View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0743_low_15 (Length: 549)

Name: NF0743_low_15
Description: NF0743
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0743_low_15
NF0743_low_15
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (133-479)||(28047781-28048127)
chr3 (137-478)||(27998946-27999287)
chr3 (175-479)||(28130317-28130621)
chr3 (140-479)||(27910150-27910489)
chr3 (215-471)||(28471798-28472054)
chr3 (215-471)||(28491839-28492095)
chr3 (172-478)||(28079772-28080078)
chr3 (137-478)||(28144246-28144587)
chr3 (172-479)||(28178394-28178701)
chr3 (292-471)||(28512897-28513076)
chr3 (138-478)||(19050055-19050395)
chr3 (138-478)||(17748735-17749075)
chr3 (175-479)||(11409158-11409462)
chr3 (211-435)||(27963147-27963371)
chr3 (139-361)||(27463764-27463986)
chr3 (88-136)||(28048234-28048282)
chr3 (88-136)||(28144683-28144731)
chr3 (90-136)||(28080215-28080261)
chr3 (137-201)||(27967894-27967958)
chr3 (104-136)||(27968069-27968101)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (138-479)||(8694089-8694436)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (138-362)||(9329484-9329711)
chr4 (138-362)||(9383267-9383494)
chr4 (399-479)||(9329928-9330008)
chr4 (399-479)||(9383711-9383791)
chr4 (97-136)||(9329330-9329369)
chr4 (97-136)||(9383113-9383152)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 133 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 28048127 - 28047781
Alignment:
Q  133 ttgactctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtc 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28048127 ttgactctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccagaaatggaagatgacctcttaatggacaaagacattgtaggattacattcttggaaaatgtc 28048028  T
Q  233 aatgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttg 332  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28048027 aatgaaatttggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttg 28047928  T
Q  333 atggattctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaaca 432  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28047927 atggattctagtgctggaagatcatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaaca 28047828  T
Q  433 ttgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcacctctc 479  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28047827 ttgaaccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcacctctc 28047781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 137 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 27999287 - 27998946
Alignment:
Q  137 ctctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatg 236  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  27999287 ctctgattgtgtttgtgggttggaagcatctccagaaatggaagatgtcttcttaatggacaaagacattgtacgattacattctgggaatatgtcaatc 27999188  T
Q  237 aaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatgg 336  Q
    | || ||||||| |||||||    |||||| | |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27999187 atatttggtaaatcatcaagatcaatttctctgagggaaccaagtttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattctgatgg 27999088  T
Q  337 attctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattga 436  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||  ||||||||||||||| || | ||||| |||||  | || ||||||||| |||||    
T  27999087 attctagtgctggaagatcatgagcatagagaaacggaagtattgattcaattcttggacaattataaataccaagaaactccagtttctgaaatattga 27998988  T
Q  437 gccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcacctct 478  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||  |||||||||||    
T  27998987 gccttgacttgtgctttcattatcattaataatttcacctct 27998946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 175 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 28130621 - 28130317
Alignment:
Q  175 tggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaaga 274  Q
    ||||||||| | ||||||||| | ||| ||| ||| | ||||||||||||||||| |  || ||||  ||||  ||||||||| |||||| ||| |  ||    
T  28130621 tggaagatgtcttcttaatgggcgaagccatggtacggttacattctgggaaaatatggatcaaattcggtatgccatcaagcatcatttttttgaggga 28130522  T
Q  275 accaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatggattctagtgctggaagattatgagcagattgaaacgga 374  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  28130521 accaagtttgacatctttgccaaatatgtactgcagcttatcacaacttttaattgtgatggattctagtgttggaagatcatgaggagagtgaaacgga 28130422  T
Q  375 agtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcac 474  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||||| ||||||||||    
T  28130421 agtattaattcgattcttggacacttcttaatactaagaactttcaatttctgaaacattgagccatgacttgtgttatcattatcatcgactatttcac 28130322  T
Q  475 ctctc 479  Q
    |||||    
T  28130321 ctctc 28130317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 140 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 27910489 - 27910150
