View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0759_low_54 (Length: 328)

Name: NF0759_low_54
Description: NF0759
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0759_low_54
NF0759_low_54
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (1-191)||(10641297-10641487)
chr6 (2-153)||(14970060-14970213)
chr6 (1-153)||(10906702-10906854)
chr6 (1-112)||(9191065-9191176)
chr6 (2-87)||(8403773-8403858)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-188)||(22614706-22614893)
chr7 (1-188)||(11655439-11655626)
chr7 (5-188)||(20025935-20026118)
chr7 (36-139)||(13477487-13477596)
[»] scaffold0145 (1 HSPs)
scaffold0145 (1-191)||(12514-12704)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-191)||(16285013-16285203)
chr4 (1-172)||(18231454-18231623)
chr4 (1-171)||(11555897-11556065)
chr4 (26-139)||(11098355-11098468)
chr4 (2-87)||(15872838-15872923)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (3-188)||(14481605-14481796)
chr3 (9-87)||(17790941-17791019)
chr3 (9-87)||(19099381-19099459)
chr3 (79-191)||(17790811-17790923)
chr3 (79-191)||(19099253-19099365)
chr3 (3-87)||(22159847-22159931)
chr3 (3-55)||(21975283-21975335)
chr3 (3-55)||(21997714-21997766)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (3-188)||(24832005-24832196)
chr5 (2-188)||(13935664-13935849)
chr5 (2-106)||(24615459-24615563)
chr5 (2-106)||(24711857-24711961)
chr5 (2-106)||(24744853-24744957)
chr5 (2-106)||(24757619-24757723)
[»] scaffold1001 (1 HSPs)
scaffold1001 (14-188)||(1354-1527)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-172)||(44586437-44586609)
[»] scaffold0385 (1 HSPs)
scaffold0385 (2-87)||(14265-14350)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (2-113)||(1567041-1567152)
chr1 (134-191)||(1567212-1567269)
[»] scaffold0166 (1 HSPs)
scaffold0166 (2-106)||(98-202)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 10641297 - 10641487
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10641297 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactgtgacagagagcgatgacgattaatattatatatatgtaaagaaattac 10641396  T
Q  101 tacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaattt 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10641397 tacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgatgatgtctatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaattt 10641487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 14970213 - 14970060
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgt--aaagaaatta 99  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| | |||  ||||| | |||||||||||||||| |  | ||||||||    
T  14970213 gtggtgatataaatggatgatagagagtaatgatgaggagtcctacaactgtgacaaagaatgatgacggttaatattatatatatatttatagaaatta 14970114  T
Q  100 ctacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtc 153  Q
    |  ||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  14970113 ccgcgatgggaaatgatgatgttatattataataacaatgagaatgacgatgtc 14970060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 10906702 - 10906854
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||  || |||||| || |  | |||||||||| ||||||| || | || |     
T  10906702 ggtggtgatataaacggttgacaaagagtaatgacgaggaatcctataactgcgacagagagtgaagggggttaatattatgtatatgtcaacatataaa 10906801  T
Q  101 tacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtc 153  Q
    || |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10906802 taggatgtgaaatgatgatgttatattataataatgatgagaatgacgatgtc 10906854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 9191176 - 9191065
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||| || |||| |     
T  9191176 ggtggtgatataaacggttgatagagagtaatgatgaggaatcctataactgtgataaagagtgatgatgattgatataatatatatgtgaataaataaa 9191077  T
Q  101 tacgatgggaaa 112  Q
    ||||||| ||||    
T  9191076 tacgatgagaaa 9191065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 87
Target Start/End: Original strand, 8403773 - 8403858
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatat 87  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||| || |||||| | || | |||| |  |||||||||||||| ||||||    
T  8403773 gtggtgatataaacggttaatagagagtaatgatgaggaatcatataaccacgacaaagagtgtcgatgattaatattaaatatat 8403858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Original strand, 22614706 - 22614893
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22614706 ggtggtgatataagcggatgatagagagtattgatgaggagtcctataactatgacagagagtgatgacgattaatattatatatatgtaaagaaattac 22614805  T
Q  101 tacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaa 188  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22614806 tacgatgggaaatgatgaggttatattataataatgaagagaatgacgatgtatatattgttgtgatgatgagagtgtcgatggttaa 22614893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 11655626 - 11655439
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||| || ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11655626 ggtggtgatataagcggatgataaagaatattgatgaggagtcctatagctgtgacagagagtgacgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 11655527  T
