View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0752-Insertion-3 (Length: 1110)

Name: NF0752-Insertion-3
Description: NF0752
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0752-Insertion-3
NF0752-Insertion-3
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (8-554)||(79246-79792)
scaffold0024 (53-544)||(72189-72683)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (105-266)||(30032314-30032475)
chr4 (105-266)||(30048560-30048721)
chr4 (105-266)||(30062901-30063062)
chr4 (105-266)||(30228699-30228860)
chr4 (105-266)||(30271256-30271417)
chr4 (105-266)||(30280772-30280933)
chr4 (105-266)||(30304323-30304484)
chr4 (109-266)||(30220208-30220365)
chr4 (121-266)||(30264362-30264507)
chr4 (121-266)||(30287681-30287826)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (176-230)||(2311385-2311439)


Alignment Details
Target: scaffold0024 (Bit Score: 519; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 79792 - 79246
Alignment:
Q  8 atattaaagttcctgaatttccaagtgacaaatcatccaactcattctatgatgaacatcttgatgattatatgtccaaaatagcaatggaacatttacc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  79792 atattaaagttcctgaatttccaagtgacaaatcatccaactcattctatgatgaacatcttgatgattatatgtccaaaatagcaatggaacatttacc 79693  T
Q  108 acaagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggt 207  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  79692 acaagatagaccactttgggagatacatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggt 79593  T
Q  208 tactctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttccattcacattaccatcaagtaaaattagacctaagtcaattt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  79592 tactctctaatgggtgcacttctttcatgtttagaaagagctgataacccttctcttccattcacattaccatcaagtaaaattagacctaagtctattt 79493  T
Q  308 ttaataccaaggcaattatcaagagatttccctctattttctcatcaacaatttggtctatgttggattttggatggagtattttgaaaagtagcatgac 407  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  79492 ttaataccaaagcaattatcaagagatttccctctattttctcatcaacaatttggtctatgttggattttggatggagtattttgaaaagtagcatgat 79393  T
Q  408 tgaagatgacctagcaccaattaggtcacgtgctgatgatgtcaagcttcgacaaattactatctcaaatgtttcattcactatggagcatatcaaagaa 507  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  79392 tgaagatgacctaacaccaattaggtcacgtgctgatgatgtcaagcttcgacaaattactatctcaaatgtttcattcactatggagcatatcaaagaa 79293  T
Q  508 gtgaaaacaagacttggagtggtaggtgaaatatctcatagttggac 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  79292 gtgaaaacaagacttggagtggtaggtgaaatatctcatagttggac 79246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 53 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 72683 - 72189
Alignment:
Q  53 tctatgatgaacatcttgatgattatatgtccaaaatagcaatggaacatttaccacaagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaac 152  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  72683 tctatgatgaatatcttgatgattatatgtcaaaaatagcaatggaacatttaccacaagatagaccactatgggaaattcatattattaaatatccaac 72584  T
Q  153 aaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggttactctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  72583 aaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggttactctctaatgggagctcttctatcatgtttagaaagagctgat 72484  T
Q  253 aacccttctcttccattcacattaccatcaagtaaaattagacctaagtcaatttttaataccaaggcaattatcaagag---atttccctctattttct 349  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||   ||||||||| |||||||    
T  72483 aacccttttcttccattcacattaccatcaagtaaaattagacctaaatcaatttttaataccaaagcatttttcaagagatcatttccctcaattttct 72384  T
Q  350 catcaacaatttggt-ctatgttggattttggatggagtattttgaaaagtagcatgactgaagatgacctagcaccaattaggtcacgtgctgatgatg 448  Q
    |   ||  ||||| | |||| |  ||||||||||||||||| || ||||||||  ||  |||||||||  || |||||||||||||  |||  ||||||     
T  72383 c-caaagtatttgatactatatctgattttggatggagtatgttaaaaagtagtttggttgaagatgatgtaacaccaattaggtcttgtgaggatgata 72285  T
Q  449 tcaagcttcgacaaattactatctcaaatgtttcattcactatggagcatatcaaagaagtgaaaacaagacttggagtggtaggtgaaatatctc 544  Q
    |||||||  |  |||||| |||||||| ||| |||||| ||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  72284 tcaagctaaggaaaattaatatctcaagtgtctcattctctatggatcgcatcaaagaagtgaaatcaagacttggagtggtatgggaaacatctc 72189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 9e-36; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 105 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30032475 - 30032314
Alignment:
Q  105 accacaagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagat 204  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||| |||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||     
T  30032475 accacaagataaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgaagcttgcaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgac 30032376  T
Q  205 ggttactctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |  ||||||||||| | |||||||||||    
T  30032375 ggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctcttcc 30032314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 105 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30048721 - 30048560
Alignment:
Q  105 accacaagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagat 204  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||  ||||| ||| | ||| || |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  30048721 accacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtgat 30048622  T
Q  205 ggttactctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |  ||||||||||| | |||||||||||    
