View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0761_low_28 (Length: 203)

Name: NF0761_low_28
Description: NF0761
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0761_low_28
NF0761_low_28
[»] scaffold0116 (3 HSPs)
scaffold0116 (6-203)||(47620-47817)
scaffold0116 (6-203)||(43700-43897)
scaffold0116 (38-180)||(43879-44020)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (6-203)||(25956537-25956734)
chr6 (6-198)||(27851181-27851373)
chr6 (6-183)||(20734128-20734304)
chr6 (28-164)||(22420981-22421117)
chr6 (19-164)||(2201133-2201277)
chr6 (9-127)||(34296953-34297070)
chr6 (41-126)||(19399810-19399895)
chr6 (28-179)||(18927823-18927973)
chr6 (155-203)||(19399880-19399928)
chr6 (38-180)||(25956716-25956857)
chr6 (157-198)||(16624506-16624547)
chr6 (35-180)||(31630619-31630763)
chr6 (78-114)||(18708712-18708748)
chr6 (78-114)||(23151070-23151106)
chr6 (78-114)||(27322222-27322258)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (6-203)||(13844547-13844744)
chr4 (6-203)||(46642842-46643038)
chr4 (6-183)||(33186097-33186273)
chr4 (85-198)||(15099351-15099464)
chr4 (85-156)||(15190360-15190431)
chr4 (30-158)||(15880717-15880845)
chr4 (6-179)||(35812171-35812342)
chr4 (28-179)||(9923296-9923446)
chr4 (28-114)||(11479413-11479498)
chr4 (155-203)||(15868765-15868813)
chr4 (155-203)||(13812865-13812913)
chr4 (38-126)||(46642773-46642860)
chr4 (78-143)||(19609507-19609572)
chr4 (38-106)||(52873252-52873319)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (6-203)||(28194365-28194562)
chr1 (6-203)||(43697381-43697578)
chr1 (85-198)||(49261342-49261455)
chr1 (85-198)||(20636851-20636964)
chr1 (85-198)||(35981693-35981806)
chr1 (28-183)||(51274290-51274445)
chr1 (8-141)||(12328538-12328670)
chr1 (19-123)||(8885452-8885555)
chr1 (47-127)||(51326894-51326974)
chr1 (38-126)||(28194544-28194631)
chr1 (157-198)||(39244030-39244071)
chr1 (157-198)||(39247585-39247626)
chr1 (157-198)||(41388135-41388176)
chr1 (38-106)||(43543069-43543136)
chr1 (35-106)||(46382649-46382717)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (6-203)||(5889092-5889288)
chr5 (6-183)||(12122202-12122378)
chr5 (6-183)||(21555060-21555236)
chr5 (6-183)||(21557726-21557902)
chr5 (85-198)||(21741538-21741651)
chr5 (6-183)||(30615751-30615926)
chr5 (8-182)||(31455686-31455862)
chr5 (8-182)||(31455073-31455249)
chr5 (19-164)||(24212382-24212526)
chr5 (6-178)||(36460170-36460341)
chr5 (19-164)||(35852637-35852781)
chr5 (88-183)||(17875209-17875304)
chr5 (155-197)||(21871627-21871669)
chr5 (155-197)||(21875907-21875949)
chr5 (38-180)||(5889270-5889411)
chr5 (167-203)||(29915150-29915186)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (6-145)||(15439318-15439457)
chr7 (6-183)||(30820937-30821113)
chr7 (9-183)||(36685934-36686107)
chr7 (83-203)||(17232629-17232749)
chr7 (85-198)||(9389702-9389815)
chr7 (39-183)||(38480232-38480376)
chr7 (6-180)||(37727607-37727781)
chr7 (6-164)||(11092751-11092908)
chr7 (83-203)||(8468435-8468548)
chr7 (6-164)||(11085013-11085170)
chr7 (19-164)||(9320423-9320567)
chr7 (7-178)||(15213699-15213869)
chr7 (38-180)||(8468312-8468453)
chr7 (78-179)||(12371425-12371526)
chr7 (35-180)||(45847732-45847876)
chr7 (38-180)||(14270139-14270280)
chr7 (78-179)||(13148276-13148377)
chr7 (78-114)||(11066680-11066716)
chr7 (171-203)||(18302175-18302207)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (6-183)||(31224635-31224811)
chr3 (6-183)||(15447681-15447854)
chr3 (6-191)||(12269590-12269773)
chr3 (88-203)||(18439845-18439960)
chr3 (39-183)||(31415399-31415543)
chr3 (6-126)||(1988912-1989032)
chr3 (85-198)||(1465416-1465529)
chr3 (85-189)||(49389636-49389740)
chr3 (6-178)||(11912921-11913092)
chr3 (28-140)||(6808175-6808287)
chr3 (140-197)||(20630147-20630204)
chr3 (15-180)||(49389740-49389906)
chr3 (38-180)||(49969964-49970106)
chr3 (155-203)||(49969934-49969982)
chr3 (38-126)||(18439942-18440029)
chr3 (155-194)||(14665631-14665670)
chr3 (157-198)||(4107286-4107327)
chr3 (157-198)||(4111138-4111179)
chr3 (157-198)||(16750477-16750518)
chr3 (78-179)||(40807143-40807244)
chr3 (171-203)||(12852440-12852472)
chr3 (78-114)||(40812050-40812086)
[»] scaffold0071 (1 HSPs)
scaffold0071 (6-183)||(14335-14511)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (7-183)||(24865452-24865627)
chr2 (19-183)||(22500984-22501147)
chr2 (19-183)||(22508918-22509081)
chr2 (7-183)||(7672240-7672409)
chr2 (8-180)||(6576372-6576543)
chr2 (6-123)||(2524410-2524526)
chr2 (78-179)||(24781644-24781745)
chr2 (77-133)||(22501128-22501184)
chr2 (77-133)||(22509062-22509118)
chr2 (40-111)||(24436258-24436328)
chr2 (78-114)||(24883665-24883701)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (6-183)||(21579887-21580063)
chr8 (22-180)||(39833869-39834029)
chr8 (6-183)||(29763549-29763724)
chr8 (38-183)||(41680834-41680979)
chr8 (6-178)||(42560208-42560379)
chr8 (47-164)||(32807279-32807396)
chr8 (6-180)||(18760533-18760706)
chr8 (35-180)||(38550083-38550227)
chr8 (120-183)||(22965744-22965807)
chr8 (35-180)||(27472388-27472532)
chr8 (6-106)||(3273212-3273310)
chr8 (78-114)||(19139977-19140013)
chr8 (78-114)||(39936814-39936850)
[»] scaffold1351 (1 HSPs)
scaffold1351 (7-183)||(1561-1736)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (83-203)||(85256-85376)
scaffold0009 (38-126)||(85187-85274)
[»] scaffold0737 (1 HSPs)
scaffold0737 (6-183)||(6359-6535)
[»] scaffold1137 (1 HSPs)
scaffold1137 (87-198)||(2299-2410)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (19-183)||(10890-11053)
[»] scaffold0815 (1 HSPs)
scaffold0815 (51-183)||(479-611)
[»] scaffold0810 (2 HSPs)
scaffold0810 (6-74)||(3068-3136)
scaffold0810 (78-126)||(2984-3032)
[»] scaffold0599 (2 HSPs)
scaffold0599 (6-178)||(4615-4786)
scaffold0599 (6-178)||(197-368)
[»] scaffold0080 (1 HSPs)
scaffold0080 (14-179)||(59295-59458)
[»] scaffold0061 (2 HSPs)
scaffold0061 (19-114)||(15421-15515)
scaffold0061 (19-114)||(24479-24573)
[»] scaffold0371 (1 HSPs)
scaffold0371 (6-114)||(3128-3234)
[»] scaffold0802 (1 HSPs)
scaffold0802 (28-179)||(5459-5609)
[»] scaffold0335 (1 HSPs)
scaffold0335 (28-114)||(869-954)
[»] scaffold0434 (1 HSPs)
scaffold0434 (38-126)||(6771-6859)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (28-114)||(76954-77038)
[»] scaffold0100 (1 HSPs)
scaffold0100 (38-114)||(36143-36218)
[»] scaffold0075 (1 HSPs)
scaffold0075 (155-203)||(8350-8398)
[»] scaffold0221 (1 HSPs)
scaffold0221 (155-194)||(12864-12903)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (78-179)||(10030-10131)
[»] scaffold0384 (1 HSPs)
scaffold0384 (78-114)||(8190-8226)
[»] scaffold0375 (1 HSPs)
scaffold0375 (78-114)||(9106-9142)
[»] scaffold0192 (1 HSPs)
scaffold0192 (171-203)||(9876-9908)
[»] scaffold0142 (1 HSPs)
scaffold0142 (171-203)||(7720-7752)
[»] scaffold0124 (1 HSPs)
scaffold0124 (171-203)||(24726-24758)