Alignment:
Q  140 tgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatgaaa 239  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||   ||| ||| | |  || ||||   |||||||||||||| |      
T  27910489 tgattgttcttctggcttggaagtatctccagaaatggaagatgacctcttaatgggtgaagtcatggcaccataacatatagggaaaatgtcaatcatt 27910390  T
Q  240 tgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatggatt 339  Q
    | ||||||||||  ||||  ||| | | | |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  27910389 tttggtaaaccactaagctccatatttatgagggaaccaagtttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactatcaattgtgatggatt 27910290  T
Q  340 ctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgagcc 439  Q
    ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | | |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  27910289 ctaatgctggaagatcatgagaagattgaaacggaagtattaattcaattcttggacaactataaatactaagaactttcagtttcttaaacattgagcc 27910190  T
Q  440 ttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcacctctc 479  Q
     ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  27910189 atgacttgtgctgtcattatcatcaattatttcacctctc 27910150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 215 - 471
Target Start/End: Original strand, 28471798 - 28472054
Alignment:
Q  215 acattctgggaaaatgtcaatgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagctta 314  Q
    |||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28471798 acattcagggaaaatgtcaatcatatttggtaaaccatcaagcttcatatttatgagggaaccaagtttgacatatttgccaaatatgtatttcagctta 28471897  T
Q  315 tcacaactttcaattttgatggattctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaa 414  Q
    | ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28471898 ttacaactaccaattgtgatggattctagtgctggaagatcatgaggagagtgaaacggaagtattaattcaattcttggacacttcttaatactaagaa 28471997  T
Q  415 cattcaatttctgaaacattgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactattt 471  Q
    | |||| |||||||||||||||||| |||||| || | | |||||||||||||||||    
T  28471998 ctttcagtttctgaaacattgagccatgacttttgttatcattatcatcaactattt 28472054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 215 - 471
Target Start/End: Original strand, 28491839 - 28492095
Alignment:
Q  215 acattctgggaaaatgtcaatgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagctta 314  Q
    |||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28491839 acattcagggaaaatgtcaatcatatttggtaaaccatcaagcttcatatttatgagggaaccaagtttgacatatttgccaaatatgtatttcagctta 28491938  T
Q  315 tcacaactttcaattttgatggattctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaa 414  Q
    | ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28491939 ttacaactaccaattgtgatggattctagtgctggaagatcatgaggagagtgaaacggaagtattaattcaattcttggacacttcttaatactaagaa 28492038  T
Q  415 cattcaatttctgaaacattgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactattt 471  Q
    | |||| |||||||||||||||||| |||||| || | | |||||||||||||||||    
T  28492039 ctttcagtttctgaaacattgagccatgacttttgttatcattatcatcaactattt 28492095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 172 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 28080078 - 28079772
Alignment:
Q  172 aaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaa 271  Q
    |||||||| ||||| |||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  ||| |||||  ||||| ||| |     
T  28080078 aaatggaaaatggcttcttgagggacgaagacattgtacgattacattctgggaaaatgtcgatgaaattcggtatgccaccaagctccatttttttgac 28079979  T
Q  272 agaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatggattctagtgctggaagattatgagcagattgaaac 371  Q
     |||||||    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |||  |||||    
T  28079978 ggaaccaagcaggacatcttggccaaacatgtatttcagcttatcacaactttttattgtgatggattctagtgctggaagatcatgggtagagagaaac 28079879  T
Q  372 ggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactattt 471  Q
    |||||||| | ||||| |  |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28079878 ggaagtataaattcaagttctggacacttcttaatactaagaacctccagtttctgaaatattgagccgtgacttgtgctgttattatcatcaactattt 28079779  T
Q  472 cacctct 478  Q
    |||||||    
T  28079778 cacctct 28079772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 137 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 28144587 - 28144246
Alignment:
Q  137 ctctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatg 236  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||    
T  28144587 ctctgattgttcttgtggcttggaagcatctccagaaatggaagatgacctcttaatggatgaagtcatggtacgattacattttgggaaaatgtcgatg 28144488  T
Q  237 aaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatgg 336  Q
    |||| |||||   ||| ||||  ||||  ||| |  |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  28144487 aaatttggtatgtcatgaagctccattgttttgagggaaccaagctggacatctttgccaaatatgtatttcagattatcacaactttcaattgtgatgg 28144388  T
