View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0763-Insertion-1 (Length: 647)

Name: NF0763-Insertion-1
Description: NF0763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0763-Insertion-1
NF0763-Insertion-1
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (6-647)||(9359142-9359785)
chr7 (185-588)||(3963449-3963852)
chr7 (175-581)||(24268883-24269286)
chr7 (185-433)||(33337252-33337500)
chr7 (22-178)||(3964659-3964815)
chr7 (474-588)||(30465535-30465652)
chr7 (193-325)||(48344831-48344963)
chr7 (477-588)||(35826480-35826592)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (175-645)||(43019454-43019923)
chr3 (175-647)||(51192969-51193440)
chr3 (175-532)||(21688384-21688741)
chr3 (6-176)||(21687419-21687589)
chr3 (296-384)||(13437828-13437916)
chr3 (56-178)||(51194237-51194359)
chr3 (452-588)||(13441023-13441159)
[»] scaffold0011 (2 HSPs)
scaffold0011 (175-647)||(55043-55514)
scaffold0011 (6-176)||(54074-54244)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (175-647)||(32283862-32284333)
chr8 (252-588)||(32576686-32577022)
chr8 (6-178)||(32285130-32285302)
chr8 (193-394)||(14221086-14221287)
chr8 (91-176)||(26705937-26706022)
chr8 (148-178)||(10997777-10997807)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (175-588)||(27453636-27454049)
chr5 (185-588)||(9610657-9611060)
chr5 (22-178)||(9611867-9612023)
chr5 (261-364)||(23030257-23030360)
chr5 (453-588)||(30797953-30798088)
chr5 (507-588)||(29243262-29243343)
chr5 (6-148)||(27454843-27454985)
chr5 (40-117)||(27054684-27054761)
chr5 (611-647)||(27453572-27453608)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (175-587)||(7437443-7437855)
chr6 (175-531)||(7606764-7607120)
chr6 (185-588)||(32956019-32956422)
chr6 (6-178)||(7605796-7605968)
chr6 (22-178)||(32955056-32955212)
chr6 (520-588)||(7607138-7607206)
chr6 (610-647)||(7436631-7436668)
chr6 (146-178)||(14777334-14777366)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (175-647)||(23770872-23771344)
chr2 (175-382)||(10211855-10212062)
chr2 (18-178)||(10210909-10211069)
chr2 (375-588)||(10212586-10212799)
chr2 (6-178)||(23772186-23772357)
chr2 (193-384)||(27176320-27176511)
chr2 (239-384)||(40075352-40075497)
chr2 (193-349)||(35209061-35209216)
chr2 (521-588)||(27176648-27176715)
[»] scaffold0004 (3 HSPs)
scaffold0004 (175-588)||(215034-215447)
scaffold0004 (6-178)||(214065-214237)
scaffold0004 (601-647)||(215461-215507)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (175-588)||(54551179-54551592)
chr4 (242-588)||(26007225-26007571)
chr4 (175-588)||(48445238-48445640)
chr4 (175-588)||(26430348-26430761)
chr4 (22-178)||(26431558-26431714)
chr4 (6-178)||(48444269-48444441)
chr4 (507-580)||(22360392-22360465)
chr4 (6-130)||(2542261-2542385)
chr4 (197-326)||(29510316-29510445)
chr4 (179-222)||(26007571-26007614)
chr4 (609-647)||(26007159-26007197)
chr4 (130-174)||(29508116-29508160)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (185-588)||(46091697-46092100)
chr1 (6-178)||(46092881-46093053)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (185-588)||(185721-186124)
[»] scaffold0577 (2 HSPs)
scaffold0577 (185-582)||(3360-3757)
scaffold0577 (80-178)||(4554-4652)
[»] scaffold0607 (1 HSPs)
scaffold0607 (219-588)||(4286-4655)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (191-429)||(18155-18393)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 647
Target Start/End: Original strand, 9359142 - 9359785
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9359142 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatgcaata 9359241  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgggaacacctttcagttcctaaggtgttt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9359242 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaaaagtggagatgttgcacttaagttgggaacacctttcagttcctaaggtgttt 9359341  T
Q  206 ggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtctctgatcactcgtt 305  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9359342 ggaggtatggattttaagggtcttaaggctttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtctctgatcactcgtt 9359441  T
Q  306 tactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtagcatatggagtgccaaagacgt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9359442 tactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtagcatatggagtgccaaagacgt 9359541  T
Q  406 gattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgctgcacgaattttaccgtctacc 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9359542 gattcgccgtggttttcagtggagtataggcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgctgcacgaattttaccgtctacc 9359641  T
Q  506 aatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaaa--nnnnnnnnnngaca 603  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||    
T  9359642 catcatcatttggagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaaattatttttttttgaca 9359741  T
Q  604 atgcaactgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9359742 atgcaactgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 9359785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 185 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 3963852 - 3963449
Alignment:
Q  185 ctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctc 284  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||   |||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3963852 ctttcagttccaaaggtatatggaggtatgggagttaagggccttaaggcctttaatatggctatggttggtaagcaggcttggaagttggtttcttctc 3963753  T
Q  285 cagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3963752 cagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagcaagcattggccataatcctagttatgtttggcgtag 3963653  T
Q  385 catatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgct 484  Q
     || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||   || ||||| |||||||| ||||| || ||  ||||||||| |    
T  3963652 tatttggagtgctaaagatgtgattcggcgtggttttcagtggagtataggtacaggtgaacacataccagtttgagatcatccctggatcagtaatgtt 3963553  T
Q  485 gcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaa 584  Q
    |||||||||||||| || ||  ||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  3963552 gcacgaattttaccttcaactcatcatcaattggagtggccttccatcactgtttctgacttgttgattacaccccagaaacagtggaatatggagctca 3963453  T
Q  585 ttaa 588  Q
    ||||    
T  3963452 ttaa 3963449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 175 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 24269286 - 24268883
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  24269286 ttggggacgcctttcagttcctaaggtgtttggatgaatgggttttaagggcctcaaggcattcaatatggctatggttggcaagtaggcttggaagttg 24269187  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  24269186 gtttcttctccaaagtctctaatcactcgtttactcaaagataaatattttcctcgaagtgattattttggagctagaataggccataatcctagttatg 24269087  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||   |||||||||||||||| | |||   || || || ||| ||||| |||| ||||| ||    
T  24269086 tttggcgtagtatttggagtgcaaaagatgtgattcgtcgcaattttcagtggagtataggaacatgtgaacatataccaatttggaatcatccatggct 24268987  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||||   | |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  24268986 cagtaatgttgcacaaattgtaccgtct---agtcatcatttagagtggccacatatcactatttctgacttgttggttacatctcaaaaacaatggaat 24268890  T
