View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0760_low_3 (Length: 659)

Name: NF0760_low_3
Description: NF0760
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0760_low_3
NF0760_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (21-647)||(18176432-18177058)
chr4 (311-366)||(51279528-51279583)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (21-647)||(13217036-13217662)
chr3 (21-116)||(13219260-13219355)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (25-604)||(240090-240669)
scaffold0002 (25-80)||(238390-238445)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (413-645)||(18044710-18044942)
chr7 (24-268)||(14541167-14541411)
chr7 (207-448)||(8286281-8286528)
chr7 (472-645)||(8286529-8286702)
chr7 (229-330)||(3700034-3700135)
chr7 (354-436)||(8049468-8049549)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-149)||(39047942-39048070)
[»] scaffold0380 (1 HSPs)
scaffold0380 (21-84)||(15664-15727)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (428-498)||(26345888-26345958)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (404-482)||(29624280-29624358)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (21-66)||(39386263-39386308)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 18177058 - 18176432
Alignment:
21 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaattggggtattggtcatggtataagagatattttagaggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
18177058 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaattggggtattggtcatggtataagagatattttagaggcc 18176959  T
121 cataaaggtccatttacaggccaaggtcataaaggtctatatgagatcctaacaacgtcatggcatgctcaattagctattaacctagctatgttaggct 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
18176958 cataaaggtccatttacaggccaaggtcataaaggtctatatgagatcctaacaacgtcatggcatgctcaattatctattaacctagctatgttaggct 18176859  T
221 ctttgaccattattgtagctcaccatatgtatgctatgcctccttatccatacctagctactgactatgggacacaactgtcattgttcacacatcacat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
18176858 ctttgaccattattgtagctcaccatatgtatgctatgcctccttatccatacctagctactgactatgggacacaactgtcattgttcacacatcacat 18176759  T
321 gtggattgggggatttctcatagttggtgctgctgcacatgcagccatttttatggtaagagactatgatccaactactcgatacaacgatctattagat 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
18176758 gtggattgggggatttctcatagttggtgctgctgcacatgcagccatttttatggtaagagactatgatccaactactcgatacaacgatctattagat 18176659  T
421 cgtattcttagacatcgcgatgcaatcatatcacatctcaactgggtgtgtatatttttaggctttcacagttttggtttgtatattcataatgatacca 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
18176658 cgtattcttagacatcgcgatgcaatcatatcacatctcaactgggtgtgtatatttttaggctttcacagttttggtttgtatattcataatgatacca 18176559  T
521 tgagtgctttagggcgccctcaagatatgttttctgataccgctatacaattacaacctgtctttgctcaatggatgcaaaatacccacgctttagcacc 620  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
18176558 tgagtgctttagggcgccctcaagatatgttttctgataccgctatacaattacaaccagtctttgctcaatggatacaaaatacccacgctttagcacc 18176459  T
621 tggtacaacggcccctggtgcaacagc 647  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
18176458 tggtacaacggcccctggtgcaacagc 18176432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 366
Target Start/End: Original strand, 51279528 - 51279583
Alignment:
311 cacatcacatgtggattgggggatttctcatagttggtgctgctgcacatgcagcc 366  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
51279528 cacatcacatctggattgggggatttctcatagtgggtgttgctgcacatgcagcc 51279583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 647
Target Start/End: Original strand, 13217036 - 13217662
Alignment:
21 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaattggggtattggtcatggtataagagatattttagaggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13217036 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaattgggctattggtcatggtataagagatattttagaggcc 13217135  T
121 cataaaggtccatttacaggccaaggtcataaaggtctatatgagatcctaacaacgtcatggcatgctcaattagctattaacctagctatgttaggct 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
13217136 cataaaggtccatttacaggccaaggtcataaaggtctatatgagatcctaacaacgtcatggcatgctcaattatctattaacctagctatgttaagct 13217235  T
221 ctttgaccattattgtagctcaccatatgtatgctatgcctccttatccatacctagctactgactatgggacacaactgtcattgttcacacatcacat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13217236 ctttgaccattattgtagctcaccatatgtatgctatgcctccttatccatacctagctactgactatgggacacaactgtcattgttcacacatcacat 13217335  T
321 gtggattgggggatttctcatagttggtgctgctgcacatgcagccatttttatggtaagagactatgatccaactactcgatacaacgatctattagat 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13217336 gtggattgggggatttctcatagttggtgctgctgcacatgcagccatttttatggtaagagactatgatccaactactcgatacaacgatctattagat 13217435  T
