View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0755_low_41 (Length: 395)

Name: NF0755_low_41
Description: NF0755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0755_low_41
NF0755_low_41
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (32-375)||(21151527-21151870)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (32-370)||(22888147-22888485)
chr7 (32-375)||(22829875-22830218)
chr7 (32-375)||(22808464-22808807)
chr7 (32-370)||(22838901-22839239)
chr7 (32-375)||(22804180-22804523)
chr7 (32-330)||(22874817-22875115)
chr7 (32-330)||(22892842-22893140)
chr7 (32-330)||(22813916-22814214)
chr7 (32-330)||(22897158-22897456)
chr7 (187-318)||(22879538-22879669)
chr7 (32-320)||(22912564-22912852)
chr7 (32-144)||(22879667-22879779)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 32 - 375
Target Start/End: Original strand, 21151527 - 21151870
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151527 atcatcaaaggtgttgcttcaagtgtggtttatctacatgaagaatgggagaaagttgtaattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 21151626  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151627 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 21151726  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151727 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 21151826  T
Q  332 ggtcgtgtgggagacaacgagagtctaattctagttgatgatgt 375  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21151827 ggtcatgtcggagacaacgagagtctaattctagttgattatgt 21151870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 32 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 22888485 - 22888147
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22888485 atcatcaaaggtgttgcttcaggtgtggtttatcttcatgaagaatgggagaaagttgttattcatagagacataaaggctagtaatgtgttgttagatt 22888386  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22888385 ctggatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgcatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 22888286  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 331  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22888285 tgctcctgaacatattagaagaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 22888186  T
Q  332 ggtcgtgtgggagacaacgagagtctaattctagttgat 370  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22888185 ggtcgtgtaggagacaatgagagtctaattctagttgat 22888147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 32 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 22830218 - 22829875
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    |||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22830218 atcatcaaaggtattgcgtcaggtgtggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaggctagtaatgtgttgttagatt 22830119  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22830118 ctgaatttaattcaagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcacggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 22830019  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 331  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22830018 tgctcctgaacatattagaacaggtaaggctacaaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctcta 22829919  T
Q  332 ggtcgtgtgggagacaacgagagtctaattctagttgatgatgt 375  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  22829918 ggccgtgtaggagacaatgagagtctaattctagttgattatgt 22829875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 32 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 22808807 - 22808464
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22808807 atcatcaaaggtgttgcgtcaggtgtggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtaattcatcgagacataaaggctagtaatgtgttgttagatt 22808708  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22808707 ctgaatttaatgctaggttgggagattttggtctttcaaggttgtatgaccatggtgcagatcctcacacaactcatttggttggaactattggttatct 22808608  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 331  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22808607 tgcccctgagcatattagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtcggaggcctata 22808508  T
Q  332 ggtcgtgtgggagacaacgagagtctaattctagttgatgatgt 375  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  22808507 ggtcgtgtgggagaaaatgagagtctaattctagttgattatgt 22808464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 32 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 22839239 - 22838901
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22839239 atcatcaaaggtgttgcttcaggtttggtttatcttcatgaagaatgggagaaagttgttatccatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22839140  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  22839139 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacactactcatttggttggaacttttggttatct 22839040  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 331  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22839039 tgctcctgatcatattagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 22838940  T
Q  332 ggtcgtgtgggagacaacgagagtctaattctagttgat 370  Q
    |||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||    
T  22838939 ggtcgtgtaggagaatatgagagtctaattctagttgat 22838901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 32 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 22804523 - 22804180
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22804523 atcatcaaaggtgttgcttcagctgtggtttatcttcacgaagaatgggagaaagttgttatccatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22804424  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  22804423 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacactactcatttggttggaacttttggttatct 22804324  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 331  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22804323 tgctcctgatcatattagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 22804224  T
Q  332 ggtcgtgtgggagacaacgagagtctaattctagttgatgatgt 375  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22804223 ggtcgtgtaggagagaatgagagtctagttctagttgatcatgt 22804180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 32 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 22875115 - 22874817
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22875115 atcatcaaaggtgttgcttcaggtttggtttatctacatgaagaatgggaaaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22875016  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22875015 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgcatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 22874916  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctat 330  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  22874915 tgctccggaacatattagaactggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgcttgtggtagaaggcctat 22874817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 32 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 22893140 - 22892842
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22893140 atcatcaaaggtgttgcttcaggcgtggtttatcttcatgaagaatgggagaaagttgtaattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22893041  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22893040 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgaccatggtgcagatcatcacacgactcatttggctggaactattggttatct 22892941  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctat 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  22892940 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgcttgtggtagaaggcctat 22892842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 32 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 22814214 - 22813916
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22814214 atcatcaaaggtgttgcttcaggtgtggtttatcttcatgaagaatgggagaaagttgttatccatagagacataaaagctagtaatgtgttattagatt 22814115  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22814114 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgaccatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaacaattggttatct 22814015  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctat 330  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  22814014 tgctcctgaacatattagaacaggtaaggccactaaattttctgatatgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgcttgtggtagaaggcctat 22813916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 32 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 22897456 - 22897158
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||     
T  22897456 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 22897357  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
     |||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | || |||||    
T  22897356 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 22897257  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctat 330  Q
     || || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  22897256 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctat 22897158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 187 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 22879669 - 22879538
Alignment:
Q  187 tgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatcttgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttct 286  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  22879669 tgcagatcctcacaaaactcatttggctggaactattggttatcttgctcatgaacatattagaacaggtaaggcgactaaattttctgatatgttttct 22879570  T
Q  287 tttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtgg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22879569 tttggtgcatttcttcttgaggttgcttgtgg 22879538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 32 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 22912852 - 22912564
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||     
T  22912852 atcattaaaggtgttgcttctggtttgttttatttacatgaagaatgggaacaagttgttattcatagagacattaaagctagtaatgttttattagatg 22912753  T
Q  132 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 231  Q
     |||| | |||| |||||| || ||||||||| | ||||| || |||||||||||  | |||||||| ||||| ||| | | ||||||  |||||||| |    
T  22912752 gtgaaatgaatggtagattaggtgattttggtttatcaagattatatgatcatggaactgatcctcaaacaacacatgttgttggaacacttggttattt 22912653  T
Q  232 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggta 320  Q
     || || |||||||  ||||||||||| ||||| | |  ||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  22912652 agcaccagaacatacaagaacaggtaaagctacaacaagttctgatgtgtattcttttggtgcatttttacttgaggtagtttgtggta 22912564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 32 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 22879779 - 22879667
Alignment:
Q  32 atcatcaaaggagttgcttcaggtttggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 131  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22879779 atcatcaaaggtgttgcttcaggtgtggtttatcttcatgaaaaatgggagaaagttgttatccatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22879680  T
Q  132 ctgaatttaatgc 144  Q
    ||||||| |||||    
T  22879679 ctgaattcaatgc 22879667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4768 times since January 2019
Visitors: 4839