View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0750_low_3 (Length: 636)

Name: NF0750_low_3
Description: NF0750
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0750_low_3
NF0750_low_3
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (225-625)||(12559888-12560291)
chr5 (256-521)||(12556749-12557016)
chr5 (228-382)||(9211370-9211525)
chr5 (225-382)||(19242372-19242530)
chr5 (228-382)||(9369960-9370115)
chr5 (229-382)||(35181994-35182148)
chr5 (229-382)||(38783817-38783971)
chr5 (528-617)||(12556612-12556701)
chr5 (60-115)||(12560295-12560349)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (225-382)||(35923231-35923389)
chr1 (229-382)||(1466768-1466922)
chr1 (229-382)||(5050501-5050655)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (229-382)||(19538755-19538909)
chr7 (229-382)||(19545406-19545560)
chr7 (235-382)||(47228524-47228672)
chr7 (263-382)||(47465706-47465826)
chr7 (259-380)||(19549755-19549878)
chr7 (259-371)||(19554968-19555081)
chr7 (306-364)||(19551971-19552029)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (229-382)||(9450695-9450849)
chr3 (226-382)||(26640711-26640868)
chr3 (229-382)||(17724544-17724698)
chr3 (229-382)||(19025773-19025927)
chr3 (229-382)||(28838383-28838537)
chr3 (230-382)||(20798757-20798909)
chr3 (225-382)||(28830414-28830572)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (225-382)||(9937277-9937435)
chr8 (230-382)||(9939649-9939802)
chr8 (247-360)||(3427899-3428013)
chr8 (236-382)||(9945697-9945847)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (228-382)||(44089678-44089833)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (225-298)||(7959611-7959684)
chr2 (258-382)||(43923991-43924104)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 225 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 12560291 - 12559888
Alignment:
Q  225 ggaaggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggg-tagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaat 322  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12560291 ggaaggggctgcgcgaacgcaaacccccacggcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggggtagaccttaggctagcacccctccaaagtgcaat 12560192  T
Q  323 ggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagagatttgcaat-tatcacaaacttgcttttatacctcatg 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12560191 ggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtgatttgcaacgtatcacaaacttgattttatacctcatg 12560092  T
Q  422 cttcgtgccattcattctaaactatccgatgtgggacttaaataacatggaagggatcagtagttttacacactatttgctacctccatttatgatccaa 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12560091 cttcgtgccattcattctaaactatccgatgtgggacttaaataacatggaagggatcagtggttttacacactatttgctacctccatttatgatccaa 12559992  T
Q  522 gctaagcatgtggcacttgtggaatgtggatataattgttggaagttttgggtaaaatcaacttgaccttaacaatgactagttatgtgtagaaaagcct 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12559991 gctaagcatgtggcacttgtggaatgtggatatcattgttggaagttttgggtaaaatgaacttgaccttaacaatgactagttatgtgtagaaaagcct 12559892  T
Q  622 tcat 625  Q
    ||||    
T  12559891 tcat 12559888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 256 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 12557016 - 12556749
Alignment:
Q  256 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttctt 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||| ||||||||    
T  12557016 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttaggccagcacccctccaaagtgcaatggaggtcattgtcttaggctatgagccttctt 12556917  T
Q  355 gatcacccattgaccccatccaggtaagagatttgcaat-tatcacaaacttgcttttatacctcatgcttcgtgccattcattctaaactatccgatgt 453  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| | ||||| |||||||| ||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||    
T  12556916 gatcacctattgaccccatccaggtgagtgatttgcaatctatcagacacttgtttttatacttcatgctccatgccattccctctaaactatccgatgt 12556817  T
Q  454 gggacttaaataacatggaagggatcagtagttttacacactatttgctacctccatttatgatccaa 521  Q
    || |||||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12556816 ggaacttaaataacatgaaacggatcagcagttttatacactatttgctacctccatttatgatccaa 12556749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 228 - 382
Target Start/End: Original strand, 9211370 - 9211525
Alignment:
Q  228 aggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacc-ctccaaagtgcaatggag 326  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||    
T  9211370 aggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctcttcaaagtgcaatgaag 9211469  T
Q  327 gtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9211470 gtcacttgcctaggccatgggccttcctgatcacccattgaccccatccaggtaag 9211525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 225 - 382
Target Start/End: Original strand, 19242372 - 19242530
Alignment:
Q  225 ggaaggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatg 323  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  19242372 ggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccgctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagactagcacccctcctaagtgcaatg 19242471  T
Q  324 gaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19242472 gaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 19242530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 228 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 9370115 - 9369960
Alignment:
Q  228 aggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggag 326  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||    
T  9370115 aggggccgcgcgaacgcaagccccaaccacaacatattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccccttcaaagtgcaatgaag 9370016  T
Q  327 gtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9370015 gtcacttgcctaggccatgggcctttttgatcacccattgaccccatccaggtaag 9369960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 35182148 - 35181994
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  35182148 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagactagcacccctccaaagtgcaatggagg 35182049  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    ||||    ||||||||||  ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35182048 tcaccaatctaggccatgaaccttaatgatcatccattgaccccatccaggtaag 35181994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 38783971 - 38783817
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | |||||| |   |||||| ||| ||||||||||||||    
T  38783971 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttaagtaggcacccctcctaagtgcaatggagg 38783872  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    ||||   |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38783871 tcaccaacctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaag 38783817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 528 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 12556701 - 12556612