Q  575 atggagc 581  Q
    |||||||    
T  24268889 atggagc 24268883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 185 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 33337500 - 33337252
Alignment:
Q  185 ctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctc 284  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||||  | || |||||||| |||||||| |||| |  |||||||||||||||| |||    
T  33337500 ctttccgttcctaagatgtttggtggaatgggttttaagggccttaaagcatttaatatggcgatggttggcaagcggatttggaagttggtttctactc 33337401  T
Q  285 cagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
    |||| ||| | ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| | |||| || ||||||||| | | | || |||||| | | |||| |||||||||    
T  33337400 cagaatctataatcactcatttactcaaagttaaatactttcctcaaggtgattactttggagcttgtacaagctataatcatagctatggttggcgtag 33337301  T
Q  385 catatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtata 433  Q
     || |||||||  ||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  33337300 tatttggagtgtgaaagatgtgattcaccttggttttcaatggagtata 33337252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 3964815 - 3964659
Alignment:
Q  22 aggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaatagtggctattgaaattg 121  Q
    ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |  | || |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  3964815 aggctcaaacaggtactagataaatgtatctctattaatcagtcagcttttgtaccaggtcgatctatcttagacaatgcaatggtggctattgaaattg 3964716  T
Q  122 tacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    | |||||||||||||| ||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3964715 ttcactatatgaaggctaaggcaaaaggtaagagtgaagatgttgcacttaagttgg 3964659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 474 - 588
Target Start/End: Original strand, 30465535 - 30465652
Alignment:
Q  474 tcagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaa---tg 570  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| || ||  ||||||| || ||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||   ||    
T  30465535 tcagtaatattgcacgaattttaccttcaacttatcatcacttggagtggccattcatcaccgtttctgacttgttgattacaccccagaaacaacagtg 30465634  T
Q  571 gaatatggagctaattaa 588  Q
    |||||||||||| |||||    
T  30465635 gaatatggagctcattaa 30465652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 325
Target Start/End: Original strand, 48344831 - 48344963
Alignment:
Q  193 tcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtct 292  Q
    ||||||||||||||| || |||  ||||||| |   |||| |||| ||  ||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||  | || |||||    
T  48344831 tcctaaggtgtttggtggaatgagttttaagagttgtaaggcttttaacgtggatatggttggcatgcaggcttgcaagttggtttctaattcaaagtct 48344930  T
Q  293 ctgatcactcgtttactcaaagctaaatatttt 325  Q
    || || ||  |||||||||||||||||||||||    
T  48344931 ctaattacctgtttactcaaagctaaatatttt 48344963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 477 - 588
Target Start/End: Original strand, 35826480 - 35826592
Alignment:
Q  477 gtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgttt-ctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaata 575  Q
    |||||| |||||  ||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||    ||||||| ||| | ||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  35826480 gtaatgttgcacacatttttccgactactaatcaacatttggagtggctgcatatcactattttcagacttgttggttacacctcataagcaatggaata 35826579  T
Q  576 tggagctaattaa 588  Q
     || |||||||||    
T  35826580 aggggctaattaa 35826592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 175 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 43019923 - 43019454
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | |     
T  43019923 ttgggaacgcctctcagttcctaaggtgtttggaggtatgggttttaagggccttaaagctttcagtatggctatggttggcaagcaggcttggaggcta 43019824  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43019823 gtttcttctccagagtctctaatcactcgtttattcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatcctagttatg 43019724  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   || |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  43019723 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgtcgtggttttcagtggagtataggcacaggggaacacatttcagtttgggatcacccatggct 43019624  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43019623 tagtaatgctgcacgaattttacagtctcctcatcatcatttggagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 43019524  T
Q  575 atggagctaattaaannnnnnnnnngacaatgcaactgctagaaatatttttaataccccgttattccctt 645  Q
    |||||| ||||| ||          |||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||    
T  43019523 atggagttaatt-aatgctctttttgacaatgctactgctaagaatatttttaatactccgttattccctt 43019454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 175 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 51193440 - 51192969
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  51193440 ttgggaacgcctttcagttcctaaggtgtttggaggtatgggttttaagggccttaaggctttcaatatggctatggttggcaagcaggcttggaagttg 51193341  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51193340 gtttcttctccaaagtctttaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatcctagttatg 51193241  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |  ||| |||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  51193240 tttggcgtagcatatggagtgccaaatatgtgattcgccgtggttttcagtggagcataggcataggagaacacatttcagtttgggagcacccatggct 51193141  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    ||| |||||  |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  51193140 caggaatgcaacacgaattttaccgtctactcatcatcatttggagtggccatctattaccgtttctaatttgttggttacacaccaaaaacaatggaat 51193041  T
Q  575 atggagctaattaaannnnnnnnnngacaatgcaactgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 647  Q
    |||||||||||| ||          |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  51193040 atggagctaatt-aatgttttttttgacagtgctactgctagaaatatttttaatactccactattcccttcg 51192969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 175 - 532
Target Start/End: Original strand, 21688384 - 21688741
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21688384 ttgggaacgcctttcagttcctaaggtgtttggaggtatgggttttaagggccttgaggctttcaatatggctatggttggcaagcaggcttggaagttg 21688483  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||| ||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21688484 gtttcttcaccagagtccataatcactcgtttacccaaagctaaatattttcctcgaagtgattattttggagctagcataggccataatcctagttatg 21688583  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21688584 tatggcatagtatatggagtgccaaagatgtgattcgccgtggttttcagtggagtattggcacaggagaacacattccagtttgggatcacccatgact 21688683  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatc 532  Q
    ||||||||||||  || || |||||| |||  |||| || || ||||||||| |||||    
T  21688684 cagtaatgctgccagacttataccgtatactcatcaacacttggagtggccagctatc 21688741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 176
Target Start/End: Original strand, 21687419 - 21687589
