View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0746_low_7 (Length: 421)

Name: NF0746_low_7
Description: NF0746
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0746_low_7
NF0746_low_7
[»] scaffold0116 (3 HSPs)
scaffold0116 (130-325)||(47620-47815)
scaffold0116 (130-325)||(43700-43895)
scaffold0116 (162-296)||(43879-44012)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (130-325)||(25956537-25956732)
chr6 (130-323)||(27851180-27851373)
chr6 (130-307)||(20734128-20734304)
chr6 (152-288)||(22420981-22421117)
chr6 (143-288)||(2201133-2201277)
chr6 (133-251)||(34296953-34297070)
chr6 (165-250)||(19399810-19399895)
chr6 (152-300)||(18927826-18927973)
chr6 (279-325)||(19399882-19399928)
chr6 (162-296)||(25956716-25956849)
chr6 (202-238)||(18708712-18708748)
chr6 (202-238)||(23151070-23151106)
chr6 (202-238)||(27322222-27322258)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (130-325)||(5889092-5889286)
chr5 (130-307)||(12122202-12122378)
chr5 (130-297)||(21557726-21557892)
chr5 (130-307)||(21555060-21555236)
chr5 (209-324)||(21741538-21741653)
chr5 (130-297)||(30615761-30615926)
chr5 (143-288)||(24212382-24212526)
chr5 (132-306)||(31455686-31455862)
chr5 (132-306)||(31455073-31455249)
chr5 (143-288)||(35852637-35852781)
chr5 (130-294)||(36460178-36460341)
chr5 (212-297)||(17875219-17875304)
chr5 (162-250)||(5889270-5889357)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (130-322)||(13844552-13844744)
chr4 (130-325)||(46642844-46643038)
chr4 (209-324)||(15099349-15099464)
chr4 (130-307)||(33186097-33186273)
chr4 (209-280)||(15190360-15190431)
chr4 (154-282)||(15880717-15880845)
chr4 (130-297)||(35812171-35812336)
chr4 (152-300)||(9923299-9923446)
chr4 (152-238)||(11479413-11479498)
chr4 (162-250)||(46642773-46642860)
chr4 (279-325)||(15868765-15868811)
chr4 (202-300)||(19609474-19609572)
chr4 (162-230)||(52873252-52873319)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (130-325)||(28194365-28194560)
chr1 (130-325)||(43697383-43697578)
chr1 (209-324)||(49261340-49261455)
chr1 (209-324)||(20636849-20636964)
chr1 (209-324)||(35981693-35981808)
chr1 (152-307)||(51274290-51274445)
chr1 (132-265)||(12328538-12328670)
chr1 (143-247)||(8885452-8885555)
chr1 (171-251)||(51326894-51326974)
chr1 (162-250)||(28194544-28194631)
chr1 (162-230)||(43543069-43543136)
chr1 (159-230)||(46382649-46382717)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (130-269)||(15439318-15439457)
chr7 (209-324)||(9389702-9389817)
chr7 (130-307)||(30820937-30821113)
chr7 (207-325)||(17232631-17232749)
chr7 (133-307)||(36685934-36686107)
chr7 (130-250)||(37727607-37727727)
chr7 (163-307)||(38480232-38480376)
chr7 (130-288)||(11092751-11092908)
chr7 (130-288)||(11085013-11085170)
chr7 (143-288)||(9320423-9320567)
chr7 (207-325)||(8468437-8468548)
chr7 (131-294)||(15213707-15213869)
chr7 (202-300)||(12371428-12371526)
chr7 (159-230)||(45847732-45847802)
chr7 (162-296)||(8468320-8468453)
chr7 (202-300)||(13148276-13148374)
chr7 (202-238)||(11066680-11066716)
chr7 (162-230)||(14270139-14270206)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (130-307)||(31224635-31224811)
chr3 (130-325)||(12269580-12269773)
chr3 (130-307)||(15447681-15447854)
chr3 (212-325)||(18439845-18439958)
chr3 (130-250)||(1988912-1989032)
chr3 (209-324)||(1465416-1465531)
chr3 (163-307)||(31415399-31415543)
chr3 (209-313)||(49389636-49389740)
chr3 (130-294)||(11912929-11913092)
chr3 (152-264)||(6808175-6808287)
chr3 (264-321)||(20630147-20630204)
chr3 (139-250)||(49389740-49389852)
chr3 (162-250)||(49969964-49970052)
chr3 (279-325)||(49969934-49969980)
chr3 (162-250)||(18439942-18440029)
chr3 (202-300)||(40807146-40807244)
chr3 (202-238)||(40812050-40812086)
[»] scaffold0071 (1 HSPs)
scaffold0071 (130-307)||(14335-14511)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (146-285)||(39833889-39834029)
chr8 (130-307)||(21579887-21580063)
chr8 (130-307)||(29763549-29763724)
chr8 (162-307)||(41680834-41680979)
chr8 (130-257)||(42560208-42560334)
chr8 (171-288)||(32807279-32807396)
chr8 (130-250)||(18760587-18760706)
chr8 (159-296)||(38550083-38550219)
chr8 (130-230)||(3273212-3273310)
chr8 (159-230)||(27472388-27472458)
chr8 (244-297)||(22965754-22965807)
chr8 (202-238)||(19139977-19140013)
chr8 (202-238)||(39936814-39936850)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (131-295)||(24865452-24865615)
chr2 (143-295)||(22500996-22501147)
chr2 (143-295)||(22508930-22509081)
chr2 (131-307)||(7672240-7672409)
chr2 (132-250)||(6576426-6576543)
chr2 (130-247)||(2524410-2524526)
chr2 (202-300)||(24781644-24781742)
chr2 (201-257)||(22501128-22501184)
chr2 (201-257)||(22509062-22509118)
chr2 (164-235)||(24436258-24436328)
chr2 (202-238)||(24883665-24883701)
[»] scaffold1137 (1 HSPs)
scaffold1137 (211-324)||(2299-2412)
[»] scaffold1351 (1 HSPs)
scaffold1351 (131-307)||(1561-1736)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (207-325)||(85258-85376)
scaffold0009 (162-250)||(85187-85274)
[»] scaffold0737 (1 HSPs)
scaffold0737 (130-295)||(6359-6523)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (143-297)||(10900-11053)
[»] scaffold0810 (2 HSPs)
scaffold0810 (130-198)||(3068-3136)
scaffold0810 (202-250)||(2984-3032)
[»] scaffold0815 (1 HSPs)
scaffold0815 (175-307)||(479-611)
[»] scaffold0599 (2 HSPs)
scaffold0599 (130-294)||(4623-4786)
scaffold0599 (130-294)||(205-368)
[»] scaffold0080 (1 HSPs)
scaffold0080 (138-300)||(59295-59455)
[»] scaffold0371 (1 HSPs)
scaffold0371 (130-300)||(3066-3234)
[»] scaffold0061 (2 HSPs)
scaffold0061 (143-238)||(15421-15515)
scaffold0061 (143-238)||(24479-24573)
[»] scaffold0802 (1 HSPs)
scaffold0802 (152-300)||(5459-5606)
[»] scaffold0335 (1 HSPs)
scaffold0335 (152-238)||(869-954)
[»] scaffold0434 (1 HSPs)
scaffold0434 (162-250)||(6771-6859)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (152-238)||(76954-77038)
[»] scaffold0075 (1 HSPs)
scaffold0075 (279-325)||(8350-8396)
[»] scaffold0100 (1 HSPs)
scaffold0100 (162-238)||(36143-36218)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (202-300)||(10030-10128)
[»] scaffold0384 (1 HSPs)
scaffold0384 (202-238)||(8190-8226)
[»] scaffold0375 (1 HSPs)
scaffold0375 (202-238)||(9106-9142)