Alignment:
Q  528 catgtggcacttgtggaatgtggatataattgttggaagttttgggtaaaatcaacttgaccttaacaatgactagttatgtgtagaaaa 617  Q
    ||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||| ||||    
T  12556701 catgtggtacttgtggattgctgatataattgttggaagttttgggtaaaatcaacttgatcttgacaatgactaattttgtgtaaaaaa 12556612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 60 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 12560349 - 12560295
Alignment:
Q  60 tagcagattatgatcacggttatcaggtcttggcaagtttatattttcataactaa 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12560349 tagcagattatgatc-cggttatcaggtcttggcaagtttatattttcataactaa 12560295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 225 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 35923389 - 35923231
Alignment:
Q  225 ggaaggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatg 323  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  35923389 ggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaagcacccctcctaagtgcaatg 35923290  T
Q  324 gaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35923289 gaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaag 35923231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 1466922 - 1466768
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||| |||||| |||||||||||| |    
T  1466922 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggaag 1466823  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1466822 tcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 1466768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Original strand, 5050501 - 5050655
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  5050501 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggcgagcacccctcctaagtgcaatggagg 5050600  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    ||||   |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5050601 tcaccaacctaggccatggacctttttgatcatccattgaccccatccaggtaag 5050655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 7e-63; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Original strand, 19538755 - 19538909
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  19538755 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttaggtagaccttaggatagcacccctccaaagtgcaatggagg 19538854  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19538855 tcactttcctaggccatgggccttcgtgatcacccattgaccccatccaggtaag 19538909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Original strand, 19545406 - 19545560
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||    
T  19545406 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaagagcacccctccaaagtgcaatggagg 19545505  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19545506 tcacttttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaag 19545560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 235 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 47228672 - 47228524
Alignment:
Q  235 gcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggaggtcactt 333  Q
    |||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||   | || |||||| |||||||||||||||||| |    
T  47228672 gcgcgaacgcagaccccctcagcaacaaattataatgtaggctccaccacttggatagaccttagaaaaacacccctcctaagtgcaatggaggtcacct 47228573  T
Q  334 gcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
      ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47228572 ttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaag 47228524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 263 - 382
Target Start/End: Original strand, 47465706 - 47465826
Alignment:
Q  263 attatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacc 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  47465706 attatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttagaaaagcacccctcccaagtgcaatggaggccacctttctaggccatgggccttcatgatcacc 47465805  T
Q  362 cattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  47465806 cattgaccccatccaggtaag 47465826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 259 - 380
Target Start/End: Original strand, 19549755 - 19549878
Alignment:
Q  259 acaaattatgatgtagg-ctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttga 356  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||| | |||| |||||| |||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||| ||||    
T  19549755 acaaattatgacgtaggtctccaccacttgggtgagccttagacaagcaaccctcctaagtgcaatggaagtcactcgtctaggtcatgggccttattga 19549854  T
Q  357 tcacccattgaccccatccaggta 380  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  19549855 tcacccattgaccccgtccaggta 19549878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 259 - 371
Target Start/End: Original strand, 19554968 - 19555081
Alignment:
Q  259 acaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgat 357  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||| | |||| |||||| ||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||| |||||    
T  19554968 acaaattatgacgtaggcaccaccacttgggtgggccttagaccagcaaccctcctaagtgcaatggaggttactcgtctaggtcatggacctttttgat 19555067  T
Q  358 cacccattgacccc 371  Q
    || |||||||||||    
T  19555068 catccattgacccc 19555081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 306 - 364
Target Start/End: Original strand, 19551971 - 19552029
Alignment:
Q  306 accctccaaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccat 364  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19551971 accctcctaagtgcaatggaggtcactcgtctaggtcatgggccttcttgatcacccat 19552029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 9450849 - 9450695
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||    
T  9450849 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctccaaagtgcaatggagg 9450750  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9450749 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 9450695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 226 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 26640868 - 26640711
Alignment:
Q  226 gaaggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatgg 324  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  26640868 gaaggggccgcgcgaacgcaggcccccactgcaacaaattatgatgtaggttccaccacttgggtagaccttagactagcacccctcctaagtgcaatgg 26640769  T
Q  325 aggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26640768 aggtcacttgtctaggccatgggccttcttgatcacccatcgaccccatccaggtaag 26640711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 17724698 - 17724544
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| | ||||||||||||    
