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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF0743_high_5 (Length: 669)
Name: NF0743_high_5
Description: NF0743
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0743_high_5 |
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| [»] chr8 (1 HSPs) |
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| [»] chr4 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 75 - 669
Target Start/End: Original strand, 35875641 - 35876238
Alignment:
| Q |
75 |
tgagatgaatgcaaagagaaaatcacaaacgcaacatcgtttgagtctcaacaagtttgctgatatgaatcctgaggagtttagtaaaacctacttacca |
174 |
Q |
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| T |
35875641 |
tgagatgaatgcaaagagaaaatcacaaacgcaacatcgtttgagtctcaacaagtttgctgatatgagtcctgaggagtttagtaaaacctacttacca |
35875740 |
T |
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| Q |
175 |
aagatagagatgcagataccgtccaa---ggacaacgcaaagcttaaagatgatgatgattgtgaaaaccttcccacttctgtagattggagggaaaaag |
271 |
Q |
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| T |
35875741 |
aagatagagatgcaggtaccgtccaatcgggacaacgcaaagcttaaagatgatgatgattgtgaaaaccttcccacttctgtagattggagggaaaaag |
35875840 |
T |
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| Q |
272 |
gagctgtgactgaagttagggaccaaggagattgtcgtaagattttattaattatatcattctttattactaattttcatttttgcatttcatctcatct |
371 |
Q |
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| T |
35875841 |
gagctgtgactgaagttagggaccaaggagattgtcgtaagattttattaattatatcattctttattactaattttcatttttgcatttcatctcatct |
35875940 |
T |
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| Q |
372 |
atgtttatgaatttaataattttatacccttagacagtataggaatatagattttgaagttattttagatgttattatgatgaagaaagttaactacaaa |
471 |
Q |
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| T |
35875941 |
atgtttatgaatttaataattttatacccttagacagtataggaatatagattttgaagttattttagatgttattatgatgaaaaaagttaactacaaa |
35876040 |
T |
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| Q |
472 |
atatataagtgaaattttaaggtactttaaaaagtgaaaatgaaaatgtgtttatttacgcaagattggctaataatccatatattttcttggacttatt |
571 |
Q |
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| T |
35876041 |
atatataagtgaatttttaaggtactttaaaaagtgaaaatgaaaatgtgtttatttatgaaagattagctaataatccatatattttcttggacttatt |
35876140 |
T |
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| Q |
572 |
caagtaaatttgtaattttctagagagccattgggcattctctgtcactggggcaattgaaggactaaacaaaatagtcacgggaaatcttatcaacc |
669 |
Q |
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| T |
35876141 |
caagtaaatttgtaattttctagagagccattgggcattctctgtcactggggcaattgaaggactaaacaaaatagtcacgggaaatcttatcaacc |
35876238 |
T |
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Target: chr4 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 75 - 669
Target Start/End: Original strand, 24449842 - 24450439
Alignment:
| Q |
75 |
tgagatgaatgcaaagagaaaatcacaaacgcaacatcgtttgagtctcaacaagtttgctgatatgaatcctgaggagtttagtaaaacctacttacca |
174 |
Q |
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| T |
24449842 |
tgagatgaatgcaaagagaaaatcacaaacgcaacatcgtttgagtctcaacaagtttgctgatatgagtcctgaggagtttagtaaaacctacttacca |
24449941 |
T |
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| Q |
175 |
aagatagagatgcagataccgtccaa---ggacaacgcaaagcttaaagatgatgatgattgtgaaaaccttcccacttctgtagattggagggaaaaag |
271 |
Q |
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| T |
24449942 |
aagatagagatgcaggtaccgtccaatcgggacaacgcaaagcttaaagatgatgatgattgtgaaaaccttcccacttctgtagattggagggaaaaag |
24450041 |
T |
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| Q |
272 |
gagctgtgactgaagttagggaccaaggagattgtcgtaagattttattaattatatcattctttattactaattttcatttttgcatttcatctcatct |
371 |
Q |
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| T |
24450042 |
gagctgtgactgaagttagggaccaaggagattgtcgtaagattttattaattatatcattctttattactaattttcatttttgcatttcatctcatct |
24450141 |
T |
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| Q |
372 |
atgtttatgaatttaataattttatacccttagacagtataggaatatagattttgaagttattttagatgttattatgatgaagaaagttaactacaaa |
471 |
Q |
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| T |
24450142 |
atgtttatgaatttaataattttatacccttagacagtataggaatatagattttgaagttattttagatgttattatgatgaaaaaagttaactacaaa |
24450241 |
T |
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| Q |
472 |
atatataagtgaaattttaaggtactttaaaaagtgaaaatgaaaatgtgtttatttacgcaagattggctaataatccatatattttcttggacttatt |
571 |
Q |
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| T |
24450242 |
atatataagtgaatttttaaggtactttaaaaagtgaaaatgaaaatgtgtttatttatgaaagattagctaataatccatatattttcttggacttatt |
24450341 |
T |
|
| Q |
572 |
caagtaaatttgtaattttctagagagccattgggcattctctgtcactggggcaattgaaggactaaacaaaatagtcacgggaaatcttatcaacc |
669 |
Q |
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| T |
24450342 |
caagtaaatttgtaattttctagagagccattgggcattctctgtcactggggcaattgaaggactaaacaaaatagtcacgggaaatcttatcaacc |
24450439 |
T |
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