View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0754_low_51 (Length: 247)

Name: NF0754_low_51
Description: NF0754
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0754_low_51
NF0754_low_51
[»] scaffold0436 (1 HSPs)
scaffold0436 (8-208)||(881-1081)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (8-208)||(23844676-23844876)
chr2 (8-208)||(24431474-24431674)
chr2 (8-208)||(23210791-23210991)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-208)||(32410381-32410581)
[»] scaffold0149 (1 HSPs)
scaffold0149 (8-208)||(36716-36916)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-208)||(24495259-24495459)
chr8 (8-208)||(23450145-23450346)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-208)||(23844886-23845086)
chr4 (119-208)||(18544653-18544742)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (16-208)||(12056879-12057070)
chr3 (124-205)||(13296217-13296298)
[»] scaffold0064 (1 HSPs)
scaffold0064 (8-203)||(12191-12386)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (44-208)||(16478173-16478335)
chr7 (124-205)||(42516-42597)
chr7 (8-48)||(16481241-16481281)
[»] scaffold0670 (1 HSPs)
scaffold0670 (119-192)||(5701-5774)


Alignment Details
Target: scaffold0436 (Bit Score: 169; Significance: 9e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold0436
Description:

Target: scaffold0436; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Original strand, 881 - 1081
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  881 ataggtgggttaaaagaacggataagatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagacgcagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 980  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatg 207  Q
    || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  981 tatatatgatgtgaatatgccaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatg 1080  T
Q  208 t 208  Q
    |    
T  1081 t 1081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 9e-91; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 23844876 - 23844676
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23844876 ataggtgggttaaatgaacgaataagatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23844777  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatg 207  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23844776 tagatatgatgtaaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatg 23844677  T
Q  208 t 208  Q
    |    
T  23844676 t 23844676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Original strand, 24431474 - 24431674
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  24431474 ataggtgggttaagtgaacggataagatgaaggatgaaatatgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 24431573  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  24431574 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacataagatgatgatg 24431673  T
Q  208 t 208  Q
    |    
T  24431674 t 24431674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Original strand, 23210791 - 23210991
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23210791 ataggtgggttaaatgaacgaataagatgaaggatgaagtgtgtcacaaggagtaaaagaagaagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23210890  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatg 207  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23210891 tagatgtgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatg 23210990  T
Q  208 t 208  Q
    |    
T  23210991 t 23210991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 169; Significance: 9e-91; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 32410581 - 32410381
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32410581 ataggtgggttaaatgaacgaataagatgaaggatgaagtgtgccaccaggagtaaaagatgcagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 32410482  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32410481 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatg 32410382  T
Q  208 t 208  Q
    |    
T  32410381 t 32410381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0149 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0149
Description:

Target: scaffold0149; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Original strand, 36716 - 36916
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    |||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36716 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaatatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 36815  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  36816 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 36915  T
Q  208 t 208  Q
    |    
T  36916 t 36916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 24495459 - 24495259
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    |||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24495459 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaaggatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgctgagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 24495360  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatg 207  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  24495359 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 24495260  T
Q  208 t 208  Q
    |    
T  24495259 t 24495259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 23450346 - 23450145
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23450346 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactaagagtaaaaaatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23450247  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgat 206  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23450246 tagatatgacgtgaatatgacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 23450147  T
Q  207 gt 208  Q
    ||    
T  23450146 gt 23450145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Original strand, 23844886 - 23845086
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23844886 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtgtgtcagtgggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23844985  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23844986 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataggtagacgaatatatggtgtaaaataattatgagttgctaatgacgtaagatgatgatg 23845085  T
Q  208 t 208  Q
    |    
T  23845086 t 23845086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 119 - 208
Target Start/End: Original strand, 18544653 - 18544742
Alignment:
Q  119 tgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatgt 208  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18544653 tgaatatgacaaaattatgagttagtcataagtagacaaatatatgatgtaaattaatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatgt 18544742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 12057070 - 12056879
Alignment:
Q  16 gttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatttagatatg 115  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12057070 gttaaatgaacggatatgatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatttagatat- 12056972  T
Q  116 atgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatgt 208  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  12056971 atgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacaaatatatggtgtaaaataatgatgaattgctaatgacgtaagatgatgatgt 12056879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 124 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 13296298 - 13296217
Alignment:
Q  124 atgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatga 205  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  13296298 atgacaagatgatgacttagacttaagtagacgaatatatggtgtaagttgatgatgagttgctaatgacgtaagataatga 13296217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0064 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0064
Description:

Target: scaffold0064; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 203
Target Start/End: Original strand, 12191 - 12386
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||    
T  12191 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaactaaactaatggtgggtgaacgatt 12290  T
Q  108 tagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgat 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  12291 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagaaatgagtagacgaatatatggtataaaataatgatgagtttctaatgacgtaagatgat 12386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 126; Significance: 4e-65; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 16478335 - 16478173
Alignment:
Q  44 aagtacgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatttagatatgatgtgaatatgacaaaataatgagttag 143  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||    
T  16478335 aagtatgtcactaggagtaaaatatgcagagaatgaaaattgaactaatggtgggtgtaagatttagatatgatgttaatatgacaa--ttatgagttag 16478238  T
Q  144 acataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatgt 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16478237 acataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatgt 16478173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 124 - 205
Target Start/End: Original strand, 42516 - 42597
Alignment:
Q  124 atgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatga 205  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  42516 atgacaagatgatgacttagacttaagtagacgaatatatggtgtaaattaatgatgagttgctaatgacgtaagataatga 42597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 16481281 - 16481241
Alignment:
Q  8 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagta 48  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16481281 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagta 16481241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0670 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0670
Description:

Target: scaffold0670; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 119 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 5774 - 5701
Alignment:
Q  119 tgaatatgacaaaataatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatga 192  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  5774 tgaacatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaattaatgaagagttgctaatga 5701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3628 times since January 2019
Visitors: 4816