View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0764_low_11 (Length: 321)

Name: NF0764_low_11
Description: NF0764
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0764_low_11
NF0764_low_11
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (130-289)||(33186114-33186273)
chr4 (143-281)||(15880717-15880855)
chr4 (130-289)||(13844584-13844744)
chr4 (130-270)||(35812171-35812310)
chr4 (160-267)||(52873251-52873357)
chr4 (161-267)||(362167-362272)
chr4 (170-270)||(9923328-9923427)
chr4 (170-270)||(11479432-11479531)
chr4 (130-284)||(46642884-46643038)
chr4 (160-270)||(46642752-46642861)
chr4 (160-266)||(13844461-13844566)
chr4 (160-269)||(15868794-15868901)
chr4 (130-209)||(14185252-14185331)
chr4 (163-269)||(630862-630966)
chr4 (130-268)||(21189704-21189842)
chr4 (200-264)||(19609509-19609573)
chr4 (188-270)||(15099266-15099349)
chr4 (223-252)||(630796-630825)
chr4 (223-252)||(13812831-13812860)
chr4 (223-252)||(15868731-15868760)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (130-289)||(12122202-12122361)
chr5 (130-289)||(21557726-21557885)
chr5 (130-289)||(21555060-21555219)
chr5 (143-284)||(24212385-24212526)
chr5 (130-289)||(30615768-30615926)
chr5 (132-289)||(31455702-31455862)
chr5 (130-270)||(36460201-36460341)
chr5 (143-281)||(35852643-35852781)
chr5 (132-289)||(31455089-31455249)
chr5 (130-289)||(5889092-5889252)
chr5 (189-283)||(17875232-17875326)
chr5 (160-267)||(5889269-5889375)
chr5 (160-267)||(29915167-29915273)
chr5 (160-269)||(21871656-21871763)
chr5 (160-269)||(21875936-21876043)
chr5 (227-289)||(21741557-21741619)
chr5 (223-252)||(21871593-21871622)
chr5 (223-252)||(21875873-21875902)
chr5 (223-252)||(22120217-22120246)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (130-289)||(21579887-21580046)
chr8 (130-289)||(29763549-29763707)
chr8 (130-270)||(42560208-42560348)
chr8 (170-281)||(32807285-32807396)
chr8 (159-289)||(41680832-41680962)
chr8 (130-270)||(18760566-18760706)
chr8 (161-267)||(27472391-27472496)
chr8 (161-267)||(38550086-38550191)
chr8 (151-286)||(39833887-39834023)
chr8 (160-267)||(1327119-1327225)
chr8 (130-229)||(3273212-3273310)
chr8 (200-270)||(39936813-39936883)
chr8 (189-267)||(20982747-20982825)
chr8 (197-268)||(21415211-21415281)
chr8 (239-281)||(22965769-22965811)
chr8 (200-248)||(19139966-19140014)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (130-289)||(31224635-31224794)
chr3 (130-289)||(15447681-15447837)
chr3 (130-270)||(11912952-11913092)
chr3 (162-289)||(31415416-31415543)
chr3 (147-281)||(6808157-6808291)
chr3 (160-270)||(49969963-49970073)
chr3 (130-267)||(1988912-1989050)
chr3 (160-267)||(20630191-20630297)
chr3 (170-267)||(49389772-49389870)
chr3 (160-267)||(18439941-18440047)
chr3 (191-270)||(40812017-40812096)
chr3 (160-270)||(12269488-12269597)
chr3 (170-270)||(5841960-5842061)
chr3 (130-284)||(12269620-12269773)
chr3 (187-266)||(30175304-30175383)
chr3 (200-270)||(40807175-40807245)
chr3 (211-289)||(1465419-1465497)
chr3 (211-289)||(18439845-18439923)
chr3 (200-270)||(22307386-22307456)
chr3 (200-270)||(17538286-17538356)
chr3 (211-289)||(49389639-49389717)
chr3 (223-252)||(12852390-12852419)
chr3 (160-267)||(12852453-12852559)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (130-289)||(30820937-30821096)
chr7 (133-289)||(36685934-36686090)
chr7 (130-270)||(11085030-11085170)
chr7 (130-281)||(11092757-11092908)
chr7 (131-270)||(15213730-15213869)
chr7 (143-281)||(9320423-9320561)
chr7 (162-289)||(38480249-38480376)
chr7 (130-264)||(15439322-15439457)
chr7 (130-267)||(37727607-37727745)
chr7 (160-267)||(8468348-8468454)
chr7 (160-267)||(14270138-14270244)
chr7 (161-267)||(45847735-45847840)
chr7 (160-267)||(17232542-17232648)
chr7 (142-270)||(11391870-11391999)
chr7 (200-270)||(12371457-12371527)
chr7 (200-270)||(13148275-13148345)
chr7 (191-270)||(8851959-8852038)
chr7 (211-289)||(9389705-9389783)
chr7 (200-270)||(11066647-11066717)
chr7 (211-289)||(17232666-17232744)
chr7 (223-252)||(39267712-39267741)
chr7 (160-256)||(18302100-18302194)
chr7 (203-263)||(32434396-32434456)
[»] scaffold1351 (1 HSPs)
scaffold1351 (131-289)||(1578-1736)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (131-289)||(24865452-24865610)
chr2 (142-289)||(22501001-22501148)
chr2 (142-289)||(22508935-22509082)
chr2 (131-289)||(7672240-7672392)
chr2 (130-246)||(2524410-2524526)
chr2 (132-270)||(6576405-6576543)
chr2 (189-270)||(24883632-24883713)
chr2 (189-256)||(22501128-22501195)
chr2 (189-256)||(22509062-22509129)
chr2 (170-270)||(24436223-24436321)
chr2 (200-270)||(24781643-24781713)
chr2 (200-270)||(5032127-5032197)
[»] scaffold0737 (1 HSPs)
scaffold0737 (130-281)||(6359-6510)
[»] scaffold0071 (1 HSPs)
scaffold0071 (130-289)||(14352-14511)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (130-281)||(20734128-20734279)
chr6 (143-281)||(2201139-2201277)
chr6 (133-270)||(34296953-34297090)
chr6 (145-281)||(22420987-22421123)
chr6 (130-289)||(27851213-27851373)
chr6 (130-289)||(25956537-25956697)
chr6 (164-270)||(19399789-19399895)
chr6 (147-270)||(18927855-18927977)
chr6 (160-267)||(25956715-25956821)
chr6 (161-267)||(31630622-31630727)
chr6 (160-269)||(27851087-27851195)
chr6 (200-270)||(27322221-27322291)
chr6 (170-270)||(28708653-28708754)
chr6 (200-270)||(18708679-18708749)
chr6 (200-270)||(23151069-23151139)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (132-267)||(12328538-12328673)
chr1 (151-281)||(51274290-51274420)
chr1 (143-251)||(8885447-8885555)
chr1 (130-289)||(28194365-28194525)
chr1 (130-289)||(43697418-43697578)
chr1 (170-252)||(51326892-51326974)
chr1 (160-256)||(28194543-28194638)
chr1 (160-267)||(43543031-43543137)
chr1 (160-267)||(43697294-43697400)
chr1 (161-267)||(46382652-46382755)
chr1 (217-289)||(20636883-20636955)
chr1 (191-270)||(48301042-48301121)
chr1 (211-283)||(49261380-49261452)
chr1 (133-165)||(51326966-51326998)
chr1 (199-270)||(20636766-20636837)
chr1 (200-270)||(41227507-41227577)
