactgttgacctttaggtatgatt 37695576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 59 - 287
Target Start/End: Original strand, 37531853 - 37532081
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| ||||||||||||  | |||  |||||| ||||||| ||||||  ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
37531853 gaagaatacattatatcccaagaggaacccggatattgccccacatccatatccaattgccacagctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttca 37531952  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     |||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
37531953 gatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatg 37532052  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    ||| ||||||||| ||  |||||||||||    
37532053 tattaaactgttgacctttaggtatgatt 37532081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 59 - 287
Target Start/End: Original strand, 37592957 - 37593185
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| ||||||||||||  | |||  |||||| ||||||| ||||||  ||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
37592957 gaagaatacattatatcccaagaggaacccggatattgccccacatccatatccaattgccacagctttccagccaaatccggattcttcttcatcttca 37593056  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     |||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
37593057 gatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatg 37593156  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    ||| ||||||||| ||  |||||||||||    
37593157 tattaaactgttgacctttaggtatgatt 37593185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 59 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 37402405 - 37402177
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| ||||||||||||  | |||  |||||| ||||||| ||||||  ||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
37402405 gaagaatacattatatcccaagaggaacccggatattgccccacatccatatccaattgccacagctttccagccaaatccggattcttcttcatcttca 37402306  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     |||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||    
37402305 gatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcattttcaaatg 37402206  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    ||| ||||||||| ||  |||||||||||    
37402205 tattaaactgttgacctttaggtatgatt 37402177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 70 - 287
Target Start/End: Original strand, 37439834 - 37440051
Alignment:
70 tatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttcatatgttgaatg 169  Q
    |||||||||| | || ||| ||||||| ||||||| ||||||  || || || ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||||     
37439834 tatatcccaatagcaacccgaatattgccccacatccatatccgatcaccacagctttccagccaaatcctgattcctcttgatcatcagttgttgaata 37439933  T
170 cggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgt 269  Q
     |||||  ||||||| |||||||||||||  |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
37439934 tggtggaagatcttcctcatttttgcatggcttagacaatggatatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtaccaaactgt 37440033  T
270 tggccggtaggtatgatt 287  Q
    || || | ||||||||||    
37440034 tgacctgcaggtatgatt 37440051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 99 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 37383693 - 37383505
Alignment:
99 ccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttcatatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatg 198  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || | | |||||||||  || |    |||||||||| |||||||||    
37383693 ccacatgcatatcctattaccactgctttccagccaaatccagattcctcttcatcattagatgttgaatatggcgaccaatcttcatcagttttgcatg 37383594  T
199 atttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    |||| ||||||   |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
37383593 attttgacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgtaggtatgatt 37383505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 109; Significance: 8e-55; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 59 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 16844403 - 16844175
Alignment:
59 gaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttca 158  Q
    ||||| |||| |||||||||||| || ||| |||||||  |||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
16844403 gaagaatacattatatcccaagagcaacccgaatattgcaccacatgcatatccgattgttaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttca 16844304  T
159 tatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatg 258  Q
     ||||||||||  ||||  ||||||| |||||||||||||| ||||| |||   |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
16844303 gatgttgaatgttgtggcagatcttcctcatttttgcatgaattagagaatggcaatccacacaacattgtattcccttgataggaatcatttccaaatg 16844204  T
259 tatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    ||| ||| ||||| || ||||||||||||    
16844203 tattaaattgttgacctgtaggtatgatt 16844175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 48 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 24219149 - 24218910
Alignment:
48 ggtttcccaatgaagagtacaatatatcccaagatcatcccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcct 147  Q
    ||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||  || |||| || || ||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
24219149 ggtttcccagtgaagaacacactatatcccaagaggattccaagtactgccccacatccatatcctattgctactgctttccagccaaatcccgattcct 24219050  T
148 cttcttcttcatatgttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatc 247  Q
    | || || | | | |||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
24219049 cgtcatcattagacgttgaatatggtggccgatcttcatcatttttgcatgattttgacaatggaaatccacataacattgcatttccttcataggaatc 24218950  T
248 atttccaaatgtatcaaactgttggccggtaggtatgatt 287  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||    
24218949 atttccaaatgtgttaaattgttggccggtaggtatgatt 24218910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 162 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 16846966 - 16846844
Alignment:
162 gttgaatgcggtggttgatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtat 261  Q
    |||||||| |||||  ||||||| ||||||||  ||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
16846966 gttgaatgtggtggcagatcttcctcatttttt-atgatttagacgatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaatcatttccaaatgtag 16846868  T
262 caaactgttggccggtaggtatga 285  Q
     ||| ||||| || ||||||||||    
16846867 aaaattgttgacctgtaggtatga 16846844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 5783 times since January 2019
Visitors: 4859