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||   ||| || |||||| ||||| ||||     
T  21687419 caaggtgcttgctaataggctcaagcaggtgcttgataagcgtatttttattaatcagacaacttttgtccctgaaagatctatcttaaataatgcaatg 21687518  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagtt 176  Q
    ||||  ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  21687519 gtggtcattgaaattgttcactatatgatggctaaaactaaatggaagagtggagatgttgcacttaagtt 21687589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 296 - 384
Target Start/End: Original strand, 13437828 - 13437916
Alignment:
Q  296 atcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  13437828 atcactcgtttactcaaagctaaatatttttctcgaagtgattattttagagctagtataggccataaccctagttatgtttggtgtag 13437916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 56 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 51194359 - 51194237
Alignment:
Q  56 ttaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaatagtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagag 155  Q
    ||||||||||| |||||||||||    | ||||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  51194359 ttaatcagtcagcttttgtcccagatcgatccattttagacaatgccatggtggctattgaaattgttcattatatgaaggcaaaggctaaaggaaagag 51194260  T
Q  156 tggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  51194259 tggggatgttgcacttaagttgg 51194237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 452 - 588
Target Start/End: Original strand, 13441023 - 13441159
Alignment:
Q  452 ccagtttgggatcacccatgactcagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttgg 551  Q
    ||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||| | | ||||||  |||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||| ||||    
T  13441023 ccagtttggaatcatccatggctcagtaatgttgcacgaattgtcctgtctactcatcatcatttggagtggccacatatcactgtttttgactttttgg 13441122  T
Q  552 ttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaa 588  Q
     |||| |  ||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  13441123 ctacatctaaaaaacattggaatatagagctacttaa 13441159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 2)
Name: scaffold0011
Description:

Target: scaffold0011; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 175 - 647
Target Start/End: Original strand, 55043 - 55514
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  55043 ttgggaacgcctttcagttcctaaggtgtttggaggtatcggttttaagggccttaaggctttcaatatggctatggttggaaagcaggcttggaagttg 55142  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55143 gtttcttctccagaatctctaatccctcgtttactcaaagctaaatattttccttgaagtgactattttggagctagcataggccataatcctagttatg 55242  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||| |     
T  55243 tttggcgttgcatatggagtgccaaagatgtgattcgtcgtggttttcagtggagtataggcacaagagaacatattccagtttgggatcagccatggcc 55342  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    || ||||| ||||||||||| || ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  55343 caataatgatgcacgaatttaactgtctactcatcatcatttggagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccgcaaaaacaatggaat 55442  T
Q  575 atggagctaattaaannnnnnnnnngacaatgcaactgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 647  Q
    |||||||||||| ||          || ||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  55443 atggagctaatt-aatgctttttttgataatgatactgctagaaatatttttaatactctgttattcccttcg 55514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 176
Target Start/End: Original strand, 54074 - 54244
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    |||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |  | ||||| ||||| ||| | ||     
T  54074 caaggttcttgctaataggctcaaacaggtgcttgataaatgtgtttctattaatcagtaagcttttgtcccaggtcgatccattttagacaattccatg 54173  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagtt 176  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  54174 gtggctattgaaattgttcactatatgaaggcaaagtttaaaggaaagagtggggatgttgcactgaagtt 54244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 175 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 32284333 - 32283862
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32284333 ttgggaacgcctttcagttcctaaggtgtttggaggtatgagttttaagggccttaaggctttcaatatggctatggttggcaagcaggcttggaagttg 32284234  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32284233 gtttcttctccagagtctttaatcactcgtttattcaaagctaaatattttcctcaaagtgactattttggagctagcataggccataatcctagttatg 32284134  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32284133 tttggcgtagcatatggactgccaaagacgtgattcgacgtggttttcagtggagtataggcacaggagaacacattccagtttgggatcacccatggct 32284034  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  32284033 cagtaatgcaacacgaattttaccgtatactcatcatcatttggagtgtccatctattactgtttctgatttgttggttacacaccaaaaataatggaat 32283934  T
Q  575 atggagctaattaaannnnnnnnnngacaatgcaactgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 647  Q
    |||||| ||||| ||          |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  32283933 atggagataatt-aatgttttttttgacaatgctactgctagaaatatttttaatactccactattcccttcg 32283862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 252 - 588
Target Start/End: Original strand, 32576686 - 32577022
Alignment:
Q  252 ttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctag 351  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  32576686 ttggtaagcaggtttggaagttggtttcttctccagagtctctaatcactcgtttactcaaagttaaatatttttctcgtagtgactattttggagctag 32576785  T
Q  352 cataggccataatccttgttatgtttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacatt 451  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||   || |||||     
T  32576786 cattggccataatcctagttatgtttggcgtagtatttggagtgctaaagatgtgattcggcgtggttttcagtggagtataggtacaggcgaacacata 32576885  T
Q  452 ccagtttgggatcacccatgactcagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttgg 551  Q
    |||||||||||||| || ||  ||||||||| ||||||||||||||| || ||  ||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||     
T  32576886 ccagtttgggatcatccttggatcagtaatgttgcacgaattttaccttcaactcatcatcaattggagtggccttccatcactgtttctgacttgttga 32576985  T
Q  552 ttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaa 588  Q
    |||||||| | ||||| |||||| ||||||| |||||    
T  32576986 ttacacccgagaaacagtggaatgtggagctcattaa 32577022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 32285302 - 32285130
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    ||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| | |  | ||||| ||||| ||| | ||     
T  32285302 caaggtgcttgctaataggctcaaaaaggtgctcgataaatgcatttctattaatcagtcagcttttgtcctaggttgatccattttagacaatgccatg 32285203  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32285202 gtggctattgaaattgttcattatatgaaggcaaaggctaaaggaaagagtggggatgttgcacttaagttgg 32285130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 193 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 14221287 - 14221086
Alignment:
Q  193 tcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtct 292  Q
    ||||||| ||||||| || |||| ||||||| |  ||||||| || ||||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||  || |||||||    