Alignment Details
Target: scaffold0116 (Bit Score: 166; Significance: 5e-89; HSPs: 3)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 6 - 203
Target Start/End: Original strand, 47620 - 47817
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  47620 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 47719  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47720 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 47817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 203
Target Start/End: Original strand, 43700 - 43897
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  43700 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 43799  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43800 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 43897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 180
Target Start/End: Original strand, 43879 - 44020
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 137  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  ||||| | |    
T  43879 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatga 43977  T
Q  138 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    |||| |||| ||  ||  ||||||||| ||||||| |||||||    
T  43978 cttgctgtaaattatttgatgatgttgccttgctgatgtgatg 44020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 203
Target Start/End: Original strand, 25956537 - 25956734
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  25956537 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 25956636  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25956637 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 25956734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27851373 - 27851181
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  27851373 cagagaggatgaataagatgattta-tattgatgatttaccttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 27851275  T
Q  106 tt-gttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgat 198  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27851274 tttgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtgtatgtttaaatgatgttgtcttgttgttgtgctgaatatgatttactttgat 27851181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 20734128 - 20734304
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  20734128 cagagaggatgaataaaatgattta-tattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 20734226  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20734227 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatggtgttgtcttgctgttgtgatgaat 20734304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 28 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 22421117 - 22420981
Alignment:
Q  28 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 127  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22421117 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattatta 22421018  T
Q  128 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 164  Q
     |||| || |||||||| |||||| |||||| |||||    
T  22421017 ttgatagtgacttgttgcatatgtctaaatggtgttg 22420981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 2201277 - 2201133
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2201277 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatatgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatga 2201179  T
Q  119 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 164  Q
     |||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||| |||||    
T  2201178 tgattattattgatggtgacttgctgcatatgtctaaatggtgttg 2201133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 127
Target Start/End: Original strand, 34296953 - 34297070
Alignment:
Q  9 agaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattg 108  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  34296953 agaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattagatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattg 34297051  T
Q  109 ttatatatgaagattatta 127  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  34297052 ttatatatgatgattatta 34297070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 41 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 19399895 - 19399810
Alignment:
Q  41 tttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 126  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  19399895 tttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattatt 19399810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 18927973 - 18927823
Alignment:
Q  28 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 127  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||     
T  18927973 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattg 18927875  T
Q  128 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgat 179  Q
     ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||| |||||    
T  18927874 ttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgtgat 18927823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 155 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 19399928 - 19399880
Alignment:
Q  155 aatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  19399928 aatgatgttgtcttactgttgtgatgaatatggtttactttgatgatta 19399880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 180
Target Start/End: Original strand, 25956716 - 25956857
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 137  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  ||||| | |    
T  25956716 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatga 25956814  T
Q  138 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    |||| |||| ||  ||  ||||||||| ||||||| |||||||    
T  25956815 cttgctgtaaattatttgatgatgttgccttgctgatgtgatg 25956857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 16624547 - 16624506
Alignment:
Q  157 tgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgat 198  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16624547 tgatgttattttgttgttgtgatgaatatgatttactttgat 16624506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 35 - 180
Target Start/End: Original strand, 31630619 - 31630763
Alignment:
Q  35 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatgg 134  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||  || |||||||  |||||     
T  31630619 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttataatggttgtattagatgattattgttgatgt 31630717  T
Q  135 ttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    | ||||| |||| ||  ||  ||| |||||||||| || |||||||    
T  31630718 tgacttgctgtaaattatttgatggtgttgtcttgttgatgtgatg 31630763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 18708748 - 18708712
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  18708748 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 18708712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Original strand, 23151070 - 23151106
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23151070 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 23151106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Original strand, 27322222 - 27322258
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27322222 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 27322258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 154; Significance: 7e-82; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 13844744 - 13844547
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  13844744 cagagaggatgattaagatgatttaatattattgatttacgttgatgattaaatgtgaaaatatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 13844645  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13844644 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttactgttgtgatgaatatgatttactttgattatta 13844547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 6 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 46643038 - 46642842
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| || |||||||| ||||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46643038 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgtttaaagttgatgattaa-tgcgaaaagatttatatattgtgaaagttgttaatatgaagttgtaa 46642940  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  46642939 ttgttacatatgaagaatattattggtggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgccttgctgttgtgatgaatatgatttaatttgatgatta 46642842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 33186273 - 33186097
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  33186273 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattatgaaagacgttgatatgaagttgtaa 33186175  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  33186174 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtcttgttgttgtgatgaat 33186097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 85 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 15099464 - 15099351
Alignment:
Q  85 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaata 184  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  15099464 gttgttgatatgaagttgaaattgttatacataaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaaagatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 15099365  T
Q  185 tgatttactttgat 198  Q
    ||||| ||||||||    
T  15099364 tgattgactttgat 15099351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 85 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 15190431 - 15190360
Alignment:
Q  85 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaa 156  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15190431 gttgttgatatgaagttgaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaa 15190360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 30 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 15880845 - 15880717
Alignment:
Q  30 aatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaat 129  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  15880845 aatattgatgatttactttgattattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattattatt 15880746  T
Q  130 gatggttacttgttgtatatgtttaaatg 158  Q
    |||||| ||||| |  |||||| ||||||    
T  15880745 gatggtgacttgctacatatgtctaaatg 15880717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 6 - 179
Target Start/End: Original strand, 35812171 - 35812342
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    ||||||| || | |||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||    
T  35812171 cagagagtataaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtggaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaa 35812268  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgat 179  Q
    | |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  |  |||||||||||||||||||||||||    
T  35812269 tggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatctaatgatgttgtcttgctgttgtgat 35812342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 9923446 - 9923296
Alignment:
Q  28 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 127  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||     