Q  337 attctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattga 436  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |  ||||||||||||  | ||||| |   ||||| |||| |||||||||||| | || ||||||||| |||||    
T  28144387 attctagtgctggaaaatcatgagcatagagaaacggaagtacaaattcaagtgccggacatttctcaatactaagaacctccagtttctgaaatattga 28144288  T
Q  437 gccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcacctct 478  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||  |||||||||||    
T  28144287 gccttgacttgtgctttcattatcattaataatttcacctct 28144246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 172 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 28178701 - 28178394
Alignment:
Q  172 aaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaa 271  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  || |  |||||||||  || || ||| |     
T  28178701 aaatggaagatggcttcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcgatcaaattcggaatgccatcaagctccaattttttgag 28178602  T
Q  272 agaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatggattctagtgctggaagattatgagcagattgaaac 371  Q
     ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  |||||    
T  28178601 cgaaccaagtttgacatcttgaccaaatatgtatttcaacttgtcacaatcttctattttgatggattttagtgctggaagatcatgagtagagagaaac 28178502  T
Q  372 ggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactattt 471  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||  ||| || | ||||||| || | |||| ||||||||||||| ||||||||  ||  |||| |||||| |||||    
T  28178501 ggaagtattaattcaattctcggacagctctcaacaataagaacttttagtttcggaaacattgagccatgacttgtattgccattagcatcaattattt 28178402  T
Q  472 cacctctc 479  Q
    ||||||||    
T  28178401 cacctctc 28178394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 292 - 471
Target Start/End: Original strand, 28512897 - 28513076
Alignment:
Q  292 tgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatggattctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattct 391  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  28512897 tgccaaatatgtatttcagcttattacaactatcaattgtgatggattctagtgctggaagatcatgaggagagtgaaacggaagtattaattcaattct 28512996  T
Q  392 tggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactattt 471  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| || | | |||||||||||||||||    
T  28512997 tggacacttcttaatactaagaactttcagtttctgaaacattgagccatgacttttgttatcattatcatcaactattt 28513076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 138 - 478
Target Start/End: Original strand, 19050055 - 19050395
Alignment:
Q  138 tctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatga 237  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||| | ||||||||||    ||||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || |    
T  19050055 tctgattgttcttgtggcttggaagcatatccagatatggaagatgcttccttaatggcgaaagacatggtacgattacattcagggaaaatgtcgatca 19050154  T
Q  238 aatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatgga 337  Q
    |||  ||||  |||| |||| | | || ||| |  ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||| |||||||    
T  19050155 aattcggtatgccatgaagcttgaattgtttgagggaaccaagtttgagatcttggtcaaatatgtatttcaccttatcacaatgttctattgtgatgga 19050254  T
Q  338 ttctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgag 437  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||| ||||| | |||||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||  ||||||| ||||| |    
T  19050255 ttctaatgctggtagatcatgagcagagtgaaatgcaagtattaattcaatccttggacaattcttaatattaagaactttcagattctgaagcattgcg 19050354  T
Q  438 ccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcacctct 478  Q
    || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19050355 ccatgacttgtgttgtcattatcatcaactatttcacctct 19050395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 138 - 478
Target Start/End: Original strand, 17748735 - 17749075
Alignment:
Q  138 tctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatga 237  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| || |||| | ||||||||||    ||||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || |    
T  17748735 tctgatttttcttgtggctgggaagcatatccagatatggaagatgcttccttaatggcgaaagacatggtacgattacattcagggaaaatgtcgatca 17748834  T
Q  238 aatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatgga 337  Q
    |||  ||||  |||| |||| | | || ||| |  ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||| |||||||    
T  17748835 aattcggtatgccatgaagcttgaattgtttgagggaaccaagtttgagatcttggtcaaatatgtatttcaccttatcacaatgttctattgtgatgga 17748934  T
Q  338 ttctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgag 437  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||| ||||| | |||||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||  ||||||| ||||| |    