Alignment Details
Target: scaffold0116 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 3)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 130 - 325
Target Start/End: Original strand, 47620 - 47815
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  47620 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 47719  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  47720 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 47815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 130 - 325
Target Start/End: Original strand, 43700 - 43895
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  43700 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 43799  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  43800 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 43895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 162 - 296
Target Start/End: Original strand, 43879 - 44012
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 261  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  ||||| | |    
T  43879 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatga 43977  T
Q  262 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctg 296  Q
    |||| |||| ||  ||  ||||||||| |||||||    
T  43978 cttgctgtaaattatttgatgatgttgccttgctg 44012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 130 - 325
Target Start/End: Original strand, 25956537 - 25956732
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  25956537 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 25956636  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  25956637 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 25956732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 130 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 27851373 - 27851180
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  27851373 cagagaggatgaataagatgattta-tattgatgatttaccttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 27851275  T
Q  230 tt-gttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatg 323  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  27851274 tttgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtgtatgtttaaatgatgttgtcttgttgttgtgctgaatatgatttactttgatg 27851180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Original strand, 20734128 - 20734304
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  20734128 cagagaggatgaataaaatgattta-tattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 20734226  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  20734227 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatggtgttgtcttgctgttgtgatgaat 20734304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 152 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 22421117 - 22420981
Alignment:
Q  152 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 251  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22421117 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattatta 22421018  T
Q  252 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 288  Q
     |||| || |||||||| |||||| |||||| |||||    
T  22421017 ttgatagtgacttgttgcatatgtctaaatggtgttg 22420981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 143 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 2201277 - 2201133
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 242  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2201277 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatatgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatga 2201179  T
Q  243 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 288  Q
     |||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||| |||||    
T  2201178 tgattattattgatggtgacttgctgcatatgtctaaatggtgttg 2201133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 133 - 251
Target Start/End: Original strand, 34296953 - 34297070
Alignment:
Q  133 agaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattg 232  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  34296953 agaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattagatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattg 34297051  T
Q  233 ttatatatgaagattatta 251  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  34297052 ttatatatgatgattatta 34297070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 165 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 19399895 - 19399810
Alignment:
Q  165 tttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 250  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  19399895 tttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattatt 19399810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 152 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 18927973 - 18927826
Alignment:
Q  152 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 251  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||     
T  18927973 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattg 18927875  T
Q  252 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
     ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  18927874 ttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 18927826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 279 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 19399928 - 19399882
Alignment:
Q  279 aatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  19399928 aatgatgttgtcttactgttgtgatgaatatggtttactttgatgat 19399882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 162 - 296
Target Start/End: Original strand, 25956716 - 25956849
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 261  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  ||||| | |    
T  25956716 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatga 25956814  T
Q  262 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctg 296  Q
    |||| |||| ||  ||  ||||||||| |||||||    
T  25956815 cttgctgtaaattatttgatgatgttgccttgctg 25956849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 18708748 - 18708712
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  18708748 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 18708712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Original strand, 23151070 - 23151106
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23151070 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 23151106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Original strand, 27322222 - 27322258
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27322222 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 27322258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 130 - 325
Target Start/End: Original strand, 5889092 - 5889286
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  5889092 cagagaggatgattatgatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 5889191  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5889192 ttgttatacatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtctt-ctgtcgtgatgaatatgatttactttgatgat 5889286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Original strand, 12122202 - 12122378
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  12122202 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 12122300  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  12122301 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgcggcatatgtttaaatgatgatgtcttgctgttgtgatgaat 12122378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 130 - 297
Target Start/End: Original strand, 21557726 - 21557892
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21557726 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttagtttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 21557824  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 297  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21557825 ttgttatatatgatgattattattgatagtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 21557892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Original strand, 21555060 - 21555236
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||| || |||||||||    
T  21555060 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttagtttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgacataaagttgtaa 21555158  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  21555159 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 21555236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 209 - 324
Target Start/End: Original strand, 21741538 - 21741653
Alignment:
Q  209 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 308  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  21741538 gttgttgataagaagtttaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgtata 21741637  T
Q  309 tgatttactttgatga 324  Q
    ||||| | ||||||||    
T  21741638 tgattgaatttgatga 21741653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 130 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 30615926 - 30615761
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||| || ||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  30615926 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgataatttacttttatgattaaatgtgaaaatat-tatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 30615829  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 297  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  30615828 ttgttataattgatgattattaatgatggtgacttgctgcatatgtttaaacgatgatgtcttgctgt 30615761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 143 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 24212526 - 24212382
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 242  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24212526 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 24212428  T