chr1 (241-281)||(8882176-8882216)
[»] scaffold0599 (2 HSPs)
scaffold0599 (130-270)||(4646-4786)
scaffold0599 (130-270)||(228-368)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (143-289)||(10907-11053)
[»] scaffold0815 (1 HSPs)
scaffold0815 (174-289)||(496-611)
[»] scaffold0116 (4 HSPs)
scaffold0116 (130-289)||(43700-43860)
scaffold0116 (130-289)||(47620-47780)
scaffold0116 (160-267)||(43878-43984)
scaffold0116 (160-200)||(47798-47837)
[»] scaffold0434 (1 HSPs)
scaffold0434 (159-270)||(6769-6880)
[»] scaffold0080 (1 HSPs)
scaffold0080 (138-270)||(59295-59426)
[»] scaffold0061 (2 HSPs)
scaffold0061 (141-270)||(15419-15548)
scaffold0061 (141-270)||(24477-24606)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (160-269)||(85167-85275)
scaffold0009 (211-282)||(85300-85371)
[»] scaffold0371 (1 HSPs)
scaffold0371 (130-270)||(3095-3234)
[»] scaffold0100 (1 HSPs)
scaffold0100 (160-267)||(36142-36248)
[»] scaffold0335 (1 HSPs)
scaffold0335 (146-270)||(836-959)
[»] scaffold0810 (2 HSPs)
scaffold0810 (169-267)||(2966-3063)
scaffold0810 (130-199)||(3066-3136)
[»] scaffold0513 (1 HSPs)
scaffold0513 (160-267)||(10963-11069)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (160-267)||(362926-363032)
[»] scaffold0802 (1 HSPs)
scaffold0802 (147-270)||(5455-5577)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (147-255)||(76936-77042)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (200-270)||(10029-10099)
[»] scaffold0679 (1 HSPs)
scaffold0679 (170-270)||(2449-2550)
[»] scaffold0375 (1 HSPs)
scaffold0375 (201-270)||(9106-9175)
[»] scaffold0075 (1 HSPs)
scaffold0075 (160-269)||(8379-8486)
[»] scaffold0384 (1 HSPs)
scaffold0384 (200-270)||(8189-8259)
[»] scaffold0124 (2 HSPs)
scaffold0124 (160-267)||(24739-24844)
scaffold0124 (223-252)||(24676-24705)
[»] scaffold1137 (2 HSPs)
scaffold1137 (211-289)||(2300-2378)
scaffold1137 (199-272)||(2424-2497)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (197-268)||(1920-1990)
[»] scaffold0509 (1 HSPs)
scaffold0509 (200-270)||(9561-9631)
[»] scaffold0192 (1 HSPs)
scaffold0192 (223-252)||(9926-9955)
[»] scaffold0142 (1 HSPs)
scaffold0142 (223-252)||(7670-7699)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 148; Significance: 4e-78; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 33186273 - 33186114
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  33186273 cagagaggatgaataagatgattaatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattatgaaagacgttgatatgaagttgtaat 33186174  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33186173 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 33186114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 143 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 15880855 - 15880717
Alignment:
Q  143 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgat 242  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  15880855 taagatgatcaatattgatgatttactttgattattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgat 15880756  T
Q  243 gattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  15880755 gattattattgatggtgacttgctacatatgtctaaatg 15880717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 13844744 - 13844584
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||| |||| ||||| ||    
T  13844744 cagagaggatgattaagatgatttaatattattgatttacgttgatgattaaatgtgaaaatatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 13844645  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||||    
T  13844644 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtc 13844584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Original strand, 35812171 - 35812310
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  35812171 cagagagtataaataagatgattaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtggaag-atttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 35812269  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
     |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  35812270 ggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 35812310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 52873251 - 52873357
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||    
T  52873251 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttg 52873349  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  52873350 acttgctg 52873357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 161 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 362272 - 362167
Alignment:
Q  161 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtga 260  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||  |||||||||| |||||| |||    
T  362272 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttataatggttgtattagatgattattgttgatgttga 362174  T
Q  261 cttgctg 267  Q
    |||||||    
T  362173 cttgctg 362167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 170 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 9923427 - 9923328
Alignment:
Q  170 ttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgca 269  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  9923427 ttgatgattaaatgtgaaag-atttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgca 9923329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 170 - 270
Target Start/End: Original strand, 11479432 - 11479531
Alignment:
Q  170 ttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgca 269  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  11479432 ttgatgattaaatgtgaaag-atttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgca 11479530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 130 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 46643038 - 46642884
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || || |  ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  |||||||||||||    
T  46643038 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgtttaaagttgatgattaa-tgcgaaaagatttatatattgtgaaagttgttaatatgaagttgtaa 46642940  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatg 284  Q