T  17748935 ttctaatgctggtagatcatgagcagagtgaaatgcaagtattaattcaatccttggacaattcttaatattaagaactttcagattctgaagcattgcg 17749034  T
Q  438 ccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcacctct 478  Q
    || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17749035 ccatgacttgtgttgtcattatcatcaactatttcacctct 17749075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 175 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 11409462 - 11409158
Alignment:
Q  175 tggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaaga 274  Q
    ||||||||| || |||||| |||  || ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||  || || ||| |  ||    
T  11409462 tggaagatgtccccttaatagacggagtcatggtacgattacactctgggaaaatgtcaatgaaatttggtatcctatcaagctccaattgtttgaggga 11409363  T
Q  275 accaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatggattctagtgctggaagattatgagcagattgaaacgga 374  Q
    ||||| ||  |||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||  |||  |||    
T  11409362 accaagttcaacatttttgtcaaatatgtatttcagcaaatcacaacttttcattgtgatggattctagtgctggaagatcaccagcagagagaagtgga 11409263  T
Q  375 agtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcac 474  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||  | || ||||||||||| |||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  11409262 agtattaattcaatttttggacacttcttaatcctaagaatttccagtttctgaaacaatgagccatgacttgcgatgtcattatcatcaactatttcac 11409163  T
Q  475 ctctc 479  Q
    |||||    
T  11409162 ctctc 11409158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 211 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 27963371 - 27963147
Alignment:
Q  211 gattacattctgggaaaatgtcaatgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcag 310  Q
    ||||||||| |||||||||||| || ||||  ||||| ||| |||||  || || ||| |  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  27963371 gattacattttgggaaaatgtcgattaaattcggtaagccaccaagctccaattgtttgagggaaccaagttcaacatttttgccaaatatgtatttcag 27963272  T
Q  311 cttatcacaactttcaattttgatggattctagtgctggaagattatgagcagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatacta 410  Q
    ||||||||||||| | ||| || |||||||||||| ||||| || |||||||||||  || |||||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||| ||    
T  27963271 cttatcacaacttgctattgtggtggattctagtgatggaaaatcatgagcagatttgaatggaagtattaattctattcttggacaattgataatagta 27963172  T
Q  411 agaacattcaatttctgaaacattg 435  Q
    ||||| | || ||||||||||||||    
T  27963171 agaacttccagtttctgaaacattg 27963147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 139 - 361
Target Start/End: Original strand, 27463764 - 27463986
Alignment:
Q  139 ctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatgaa 238  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||||| || |  ||||||| | ||||||||||  |||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||| ||    
T  27463764 ctgattctgcttgtggcttggaggcatctccagaagtataagatggtcccttaatggacgtagacatggtatggttacattctgggaaaatatcaatcaa 27463863  T
Q  239 atgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatggat 338  Q
    || |||||  ||||||||| |||||  ||  |  ||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||| ||||||||    
T  27463864 atttggtatgccatcaagcttcattgtttcaagggaaccaagtgggacatttttgccaaatatgtatttaagcttatcacaacttcttattctgatggat 27463963  T
Q  339 tctagtgctggaagattatgagc 361  Q
    | || ||||||||||| ||||||    
T  27463964 tgtactgctggaagatcatgagc 27463986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 88 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 28048282 - 28048234
Alignment:
Q  88 agaagaaatagaaggtaagagggttaccattaagttgtcctgcggttga 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28048282 agaagaaatagaaggtaagagggttaccattaagttgtcttgcggttga 28048234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 88 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 28144731 - 28144683
Alignment:
Q  88 agaagaaatagaaggtaagagggttaccattaagttgtcctgcggttga 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28144731 agaagaaatagaaggtaagagggttaccattaaattgtcctgcggttga 28144683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 90 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 28080261 - 28080215
Alignment:
Q  90 aagaaatagaaggtaagagggttaccattaagttgtcctgcggttga 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  28080261 aagaaatagaaggtaagagggttaccattttgttgtcctgcggttga 28080215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 27967958 - 27967894
Alignment:
Q  137 ctctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaag 201  Q
    |||||||||  |||||||||  |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27967958 ctctgattgctcttgtggctctgaagcatatccaaaaatggaagatggccccttaatggacaaag 27967894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 104 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 27968101 - 27968069
Alignment:
Q  104 aagagggttaccattaagttgtcctgcggttga 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27968101 aagagggttaccattaagttgtcatgcggttga 27968069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 7e-35; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 138 - 479
Target Start/End: Original strand, 8694089 - 8694436
Alignment:
Q  138 tctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaagacattgtaggattacattctgggaaaatgtcaatga 237  Q
    ||||||||| ||||| |||  |||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |    
T  8694089 tctgattgttcttgttgctcagaagcatctccagaaatggaaggtggcttcttaatcgacaaagacattgtacgattacattctggaaaaatgtcgatca 8694188  T
Q  238 aatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgatgga 337  Q
     |   ||||   ||   |||  ||||| ||  |  ||  |||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  8694189 gaatcggtatgtcactgagctccattttttcgagggattcaagcttgagatcttggccaaatatgtatttcagcttatcacaactttttattgtgatgga 8694288  T
Q  338 ttctagtgctggaagattatgag---cagattgaaacggaagtattatttcaattcttggacacttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacatt 434  Q
    |  |||||| |||   || |||    | ||  ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| | || |||||||||||||    
T  8694289 tattagtgccggacatttctgaaacactgagagaaacggaagtattaattcaaagcttggacatttctcaatactaataacttccagtttctgaaacatt 8694388  T
Q  435 gagccttgacttgtgctg---ttattatcatcaactatttcacctctc 479  Q
     |||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||    
T  8694389 aagccttgacttgtgctgtcattatcatcatcaactatttcacctctc 8694436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 138 - 362
Target Start/End: Original strand, 9329484 - 9329711
Alignment:
Q  138 tctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaaga---cattgtaggattacattctgggaaaatgtcaa 234  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||| | ||||||||||  | |||| |||| |||||   ||| | | ||||||||| |||||||||||| |    
T  9329484 tctgattgttcttgtggcttggaagcatatccagatatggaagatgctcccttactggagaaagatcacatggcatgattacattatgggaaaatgtcga 9329583  T
Q  235 tgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgat 334  Q
    | |||| |||||  ||||||| |  || |  ||  | |||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  9329584 tcaaatttggtatgccatcaaactccaatgattcgagagaaccaagtttgacatcttcaccaaatatgtaattcagcttatcacaactttttattatgat 9329683  T
Q  335 ggattctagtgctggaagattatgagca 362  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  9329684 ggattttagtgttggaagatcatgagca 9329711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 138 - 362
Target Start/End: Original strand, 9383267 - 9383494
Alignment:
Q  138 tctgattgtgcttgtggcttggaagtatctccaaaaatggaagatggcctcttaatggacaaaga---cattgtaggattacattctgggaaaatgtcaa 234  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||| | ||||||||||  | |||| |||| |||||   ||| | | ||||||||| |||||||||||| |    
T  9383267 tctgattgttcttgtggcttggaagcatatccagatatggaagatgctcccttactggagaaagatcacatggcatgattacattatgggaaaatgtcga 9383366  T
Q  235 tgaaatgtggtaaaccatcaagcctcatttcttttaaagaaccaaatttgacatctttgccaaatatgtatttcagcttatcacaactttcaattttgat 334  Q
    | |||| |||||  ||||||| |  || |  ||  | |||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  9383367 tcaaatttggtatgccatcaaactccaatgattcgagagaaccaagtttgacatcttcaccaaatatgtaattcagcttatcacaactttttattatgat 9383466  T
Q  335 ggattctagtgctggaagattatgagca 362  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  9383467 ggattttagtgttggaagatcatgagca 9383494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 399 - 479
Target Start/End: Original strand, 9329928 - 9330008
Alignment:
Q  399 ttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcacctctc 479  Q
    |||| |||||||| ||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  9329928 ttctcaatactaataacttccagtttcttaaacattgagccttgacttgtgctttcattatcatcaattatttcacctctc 9330008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 399 - 479
Target Start/End: Original strand, 9383711 - 9383791
Alignment:
Q  399 ttcttaatactaagaacattcaatttctgaaacattgagccttgacttgtgctgttattatcatcaactatttcacctctc 479  Q
    |||| |||||||| ||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  9383711 ttctcaatactaataacttccagtttcttaaacattgagccttgacttgtgctttcattatcatcaattatttcacctctc 9383791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 97 - 136
Target Start/End: Original strand, 9329330 - 9329369
Alignment:
Q  97 agaaggtaagagggttaccattaagttgtcctgcggttga 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9329330 agaaggtaagagggttaccattatgttgtcctgcggttga 9329369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 97 - 136
Target Start/End: Original strand, 9383113 - 9383152
Alignment:
Q  97 agaaggtaagagggttaccattaagttgtcctgcggttga 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9383113 agaaggtaagagggttaccattatgttgtcctgcggttga 9383152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University