421 cgtattcttagacatcgcgatgcaatcatatcacatctcaactgggtgtgtatatttttaggctttcacagttttggtttgtatattcataatgatacca 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13217436 cgtattcttagacatcgcgatgcaatcatatcacatctcaactgggtgtgtatatttttaggctttcacagttttggtttgtatattcataatgatacca 13217535  T
521 tgagtgctttagggcgccctcaagatatgttttctgataccgctatacaattacaacctgtctttgctcaatggatgcaaaatacccacgctttagcacc 620  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
13217536 tgagtgctttagggcgccctcaagatatgttttctgataccgctatacaattacaaccagtctttgctcaatggatacaaaatacccacgctttagcacc 13217635  T
621 tggtacaacggcccctggtgcaacagc 647  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
13217636 tggtacaacggcccctggtgcaacagc 13217662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 116
Target Start/End: Original strand, 13219260 - 13219355
Alignment:
21 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaattggggtattggtcatggtataagagatattttaga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||  |||||| ||||||||||||    
13219260 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattgctggtcatatgtatagaactaacttcggtattgggcacagtataaaagatattttaga 13219355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 240669 - 240090
Alignment:
25 catcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaattggggtattggtcatggtataagagatattttagaggcccata 124  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| || || || |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||  | | ||||||||| ||||| || |    
240669 catcatttagctattgctattcttttcctaatcgcaggtcatatgtataggaccaactggggtattggccatggacttaaagatattttggaggctcaca 240570  T
125 aaggtccatttacaggccaaggtcataaaggtctatatgagatcctaacaacgtcatggcatgctcaattagctattaacctagctatgttaggctcttt 224  Q
    | || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||      
240569 agggcccatttacaggacaaggccataagggtctttatgaaatcttaacaacgtcatggcatgctcaattatctcttaacctagctatgctaggctctac 240470  T
225 gaccattattgtagctcaccatatgtatgctatgcctccttatccatacctagctactgactatgggacacaactgtcattgttcacacatcacatgtgg 324  Q
     |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||    
240469 aaccattgttgtagctcatcatatgtattctatgcctccctatccatacctagctactgactatggtacacaactttccttgttcacacaccacatgtgg 240370  T
325 attgggggatttctcatagttggtgctgctgcacatgcagccatttttatggtaagagactatgatccaactactcgatacaacgatctattagatcgta 424  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
240369 attggcggatttctaatagtcggtgctgctgcacatgcagcaatttttatggtaagagactatgatccaactactcgatacaacgatctattagatcgcg 240270  T
425 ttcttagacatcgcgatgcaatcatatcacatctcaactgggtgtgtatatttttaggctttcacagttttggtttgtatattcataatgataccatgag 524  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
240269 tccttagacaccgcgatgcaatcatatcccaccttaactgggtatgtatatttctaggttttcacagttttggcttgtacattcataatgataccatgag 240170  T
525 tgctttagggcgccctcaagatatgttttctgataccgctatacaattacaacctgtctttgctcaatggatgcaaaata 604  Q
    ||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||    
240169 tgctttaggccgtccacaagatatgttttcggataccgccatacaattacaacctatctttgctcaatgggtacaaaata 240090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 238445 - 238390
Alignment:
25 catcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaa 80  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
238445 catcatttagctattgcatttatttttctcattgccggtcacatgtatcgaactaa 238390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 413 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 18044942 - 18044710
Alignment:
413 tattagatcgtattcttagacatcgcgatgcaatcatatcacatctcaactgggtgtgtatatttttaggctttcacagttttggtttgtatattcataa 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
18044942 tattagatcgtattcttagacatcgtgatgcaatcatatcacatctcaactgggtgtgtatatttttaggctttcacagttttggtttgtatattcataa 18044843  T
513 tgataccatgagtgctttagggcgccctcaagatatgttttctgataccgctatacaattacaacctgtctttgctcaatggatgcaaaatacccacgct 612  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
18044842 tgataccatgaatgctttagggcgccctcaagatatgttttctgatactgctatacaattacaatcagtctttgctcaatggataaaaaatacccacgct 18044743  T
613 ttagcacctggtacaacggcccctggtgcaaca 645  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
18044742 ttagcacctggtacaacggcccctggtgcaaca 18044710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 24 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 14541411 - 14541167
Alignment:
24 tcatcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaattggggtattggtcatggtataagagatattttagaggcccat 123  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
14541411 tcatcattttgctattgcaattctttttctcattgtcggtcatatgtataaaactaactgggatattggtcatggtataaaagatatttcagaggcccat 14541312  T
124 aaaggtccatttacaggccaaggtcataaaggtctatatgagatcctaacaacgtcatggcatgctcaattagctattaacctagctatgttaggctctt 223  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
14541311 aaagatccattcacaggccatggtcataaaggtttatatgagatcctaacaacgtcatgacatgctcaattatctattaacctaactatgttaggctctt 14541212  T
