View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0748_high_15 (Length: 252)

Name: NF0748_high_15
Description: NF0748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0748_high_15
NF0748_high_15
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-224)||(582881-583104)
chr6 (1-220)||(3886410-3886632)
chr6 (21-220)||(30383819-30384019)
chr6 (35-214)||(7640011-7640190)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-224)||(36314136-36314359)
chr2 (4-224)||(1592653-1592873)
chr2 (21-224)||(5380957-5381160)
chr2 (1-214)||(25280368-25280581)
chr2 (90-224)||(19590516-19590650)
chr2 (116-220)||(41055503-41055607)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-224)||(18606288-18606514)
chr8 (32-220)||(2812324-2812512)
chr8 (32-175)||(26858461-26858604)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-224)||(13770026-13770252)
chr4 (47-224)||(31940036-31940213)
chr4 (35-224)||(19032605-19032794)
chr4 (4-224)||(32823344-32823567)
chr4 (25-224)||(24783145-24783342)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (32-224)||(2829756-2829948)
chr7 (32-224)||(304169-304361)
chr7 (36-224)||(45809515-45809712)
chr7 (152-224)||(33335364-33335435)
chr7 (116-224)||(5480885-5480993)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (4-224)||(17172388-17172609)
chr5 (35-220)||(8403729-8403914)
chr5 (116-214)||(12106002-12106100)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-224)||(35734028-35734252)
chr3 (163-224)||(40285896-40285957)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (32-224)||(7493731-7493927)
chr1 (153-224)||(33409640-33409711)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 583104 - 582881
Alignment:
Q  1 ttgacactcccagtctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  583104 ttgacactcccagtctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaa 583005  T
Q  101 atagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  583004 atagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagttcatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggcagccgagttcaatt 582905  T
Q  201 ttcataagtagctattattagttt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  582904 ttcataagtagctattattagttt 582881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 3886410 - 3886632
Alignment:
Q  1 ttgacactcccagtctccataacgacaa---agcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttcttt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3886410 ttgacactcccagtctccataacgacaacagagcgagctttctcatcaataaaaaatctcaagacaaaacaatgaaataaaatgagtgatgattttcttt 3886509  T
Q  98 caaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttca 197  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3886510 caaatagcttagtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgacgggccgccgagttca 3886609  T
Q  198 attttcataagtagctattatta 220  Q
    ||||||| |||||| ||||||||    
T  3886610 attttcacaagtagttattatta 3886632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30384019 - 30383819
Alignment:
Q  21 aacgacaaagcgagcttt-ctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacat 119  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  || |    
T  30384019 aacgacaaagagagcttttctcagcaatgaaaaagctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacagcttggttatctacgt 30383920  T
Q  120 tgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattatt 219  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  30383919 tgaaaagaacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgacgagttcaattttcataaatagctactatt 30383820  T
Q  220 a 220  Q
    |    
T  30383819 a 30383819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 35 - 214
Target Start/End: Original strand, 7640011 - 7640190
Alignment:
Q  35 ctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgc 134  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  7640011 ctttctcgtcaatgaaaaatctcaaggcaaaataaacaaacaaaatgagtgatgattttcatgcaaataatttggttatttacattgaaaaggacattgc 7640110  T
Q  135 aagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagcta 214  Q
    ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||| || ||||||    
T  7640111 aagtcaacttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtttttgaaaggtcgtcgagttcaattttcacaaatagcta 7640190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 36314359 - 36314136
Alignment:
Q  1 ttgacactcccagtctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaa 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314359 ttgacactcccaatctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaataaaacaaaatgagtgatgattttctttcaa 36314260  T
Q  101 atagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314259 atagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaatt 36314160  T
Q  201 ttcataagtagctattattagttt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  36314159 ttcataagtagctattattagttt 36314136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1592873 - 1592653
Alignment:
Q  4 acactcccagtctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaata 103  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1592873 acactcctagtctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaata 1592774  T
Q  104 gcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1592773 gcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagttaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttc 1592674  T
Q  204 ataagtagctattattagttt 224  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  1592673 ataagtagctattattagttt 1592653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 21 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5381160 - 5380957
Alignment:
Q  21 aacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacatt 120  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||  |||||    
T  5381160 aacgacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacaacttggttatctacatt 5381061  T
Q  121 gaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattatta 220  Q
    |||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||    
T  5381060 gaaaagaacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgacgagttcaattttcataaatagccactatta 5380961  T
Q  221 gttt 224  Q
    ||||    
T  5380960 gttt 5380957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 25280368 - 25280581
Alignment:
Q  1 ttgacactcccagtctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaa 100  Q
    |||||||||| | |||||| ||| | | || ||||||||||||||||||| |||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25280368 ttgacactcctaatctccacaacaagagagagagctttctcatcaatgaagaatcttgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaa 25280467  T
Q  101 atagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaatt 200  Q
     ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  25280468 gtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctgagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaatt 25280567  T