T  30048621 ggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctcttcc 30048560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 105 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30063062 - 30062901
Alignment:
Q  105 accacaagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagat 204  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||  ||||| ||| | ||| || |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  30063062 accacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtgat 30062963  T
Q  205 ggttactctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |  ||||||||||| | |||||||||||    
T  30062962 ggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctcttcc 30062901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 105 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30228860 - 30228699
Alignment:
Q  105 accacaagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagat 204  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||| ||| | ||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  30228860 accacaaaataaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttaatcatgcacttggtgat 30228761  T
Q  205 ggttactctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| || ||| |  ||||||||||| | |||||||||||    
T  30228760 ggttactctctcatgagtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctcttcc 30228699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 105 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30271417 - 30271256
Alignment:
Q  105 accacaagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagat 204  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||    || || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  30271417 accacaagacaaaccactttgggaaatacatttaattaaatatccaacaagaaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgat 30271318  T
Q  205 ggttactctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  30271317 ggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctcttcc 30271256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 105 - 266
Target Start/End: Original strand, 30280772 - 30280933
Alignment:
Q  105 accacaagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagat 204  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  |||||    || || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  30280772 accacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaatatccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgat 30280871  T
Q  205 ggttactctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  30280872 ggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctcttcc 30280933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 105 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30304484 - 30304323
Alignment:
Q  105 accacaagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagat 204  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  |||||    || || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  30304484 accacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaatatccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgat 30304385  T
Q  205 ggttactctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||| || |||||| |||| |||||||||||||    
T  30304384 ggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagttgatgacccttctcttcc 30304323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 266
Target Start/End: Original strand, 30220208 - 30220365
Alignment:
Q  109 caagatagaccactttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggtt 208  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||    || || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  30220208 caagataaacccctttgggaaattcatttgattaaatatccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggtt 30220307  T
Q  209 actctctaatgggtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    ||||||| |||||||| ||||| || ||| |  ||||||||||| | |||||||||||    
T  30220308 actctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctcttcc 30220365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 121 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30264507 - 30264362
Alignment:
Q  121 ctttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggttactctctaatgg 220  Q
    ||||||||||| ||| |||| || ||||||||||  ||||| |||   ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  30264507 ctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgg 30264408  T
Q  221 gtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    |||| ||||| || ||| |  | ||||||||| | |||||||||||    
T  30264407 gtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgatccttctcttcc 30264362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 121 - 266
Target Start/End: Original strand, 30287681 - 30287826
Alignment:
Q  121 ctttgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggttactctctaatgg 220  Q
    ||||||||||| ||| |||| || ||||||||||  ||||| |||   ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  30287681 ctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgg 30287780  T
Q  221 gtgcacttctatcatgtttagaaagagctgataacccttctcttcc 266  Q
    |||| ||||| || ||| |  | ||||||||| | |||||||||||    
T  30287781 gtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgatccttctcttcc 30287826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 176 - 230
Target Start/End: Original strand, 2311385 - 2311439
Alignment:
Q  176 tattcaaacttcatcatgcacttggagatggttactctctaatgggtgcacttct 230  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2311385 tattcaaacttcaccatgcacttggagatggttattctctaatgggtgcacttct 2311439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2674 times since January 2019
Visitors: 4796