224 tgaccattattgtagctcaccatatgtatgctatgcctccttatc 268  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14541211 tcaccattattgtagctcaccatatgtatgctatgcctccttatc 14541167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 207 - 448
Target Start/End: Original strand, 8286281 - 8286528
Alignment:
207 agctatgttaggctctttgaccattattgt----agctcaccatat--gtatgctatgcctccttatccatacctagctactgactatgggacacaactg 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||    |||||  |||||  ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| | |||    
8286281 agctaggttaggctctttgaccattattgtttgtagctcgtcatatatgtatgatatgcctccttatacatacttagctgctgactatgggacatatctg 8286380  T
301 tcattgttcacacatcacatgtggattgggggatttctcatagttggtgctgctgcacatgcagccatttttatggtaagagactatgatccaactactc 400  Q
    |||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
8286381 tcattgttcacaaataatatgaggattgggggatttctcatagttggtgttgatgcatatgcagccatttttatggtaagaggctatgattcaactactc 8286480  T
401 gatacaacgatctattagatcgtattcttagacatcgcgatgcaatca 448  Q
     |||||||||| || |||| ||| |||||||||||| ||||| |||||    
8286481 aatacaacgatttactagaccgtgttcttagacatcacgatgtaatca 8286528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 472 - 645
Target Start/End: Original strand, 8286529 - 8286702
Alignment:
472 atatttttaggctttcacagttttggtttgtatattcataatgataccatgagtgctttagggcgccctcaagatatgttttctgataccgctatacaat 571  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||||||    
8286529 atatttgtaggatttcacagttttggtttgtatattcataatgatatcatgagtgctttagggctccctcgagatatgttttctgataacgttgtacaat 8286628  T
572 tacaacctgtctttgctcaatggatgcaaaatacccacgctttagcacctggtacaacggcccctggtgcaaca 645  Q
    |||||  |||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8286629 tacaatttgtctttgttcaatggatacaaaataactacgctttagcacctggtacaacggcccctggtgcaaca 8286702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 229 - 330
Target Start/End: Original strand, 3700034 - 3700135
Alignment:
229 attattgtagctcaccatatgtatgctatgcctccttatccatacctagctactgactatgggacacaactgtcattgttcacacatcacatgtggattg 328  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
3700034 attactgtagctcaccatatttatgatatgtctccttatccatacctagctacggactatgaaacacaactgtcattgttcacacttcacatgtggattg 3700133  T
329 gg 330  Q
    ||    
3700134 gg 3700135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 354 - 436
Target Start/End: Original strand, 8049468 - 8049549
Alignment:
354 tgcacatgcagccatttttatggtaagagactatgatccaactactcgatacaacgatctattagatcgtattcttagacatc 436  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
8049468 tgcacaagcagccatttttatgctaagagactatgataca-ctactcgatacaacgatctattagatcgtgttcttagacatc 8049549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 21 - 149
Target Start/End: Original strand, 39047942 - 39048070
Alignment:
21 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaattggggtattggtcatggtataagagatattttagaggcc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39047942 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattaccggtcatatgtatagaactaattgggatattggtcatggtataagagatattttagaggcc 39048041  T
121 cataaaggtccatttacaggccaaggtca 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
39048042 cataaaggtccatttacaggccaaggtca 39048070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0380
Description:

Target: scaffold0380; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 84
Target Start/End: Original strand, 15664 - 15727
Alignment:
21 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcatatgtatagaactaattgg 84  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
15664 acatcatcatctagctattgcaattctttttcacattgccagtcatatgtatagaactaattgg 15727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 428 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 26345958 - 26345888
Alignment:
428 ttagacatcgcgatgcaatcatatcacatctcaactgggtgtgtatatttttaggctttcacagttttggt 498  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
26345958 ttagacgtcgcgatacaatcatatcacatatcaactaagtgtgtatatatttaggctttcacaattttggt 26345888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 404 - 482
Target Start/End: Original strand, 29624280 - 29624358
Alignment:
404 acaacgatctattagatcgtattcttagacatcgcgatgcaatcatatcacatctcaactgggtgtgtatatttttagg 482  Q
    |||| |||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
29624280 acaatgatctattagattgtgttcttagacattgcggtgcaatcctaccacatctaaactgggtttgtatatttttagg 29624358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 66
Target Start/End: Original strand, 39386263 - 39386308
Alignment:
21 acatcatcatttagctattgcaattctttttctcattgccggtcat 66  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
39386263 acatcatcatttagctattgtaattctttttcgcattgccggtcat 39386308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2643 times since January 2019
Visitors: 4796