    |||||| |||||| || |||||||| |||| ||||| || || |||||||||||||    
T  46642939 ttgttacatatgaagaatattattggtggttacttgttgtatatgtttaaatgatg 46642884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 160 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 46642861 - 46642752
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||    
T  46642861 atgatttaatttgatgattaa-tgtgagaagatttataaactgtgaaagacgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattattgttgatgttg 46642763  T
Q  260 acttgctgcat 270  Q
    || ||||||||    
T  46642762 acgtgctgcat 46642752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 160 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 13844566 - 13844461
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||| ||| |||| |||||| |||||| ||    
T  13844566 atgatttactttgattattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgattattattgttgatgatg 13844468  T
Q  260 acttgct 266  Q
    |||||||    
T  13844467 acttgct 13844461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 160 - 269
Target Start/End: Original strand, 15868794 - 15868901
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||||| || | || ||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||| ||    
T  15868794 atgatttactttgatgattaa-tgagagaatatt-atatattgtgaatgatgatgatatgaagttgtaatgattatatctgatgattattgttgatgttg 15868891  T
Q  260 acttgctgca 269  Q
    ||||||||||    
T  15868892 acttgctgca 15868901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 130 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 14185331 - 14185252
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaga 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||| || ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14185331 cagagagtatgaataagatgattaacgttgttgttttaagttgatggttaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaga 14185252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 163 - 269
Target Start/End: Original strand, 630862 - 630966
Alignment:
Q  163 atttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgact 262  Q
    |||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||||| || | || ||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  630862 atttactttgatgattaa-tgagagaatatt-atatattgtgaatgatgatgatatgaagttgtaatgattgtatttgatgattattattgatgttgact 630959  T
Q  263 tgctgca 269  Q
    |||||||    
T  630960 tgctgca 630966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 130 - 268
Target Start/End: Original strand, 21189704 - 21189842
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatga-ttaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||  || |||||||  |||| || ||||| ||| |||||||||||| || ||||||| |||| ||| | ||| ||     
T  21189704 cagagagaatgaatatgatgactaatgatgttgatttaagttgacgaattaaaagtggaaatatttatatgttatgaaagatgttgatatca-gttatac 21189802  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgc 268  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21189803 ttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgc 21189842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 200 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 19609573 - 19609509
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttg 264  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||    
T  19609573 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttg 19609509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 188 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 15099349 - 15099266
Alignment:
Q  188 aatatttatata-ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |  |||||||| ||||| ||| ||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15099349 aatatttatataattgtgaaagatgcttatatgaagtcgtaatggttgtatttgacgattattgttgatgttgacttgctgcat 15099266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 630796 - 630825
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  630796 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 630825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 13812831 - 13812860
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13812831 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 13812860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 15868731 - 15868760
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15868731 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 15868760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 12122202 - 12122361
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12122202 cagagaggatgaataagatgattaatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 12122301  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  12122302 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgcggcatatgtttaaatgatgatgtc 12122361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 21557726 - 21557885
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21557726 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgttttagtttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 21557825  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  21557826 tgttatatatgatgattattattgatagtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtc 21557885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 21555060 - 21555219
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||    
T  21555060 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgttttagtttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgacataaagttgtaat 21555159  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  21555160 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtc 21555219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 143 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24212526 - 24212385
Alignment:
Q  143 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgat 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24212526 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgat 24212427  T