Q  201 ttcataagtagcta 214  Q
    || |||| ||||||    
T  25280568 tttataaatagcta 25280581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 90 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 19590650 - 19590516
Alignment:
Q  90 ttttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgc 189  Q
    ||||||| |||||||  |||| ||| |||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |      
T  19590650 ttttcttgcaaatagtatggttatttacattgaaaaggacatttcaagtcattttagctaagatgcaactatggatgaatttgagtttttgaagggtctt 19590551  T
Q  190 cgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    |||||||||||||||||| ||| || |||||||||    
T  19590550 cgagttcaattttcataaatagttactattagttt 19590516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 41055607 - 41055503
Alignment:
Q  116 acattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctat 215  Q
    |||||||||| ||||||| | |||  ||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||| || || ||  |||||| | |||||||| ||||||     
T  41055607 acattgaaaaggacattggatgtcagtttagctcatagacaattatggatgaatttgagtctttaaaaggtcgttgagttcgactttcataaatagctac 41055508  T
Q  216 tatta 220  Q
    |||||    
T  41055507 tatta 41055503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 18606288 - 18606514
Alignment:
Q  1 ttgacactcccagtctccataacgacaa---agcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttcttt 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18606288 ttgacactcccagtctccataacgacaacagagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttcttt 18606387  T
Q  98 caaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttca 197  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  18606388 caaatagcttagtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgggtctttgaaggaccgccgagttca 18606487  T
Q  198 attttcataagtagctattattagttt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  18606488 attttcataagtagctattattagttt 18606514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 32 - 220
Target Start/End: Original strand, 2812324 - 2812512
Alignment:
Q  32 gagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacat 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  2812324 gagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggttatttacattgaaaaagacat 2812423  T
Q  132 tgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattatta 220  Q
    ||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  2812424 tgcaagtcagtttaactcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagagccaccgagttcaattttcataaatagctactatta 2812512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 175
Target Start/End: Original strand, 26858461 - 26858604
Alignment:
Q  32 gagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacat 131  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||||| ||||||| |  |||||||||||| ||| |||||||||| | |||    
T  26858461 gagctttctcggcaatgaaaaatctcaagacaaaataaagaaataaaacgagtgacgattttcatgaaaatagcttggttattgacattgaaaaggtcat 26858560  T
Q  132 tgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagt 175  Q
    ||||| ||  ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  26858561 tgcaaatcagtttagctcagaggcaaatatggatgaatttgagt 26858604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 13770026 - 13770252
Alignment:
Q  1 ttgacactcccagtctcca---taacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttcttt 97  Q
    ||||||||||||||||| |    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13770026 ttgacactcccagtctcgacagcaacgacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgcttttcttt 13770125  T
Q  98 caaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttca 197  Q
    |||| |||||||| ||  ||||||||||  |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  13770126 caaacagcttggttatctacattgaaaagaacattgcaagtcaatttagctcaaatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgacgaattca 13770225  T
Q  198 attttcataagtagctattattagttt 224  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||    
T  13770226 attttcataaatagctactattagttt 13770252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 47 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 31940213 - 31940036
Alignment:
Q  47 tgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttag 146  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  31940213 tgaaaaatctcaagacaaaacaaataaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagtttggttatttacattgaaaaagacattgtaagtcagtttag 31940114  T
Q  147 ctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  31940113 ctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtcgtcgagttcaattttcataaatagctactattagttt 31940036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 35 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 19032794 - 19032605
Alignment:
Q  35 ctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgc 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||| || |||||    
T  19032794 ctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgatagatgattttcttgcaaatagcttgattatttacattgaaaaggaaattgc 19032695  T
Q  135 aagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  19032694 aagtcagtttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtgtttgaagggtcgctgagttcaattttcatatatagctactattagttt 19032605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 32823567 - 32823344
Alignment:
Q  4 acactcccagtctccataacgacaa---agcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaa 100  Q
    |||||| | ||||||| ||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  32823567 acactcaccgtctccacaacgacaacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaataaagaaacaaaatgagcaatgattttctttcaa 32823468  T
Q  101 atagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaatt 200  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   ||| || | |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||    
T  32823467 atagcttggttatttacattgaaaaagacattgcaagtcagattacctcatatgcaattatggatgaattttagtctttaaaaggccgccgagtttaatt 32823368  T
Q  201 ttcataagtagctattattagttt 224  Q
     |||||| |||||| |||||||||    
T  32823367 atcataaatagctactattagttt 32823344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24783342 - 24783145
Alignment:
Q  25 acaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaa 124  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||| ||||| |||    
T  24783342 acaaagagagctttctcaacaatgaaaaatctcaagataaaacaaagaatcaaaatgagtgattattttcttgcaaatatcttggttattcacattaaaa 24783243  T
Q  125 aagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    | |||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  24783242 aggacattgcaagtcagtttagct--catgcaattatggatgaatttgagtctttgaatggtcgccgagttcgattttcataaatagctactattagttt 24783145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Original strand, 2829756 - 2829948