Q  101 tacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaa 188  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11655526 tacgatggaaaatgatgaggttatattataataatgaagagaatgacgatgtctatgttgttgtgatgatgagagtgtccatggttaa 11655439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 20026118 - 20025935
Alignment:
Q  5 gtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattactacg 104  Q
    ||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| | |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | |    
T  20026118 gtgatataaacatatgatagagaataatgaagaggagtcctacaactatgacaaagagtgatgacgattcatattatatatatgtaaagaaattaccatg 20026019  T
Q  105 atgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaa 188  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||||  |||| ||||| |||||| ||||| |||| |||||||||| || |||||||||    
T  20026018 atggcaaatgatgatgttatattataataacaatgacaatgatgatgtctatgtttttgtcatgatgagagcgttaatggttaa 20025935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 139
Target Start/End: Original strand, 13477487 - 13477596
Alignment:
Q  36 gaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattata------tatatgtaaagaaattactacgatgggaaattatgaggttatattat 129  Q
    |||||||||||||||| | | | |||| ||||| |||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  13477487 gaggagtcctataactgtaacaaagagtgatgacgattaatattatatatatatatatgtaaagaaattactacgatgggaaaggatgatgttatattat 13477586  T
Q  130 aataatgatg 139  Q
    ||||||||||    
T  13477587 aataatgatg 13477596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0145 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0145
Description:

Target: scaffold0145; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 12704 - 12514
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12704 ggtggtgatataagcggatgataaagagtaatgatggggagtcctataactatgacagagagtaatgacgagtaatattatatatatgtaaagaaattac 12605  T
Q  101 tacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaattt 191  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  12604 tacgatgggaaatgatgagtttatattataataatgatgagaatgatgatgtctatgttgttgtcatgatgagagtgtcgatggttaattt 12514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 6e-68; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 16285013 - 16285203
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16285013 ggtggtgatataagtggatgataaagagtaatgatggggagtcctataactatgacagagagtaatgacgagtaatattatatatatgtaaagaaattac 16285112  T
Q  101 tacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaattt 191  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  16285113 tacgatgggaaatgatgagtttatattataataatgatgagaatgatgatgtctatgttgttgtcatgatgagagtgtcgatggttaattt 16285203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Original strand, 18231454 - 18231623
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||| || | | | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18231454 ggtggtgatataaacggttgatagagagtaatgatgaggaatcc-ata-ctgtaacaaagagtgatgacgattaatattatatatatgtaaagaaattac 18231551  T
Q  101 tacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatga 172  Q
    |||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  18231552 tacgatagaaaatgatgatgttatattataataatgatgagaatgacgatgtctatgttattgtgatgatga 18231623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 11556065 - 11555897
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||||||| || || ||| ||| || | | | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11556065 ggtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgatgaatcc-ata-ctgtcacaaagagtgatgacgattaatattatatatatgtaaagaaattac 11555968  T
Q  101 tacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatg 171  Q
    |||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  11555967 tacgataggaaatgttgatgttatattataataatgatgagaatgacgatgtttatgttgttgtgatgatg 11555897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 26 - 139
Target Start/End: Original strand, 11098355 - 11098468
Alignment:
Q  26 gagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattactacgatgggaaattatgaggttata 125  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||| ||||||    
T  11098355 gagtaatgatgaggagtcctataattgtaatggagagtgatgacgattaatattatatatatgtaaagaaattactattgtgggaaataatgatgttata 11098454  T
Q  126 ttataataatgatg 139  Q
    ||||||||||||||    
T  11098455 ttataataatgatg 11098468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 87
Target Start/End: Original strand, 15872838 - 15872923
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatat 87  Q
    ||||||||||||   | |||||||||||||||| || || |||||||| ||||| | |||| |  |||||||||||||| ||||||    
T  15872838 gtggtgatataaatagttgatagagagtaatgatgatgaatcctataattatgacaaagagtgtcgatgattaatattaaatatat 15872923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 3 - 188
Target Start/End: Original strand, 14481605 - 14481796
Alignment:
Q  3 tggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattata------tatatgtaaagaaa 96  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||      ||||||||||||||    