T  14221287 tcctaagatgtttggtggaatgggttttaagagttttaagacatttaatatggctatggttggcaagcaatcttgaaagttgatttctaatctagagtct 14221188  T
Q  293 ctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtagcatatgga 392  Q
     | |||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| || |||||| || | |||| | ||||||||   |||||||| ||||| || ||||    
T  14221187 ttaatcacctgtttactcaaagctaaatactttccccgagttgattactttggaactggtatagacaataatcctaactatgtttgacgtagtatttgga 14221088  T
Q  393 gt 394  Q
    ||    
T  14221087 gt 14221086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 176
Target Start/End: Original strand, 26705937 - 26706022
Alignment:
Q  91 ttagataatacaatagtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagtt 176  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||  ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  26705937 ttagacaataccatggtggcgattgaaattgttcaccatatgaaggcaaaggctacaggaaggagtggggatgttgcacttaagtt 26706022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 148 - 178
Target Start/End: Original strand, 10997777 - 10997807
Alignment:
Q  148 ggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10997777 ggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 10997807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 175 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27454049 - 27453636
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||    
T  27454049 ttgggaacgcctttcagttcctaaggtgtttggaggtatgggttttaaaggccttaagactttcaatatggctatggttggccaacatgcttggaagttg 27453950  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||    
T  27453949 gttttttctccataatctctaatcactcatttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagtatgggcaataatcctagttatg 27453850  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27453849 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgtcgtgcttttcagtggagtataggcacaaaagaacacattccagtttgggatcacccatggct 27453750  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  27453749 cagtaatgttgcacgaattttaccgtctacccatcatcatttggtgtggccatatatcattgtttctgacttgttgtttacaccccagaaacaatggaat 27453650  T
Q  575 atggagctaattaa 588  Q
    ||||||||||||||    
T  27453649 atggagctaattaa 27453636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 185 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 9611060 - 9610657
Alignment:
Q  185 ctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctc 284  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||   |||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9611060 ctttcagttccaaaggtatatggaggtatgggagttaagggccttaaggcctttaatatggctatggttggtaagcaggcttggaagttggtttcttctc 9610961  T
Q  285 cagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9610960 cagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagcaagcattggccataatcctagttatgtttggcgtag 9610861  T
Q  385 catatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgct 484  Q
     || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||   || ||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||| |    
T  9610860 tatttggagtgctaaagatgtgattcggcgtggttttcagtggagtataggtacaggcgaacacataccagtttgggatcatccttggatcagtaatgtt 9610761  T
Q  485 gcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaa 584  Q
    |||||||||||||| || ||  ||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  9610760 gcacgaattttaccttcaactcatcatcaattggagtggccttccatcactgtttctgacttgttgattacaccccagaaacagtggaatatggagctca 9610661  T
Q  585 ttaa 588  Q
    ||||    
T  9610660 ttaa 9610657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9612023 - 9611867
Alignment:
Q  22 aggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaatagtggctattgaaattg 121  Q
    ||||||||||| || || | ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |  | || |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  9612023 aggctcaaacaggtactaggtaaatgtatctctattaatcagtcagcttttgtcccaggtcgatctatcttagacaatgcaatggtggctattgaaattg 9611924  T
Q  122 tacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    | |||||||||||||| ||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9611923 ttcactatatgaaggctaaggcaaaaggtaagagtggagatgttgcacttaagttgg 9611867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 261 - 364
Target Start/End: Original strand, 23030257 - 23030360
Alignment:
Q  261 aggcttggaagttggtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggcca 360  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||| ||||||| ||||||||    
T  23030257 aggcttgaaagttggtttctactctagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcttcgaggtgatcattttagagctagtataggcca 23030356  T
Q  361 taat 364  Q
    ||||    
T  23030357 taat 23030360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 453 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 30798088 - 30797953
Alignment:
Q  453 cagtttgggatcacccatgactcagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggt 552  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||||   || |||||||||||| || ||  ||||||| |  |||||||| || ||||||||||||||||||||| |    
T  30798088 cagtttgggatcatccttggatcagtaaaattgaacgaattttaccttcaactcatcatcaatcggagtggccttccatcactgtttctgacttgttgat 30797989  T
Q  553 tacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaa 588  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  30797988 tacaccccagaaacagtggaatatggagctcattaa 30797953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 507 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 29243343 - 29243262
Alignment:
Q  507 atcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaa 588  Q
    ||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  29243343 atcatcaattggaatggccatccatcactgtttctaacttgttgattacaccccaaaaacagtggaatatggagcttattaa 29243262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 6 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 27454985 - 27454843
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||  |||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||| |  | ||||| ||||| |||   ||     
T  27454985 caaggtgcttgctaataggcttaaacaactgctcgataaatgcatttttattaatcagtcaacttttgtcccaggtcgatccattttagacaatgtcatg 27454886  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaag 148  Q
    | |  |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  27454885 gcgattattgaaattgttcactatatgaaagcaaaagctaaag 27454843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 27054761 - 27054684
Alignment:
Q  40 gataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaatagtggctattgaa 117  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||  ||||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||    
T  27054761 gataaatgtatttctaaaaatcagtctgcttttgttcctggaaggtctatcttagataatgcaatggtagctattgaa 27054684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 611 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 27453608 - 27453572
Alignment:
Q  611 tgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 647  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27453608 tgctagaaatatttttaatactctgttattcccttcg 27453572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 175 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 7437855 - 7437443