T  17724698 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctatgtgcaatggagg 17724599  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17724598 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 17724544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 19025927 - 19025773
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| | ||||||||||||    
T  19025927 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctatgtgcaatggagg 19025828  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19025827 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 19025773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 229 - 382
Target Start/End: Original strand, 28838383 - 28838537
Alignment:
Q  229 ggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggagg 327  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||| |||||| ||||||||||||||    
T  28838383 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctcctaagtgcaatggagg 28838482  T
Q  328 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28838483 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 28838537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 230 - 382
Target Start/End: Original strand, 20798757 - 20798909
Alignment:
Q  230 gggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccct-ccaaagtgcaatggaggt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  20798757 gggctgcgcgaacgcaagccccg-ctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctttcctaagtgcaatggaggt 20798855  T
Q  329 cacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20798856 cacttgcctaggccatgaacattcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 20798909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 225 - 382
Target Start/End: Original strand, 28830414 - 28830572
Alignment:
Q  225 ggaaggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatg 323  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||| ||||||||||    
T  28830414 ggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacaacaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaagcacccctcctaagtgcaatg 28830513  T
Q  324 gaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||||||| |  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28830514 gaggtcacctttctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaag 28830572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 225 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 9937435 - 9937277
Alignment:
Q  225 ggaaggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatg 323  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||   | ||||| | | |||||||    |||||| ||| ||||||||||    
T  9937435 ggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaactatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagataggcacccctccgaagtgcaatg 9937336  T
Q  324 gaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    ||||||||   |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9937335 gaggtcaccaacctaggccatggaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaag 9937277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 230 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 9939802 - 9939649
Alignment:
Q  230 gggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggaggt 328  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | ||||||||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  9939802 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggtaggcacccctccaaagtgcaatggaggt 9939703  T
Q  329 cacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||   |||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9939702 caccaacctaggccatagaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaag 9939649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 247 - 360
Target Start/End: Original strand, 3427899 - 3428013
Alignment:
Q  247 gcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagca-ccctccaaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatg 345  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||| | |||    
T  3427899 gcccctactgcaacaaattacgatgtaaactccaccacttgggcagaccttaagctagcacccctccaaggtgcaatggaggtcacacgcctagacgatg 3427998  T
Q  346 ggccttcttgatcac 360  Q
    |||||||||||||||    
T  3427999 ggccttcttgatcac 3428013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 236 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 9945847 - 9945697
Alignment:
Q  236 cgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctcca---ccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggaggtcac 331  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    | ||||| | | |||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9945847 cgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattataatgtaggctgctgttctacttgagaacaccttaggcagacacccctccaaagtgcaatggaggtcac 9945748  T
Q  332 ttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
       |||||||||| | ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  9945747 caacctaggccatagaccttcatgatcgtccattgaccccatccaggtaag 9945697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 228 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 44089833 - 44089678
Alignment:
Q  228 aggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccc-tccaaagtgcaatggag 326  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||   | ||||| | | |||||||    |||||| |||||||||||||||||    
T  44089833 aggggccgcgcgaacgcaggccccctcagcaacaaattatgatgtagactgttctacttgagaacaccttagataggcacccctccaaagtgcaatggag 44089734  T
Q  327 gtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    |||||   ||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  44089733 gtcaccaacctaggccatgagccttcatgatcactcatagaccccatccaggtaag 44089678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 225 - 298
Target Start/End: Original strand, 7959611 - 7959684
Alignment:
Q  225 ggaaggggctgcgcgaacgcaagcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagacctta 298  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  7959611 ggaaggggccgcgcgaacgcagacccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccatttggatagacctta 7959684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 258 - 382
Target Start/End: Original strand, 43923991 - 43924104
Alignment:
Q  258 aacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccctccaaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgat 357  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43923991 aacaaattataatgtaggctccaccacttgagtagaccttaaactagaaccc----------aatgaaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgat 43924080  T
Q  358 cacccattgaccccatccaggtaag 382  Q
    || ||||||||||||| ||||||||    
T  43924081 ca-ccattgaccccattcaggtaag 43924104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3530 times since January 2019
Visitors: 4814