T  9923446 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattg 9923348  T
Q  128 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgat 179  Q
     ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||| |||||    
T  9923347 ttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgtgat 9923296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 114
Target Start/End: Original strand, 11479413 - 11479498
Alignment:
Q  28 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  11479413 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 11479498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 155 - 203
Target Start/End: Original strand, 15868765 - 15868813
Alignment:
Q  155 aatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15868765 aatgatgttgttttgttgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 15868813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 203
Target Start/End: Original strand, 13812865 - 13812913
Alignment:
Q  155 aatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  13812865 aatgatgttgttttgttgttgtgatgaatatgatttacttagatgatta 13812913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 46642860 - 46642773
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 126  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  46642860 tgatttaatttgatgattaa-tgtgagaagatttataaactgtgaaagacgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattatt 46642773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 78 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 19609572 - 19609507
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgtt 143  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | |||||||    
T  19609572 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgtt 19609507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 106
Target Start/End: Original strand, 52873252 - 52873319
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 106  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52873252 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 52873319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 6 - 203
Target Start/End: Original strand, 28194365 - 28194562
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  28194365 cagagaagatgattaggatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaaaatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 28194464  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28194465 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 28194562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 43697578 - 43697381
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  43697578 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaagatctatatagtgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 43697479  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
     ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  43697478 atgttatatatgaagattattattgttggttacttgctgtatatgtttatatgatgctgtcttgctgttgtgataaatatgatttactttgatgatta 43697381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 85 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 49261455 - 49261342
Alignment:
Q  85 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaata 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  49261455 gttgttgatatgaagttgtaattgttatacatgaagattattattgatggttacttgttatatatgtttaaatgatactgtcttgctgtcgtgatgaata 49261356  T
Q  185 tgatttactttgat 198  Q
    ||||||||||||||    
T  49261355 tgatttactttgat 49261342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 85 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 20636964 - 20636851
Alignment:
Q  85 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaata 184  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20636964 gttgttgacatgaagttgtaattgttatacatgaatattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 20636865  T
Q  185 tgatttactttgat 198  Q
    |||||| |||||||    
T  20636864 tgattttctttgat 20636851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 85 - 198
Target Start/End: Original strand, 35981693 - 35981806
Alignment:
Q  85 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaata 184  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35981693 gttgttgatatgaagttgaaattgttgcacatgaagattactaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 35981792  T
Q  185 tgatttactttgat 198  Q
    ||||| ||||||||    
T  35981793 tgattgactttgat 35981806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 28 - 183
Target Start/End: Original strand, 51274290 - 51274445
Alignment:
Q  28 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 127  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  51274290 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattatta 51274389  T
Q  128 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
     ||||||| ||||| || ||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||||    
T  51274390 ttgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgtttttgttttgttgttgtgatgaat 51274445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 141
Target Start/End: Original strand, 12328538 - 12328670
Alignment:
Q  8 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 107  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||   ||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  12328538 gagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatttgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagatgtaatt 12328636  T
Q  108 gttatatatgaagattattaatgatggttacttg 141  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  12328637 gttatatatgatgattattattgatggtgacttg 12328670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 8885555 - 8885452
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  8885555 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgtaatatatga 8885457  T
Q  119 agatt 123  Q
     ||||    
T  8885456 tgatt 8885452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 51326974 - 51326894
Alignment:
Q  47 ttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 127  Q
    |||||||||||||||||| | || ||||   | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  51326974 ttgatgattaaatgtgaacatatttatatattatgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgttgattatta 51326894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 126
Target Start/End: Original strand, 28194544 - 28194631
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 126  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  28194544 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 28194631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 198
Target Start/End: Original strand, 39244030 - 39244071
Alignment:
Q  157 tgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgat 198  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39244030 tgatgttattttgttgttgtgatgaatatgatttactttgat 39244071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 198
Target Start/End: Original strand, 39247585 - 39247626
Alignment:
Q  157 tgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgat 198  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39247585 tgatgttattttgttgttgtgatgaatatgatttactttgat 39247626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 198
Target Start/End: Original strand, 41388135 - 41388176
Alignment:
Q  157 tgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgat 198  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41388135 tgatgttattttgttgttgtgatgaatatgatttactttgat 41388176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 43543136 - 43543069
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 106  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43543136 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 43543069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 106
Target Start/End: Original strand, 46382649 - 46382717
Alignment:
Q  35 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46382649 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatt--gtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 46382717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 146; Significance: 4e-77; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 203
Target Start/End: Original strand, 5889092 - 5889288
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  5889092 cagagaggatgattatgatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 5889191  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5889192 ttgttatacatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtctt-ctgtcgtgatgaatatgatttactttgatgatta 5889288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 12122202 - 12122378
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  12122202 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 12122300  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12122301 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgcggcatatgtttaaatgatgatgtcttgctgttgtgatgaat 12122378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 21555060 - 21555236
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||| || |||||||||    
T  21555060 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttagtttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgacataaagttgtaa 21555158  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21555159 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 21555236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 21557726 - 21557902
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21557726 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttagtttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 21557824  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21557825 ttgttatatatgatgattattattgatagtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttatgatgaat 21557902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 85 - 198
Target Start/End: Original strand, 21741538 - 21741651
Alignment:
Q  85 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaata 184  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  21741538 gttgttgataagaagtttaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgtata 21741637  T
Q  185 tgatttactttgat 198  Q
    ||||| | ||||||    
T  21741638 tgattgaatttgat 21741651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 30615926 - 30615751
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||| || ||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  30615926 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgataatttacttttatgattaaatgtgaaaatat-tatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 30615829  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  30615828 ttgttataattgatgattattaatgatggtgacttgctgcatatgtttaaacgatgatgtcttgctgttgcgatgaat 30615751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 31455862 - 31455686
Alignment:
Q  8 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 107  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   |||||||||||||||||||     