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  7437855 ttggaaacgcctttcagttcctaaggtgtttggaggtatgggttttaaaggccttaaggctttcaatatggctatggttggaaagcaggcttggaagtta 7437756  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  7437755 gtttcttctgcagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatatttttctcgaagtgactattctggagctagcataggccttaatcctagttatg 7437656  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7437655 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttgagtggagtataggcacaggagaacacattccagtttgggatcacccatggct 7437556  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    | |||||||  |||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7437555 cggtaatgcaacacgaattttgccgtctactcatcatcatttggagtggccatctattattgtttctgatttgttggttacacaccaaaaacaatggaat 7437456  T
Q  575 atggagctaatta 587  Q
    |||||||||||||    
T  7437455 atggagctaatta 7437443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 175 - 531
Target Start/End: Original strand, 7606764 - 7607120
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  7606764 ttgggaacgcctttcagttcctaatgtgtttggaggtatgggttttaagggccttaaggctttcaatatggctatggttggcaagcagacttggaagttg 7606863  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7606864 gtttcttctccagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatcctagttatg 7606963  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||||| |     
T  7606964 tttggcgtagcatattgagtgccaaagacgtgattcgatgtagttttcagtggagtataggcataggagaacacattccagtttgagatcacccatggcc 7607063  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctat 531  Q
     ||||||||  |||||||||||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||    
T  7607064 tagtaatgcaacacgaattttaccgtctactcgttatcatttggagtggccatctat 7607120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 185 - 588
Target Start/End: Original strand, 32956019 - 32956422
Alignment:
Q  185 ctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctc 284  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||   |||||||||| ||  | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32956019 ctttcagttccaaaggtatttggaggtatgggagttaagggcctcaaagcctttaatatggctatggttggtaagcaggcttggaagttggtttcttctc 32956118  T
Q  285 cagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32956119 cagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcattggccataatcctagttatgtttggcgtag 32956218  T
Q  385 catatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgct 484  Q
     || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||   || || || ||||||||||||||||| ||  ||||||||| |    
T  32956219 tatttggagtgctaaagatgtgattcgacgtggttttcagtggagtataggtacaggcgaacatataccagtttgggatcacccttggatcagtaatgtt 32956318  T
Q  485 gcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaa 584  Q
    |||||||||||||| || ||  ||||||| || |||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  32956319 gcacgaattttaccttcaactcatcatcaattggagtggccttccatcattgtttctgacttgttgattacaccccagaaacagtggaatatggagctca 32956418  T
Q  585 ttaa 588  Q
    ||||    
T  32956419 ttaa 32956422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Original strand, 7605796 - 7605968
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| |  | ||||| ||||| ||| | ||     
T  7605796 caaggtgcttgttaataggctcaaacagatgctcgataaatgcatttctattaatcagtcagcttttgtcccaggtcgatccattttagacaatgccatg 7605895  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  7605896 gtggctattgaaattgttcactatatgaaggaaaaggctaaaggaaagagtgggaatgttgcacttaagttgg 7605968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 22 - 178
Target Start/End: Original strand, 32955056 - 32955212
Alignment:
Q  22 aggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaatagtggctattgaaattg 121  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |  | || |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  32955056 aggcttaaacaggtgctcgataaatgtatctctattaatcagtcagcttttgtcccaggtcgatctatcttagacaatgcaatggtggctattgaaattg 32955155  T
Q  122 tacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    | |||||||||||||| ||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32955156 ttcactatatgaaggctaaggcaaaaggtaagagtggagatgttgcacttaagttgg 32955212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 520 - 588
Target Start/End: Original strand, 7607138 - 7607206
Alignment:
Q  520 gtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaa 588  Q
    |||||||||||| |||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  7607138 gtggccatctattactgttgctgatttgttggttatacaccaaaaacaatggaatacagagctaattaa 7607206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 610 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 7436668 - 7436631
Alignment:
Q  610 ctgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7436668 ctgctagaaatatttttaataccccattattcccttcg 7436631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 146 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 14777366 - 14777334
Alignment:
Q  146 aaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14777366 aaggaaaaagtggagatgttgcacttaagttgg 14777334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 175 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 23771344 - 23770872
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23771344 ttgggaacgcctttcagttcttaaggtgtttggaggtatgggcttcaagggacttaaggctttcaatagggctatggttggcaagcaggcttggaagttg 23771245  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  23771244 gtttcttctccagagtctctaatcactcgtttactcaaaactaaatattttcctcgaagtgactattttggtgctagcataggccataattctagttatg 23771145  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23771144 tttggcgtagcatatggagtgccaaagatgtgattcgtcgtggttttcaatggagtataggcacaggagaacacattccagtttgggatcacccatggct 23771045  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23771044 cagtaatgctgcacgaattttaccgtcttctcatcatcatttgggatggccatctatcacggtttctgacttgttagttacaccccaaaaacaatggaat 23770945  T
Q  575 atggagctaattaaannnnnnnnnngacaatgcaactgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 647  Q
    || ||||| |||||           |||||| | |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23770944 attgagctcattaatgcttttttttgacaatactatagctagaaatatttttaatactccgttattcccttcg 23770872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 175 - 382
Target Start/End: Original strand, 10211855 - 10212062
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10211855 ttgggagcgccttttagttcctaaggtgtttggaggaatgggttttaagggcctcaaggcattcaatatggctatggttggcaagcaggcttggaagttg 10211954  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  10211955 gtttcttctccagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtggttattttggagctagtataggccataatcctagttatg 10212054  T
Q  375 tttggcgt 382  Q
    ||||||||    
T  10212055 tttggcgt 10212062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 10210909 - 10211069
Alignment:
Q  18 aaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaatagtggctattgaa 117  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  10210909 aaataggctcaaacaggtgcttgataagtgtattttcattcatcagtcagcttttgtcccagaaagatccatcttagataatgcaatggtggccattgaa 10211008  T