Alignment:
Q  32 gagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacat 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||||| |||||    
T  2829756 gagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacagcttggttatctatattgaaaaggacat 2829855  T
Q  132 tgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | || |||||| |||||||||    
T  2829856 tgcaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgacgagttcatttttaaaaaatagctactattagttt 2829948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 304361 - 304169
Alignment:
Q  32 gagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacat 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||||| |||||    
T  304361 gagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacagcttggttatctatattgaaaaggacat 304262  T
Q  132 tgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | || |||||| |||||||||    
T  304261 tgtaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgacgagttcatttttaaaaaatagctactattagttt 304169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 36 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 45809712 - 45809515
Alignment:
Q  36 tttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaaga------- 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |           
T  45809712 tttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagcgatgattttctttcaaatagcttggttatttacattaaaaaaaaaaaaaaa 45809613  T
Q  129 ---cattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
        |||||| |||  ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  45809612 aagtattgcaggtcagtttagctca-acgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataaatagctactattagttt 45809515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 152 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33335435 - 33335364
Alignment:
Q  152 atgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    |||||||||| |||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  33335435 atgcaattatagatgaatc-gagtctttcaagggtcgccgagttcaattttcataaatagctactattagttt 33335364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 116 - 224
Target Start/End: Original strand, 5480885 - 5480993
Alignment:
Q  116 acattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctat 215  Q
    ||||||||||  ||||||||||||  || | || | | ||| |||||||||||||||||||||| ||||   | ||||||| | |||||||| ||||||     
T  5480885 acattgaaaagaacattgcaagtcacttaaacttataggcagttatggatgaatttgagtctttcaaggattgtcgagttcgactttcataaatagctac 5480984  T
Q  216 tattagttt 224  Q
    ||| |||||    
T  5480985 tatcagttt 5480993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 5e-68; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Original strand, 17172388 - 17172609
Alignment:
Q  4 acactcccagtctccataacgacaa---agcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaa 100  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17172388 acactcccagtatccacaacgacaacaaagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaa 17172487  T
Q  101 atagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaatt 200  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||| |   ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17172488 atagcttggttattaacatcgaaaaggacaatgcaaat--gtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgtcgagttcaatt 17172585  T
Q  201 ttcataagtagctattattagttt 224  Q
    ||||||| |||| | |||||||||    
T  17172586 ttcataaatagccactattagttt 17172609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 35 - 220
Target Start/End: Original strand, 8403729 - 8403914
Alignment:
Q  35 ctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgc 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||| | | ||||||||||  |||||||    
T  8403729 ctttctcatcaatgaaaaatctcaagataaaacaaagaaacaaaatgatagatgattttcttgcaaatagtttggttacttacattgaaaagaacattgc 8403828  T
Q  135 aagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattatta 220  Q
    |||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  8403829 aagtcagtttatctctgatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtcgccgagttcaattttcataaatagctactatta 8403914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 116 - 214
Target Start/End: Original strand, 12106002 - 12106100
Alignment:
Q  116 acattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagcta 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | | || | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| | |||| ||| ||||||    
T  12106002 acattgaaaaagacattgcaagtcacataaactcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaaggatcgccgagttcgactttcgtaaatagcta 12106100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 35734252 - 35734028
Alignment:
Q  1 ttgacactcccagtctccataacgacaa---agcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttcttt 97  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||   || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  35734252 ttgatactcacagtctccacaacgacaacagagagaactttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaagaaagaaacaaaatgagtgat-atttt-ttt 35734155  T
Q  98 caaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttca 197  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35734154 caaatagcttggttatctacattgaaaaggacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatgaatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttca 35734055  T
Q  198 attttcataagtagctattattagttt 224  Q
    ||||| ||||| ||||| | |||||||    
T  35734054 atttttataagcagctactgttagttt 35734028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Original strand, 40285896 - 40285957
Alignment:
Q  163 gatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  40285896 gatgaatttgagtttttgaaagtccatcgagttcaattttcataaatagctactattagttt 40285957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Original strand, 7493731 - 7493927
Alignment:
Q  32 gagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaa----ag 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    |     
T  7493731 gagctttctgatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagcgatgattttctttcaaatagcttggttatttacattaaaaaaaatat 7493830  T
Q  128 acattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    | |||||| |||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  7493831 atattgcaggtcagtttagctcagatgcaattatggataaatttgagtctttgaagggctgccgagttcaattttcataaatagctactattagttt 7493927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33409711 - 33409640
Alignment:
Q  153 tgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagctattattagttt 224  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || | |||  | ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  33409711 tgcaattatggatgaattcgagtctttaaaagaccgttgggttcaattttcataaatagctactattagttt 33409640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4794 times since January 2019
Visitors: 4839