T  14481605 tggtgatgtaagcggatgatagagagtaatgatgaggagtcctataactgtgacaaagagtgatgatgattaatattatatatatatatatgtaaagaaa 14481704  T
Q  97 ttactacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaa 188  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  14481705 ttactacgatgggacatgatgaggttatactataatattgatgaggatgacgatgtctatgttgttgtgatgatgatagtgtcgatggttaa 14481796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 9 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 17791019 - 17790941
Alignment:
Q  9 tataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatat 87  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17791019 tataagcggatgaaagagagtaatgatgaggagtcctataactttgacagagagtgatgatgattaatattatatatat 17790941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 9 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 19099459 - 19099381
Alignment:
Q  9 tataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatat 87  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19099459 tataagcggatgaaagagagtaatgatgaggagtcctataactttgacagagagtgatgatgattaatattatatatat 19099381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 79 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 17790923 - 17790811
Alignment:
Q  79 tatatatatgtaaagaaattactacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgt 178  Q
    ||||||||| || | | ||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  17790923 tatatatatatatatatattactacgatagaaaatgatgaggttatattagaatgatgataagaatgacgatgtatatgttgttgtgatgatgagagagt 17790824  T
Q  179 caatggttaattt 191  Q
    | |||||||||||    
T  17790823 cgatggttaattt 17790811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 79 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 19099365 - 19099253
Alignment:
Q  79 tatatatatgtaaagaaattactacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgt 178  Q
    ||||||||| || | | ||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  19099365 tatatatatatatatatattactacgatagaaaatgatgaggttatattagaatgatgataagaatgacgatgtatatgttgttgtgatgatgagagagt 19099266  T
Q  179 caatggttaattt 191  Q
    | |||||||||||    
T  19099265 cgatggttaattt 19099253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 3 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 22159931 - 22159847
Alignment:
Q  3 tggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatat 87  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||| |  |||||||||||||| ||||||    
T  22159931 tggtgatataaacggttgatagagagtaatgatgaggaatcctataactatgacaaagagtgtcgatgattaatattaaatatat 22159847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 21975335 - 21975283
Alignment:
Q  3 tggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatga 55  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  21975335 tggtgatataaacggttgatagagagtaatgatgaggaatccaataactatga 21975283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 21997766 - 21997714
Alignment:
Q  3 tggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatga 55  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  21997766 tggtgatataaacggttgatagagagtaatgatgaggaatccaataactatga 21997714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 109; Significance: 8e-55; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 188
Target Start/End: Original strand, 24832005 - 24832196
Alignment:
Q  3 tggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatat------atgtaaagaaa 96  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| | |||| ||||||||||||||||||||||      |||||||||||    
T  24832005 tggtgatgtaagcggatgatagagagtaatgatgaggagtcctataattgtgacaaagagtgatgatgattaatattatatatacatatatgtaaagaaa 24832104  T
Q  97 ttactacgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaa 188  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||    
T  24832105 ttactacgatgagaaatgatgaggttatactataatattgatgagaatgacgatgtctatgttgtcgtgatgatgatagtgtcgatggttaa 24832196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 13935849 - 13935664
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattact 101  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||  ||| | |||| |||||  ||| ||| ||||| ||||||||  ||| | |    
T  13935849 gtggtgatataaacggttgatagagagtaatgattaggaatcctataacggtgacaaagagtgatgacaattgatactatatctatgtaaatgaataaat 13935750  T
Q  102 acgatgggaaattatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaa 188  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13935749 acgatgg-aaataatgatgttatattataataatgaagataacgactatgtctacattgttgtgatgatgagagtgtcgatggttaa 13935664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 24615563 - 24615459
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattact 101  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |  ||| |||||||||| ||||| ||||||||| || |||| | |    
T  24615563 gtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaatcatataattttgacaacgagtgatgatgattgatattgtatatatgtgaataaataaat 24615464  T
Q  102 acgat 106  Q
    |||||    