T  31455862 gagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaacgttgatatgaagttgtaatc 31455764  T
Q  108 gttatatatgaa---gattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 182  Q
    |||||| ||||    |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31455763 gttataaatgatattgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 31455686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 31455249 - 31455073
Alignment:
Q  8 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 107  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   |||||||| ||||||||||     
T  31455249 gagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaacgttgatattaagttgtaatc 31455151  T
Q  108 gttatatatgaa---gattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 182  Q
    |||||| ||||    |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31455150 gttataaatgatattgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 31455073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24212526 - 24212382
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24212526 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 24212428  T
Q  119 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 164  Q
     ||||| || ||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||    
T  24212427 tgattaatattgatggtgacttgctgcatatgtctaaatgatgttg 24212382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 36460341 - 36460170
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  36460341 cagagaggatgaacaagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 36460243  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtga 178  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||| || ||||  || |||| ||||||||||| |||||||    
T  36460242 ttgttatatatgatgattattattaatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttgtcttgcggttgtga 36460170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 35852781 - 35852637
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  35852781 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatacga 35852683  T
Q  119 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 164  Q
     |||||||| |||||||  |||| || |||||| |||||| |||||    
T  35852682 tgattattattgatggtggcttgctgcatatgtctaaatggtgttg 35852637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 88 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 17875304 - 17875209
Alignment:
Q  88 gttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  17875304 gttgatatgaagttctaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatattatcttgctgttgtgaagaat 17875209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 155 - 197
Target Start/End: Original strand, 21871627 - 21871669
Alignment:
Q  155 aatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttga 197  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21871627 aatgatgctgtcttgttgttgtgatgaatatgatttactttga 21871669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 155 - 197
Target Start/End: Original strand, 21875907 - 21875949
Alignment:
Q  155 aatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttga 197  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21875907 aatgatgctgtcttgttgttgtgatgaatatgatttactttga 21875949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 180
Target Start/End: Original strand, 5889270 - 5889411
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 137  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  ||||| | |    
T  5889270 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatga 5889368  T
Q  138 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    |||| |||| ||  ||  ||| ||||| ||||||| |||||||    
T  5889369 cttgctgtaaattatttgatggtgttgccttgctgatgtgatg 5889411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 203
Target Start/End: Original strand, 29915150 - 29915186
Alignment:
Q  167 ttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  29915150 ttgctgttgtgatgaatatgatctactttgatgatta 29915186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 6 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 15439457 - 15439318
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15439457 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 15439358  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgt 145  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15439357 ttgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgt 15439318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 30820937 - 30821113
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   ||||||||||||||||||    
T  30820937 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaatacgttgatatgaagttgtaa 30821035  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30821036 ttgttatatatgatgattattattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgttgttgtgatgaat 30821113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 183
Target Start/End: Original strand, 36685934 - 36686107
Alignment:
Q  9 agaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattg 108  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  36685934 agaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgctgatatgaagttttaattg 36686032  T
Q  109 ttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36686033 ttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 36686107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 83 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 17232749 - 17232629
Alignment:
Q  83 aagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 182  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  17232749 aagttgttgatatggagttgcaaatgttacatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgatgtcatgctgttgtgatgaa 17232650  T
Q  183 tatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  17232649 tatgatttactttgatgatta 17232629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 85 - 198
Target Start/End: Original strand, 9389702 - 9389815
Alignment:
Q  85 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaata 184  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9389702 gttgttgatatgaagttgaaattgatatacatgaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 9389801  T
Q  185 tgatttactttgat 198  Q
    ||||| ||||||||    
T  9389802 tgattgactttgat 9389815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 39 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 38480376 - 38480232
Alignment:
Q  39 gatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttac 138  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  38480376 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 38480277  T
Q  139 ttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480276 ttgctgcatatatttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 38480232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 6 - 180
Target Start/End: Original strand, 37727607 - 37727781
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37727607 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgctttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgtagatatgaagttgtaa 37727706  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    | ||| ||| ||| |||||||  ||||| | ||||| |||| ||  ||  ||| ||||| ||||||| |||||||    
T  37727707 tggttgtatttgatgattattgttgatgttgacttgctgtaaattatttgatggtgttgccttgctgatgtgatg 37727781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 6 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 11092908 - 11092751
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  11092908 cagagagtgtgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaaattgtaa 11092810  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 164  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  11092809 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgttgcatacgtttaaatggtgttg 11092751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 8468548 - 8468435
Alignment:
Q  83 aagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 182  Q
    |||||||||||||| ||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  8468548 aagttgttgatatggagttgcagatgttacatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatga-------ttgctgttgtgatgaa 8468456  T
Q  183 tatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  8468455 tatgatttactttgatgatta 8468435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 6 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 11085170 - 11085013
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  11085170 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaactatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 11085072  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 164  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||| | ||||||| |||||    
T  11085071 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatacgattaaatggtgttg 11085013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 164
Target Start/End: Original strand, 9320423 - 9320567
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9320423 taagatgatt-aatattgatgatttattttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatga 9320521  T
Q  119 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 164  Q
     |||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||    
T  9320522 tgattattattgatggtgacttgttgcatatgtctaaatggtgttg 9320567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 15213869 - 15213699
Alignment:
Q  7 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 106  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||   |||||||||| |||||||    
T  15213869 agagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacattgatatgaaattgtaat 15213771  T
Q  107 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtga 178  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| ||||| |||||||    
T  15213770 tgttatatatgatgattattattgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttgccttgcggttgtga 15213699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 8468453 - 8468312
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 137  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||  ||||| | |    
T  8468453 tgatttactttgatgattaa-tgtgataatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttga 8468355  T
Q  138 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    |||| |||| ||  || |||| ||||| ||||||| |||||||    
T  8468354 cttgctgtaaattatttaatggtgttgccttgctgatgtgatg 8468312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 12371526 - 12371425
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtg 177  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||||| |||    
T  12371526 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttgccttgctgtcgtg 12371427  T
Q  178 at 179  Q
    ||    
T  12371426 at 12371425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 180
Target Start/End: Original strand, 45847732 - 45847876
Alignment:
Q  35 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatgg 134  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||  |||||     
T  45847732 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgt 45847830  T
Q  135 ttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    | ||||| |||| ||  ||  ||| ||||| ||||||| |||||||    
T  45847831 tgacttgctgtaaattatttgatggtgttgccttgctgatgtgatg 45847876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 180
Target Start/End: Original strand, 14270139 - 14270280
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 137  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||  ||||| | |    
T  14270139 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttga 14270237  T
Q  138 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    |||| |||| ||  ||  ||| ||||| ||||||| |||||||    
T  14270238 cttgctgtaaattatttgatggtgttgccttgctgatgtgatg 14270280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 78 - 179
Target Start/End: Original strand, 13148276 - 13148377
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtg 177  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||| |||    
T  13148276 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattagatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgtg 13148375  T
Q  178 at 179  Q
    ||    
T  13148376 at 13148377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 11066716 - 11066680
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  11066716 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatagttatat 11066680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 18302207 - 18302175
Alignment:
Q  171 tgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18302207 tgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 18302175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 31224635 - 31224811
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  31224635 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 31224733  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31224734 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 31224811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 15447681 - 15447854
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  15447681 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatattcatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 15447779  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    |||||||||||   |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15447780 ttgttatatat---gattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 15447854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 6 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 12269773 - 12269590
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||  ||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||     
T  12269773 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgtttaaagttgatgattaa-tga-aaaagatttatatattgtgaaagttgttgatatgaagttgtat 12269676  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgattta 191  Q
    || ||| ||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  12269675 tttttacatatgaagaatattatcggtggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgccttgctgttgtcatgaatatgattta 12269590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 88 - 203
Target Start/End: Original strand, 18439845 - 18439960
Alignment:
Q  88 gttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatga 187  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18439845 gttgatatgtagttgcaaatgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatga 18439944  T
Q  188 tttactttgataatta 203  Q
    ||||||||||| ||||    
T  18439945 tttactttgatgatta 18439960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 39 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 31415543 - 31415399
Alignment:
Q  39 gatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttac 138  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  31415543 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 31415444  T
Q  139 ttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31415443 ttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 31415399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 126
Target Start/End: Original strand, 1988912 - 1989032
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1988912 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgattcacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 1989011  T
Q  106 ttgttatatatgaagattatt 126  Q
    | ||| ||| ||| |||||||    
T  1989012 tggttgtatttgatgattatt 1989032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 85 - 198
Target Start/End: Original strand, 1465416 - 1465529
Alignment:
Q  85 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaata 184  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  1465416 gttgttgatatgaagttgaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgctctatatgtttaaatgatgttgtcttgctgccgtgatgaata 1465515  T
Q  185 tgatttactttgat 198  Q
    ||||| ||||||||    
T  1465516 tgattgactttgat 1465529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 85 - 189
Target Start/End: Original strand, 49389636 - 49389740
Alignment:
Q  85 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaata 184  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49389636 gttgttggtatgaagttgaaattgttatacatgaagatcattattaatgggtacttattgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 49389735  T
Q  185 tgatt 189  Q
    |||||    
T  49389736 tgatt 49389740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 11913092 - 11912921
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  11913092 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 11912994  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtga 178  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| ||||| |||||||    
T  11912993 ttgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcatattatttaatggtgttgccttgcggttgtga 11912921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 28 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 6808287 - 6808175
Alignment:
Q  28 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 127  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  6808287 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatataatgattatta 6808188  T
Q  128 atgatggttactt 140  Q
     ||||||| ||||    
T  6808187 ttgatggtgactt 6808175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 140 - 197
Target Start/End: Original strand, 20630147 - 20630204
Alignment:
Q  140 tgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttga 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20630147 tgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtaatgaatatgatttactttga 20630204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 180
Target Start/End: Original strand, 49389740 - 49389906
Alignment:
Q  15 tgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatcta--tactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttat 112  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| || ||  ||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49389740 tgactaagatgaattaatattgttgtttaaagttgatgattaaatgtgaaaatatttagatatattgtgaa-gttgttgatatgaagttgtaattgttat 49389838  T
Q  113 atatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    || ||| |||||||  ||||| | ||||| |||| ||  ||  ||| ||||| ||||||| |||||||    
T  49389839 atttgatgattattgttgatgttgacttgctgtaaattatttgatggtgttgccttgctgatgtgatg 49389906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 38 - 180
Target Start/End: Original strand, 49969964 - 49970106
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 137  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||  ||||| | |    
T  49969964 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattattgttgatgttga 49970063  T
Q  138 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    |||| || ||||  || |||| |  || |||||||||||||||    
T  49970064 cttgctgcatattatttaatggtactgccttgctgttgtgatg 49970106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 203
Target Start/End: Original strand, 49969934 - 49969982
Alignment:
Q  155 aatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49969934 aatgatgttgtcttcctgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 49969982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 126
Target Start/End: Original strand, 18439942 - 18440029
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 126  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  18439942 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatctatatattgtgaaagatgatgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 18440029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 155 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 14665670 - 14665631
Alignment:
Q  155 aatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactt 194  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14665670 aatgatgttgttttgttgttgtgatgaatatgatttactt 14665631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 198
Target Start/End: Original strand, 4107286 - 4107327
Alignment:
Q  157 tgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgat 198  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4107286 tgatgttattttgttgttgtgatgaatatgatttactttgat 4107327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 198
Target Start/End: Original strand, 4111138 - 4111179
Alignment:
Q  157 tgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgat 198  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4111138 tgatgttattttgttgttgtgatgaatatgatttactttgat 4111179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 198
Target Start/End: Original strand, 16750477 - 16750518
Alignment:
Q  157 tgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgat 198  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16750477 tgatgttattttgttgttgtgatgaatatgatttactttgat 16750518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 78 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 40807244 - 40807143
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtg 177  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||| |||    
T  40807244 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgtg 40807145  T
Q  178 at 179  Q
    ||    
T  40807144 at 40807143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 203
Target Start/End: Original strand, 12852440 - 12852472
Alignment:
Q  171 tgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12852440 tgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 12852472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 40812086 - 40812050
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  40812086 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 40812050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0071 (Bit Score: 106; Significance: 3e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0071
Description:

Target: scaffold0071; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 14511 - 14335
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  14511 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatattcatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 14413  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14412 ttgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 14335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 105; Significance: 1e-52; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 7 - 183
Target Start/End: Original strand, 24865452 - 24865627
Alignment:
Q  7 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 106  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24865452 agagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 24865550  T
Q  107 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24865551 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctattgtgatgaat 24865627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 22501147 - 22500984
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22501147 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataaga 22501049  T
Q  119 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
     ||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  22501048 tgattaatattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgctgtcttgctattgtgatgaat 22500984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 22509081 - 22508918
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22509081 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataaga 22508983  T
Q  119 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
     ||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  22508982 tgattaatattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgctgtcttgctattgtgatgaat 22508918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 183
Target Start/End: Original strand, 7672240 - 7672409
Alignment:
Q  7 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 106  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||      |    
T  7672240 agagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaag------t 7672332  T
Q  107 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7672333 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatacgtttaaatgatgctgtcttgctgttgtgatgaat 7672409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 8 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 6576543 - 6576372
Alignment:
Q  8 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 107  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  6576543 gagagtatgaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaaagtgaaaaaatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatg 6576445  T
Q  108 gttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    ||||||| ||| |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||| ||||||||    
T  6576444 gttatatttgatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctattgtgatg 6576372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 6 - 123
Target Start/End: Original strand, 2524410 - 2524526
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||||||| || ||||||    
T  2524410 cagagagtatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatcaaattgtaa 2524508  T
Q  106 ttgttatatatgaagatt 123  Q
    |||||| |||||| ||||    
T  2524509 ttgttacatatgatgatt 2524526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 179
Target Start/End: Original strand, 24781644 - 24781745
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtg 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || ||||||| || |||| ||| |||    
T  24781644 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatgatgctgccttgatgtcgtg 24781743  T
Q  178 at 179  Q
    ||    
T  24781744 at 24781745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 77 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 22501184 - 22501128
Alignment:
Q  77 atgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatg 133  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||    
T  22501184 atgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattaatattgatg 22501128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 77 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 22509118 - 22509062
Alignment:
Q  77 atgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatg 133  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||    
T  22509118 atgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattaatattgatg 22509062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 24436328 - 24436258
Alignment:
Q  40 atttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgtta 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  24436328 atttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaaattgtaatggtta 24436258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 24883701 - 24883665
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  24883701 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 24883665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 7e-51; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 21579887 - 21580063
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21579887 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 21579985  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21579986 ttgttatatatgataattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 21580063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 39834029 - 39833869
Alignment:
Q  22 gatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttg-taattgttatatatgaag 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  39834029 gatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataacgtgaatgttgttgatatgaagttgcaaatggttatatatgaag 39833930  T
Q  121 attattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatg-ttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  39833929 attattattgatggttactcgctgtatatgtttaaatgatgattgccttgctgatgtgatg 39833869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 29763549 - 29763724
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  29763549 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 29763647  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||||||| ||||||||  |||||| | ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29763648 ttgttatatatgatgattattatcgatggtga-ttgctgcatatgtttaaatgatgatgtcttgctgttgtgatgaat 29763724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 38 - 183
Target Start/End: Original strand, 41680834 - 41680979
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 137  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |    
T  41680834 tgatttatattgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatattgatatcaaattgtaattgttatatatgatgattattattgatggtga 41680933  T
Q  138 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    |||| || ||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  41680934 cttgctgcatatgtttaaatggtgatgtcttgttgttgtgatgaat 41680979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Original strand, 42560208 - 42560379
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   ||||||||||| ||||||    
T  42560208 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaatacgttgatatgaaattgtaa 42560306  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtga 178  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||  ||||| |||||||    
T  42560307 ttgttatatatgatgattattattgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttaccttgcggttgtga 42560379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 47 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 32807396 - 32807279
Alignment:
Q  47 ttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgta 146  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |    
T  32807396 ttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgca 32807297  T
Q  147 tatgtttaaatgatgttg 164  Q
    ||||| |||||| |||||    
T  32807296 tatgtctaaatggtgttg 32807279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 6 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 18760706 - 18760533
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||| ||||   |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  18760706 cagagagtatgaataagatgatt-aatattgtgggtttaagtagatgattaaatgtgaaaagatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttataa 18760608  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    | ||||||| ||| |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||| ||||||||    
T  18760607 tggttatatttgatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgatgccttgctattgtgatg 18760533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 180
Target Start/End: Original strand, 38550083 - 38550227
Alignment:
Q  35 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatgg 134  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||  |||||     
T  38550083 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgt 38550181  T
Q  135 ttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    | ||||| |||| ||  ||  ||| ||||||||||||| |||||||    
T  38550182 tgacttgctgtaaattatttgatggtgttgtcttgctgatgtgatg 38550227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 22965807 - 22965744
Alignment:
Q  120 gattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    |||||||| ||||||| | ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  22965807 gattattattgatggtgatttgatgcatatgtttaaatggtgttgtcttgctgttatgatgaat 22965744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 180
Target Start/End: Original strand, 27472388 - 27472532
Alignment:
Q  35 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatgg 134  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||  |||||     
T  27472388 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgt 27472486  T
Q  135 ttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatg 180  Q
    | ||||| |||| ||  ||  ||| ||||| ||||||| |||||||    
T  27472487 tgacttgctgtaaattatttgatggtgttgccttgctgatgtgatg 27472532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 3273310 - 3273212
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||| || | |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||   |||||||  ||||| |||||||||||||    
T  3273310 cagagagtatgaataagatgatt-aatgttatggatttaagttgatgattaaatgtg-aaagatttatatattgtgaaaaatgttggtatgaagttgtaa 3273213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 19140013 - 19139977
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  19140013 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 19139977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Original strand, 39936814 - 39936850
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  39936814 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 39936850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1351 (Bit Score: 97; Significance: 7e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold1351
Description:

Target: scaffold1351; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 7 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 1736 - 1561
Alignment:
Q  7 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 106  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  1736 agagaggattaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 1638  T
Q  107 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1637 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgttgttgtgatgaat 1561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 83 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 85376 - 85256
Alignment:
Q  83 aagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 182  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  85376 aagttgttgatatggagttgcaaatgttatatatgaagattattattgatggttacttgatgtatatgtttaaatgaagttgtcttgctgttgtgatgaa 85277  T
Q  183 tatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  85276 tatgatttactttgatgatta 85256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 85274 - 85187
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 126  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  85274 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatagttgtatttgatgattatt 85187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0737 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0737
Description:

Target: scaffold0737; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 6359 - 6535
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  6359 cagagaggatgaataagatgatt-aataataatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 6457  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  6458 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatggtgttgtcttgctattgtgatgaat 6535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1137 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold1137
Description:

Target: scaffold1137; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 87 - 198
Target Start/End: Original strand, 2299 - 2410
Alignment:
Q  87 tgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatg 186  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  2299 tgttgatatgaagttgaaattgttgtacatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgtcttgctgtcgtgatgaatatg 2398  T
Q  187 atttactttgat 198  Q
    ||| ||||||||    
T  2399 attgactttgat 2410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 77; Significance: 6e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 11053 - 10890
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 118  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  11053 taagatgatt-aatgttgatgatttactatgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaatttttaattgttatatatga 10955  T
Q  119 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
     |||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10954 tgattattattgattgtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttttgatgaat 10890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0815 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0815
Description:

Target: scaffold0815; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 51 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 611 - 479
Alignment:
Q  51 tgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatg 150  Q
    |||||||||| ||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||    
T  611 tgattaaatgagaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattataattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatg 512  T
Q  151 tttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 183  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  511 ttaaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0810 (Bit Score: 65; Significance: 9e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0810
Description:

Target: scaffold0810; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 3136 - 3068
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctata 74  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3136 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctata 3068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0810; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 3032 - 2984
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 126  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  3032 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 2984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599 (Bit Score: 65; Significance: 9e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0599
Description:

Target: scaffold0599; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 4786 - 4615
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  4786 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 4688  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtga 178  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| ||||| |||||||    
T  4687 ttgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcatattatttaatggtgttgccttgcggttgtga 4615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 368 - 197
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 105  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  368 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattatatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 270  T
Q  106 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtga 178  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| ||||| |||||||    
T  269 ttgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcatattatttaatggtgttgccttgcggttgtga 197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0080 (Bit Score: 58; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0080
Description:

Target: scaffold0080; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 179
Target Start/End: Original strand, 59295 - 59458
Alignment:
Q  14 atgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttata 113  Q
    |||| |||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  59295 atgaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaattgttata 59392  T
Q  114 tatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgat 179  Q
    |  || |||||||  ||||| | ||||| || |||| ||| |||| ||||| |||||||| |||||    
T  59393 ttggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattttttaatggtgttgccttgctgtcgtgat 59458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 44; Significance: 3e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 114
Target Start/End: Original strand, 15421 - 15515
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||   |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  15421 taagatgatt-aatgttgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaatgttgatatgaagttgcgattgttatat 15515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 114
Target Start/End: Original strand, 24479 - 24573
Alignment:
Q  19 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||   |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  24479 taagatgatt-aatgttgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaatgttgatatgaagttgcgattgttatat 24573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0371 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0371
Description:

Target: scaffold0371; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 3234 - 3128
Alignment:
Q  6 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactat-gtgaaagttgttgatatgaagttgta 104  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  3234 cagagagtatgaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtg-aaagatttata-tatcgtgaaaaatgttgatatgaagttgta 3138  T
Q  105 attgttatat 114  Q
    || |||||||    
T  3137 atggttatat 3128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0802 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0802
Description:

Target: scaffold0802; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 28 - 179
Target Start/End: Original strand, 5459 - 5609
Alignment:
Q  28 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 127  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||  || |||||||     
T  5459 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtg-aaagatttatatattgtgaaaggtgttgatatgaagttgtaatgtttatattggatgattattg 5557  T
Q  128 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgat 179  Q
     ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||| |||||    
T  5558 ttgatgttaacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgtgat 5609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0335 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0335
Description:

Target: scaffold0335; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 954 - 869
Alignment:
Q  28 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  |||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  954 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gattaatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0434 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0434
Description:

Target: scaffold0434; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 38 - 126
Target Start/End: Original strand, 6771 - 6859
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 126  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||  |||||| ||| |||||||    
T  6771 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatggagttgtaatgattatatttgatgattatt 6859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 77038 - 76954
Alignment:
Q  28 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||  || ||||   |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  77038 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa--atttatatattgtgaaagatgtggatatgaagttgtaatggttatat 76954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0100 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0100
Description:

Target: scaffold0100; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 114
Target Start/End: Original strand, 36143 - 36218
Alignment:
Q  38 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  36143 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 36218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 203
Target Start/End: Original strand, 8350 - 8398
Alignment:
Q  155 aatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8350 aatgatgctgtcttgttgtcgtgatgaatatgatttactttgatgatta 8398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0221 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0221
Description:

Target: scaffold0221; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 155 - 194
Target Start/End: Original strand, 12864 - 12903
Alignment:
Q  155 aatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactt 194  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12864 aatgatgttgttttgttgttgtgatgaatatgatttactt 12903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 78 - 179
Target Start/End: Original strand, 10030 - 10131
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtg 177  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||| |||    
T  10030 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgtg 10129  T
Q  178 at 179  Q
    ||    
T  10130 at 10131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0384 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0384
Description:

Target: scaffold0384; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Original strand, 8190 - 8226
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  8190 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 8226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0375 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0375
Description:

Target: scaffold0375; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 114
Target Start/End: Original strand, 9106 - 9142
Alignment:
Q  78 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  9106 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 9142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0192 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0192
Description:

Target: scaffold0192; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 9908 - 9876
Alignment:
Q  171 tgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9908 tgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 9876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0142 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0142
Description:

Target: scaffold0142; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 203
Target Start/End: Original strand, 7720 - 7752
Alignment:
Q  171 tgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7720 tgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 7752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 203
Target Start/End: Original strand, 24726 - 24758
Alignment:
Q  171 tgttgtgatgaatatgatttactttgataatta 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24726 tgttgtgatgaatatgatttactttgatgatta 24758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4964 times since January 2019
Visitors: 4844