Q  243 gattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatg 284  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  24212426 gattaatattgatggtgacttgctgcatatgtctaaatgatg 24212385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 30615926 - 30615768
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30615926 cagagaggatgaataagatgattaatattgataatttacttttatgattaaatgtgaaaatatt-atatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 30615828  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30615827 tgttataattgatgattattaatgatggtgacttgctgcatatgtttaaacgatgatgtc 30615768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 132 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 31455862 - 31455702
Alignment:
Q  132 gagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattg 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  31455862 gagaggatgaataagatgattaatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaacgttgatatgaagttgtaatcg 31455763  T
Q  232 ttatatatga---tgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  31455762 ttataaatgatattgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtc 31455702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 36460341 - 36460201
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  36460341 cagagaggatgaacaagatgattaataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaat 36460242  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  36460241 tgttatatatgatgattattattaatgttgacttgctgcat 36460201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 143 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 35852781 - 35852643
Alignment:
Q  143 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgat 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||    
T  35852781 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatacgat 35852682  T
Q  243 gattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  35852681 gattattattgatggtggcttgctgcatatgtctaaatg 35852643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 132 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 31455249 - 31455089
Alignment:
Q  132 gagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattg 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |    
T  31455249 gagaggatgaataagatgattaatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaacgttgatattaagttgtaatcg 31455150  T
Q  232 ttatatatga---tgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  31455149 ttataaatgatattgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtc 31455089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 5889092 - 5889252
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  |||| |||| ||||| ||    
T  5889092 cagagaggatgattatgatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 5889191  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  5889192 ttgttatacatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtc 5889252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 189 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 17875326 - 17875232
Alignment:
Q  189 atatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgat 283  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17875326 atatttatataatgataaagacgttgatatgaagttctaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgat 17875232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 5889269 - 5889375
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  5889269 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatg 5889367  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  5889368 acttgctg 5889375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 29915167 - 29915273
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||    
T  29915167 atgatctactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttg 29915265  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  29915266 acttgctg 29915273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 160 - 269
Target Start/End: Original strand, 21871656 - 21871763
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    |||||||||||||| |||||| || || |||||| |||||||||||| || | || ||||||||||||||  || ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  21871656 atgatttactttgacgattaa-tgagagaatatt-atatattgtgaatgatgatgatatgaagttgtaatgattgtatttgatgattattgttgatgttg 21871753  T
Q  260 acttgctgca 269  Q
    ||||||||||    
T  21871754 acttgctgca 21871763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 160 - 269
Target Start/End: Original strand, 21875936 - 21876043
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    |||||||||||||| |||||| || || |||||| |||||||||||| || | || ||||||||||||||  || ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  21875936 atgatttactttgacgattaa-tgagagaatatt-atatattgtgaatgatgatgatatgaagttgtaatgattgtatttgatgattattgttgatgttg 21876033  T
Q  260 acttgctgca 269  Q
    ||||||||||    
T  21876034 acttgctgca 21876043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 227 - 289
Target Start/End: Original strand, 21741557 - 21741619
Alignment:
Q  227 aattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||||    
T  21741557 aattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtc 21741619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 21871593 - 21871622
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21871593 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 21871622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 21875873 - 21875902
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21875873 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 21875902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 22120217 - 22120246
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22120217 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 22120246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 21579887 - 21580046