T  24615463 acgat 24615459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 24711961 - 24711857
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattact 101  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |  ||| |||||||||| ||||| ||||||||| || |||| | |    
T  24711961 gtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaatcatataattttgacaacgagtgatgatgattgatattgtatatatgtgaataaataaat 24711862  T
Q  102 acgat 106  Q
    |||||    
T  24711861 acgat 24711857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 24744957 - 24744853
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattact 101  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |  ||| |||||||||| ||||| ||||||||| || |||| | |    
T  24744957 gtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaatcatataattttgacaacgagtgatgatgattgatattgtatatatgtgaataaataaat 24744858  T
Q  102 acgat 106  Q
    |||||    
T  24744857 acgat 24744853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 24757723 - 24757619
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattact 101  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |  ||| |||||||||| ||||| ||||||||| || |||| | |    
T  24757723 gtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaatcatataattttgacaacgagtgatgatgattgatattgtatatatgtgaataaataaat 24757624  T
Q  102 acgat 106  Q
    |||||    
T  24757623 acgat 24757619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1001 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold1001
Description:

Target: scaffold1001; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 1527 - 1354
Alignment:
Q  14 gcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattactacgatgggaaat 113  Q
    |||||||||| |||||| | | |||||||||||||||  ||| |||||| |||||  ||||||||| ||||| || ||| ||||||| || |||| ||||    
T  1527 gcggatgatatagagtatttatgaggagtcctataaccgtgaaagagagtgatgactattaatatt-tatatgtggaaataaattacaacaatggaaaat 1429  T
Q  114 tatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaa 188  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  1428 gatgaggttatattataataatgatgagaatgacgatgtctatgttgttgtgatgatgatagtgtagatggttaa 1354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 6e-31; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Original strand, 44586437 - 44586609
Alignment:
Q  1 ggtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattac 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||| || | | | |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44586437 ggtggtgatataaacggttgatagagagtaatgatgaggaatcc-ata-ctgtaacaaagagtgatgacgattagtattatatatatgtaaagaaattac 44586534  T
Q  101 tacgatgggaaattatgaggtta---tattataataatgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatga 172  Q
    ||||||  ||||| |||| ||||   ||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  44586535 tacgatatgaaatgatgatgttaaattataataataatgatgagaatgacggtgtctgtgttgttgtgatgatga 44586609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0385 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0385
Description:

Target: scaffold0385; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 14350 - 14265
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatat 87  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| | |||| |  |||||||||||||||||||||    
T  14350 gtggagatataaacggttgatagagagtaacaatgaggaatcctataactatgacaaagagtgtcgatgattaatattatatatat 14265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 113
Target Start/End: Original strand, 1567041 - 1567152
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattact 101  Q
    |||||||||||| |||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||| | ||| | |||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||| | |    
T  1567041 gtggtgatataaacggtggatagagggtaataatgaggaatcatataattgtgacaaagagtgatgacgattgatattatatatatgtaaacaaataaat 1567140  T
Q  102 acgatgggaaat 113  Q
    |||||| |||||    
T  1567141 acgatgagaaat 1567152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 191
Target Start/End: Original strand, 1567212 - 1567269
Alignment:
Q  134 atgatgagaatgacgatgtcaatgttgttgtgatgatgagagtgtcaatggttaattt 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| | |||  |||||||||||    
T  1567212 atgatgagaatgacgatgtctatgttattgtgaggatgataatgttgatggttaattt 1567269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0166 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0166
Description:

Target: scaffold0166; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 202 - 98
Alignment:
Q  2 gtggtgatataagcggatgatagagagtaatgacgaggagtcctataactatgatagagagcgatgatgattaatattatatatatgtaaagaaattact 101  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |  ||| |||||||||| ||||| ||||||||| || |||| | |    
T  202 gtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaatcatataattttgacaacgagtgatgatgattgatattgtatatatgtgaataaataaat 103  T
Q  102 acgat 106  Q
    |||||    
T  102 acgat 98  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3677 times since January 2019
Visitors: 4818