Q  118 attgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10211009 attgttcactatatgaaggcaaaagctaaaggaaagagtgaagatgttgcacttaagttgg 10211069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 375 - 588
Target Start/End: Original strand, 10212586 - 10212799
Alignment:
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    |||||||||| || |||||||  ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| | | |   || || || ||||||||| |||| ||||| ||    
T  10212586 tttggcgtagtatttggagtgtgaaagatgtgattcgtcatggttttcagtggagtataggtataggtgaacatataccagtttggaatcatccatggct 10212685  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||| || |||||   ||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  10212686 cagtaatgctgcacgaattgtaccgtgtactcatcatcatttggaatggccgcatatcattgtttctgacttgttggttacatcttaaaaacaatggaat 10212785  T
Q  575 atggagctaattaa 588  Q
    ||||| ||| ||||    
T  10212786 atggatctagttaa 10212799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 23772357 - 23772186
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |  | ||||| ||||| ||| | ||     
T  23772357 caaggtgcttgctaataggctcaaacaggtgctcgataaatgtatttctattaatcaatcagcttttgtcctaggtcgatccattttagacaatgccatg 23772258  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||  || |||||||||||||||||||    
T  23772257 gtggctattgaaattgttcactatatgaaggcaaaggccaaaggaaaga-aggggatgttgcacttaagttgg 23772186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 193 - 384
Target Start/End: Original strand, 27176320 - 27176511
Alignment:
Q  193 tcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtct 292  Q
    ||||||||||||||| || |||  ||||||| |  ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||    |||||| |    
T  27176320 tcctaaggtgtttggtggaatgtgttttaagagttttaaggcttttaatatggctatggttggcaagcaggtttgcaagtttgtttctaaatcagagtgt 27176419  T
Q  293 ctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |  || | ||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  27176420 ctaatcacccgtttactgaaagctaaatatttttctcgaggtgattattttaggactggtataggccataatcctagctatgtttggtgtag 27176511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 40075497 - 40075352
Alignment:
Q  239 aatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgact 338  Q
    ||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |  |||| |||||||||||||| ||||| ||| || || |||| |    
T  40075497 aatatggttatggttgacaaggaggcttggaagttggtttctaatccagagtctttattcacacgtttactcaaagcaaaatacttttctagatgtgatt 40075398  T
Q  339 attttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
    | ||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40075397 actttggagctggtattggccataatcctagttatgtttggcgtag 40075352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 193 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 35209216 - 35209061
Alignment:
Q  193 tcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtct 292  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||||||  | |||||| |||| || |||||||||||||| ||| ||||||  || |||||||||  |  ||| |||    
T  35209216 tcctaaggtttttggtggtatgggttttaaaagtcttaaggcttt-aacatggctatggttggcaagtaggcttcaaaattggtttctaatgtagactct 35209118  T
Q  293 ctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagct 349  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||| ||||||| || |||| |||  |||||||    
T  35209117 cttatcacccgtttactcaaagcaaaatgttttcctagaggtgattatcatggagct 35209061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 521 - 588
Target Start/End: Original strand, 27176648 - 27176715
Alignment:
Q  521 tggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaa 588  Q
    ||||||| ||||||| || | |||||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27176648 tggccatatatcactattgcagacttgatggttacacatcaaaatcaatggaatatggagctaattaa 27176715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 3)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 175 - 588
Target Start/End: Original strand, 215034 - 215447
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  215034 ttgggaacgcctttcaattcctaaggtgtttggagctatgggttttaagggacttaaggattttaatatggctatggttggcaagcaggcttggaagttg 215133  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  215134 gtttctgatccagagtctctaatcactcgtttactcgaagctaaatattttcctcaaagtgactattttggagctagcataggtcataatcctagttatg 215233  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  215234 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgtcgtggttttcagtggagtataggcacaggagaacacattccagtttgggatcacccatggct 215333  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || |||  |||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  215334 cagtaatactgcacgaattttactgtttactcatcatcatttggaatgaccatctatcacggtttctgacttgttggttacaccccgaaaacaatggaat 215433  T
Q  575 atggagctaattaa 588  Q
    ||||||||||||||    
T  215434 atggagctaattaa 215447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Original strand, 214065 - 214237
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||  |||||||||| |  | ||||| ||||| ||| | ||     
T  214065 caaggtgcttgctaataggctcaaacaggtgcttgataaatgcatttctattaatcagtcaggttttgtcccaggtcgatccattttagacaatgccatg 214164  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  214165 gtggctattgaaattgttcattatatgaaggcaaaggctaaaggaaagagtggggatgttgcacttaaattgg 214237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 601 - 647
Target Start/End: Original strand, 215461 - 215507
Alignment:
Q  601 acaatgcaactgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 647  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  215461 acaattctactgctagaaatatttttattactccgttattcccttcg 215507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 175 - 588
Target Start/End: Original strand, 54551179 - 54551592
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    ||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54551179 ttgggaacgtctgtcagttcctaaggtttttggaggtatgtgttttaagggtcttaaggctttcaatatagctatggttggcaagcaggcttggaagttg 54551278  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  54551279 gtttcttctccagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgattattttggagctagcataggtcataatcctagttatg 54551378  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||  | |  ||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  54551379 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgcttcgtcgtggttttcagtggagtataggcacaggatagaacattccagtttgagatcacccatggct 54551478  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    || |||||||||||||||||||||||  ||  |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || |||||||||    
T  54551479 caataatgctgcacgaattttaccgttcactcatcaacatttgaagtggccatctatcactgtttctgacttgctggttacatcccataagcaatggaat 54551578  T
Q  575 atggagctaattaa 588  Q
    ||||| ||||||||    
T  54551579 atggatctaattaa 54551592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 242 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 26007571 - 26007225
Alignment:
Q  242 atggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactatt 341  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  26007571 atggctatggttggcaagcaggcttggaagttagtttcttctccagagtctctgctcactcgtttactcaaaggtaaatatttttctcgaagtgactatt 26007472  T
Q  342 ttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaa 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||      