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21579887 cagagaggatgaataagatgattaatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 21579986  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  21579987 tgttatatatgataattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtc 21580046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 29763549 - 29763707
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29763549 cagagaggatgaataagatgattaatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 29763648  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29763649 tgttatatatgatgattattatcgatggtga-ttgctgcatatgtttaaatgatgatgtc 29763707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Original strand, 42560208 - 42560348
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  42560208 cagagaggatgaataagatgattaataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaatacgttgatatgaaattgtaat 42560307  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42560308 tgttatatatgatgattattattgatgttgacttgctgcat 42560348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 170 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 32807396 - 32807285
Alignment:
Q  170 ttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgca 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32807396 ttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgca 32807297  T
Q  270 tttgtttaaatg 281  Q
    | ||| ||||||    
T  32807296 tatgtctaaatg 32807285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 159 - 289
Target Start/End: Original strand, 41680832 - 41680962
Alignment:
Q  159 gatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggt 258  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41680832 gatgatttatattgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatattgatatcaaattgtaattgttatatatgatgattattattgatggt 41680931  T
Q  259 gacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  41680932 gacttgctgcatatgtttaaatggtgatgtc 41680962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 18760706 - 18760566
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  18760706 cagagagtatgaataagatgattaatattgtgggtttaagtagatgattaaatgtgaaaagatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttataat 18760607  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
     ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  18760606 ggttatatttgatgattattgttgatgttgacttgctgcat 18760566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 161 - 267
Target Start/End: Original strand, 27472391 - 27472496
Alignment:
Q  161 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtga 260  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| |||    
T  27472391 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttga 27472489  T
Q  261 cttgctg 267  Q
    |||||||    
T  27472490 cttgctg 27472496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 161 - 267
Target Start/End: Original strand, 38550086 - 38550191
Alignment:
Q  161 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtga 260  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| |||    
T  38550086 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttga 38550184  T
Q  261 cttgctg 267  Q
    |||||||    
T  38550185 cttgctg 38550191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 151 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 39834023 - 39833887
Alignment:
Q  151 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattg-ttatatatgatgattatt 249  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||  ||||| |  |||| |||||||||| || || |||||||||| |||||||    
T  39834023 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataacgtgaatgttgttgatatgaagttgcaaatggttatatatgaagattatt 39833924  T
Q  250 attgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgat 286  Q
    ||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||    
T  39833923 attgatggttactcgctgtatatgtttaaatgatgat 39833887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 1327119 - 1327225
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||    
T  1327119 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaacgatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttg 1327217  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  1327218 acttgctg 1327225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 130 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 3273310 - 3273212
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  3273310 cagagagtatgaataagatgattaatgttatggatttaagttgatgattaaatgtgaaag-atttatatattgtgaaaaatgttggtatgaagttgtaat 3273212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 39936813 - 39936883
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  39936813 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttaatgttgacttgctgcat 39936883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 267
Target Start/End: Original strand, 20982747 - 20982825
Alignment:
Q  189 atatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctg 267  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||| ||||||    
T  20982747 atatatatatattgtgaaagatattgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttgatttgctg 20982825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 268
Target Start/End: Original strand, 21415211 - 21415281
Alignment:
Q  197 atattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgc 268  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  21415211 atattatgaaagatgttgatatga-gttatacttgttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgc 21415281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 239 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 22965811 - 22965769
Alignment:
Q  239 tgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  22965811 tgatgattattattgatggtgatttgatgcatatgtttaaatg 22965769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 200 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 19140014 - 19139966