Q  243 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 288  Q
     ||||| || ||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||    
T  24212427 tgattaatattgatggtgacttgctgcatatgtctaaatgatgttg 24212382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 132 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 31455862 - 31455686
Alignment:
Q  132 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 231  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   |||||||||||||||||||     
T  31455862 gagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaacgttgatatgaagttgtaatc 31455764  T
Q  232 gttatatatgaa---gattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 306  Q
    |||||| ||||    |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  31455763 gttataaatgatattgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 31455686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 132 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 31455249 - 31455073
Alignment:
Q  132 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 231  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   |||||||| ||||||||||     
T  31455249 gagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaacgttgatattaagttgtaatc 31455151  T
Q  232 gttatatatgaa---gattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 306  Q
    |||||| ||||    |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  31455150 gttataaatgatattgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 31455073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 143 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 35852781 - 35852637
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 242  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  35852781 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatacga 35852683  T
Q  243 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 288  Q
     |||||||| |||||||  |||| || |||||| |||||| |||||    
T  35852682 tgattattattgatggtggcttgctgcatatgtctaaatggtgttg 35852637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 130 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 36460341 - 36460178
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  36460341 cagagaggatgaacaagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 36460243  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 294  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||| || ||||  || |||| |||||||||||    
T  36460242 ttgttatatatgatgattattattaatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttgtcttgc 36460178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 212 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 17875304 - 17875219
Alignment:
Q  212 gttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 297  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| || |||||||||    
T  17875304 gttgatatgaagttctaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatattatcttgctgt 17875219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 250
Target Start/End: Original strand, 5889270 - 5889357
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 250  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  5889270 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 5889357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 130 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 13844744 - 13844552
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  13844744 cagagaggatgattaagatgatttaatattattgatttacgttgatgattaaatgtgaaaatatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 13844645  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgat 322  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  13844644 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttactgttgtgatgaatatgatttactttgat 13844552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 130 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 46643038 - 46642844
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| || |||||||| ||||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46643038 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgtttaaagttgatgattaa-tgcgaaaagatttatatattgtgaaagttgttaatatgaagttgtaa 46642940  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  46642939 ttgttacatatgaagaatattattggtggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgccttgctgttgtgatgaatatgatttaatttgatgat 46642844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 209 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 15099464 - 15099349
Alignment:
Q  209 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 308  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15099464 gttgttgatatgaagttgaaattgttatacataaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaaagatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 15099365  T
Q  309 tgatttactttgatga 324  Q
    ||||| ||||||||||    
T  15099364 tgattgactttgatga 15099349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 33186273 - 33186097
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  33186273 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattatgaaagacgttgatatgaagttgtaa 33186175  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||    
T  33186174 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtcttgttgttgtgatgaat 33186097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 209 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 15190431 - 15190360
Alignment:
Q  209 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaa 280  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15190431 gttgttgatatgaagttgaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaa 15190360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 154 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 15880845 - 15880717
Alignment:
Q  154 aatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaat 253  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  15880845 aatattgatgatttactttgattattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattattatt 15880746  T
Q  254 gatggttacttgttgtatatgtttaaatg 282  Q
    |||||| ||||| |  |||||| ||||||    
T  15880745 gatggtgacttgctacatatgtctaaatg 15880717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 130 - 297
Target Start/End: Original strand, 35812171 - 35812336
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    ||||||| || | |||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||    
T  35812171 cagagagtataaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtggaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaa 35812268  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 297  Q
    | |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  |  |||||||||||||||||||    
T  35812269 tggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatctaatgatgttgtcttgctgt 35812336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 152 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 9923446 - 9923299
Alignment:
Q  152 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 251  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||     
T  9923446 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattg 9923348  T
Q  252 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
     ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  9923347 ttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 9923299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 238
Target Start/End: Original strand, 11479413 - 11479498
Alignment:
Q  152 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  11479413 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 11479498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 46642860 - 46642773
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 250  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  46642860 tgatttaatttgatgattaa-tgtgagaagatttataaactgtgaaagacgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattatt 46642773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 279 - 325
Target Start/End: Original strand, 15868765 - 15868811
Alignment:
Q  279 aatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
    ||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  15868765 aatgatgttgttttgttgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 15868811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 202 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 19609572 - 19609474
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | |||||||  ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  19609572 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgttacatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 19609474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 230
Target Start/End: Original strand, 52873252 - 52873319
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52873252 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 52873319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 130 - 325
Target Start/End: Original strand, 28194365 - 28194560
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  28194365 cagagaagatgattaggatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaaaatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 28194464  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  28194465 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 28194560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 130 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 43697578 - 43697383
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  43697578 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaagatctatatagtgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 43697479  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
     ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  43697478 atgttatatatgaagattattattgttggttacttgctgtatatgtttatatgatgctgtcttgctgttgtgataaatatgatttactttgatgat 43697383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 209 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 49261455 - 49261340
Alignment:
Q  209 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  49261455 gttgttgatatgaagttgtaattgttatacatgaagattattattgatggttacttgttatatatgtttaaatgatactgtcttgctgtcgtgatgaata 49261356  T
Q  309 tgatttactttgatga 324  Q
    ||||||||||||||||    
T  49261355 tgatttactttgatga 49261340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 209 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 20636964 - 20636849
Alignment:
Q  209 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 308  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20636964 gttgttgacatgaagttgtaattgttatacatgaatattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 20636865  T
Q  309 tgatttactttgatga 324  Q
    |||||| |||||||||    
T  20636864 tgattttctttgatga 20636849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 209 - 324
Target Start/End: Original strand, 35981693 - 35981808
Alignment:
Q  209 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 308  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35981693 gttgttgatatgaagttgaaattgttgcacatgaagattactaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 35981792  T
Q  309 tgatttactttgatga 324  Q
    ||||| ||||||||||    
T  35981793 tgattgactttgatga 35981808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 152 - 307
Target Start/End: Original strand, 51274290 - 51274445
Alignment:
Q  152 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 251  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  51274290 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattatta 51274389  T
Q  252 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
     ||||||| ||||| || ||||||||||||| | |||| ||| ||| || ||||||    
T  51274390 ttgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgtttttgttttgttgttgtgatgaat 51274445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 132 - 265
Target Start/End: Original strand, 12328538 - 12328670
Alignment:
Q  132 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 231  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||   ||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  12328538 gagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatttgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagatgtaatt 12328636  T
Q  232 gttatatatgaagattattaatgatggttacttg 265  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  12328637 gttatatatgatgattattattgatggtgacttg 12328670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8885555 - 8885452
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 242  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  8885555 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgtaatatatga 8885457  T
Q  243 agatt 247  Q
     ||||    
T  8885456 tgatt 8885452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 51326974 - 51326894
Alignment:
Q  171 ttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 251  Q
    |||||||||||||||||| | || ||||   | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  51326974 ttgatgattaaatgtgaacatatttatatattatgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgttgattatta 51326894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 250
Target Start/End: Original strand, 28194544 - 28194631
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 250  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  28194544 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 28194631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 43543136 - 43543069
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43543136 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 43543069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 159 - 230
Target Start/End: Original strand, 46382649 - 46382717
Alignment:
Q  159 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46382649 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatt--gtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 46382717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 136; Significance: 8e-71; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 130 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 15439457 - 15439318
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15439457 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 15439358  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgt 269  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15439357 ttgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgt 15439318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 209 - 324
Target Start/End: Original strand, 9389702 - 9389817
Alignment:
Q  209 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 308  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9389702 gttgttgatatgaagttgaaattgatatacatgaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 9389801  T
Q  309 tgatttactttgatga 324  Q
    ||||| ||||||||||    
T  9389802 tgattgactttgatga 9389817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Original strand, 30820937 - 30821113
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   ||||||||||||||||||    
T  30820937 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaatacgttgatatgaagttgtaa 30821035  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  30821036 ttgttatatatgatgattattattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgttgttgtgatgaat 30821113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 207 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 17232749 - 17232631
Alignment:
Q  207 aagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 306  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||    
T  17232749 aagttgttgatatggagttgcaaatgttacatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgatgtcatgctgttgtgatgaa 17232650  T
Q  307 tatgatttactttgatgat 325  Q
    |||||||||||||||||||    
T  17232649 tatgatttactttgatgat 17232631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 133 - 307
Target Start/End: Original strand, 36685934 - 36686107
Alignment:
Q  133 agaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattg 232  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  36685934 agaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgctgatatgaagttttaattg 36686032  T
Q  233 ttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  36686033 ttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 36686107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 130 - 250
Target Start/End: Original strand, 37727607 - 37727727
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37727607 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgctttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgtagatatgaagttgtaa 37727706  T
Q  230 ttgttatatatgaagattatt 250  Q
    | ||| ||| ||| |||||||    
T  37727707 tggttgtatttgatgattatt 37727727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 163 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 38480376 - 38480232
Alignment:
Q  163 gatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttac 262  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  38480376 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 38480277  T
Q  263 ttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||| || |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  38480276 ttgctgcatatatttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 38480232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 130 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 11092908 - 11092751
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  11092908 cagagagtgtgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaaattgtaa 11092810  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 288  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  11092809 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgttgcatacgtttaaatggtgttg 11092751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 130 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 11085170 - 11085013
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  11085170 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaactatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 11085072  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 288  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||| | ||||||| |||||    
T  11085071 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatacgattaaatggtgttg 11085013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 143 - 288
Target Start/End: Original strand, 9320423 - 9320567
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 242  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9320423 taagatgatt-aatattgatgatttattttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatga 9320521  T
Q  243 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 288  Q
     |||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||    
T  9320522 tgattattattgatggtgacttgttgcatatgtctaaatggtgttg 9320567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 207 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 8468548 - 8468437
Alignment:
Q  207 aagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 306  Q
    |||||||||||||| ||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| || |||||    
T  8468548 aagttgttgatatggagttgcagatgttacatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatga-------ttgctgttgtgatgaa 8468456  T