T  26007471 ttggagctagcataggccataatcctagttatgtttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtagttttcattggagtatagacacagg 26007372  T
Q  442 agatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttct 541  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  26007371 agaacacattccagtttgggatcacccatggcttagtaatgctgcatgaattttaccgtctactcatcatcatttggagtggccatctatcattgtttct 26007272  T
Q  542 gacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaa 588  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26007271 aacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaa 26007225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 175 - 588
Target Start/End: Original strand, 48445238 - 48445640
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  48445238 ttgggaacgcctttcagttcctaaggtgtttggaggtatgggtttcaagggccttaaggctttcaatacggctatgtttggcaagcaggcttggaagttg 48445337  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  48445338 gtttcttctccaaagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgtagtgactattttggtgctagcataggtcataatcctagttatg 48445437  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||| ||| |||||  ||| ||  ||||| ||||||||||  |||| ||    
T  48445438 tttggcgtagcatatggagtgccaaaga----------cgtggttttcagtggagcataggcacaggagaacaatttccaatttgggatcattcatggct 48445527  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48445528 cagtaa-gctgcacgaattttaccgtcttctcatcatcatttgaaatgaccatctatcacggtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaagggaat 48445626  T
Q  575 atggagctaattaa 588  Q
    ||||||||||||||    
T  48445627 atggagctaattaa 48445640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 175 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 26430761 - 26430348
Alignment:
Q  175 ttgggaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttg 274  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| | |||||||||||   |||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  26430761 ttgggagcagctttcagttccaaaggtatatggaggtatgggagttaagggccttaaggcctttaatatggctatggttggtaagcagacttggaagttg 26430662  T
Q  275 gtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatg 374  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  26430661 gtttcttctccagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcattggccataatcctagttatg 26430562  T
Q  375 tttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgact 474  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| | |||   || ||||| |||||||||||||| || ||  |    
T  26430561 tttggcgtagtatttggagtgctaaagatgtgattcggagtggttttcagtggagtataggtacaggcgaacacataccagtttgggatcatccttggat 26430462  T
Q  475 cagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaat 574  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||  ||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  26430461 cagtaatgttgcacgaattttaccttcaactcatcatcaattggagtggccttccatcactgtttctgacttgttgattacaccccagaaacagtggaat 26430362  T
Q  575 atggagctaattaa 588  Q
    |||||||| |||||    
T  26430361 atggagctcattaa 26430348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26431714 - 26431558
Alignment:
Q  22 aggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaatagtggctattgaaattg 121  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |  | || |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  26431714 aggctcaaacatgtactagataaatgtatctttattaatcagtcagcttttgtcccaggtcgatctatcttagacaatgcaatggtggctattgaaattg 26431615  T
Q  122 tacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    | |||||||||||||| ||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26431614 ttcactatatgaaggctaaggcaaaaggtaagagtgaagatgttgcacttaagttgg 26431558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Original strand, 48444269 - 48444441
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |  | ||||| ||||| ||| | ||     
T  48444269 caaggtgcttgctaataggctcaaacaggtgctctataaatgtatttctattaatcaatctgcttttgtcccaagtcgatccattttagacaatgccatg 48444368  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |  |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  48444369 gtggctattgaaattgttcactatatgaagacaaaggccgaaggaaagaggggggatgttgcacttaagttgg 48444441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 507 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 22360465 - 22360392
Alignment:
Q  507 atcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggag 580  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22360465 atcatcatttggagtggtcatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaacggaatatggag 22360392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 6 - 130
Target Start/End: Original strand, 2542261 - 2542385
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| || |||| |||||||| ||||||  |||     
T  2542261 caaggtgcttgctaataggttcaaacaggtccccgataagtgtatttgtattaatcagtcaatttttgtctcaggaagatccatcttggataatgaaatg 2542360  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactata 130  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  2542361 gtggccattgaaattgtacactata 2542385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 197 - 326
Target Start/End: Original strand, 29510316 - 29510445
Alignment:
Q  197 aaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtctctga 296  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||  | |||||| |||| || |||||||  || |  ||| || | |||||||||||||||  || ||| ||| | |    
T  29510316 aaggtttttggcggtatgggttttaaaagtcttaaggcttttaacatggctacagtcgataagaagacatggaagttggtttctaatctagaatctttca 29510415  T
Q  297 tcactcgtttactcaaagctaaatattttc 326  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29510416 tcactcgttcactcaaagctaaatattttc 29510445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 26007614 - 26007571
Alignment:
Q  179 gaacacctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaa 222  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  26007614 gaacgcctttcagttcctaaggtgtttggcggtatgggttttaa 26007571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 609 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 26007197 - 26007159
Alignment:
Q  609 actgctagaaatatttttaataccccgttattcccttcg 647  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  26007197 actgctagaaatatttataataccccgttatttccttcg 26007159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 130 - 174
Target Start/End: Original strand, 29508116 - 29508160
Alignment:
Q  130 atgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaag 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||    
T  29508116 atgaaggcaaaaactaaaggaaagaaaggtgatgttgctcttaag 29508160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 185 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 46092100 - 46091697
Alignment:
Q  185 ctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctc 284  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46092100 ctttcagttccaaaggtgtttggaggtatgggagttaagggccttaaggcttttaatatggctatggttggtaagcatgcttggaagttggtttcttctc 46092001  T
Q  285 cagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46092000 tagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatcctagttatgtttggcgtag 46091901  T
Q  385 catatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgct 484  Q
     || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||   || ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| |    
T  46091900 tatttggagtgctaaagatgtgattcggcgtggttttcagtggagtataggtacaggcgaacacataccagtttgggatcacccttggatcagtaatgtt 46091801  T
Q  485 gcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaa 584  Q
    |||||||||||||| || ||  ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||| |    
T  46091800 gcacgaattttaccttcaactcatcatcacttagagtggccatccatcactatttctgacttgttgattacacccgagaaacagtggaatatggagctca 46091701  T
Q  585 ttaa 588  Q
    ||||    
T  46091700 ttaa 46091697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 46093053 - 46092881
Alignment:
Q  6 caaggtgctcgcaaataggctcaaacatgtgctcgataagtgtatttctattaatcagtcatcttttgtcccatgaaggtccatcttagataatacaata 105  Q
    ||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| || |  | || |||||| | ||| ||||     
T  46093053 caaggtgcttgctaacaggctcaaacaggtgctcgataaatgtatctctattaatcagtcagcttttgtctcaggtcgatctatcttatacaatgcaatt 46092954  T
Q  106 gtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||  | || ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  46092953 gtggctattgaaattgttcgctatatgaaggctaaggcaaagggaaagagtagagatgttgcaattaagttgg 46092881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 185 - 588
Target Start/End: Original strand, 185721 - 186124
Alignment:
Q  185 ctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctc 284  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||   |||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  185721 ctttcagttccaaaggtatttggaggtatgggagttaagggccttaaggcctttaatatggctatggttggtaagcaggcttggaagttggtttcttctc 185820  T
Q  285 cagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  185821 cagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgtagtgactattttggagctagcattggccataatcctacttatgtttggcgtag 185920  T
Q  385 catatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgct 484  Q
     || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||   || || || |||||||||||||| || ||  ||||||||| |    
T  185921 tatttggagtgctaaagatgtgattcgacgtggttttcagtggagtataggtacaggcgaacaaataccagtttgggatcaaccttggatcagtaatgtt 186020  T
Q  485 gcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaa 584  Q
    |||||||||||||| || ||  ||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  186021 gcacgaattttaccttcaactcatcatcaattggagtggccttctatcattgtttctgacttgttgattacaccccagaaacagtggaatatggagctca 186120  T
Q  585 ttaa 588  Q
    ||||    
T  186121 ttaa 186124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0577 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 2)
Name: scaffold0577
Description:

Target: scaffold0577; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 185 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 3757 - 3360
Alignment:
Q  185 ctttcagttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctc 284  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  3757 ctttcagttccaaaggtgtttggaggtatggtagttaagggccttaaggcttttaatatggctttggttagttagcaggcttggaagttggtttcttctc 3658  T
Q  285 cagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtag 384  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3657 tagagtctctaatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactgttttggagctagtataggccataatcctagttatgtttggcgtag 3558  T
Q  385 catatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgct 484  Q
     || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||   || ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| |    
T  3557 tatttggagtgctaaagatgtgattcggcgtggttttcagtggagtataggtacaggcgaacacataccagtttgggatcacccttggatcagtaatgtt 3458  T
Q  485 gcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttagagtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagct 582  Q
    |||||||||||||| || ||  ||||||| || ||||||| ||||| |||| ||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  3457 gcacgaattttaccatcaactcatcatcacttggagtggctatctaccactatttctgatttgttgcttacaccccagaaacagtggaatatggagct 3360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0577; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 4652 - 4554
Alignment:
Q  80 gaaggtccatcttagataatacaatagtggctattgaaattgtacactatatgaaggcaaaaactaaaggaaagagtggagatgttgcacttaagttgg 178  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4652 gaaggttcatcttagataatgcaatggtggctatttaaattatacactatatgaaggcaaaggctaaaggaaagagtggagatgttacacttaagttgg 4554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0607 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: scaffold0607
Description:

Target: scaffold0607; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 219 - 588
Target Start/End: Original strand, 4286 - 4655
Alignment:
Q  219 ttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagtctctgatcactcgtttactcaaagctaa 318  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||    
T  4286 ttaagggccttaaggcttttaatatggatatggttggtaagaagacttggaagttggtttcttctctagagtctcttatcactcatttactcaaagccaa 4385  T
Q  319 atattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtagcatatggagtgccaaagacgtgattcgccgtggt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||| | |||| |    
T  4386 atattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggtcataatcctagttatgtttggcgtagtatttggagggctaaagatgtgatttggcgtgat 4485  T
Q  419 tttcagtggagtataagcacaaaagatcacattccagtttgggatcacccatgactcagtaatgctgcacgaattttaccgtctaccaatcatcatttag 518  Q
    ||| ||||||||||| | | |   || ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||| |||||||||| || ||  ||||||| || |    
T  4486 ttttagtggagtataggtataggcgaacacataccagtttgggatcacccttggatcagtaatgttgcatgaattttaccatcaactcatcatcacttgg 4585  T
Q  519 agtggccatctatcactgtttctgacttgttggttacaccccaaaaacaatggaatatggagctaattaa 588  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||    
T  4586 agtggccatccatcactgtttctgacttgttgattacaccccataaatagtggaatatggagctcattaa 4655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 191 - 429
Target Start/End: Original strand, 18155 - 18393
Alignment:
Q  191 gttcctaaggtgtttggaggtatggattttaagggccttaagactttcaatatggctatggttgggaagcaggcttggaagttggtttcttctccagagt 290  Q
    |||||||||||||||||    |||| ||| ||| | |||||| | || ||||||  ||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||  |||||    
T  18155 gttcctaaggtgtttggtcagatgggtttcaagagtcttaaggcatttaatatgaatatggttagcaagcaagcttggaagttggtttctacttaagagt 18254  T
Q  291 ctctgatcactcgtttactcaaagctaaatattttcctcgaagtgactattttggagctagcataggccataatccttgttatgtttggcgtagcatatg 390  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| |  | ||||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||     
T  18255 ctctaatcactcgtttactgaaagctaaatattttcctcaaggtgattattttggaccaggtataggacataatcctagctatgtttggcatagaatata 18354  T
Q  391 gagtgccaaagacgtgattcgccgtggttttcagtggag 429  Q
    |||||  |||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  18355 gagtgtgaaagacgtaattcgccttggttttcaatggag 18393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2626 times since January 2019
Visitors: 4796