Q  307 tatgatttactttgatgat 325  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8468455 tatgatttactttgatgat 8468437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 131 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 15213869 - 15213707
Alignment:
Q  131 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||   |||||||||| |||||||    
T  15213869 agagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacattgatatgaaattgtaat 15213771  T
Q  231 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 294  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||    
T  15213770 tgttatatatgatgattattattgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttgccttgc 15213707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 202 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 12371526 - 12371428
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||||||||    
T  12371526 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttgccttgctgtcgt 12371428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 159 - 230
Target Start/End: Original strand, 45847732 - 45847802
Alignment:
Q  159 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45847732 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 45847802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 162 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 8468453 - 8468320
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 261  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||  ||||| | |    
T  8468453 tgatttactttgatgattaa-tgtgataatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttga 8468355  T
Q  262 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctg 296  Q
    |||| |||| ||  || |||| ||||| |||||||    
T  8468354 cttgctgtaaattatttaatggtgttgccttgctg 8468320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 202 - 300
Target Start/End: Original strand, 13148276 - 13148374
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  13148276 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattagatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 13148374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 11066716 - 11066680
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  11066716 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatagttatat 11066680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 230
Target Start/End: Original strand, 14270139 - 14270206
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14270139 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 14270206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Original strand, 31224635 - 31224811
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  31224635 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 31224733  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  31224734 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 31224811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 130 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 12269773 - 12269580
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||  ||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||     
T  12269773 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgtttaaagttgatgattaa-tga-aaaagatttatatattgtgaaagttgttgatatgaagttgtat 12269676  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
    || ||| ||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||  ||||||||    
T  12269675 tttttacatatgaagaatattatcggtggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgccttgctgttgtcatgaatatgatttaagttgatgat 12269580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Original strand, 15447681 - 15447854
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  15447681 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatattcatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 15447779  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    |||||||||||   |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  15447780 ttgttatatat---gattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 15447854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 212 - 325
Target Start/End: Original strand, 18439845 - 18439958
Alignment:
Q  212 gttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatga 311  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  18439845 gttgatatgtagttgcaaatgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatga 18439944  T
Q  312 tttactttgatgat 325  Q
    ||||||||||||||    
T  18439945 tttactttgatgat 18439958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 130 - 250
Target Start/End: Original strand, 1988912 - 1989032
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1988912 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgattcacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 1989011  T
Q  230 ttgttatatatgaagattatt 250  Q
    | ||| ||| ||| |||||||    
T  1989012 tggttgtatttgatgattatt 1989032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 209 - 324
Target Start/End: Original strand, 1465416 - 1465531
Alignment:
Q  209 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 308  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  1465416 gttgttgatatgaagttgaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgctctatatgtttaaatgatgttgtcttgctgccgtgatgaata 1465515  T
Q  309 tgatttactttgatga 324  Q
    ||||| ||||||||||    
T  1465516 tgattgactttgatga 1465531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 163 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 31415543 - 31415399
Alignment:
Q  163 gatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttac 262  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  31415543 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 31415444  T
Q  263 ttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  31415443 ttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 31415399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 209 - 313
Target Start/End: Original strand, 49389636 - 49389740
Alignment:
Q  209 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 308  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  49389636 gttgttggtatgaagttgaaattgttatacatgaagatcattattaatgggtacttattgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 49389735  T
Q  309 tgatt 313  Q
    |||||    
T  49389736 tgatt 49389740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 130 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 11913092 - 11912929
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  11913092 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 11912994  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 294  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||    
T  11912993 ttgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcatattatttaatggtgttgccttgc 11912929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 152 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 6808287 - 6808175
Alignment:
Q  152 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 251  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  6808287 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatataatgattatta 6808188  T
Q  252 atgatggttactt 264  Q
     ||||||| ||||    
T  6808187 ttgatggtgactt 6808175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 264 - 321
Target Start/End: Original strand, 20630147 - 20630204
Alignment:
Q  264 tgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttga 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20630147 tgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtaatgaatatgatttactttga 20630204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 139 - 250
Target Start/End: Original strand, 49389740 - 49389852
Alignment:
Q  139 tgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatct--atactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttat 236  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| || |  |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49389740 tgactaagatgaattaatattgttgtttaaagttgatgattaaatgtgaaaatatttagatatattgtg-aagttgttgatatgaagttgtaattgttat 49389838  T
Q  237 atatgaagattatt 250  Q
    || ||| |||||||    
T  49389839 atttgatgattatt 49389852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 162 - 250
Target Start/End: Original strand, 49969964 - 49970052
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 250  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  49969964 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattatt 49970052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 279 - 325
Target Start/End: Original strand, 49969934 - 49969980
Alignment:
Q  279 aatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  49969934 aatgatgttgtcttcctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 49969980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 250
Target Start/End: Original strand, 18439942 - 18440029
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 250  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  18439942 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatctatatattgtgaaagatgatgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 18440029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 202 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 40807244 - 40807146
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  40807244 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 40807146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 40812086 - 40812050
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  40812086 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 40812050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0071 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0071
Description:

Target: scaffold0071; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 14511 - 14335
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  14511 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatattcatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 14413  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  14412 ttgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 14335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 146 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 39834029 - 39833889
Alignment:
Q  146 gatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttg-taattgttatatatgaag 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  39834029 gatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataacgtgaatgttgttgatatgaagttgcaaatggttatatatgaag 39833930  T
Q  245 attattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatg 285  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  39833929 attattattgatggttactcgctgtatatgtttaaatgatg 39833889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Original strand, 21579887 - 21580063
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21579887 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 21579985  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  21579986 ttgttatatatgataattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 21580063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 307
Target Start/End: Original strand, 29763549 - 29763724
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  29763549 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 29763647  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||||||||||||| ||||||||  |||||| | ||| || |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  29763648 ttgttatatatgatgattattatcgatggtga-ttgctgcatatgtttaaatgatgatgtcttgctgttgtgatgaat 29763724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 162 - 307
Target Start/End: Original strand, 41680834 - 41680979
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 261  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |    
T  41680834 tgatttatattgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatattgatatcaaattgtaattgttatatatgatgattattattgatggtga 41680933  T
Q  262 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    |||| || ||||||||||||| || ||||||| ||| || ||||||    
T  41680934 cttgctgcatatgtttaaatggtgatgtcttgttgttgtgatgaat 41680979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 130 - 257
Target Start/End: Original strand, 42560208 - 42560334
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   ||||||||||| ||||||    
T  42560208 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaatacgttgatatgaaattgtaa 42560306  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatg 257  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||    
T  42560307 ttgttatatatgatgattattattgatg 42560334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 171 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 32807396 - 32807279
Alignment:
Q  171 ttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgta 270  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |    
T  32807396 ttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgca 32807297  T
Q  271 tatgtttaaatgatgttg 288  Q
    ||||| |||||| |||||    
T  32807296 tatgtctaaatggtgttg 32807279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 130 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 18760706 - 18760587
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||| ||||   |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  18760706 cagagagtatgaataagatgatt-aatattgtgggtttaagtagatgattaaatgtgaaaagatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttataa 18760608  T
Q  230 ttgttatatatgaagattatt 250  Q
    | ||||||| ||| |||||||    
T  18760607 tggttatatttgatgattatt 18760587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 159 - 296
Target Start/End: Original strand, 38550083 - 38550219
Alignment:
Q  159 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatgg 258  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||  |||||     
T  38550083 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgt 38550181  T
Q  259 ttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctg 296  Q
    | ||||| |||| ||  ||  ||| |||||||||||||    
T  38550182 tgacttgctgtaaattatttgatggtgttgtcttgctg 38550219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 3273310 - 3273212
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||| || | |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||   |||||||  ||||| |||||||||||||    
T  3273310 cagagagtatgaataagatgatt-aatgttatggatttaagttgatgattaaatgtg-aaagatttatatattgtgaaaaatgttggtatgaagttgtaa 3273213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 159 - 230
Target Start/End: Original strand, 27472388 - 27472458
Alignment:
Q  159 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27472388 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 27472458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 22965807 - 22965754
Alignment:
Q  244 gattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 297  Q
    |||||||| ||||||| | ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22965807 gattattattgatggtgatttgatgcatatgtttaaatggtgttgtcttgctgt 22965754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 19140013 - 19139977
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  19140013 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 19139977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Original strand, 39936814 - 39936850
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  39936814 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 39936850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 131 - 295
Target Start/End: Original strand, 24865452 - 24865615
Alignment:
Q  131 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24865452 agagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 24865550  T
Q  231 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgct 295  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  24865551 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgct 24865615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 143 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 22501147 - 22500996
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 242  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22501147 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataaga 22501049  T
Q  243 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgct 295  Q
     ||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  22501048 tgattaatattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgctgtcttgct 22500996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 143 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 22509081 - 22508930
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 242  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22509081 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataaga 22508983  T
Q  243 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgct 295  Q
     ||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  22508982 tgattaatattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgctgtcttgct 22508930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 131 - 307
Target Start/End: Original strand, 7672240 - 7672409
Alignment:
Q  131 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||      |    
T  7672240 agagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaag------t 7672332  T
Q  231 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  7672333 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatacgtttaaatgatgctgtcttgctgttgtgatgaat 7672409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 132 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6576543 - 6576426
Alignment:
Q  132 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 231  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  6576543 gagagtatgaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaaagtgaaaaaatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatg 6576445  T
Q  232 gttatatatgaagattatt 250  Q
    ||||||| ||| |||||||    
T  6576444 gttatatttgatgattatt 6576426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 130 - 247
Target Start/End: Original strand, 2524410 - 2524526
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||||||| || ||||||    
T  2524410 cagagagtatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatcaaattgtaa 2524508  T
Q  230 ttgttatatatgaagatt 247  Q
    |||||| |||||| ||||    
T  2524509 ttgttacatatgatgatt 2524526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 202 - 300
Target Start/End: Original strand, 24781644 - 24781742
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || ||||||| || |||| ||||||    
T  24781644 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatgatgctgccttgatgtcgt 24781742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 22501184 - 22501128
Alignment:
Q  201 atgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatg 257  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||    
T  22501184 atgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattaatattgatg 22501128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 22509118 - 22509062
Alignment:
Q  201 atgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatg 257  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||    
T  22509118 atgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattaatattgatg 22509062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 164 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 24436328 - 24436258
Alignment:
Q  164 atttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgtta 235  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  24436328 atttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaaattgtaatggtta 24436258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 24883701 - 24883665
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  24883701 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 24883665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1137 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold1137
Description:

Target: scaffold1137; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 211 - 324
Target Start/End: Original strand, 2299 - 2412
Alignment:
Q  211 tgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatg 310  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  2299 tgttgatatgaagttgaaattgttgtacatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgtcttgctgtcgtgatgaatatg 2398  T
Q  311 atttactttgatga 324  Q
    ||| ||||||||||    
T  2399 attgactttgatga 2412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1351 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold1351
Description:

Target: scaffold1351; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 131 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 1736 - 1561
Alignment:
Q  131 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 230  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  1736 agagaggattaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 1638  T
Q  231 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  1637 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgttgttgtgatgaat 1561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 207 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 85376 - 85258
Alignment:
Q  207 aagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 306  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||    
T  85376 aagttgttgatatggagttgcaaatgttatatatgaagattattattgatggttacttgatgtatatgtttaaatgaagttgtcttgctgttgtgatgaa 85277  T
Q  307 tatgatttactttgatgat 325  Q
    |||||||||||||||||||    
T  85276 tatgatttactttgatgat 85258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 85274 - 85187
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 250  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  85274 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatagttgtatttgatgattatt 85187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0737 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0737
Description:

Target: scaffold0737; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 295
Target Start/End: Original strand, 6359 - 6523
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  6359 cagagaggatgaataagatgatt-aataataatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 6457  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgct 295  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  6458 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatggtgttgtcttgct 6523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 143 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 11053 - 10900
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 242  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  11053 taagatgatt-aatgttgatgatttactatgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaatttttaattgttatatatga 10955  T
Q  243 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 297  Q
     |||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10954 tgattattattgattgtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 10900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0810 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0810
Description:

Target: scaffold0810; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 130 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 3136 - 3068
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctata 198  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3136 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctata 3068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0810; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 3032 - 2984
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 250  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  3032 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 2984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0815 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0815
Description:

Target: scaffold0815; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 175 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 611 - 479
Alignment:
Q  175 tgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatg 274  Q
    |||||||||| ||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||    
T  611 tgattaaatgagaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattataattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatg 512  T
Q  275 tttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 307  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  511 ttaaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0599
Description:

Target: scaffold0599; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 130 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 4786 - 4623
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  4786 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 4688  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 294  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||    
T  4687 ttgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcatattatttaatggtgttgccttgc 4623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 130 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 368 - 205
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 229  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  368 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattatatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 270  T
Q  230 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 294  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||    
T  269 ttgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcatattatttaatggtgttgccttgc 205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0080 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0080
Description:

Target: scaffold0080; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 138 - 300
Target Start/End: Original strand, 59295 - 59455
Alignment:
Q  138 atgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttata 237  Q
    |||| |||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  59295 atgaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaattgttata 59392  T
Q  238 tatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
    |  || |||||||  ||||| | ||||| || |||| ||| |||| ||||| |||||||||||    
T  59393 ttggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattttttaatggtgttgccttgctgtcgt 59455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0371 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0371
Description:

Target: scaffold0371; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 130 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 3234 - 3066
Alignment:
Q  130 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactat-gtgaaagttgttgatatgaagttgta 228  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  3234 cagagagtatgaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttata-tatcgtgaaaaatgttgatatgaagttgta 3138  T
Q  229 attgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
    || |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||| ||||||    
T  3137 atggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatgttgttgccttgttgtcgt 3066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 143 - 238
Target Start/End: Original strand, 15421 - 15515
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||   |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  15421 taagatgatt-aatgttgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaatgttgatatgaagttgcgattgttatat 15515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 143 - 238
Target Start/End: Original strand, 24479 - 24573
Alignment:
Q  143 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||   |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  24479 taagatgatt-aatgttgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaatgttgatatgaagttgcgattgttatat 24573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0802 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0802
Description:

Target: scaffold0802; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 152 - 300
Target Start/End: Original strand, 5459 - 5606
Alignment:
Q  152 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 251  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||  || |||||||     
T  5459 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaaggtgttgatatgaagttgtaatgtttatattggatgattattg 5557  T
Q  252 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
     ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  5558 ttgatgttaacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 5606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0335 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0335
Description:

Target: scaffold0335; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 152 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 954 - 869
Alignment:
Q  152 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  |||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  954 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gattaatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0434 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0434
Description:

Target: scaffold0434; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 162 - 250
Target Start/End: Original strand, 6771 - 6859
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 250  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||  |||||| ||| |||||||    
T  6771 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatggagttgtaatgattatatttgatgattatt 6859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 152 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 77038 - 76954
Alignment:
Q  152 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||  || ||||   |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  77038 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa--atttatatattgtgaaagatgtggatatgaagttgtaatggttatat 76954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 279 - 325
Target Start/End: Original strand, 8350 - 8396
Alignment:
Q  279 aatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 325  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8350 aatgatgctgtcttgttgtcgtgatgaatatgatttactttgatgat 8396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0100 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0100
Description:

Target: scaffold0100; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 238
Target Start/End: Original strand, 36143 - 36218
Alignment:
Q  162 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  36143 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 36218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 202 - 300
Target Start/End: Original strand, 10030 - 10128
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  10030 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 10128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0384 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0384
Description:

Target: scaffold0384; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Original strand, 8190 - 8226
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  8190 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 8226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0375 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0375
Description:

Target: scaffold0375; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 238
Target Start/End: Original strand, 9106 - 9142
Alignment:
Q  202 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  9106 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 9142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4390 times since January 2019
Visitors: 4835