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattat 248  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  19140014 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattat 19139966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 31224635 - 31224794
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31224635 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 31224734  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  31224735 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtc 31224794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 15447681 - 15447837
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15447681 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatattcatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 15447780  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  15447781 tgttatat---atgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtc 15447837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 11913092 - 11912952
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  11913092 cagagaggatgaataagatgattaataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaat 11912993  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  11912992 tgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcat 11912952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 162 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 31415543 - 31415416
Alignment:
Q  162 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31415543 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 31415444  T
Q  262 ttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  31415443 ttgctgcatatgtttaaatgatgttgtc 31415416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 147 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 6808291 - 6808157
Alignment:
Q  147 atgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgatt 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6808291 atgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatataatgatt 6808192  T
Q  247 attattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    ||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||    
T  6808191 attattgatggtgacttccttcatatgtctaaatg 6808157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 160 - 270
Target Start/End: Original strand, 49969963 - 49970073
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||    
T  49969963 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattattgttgatgttg 49970062  T
Q  260 acttgctgcat 270  Q
    |||||||||||    
T  49970063 acttgctgcat 49970073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 130 - 267
Target Start/End: Original strand, 1988912 - 1989050
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  |||| |||||||||||||    
T  1988912 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgattcacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 1989011  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctg 267  Q
    | ||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  1989012 tggttgtatttgatgattattgttgatgttgacttgctg 1989050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 20630191 - 20630297
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||    
T  20630191 atgatttactttgacgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttg 20630289  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  20630290 acttgctg 20630297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 170 - 267
Target Start/End: Original strand, 49389772 - 49389870
Alignment:
Q  170 ttgatgattaaatgtgaaaatattta--tatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctg 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  49389772 ttgatgattaaatgtgaaaatatttagatatattgtgaa-gttgttgatatgaagttgtaattgttatatttgatgattattgttgatgttgacttgctg 49389870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 18439941 - 18440047
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  18439941 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatctatatattgtgaaagatgatgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatg 18440039  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    || |||||    
T  18440040 acctgctg 18440047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 191 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 40812096 - 40812017
Alignment:
Q  191 atttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  40812096 atttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatatgggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 40812017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 160 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 12269597 - 12269488
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||| || ||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||| ||    
T  12269597 atgatttaagttgatgattaa-tgtgagaagatttataaattttgaaggacgttgatatgaagttgtaatgattatatttgatgattattgttgatgttg 12269499  T
Q  260 acttgctgcat 270  Q
    || ||||||||    
T  12269498 acgtgctgcat 12269488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 170 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 5842061 - 5841960
Alignment:
Q  170 ttgatgattaaatgtga-aaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgc 268  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| | |  || ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  5842061 ttgatgattaaatgtacgaaagatttatatattgtgaaagatgctcataagaagttgtaatggttatatttgatgattattgttgatgttgacttgctgc 5841962  T
Q  269 at 270  Q
    ||    
T  5841961 at 5841960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 130 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 12269773 - 12269620
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || || |  ||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||     
T  12269773 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgtttaaagttgatgattaa-tga-aaaagatttatatattgtgaaagttgttgatatgaagttgtat 12269676  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatg 284  Q
    || ||| |||||| || |||||| | |||| ||||| || || |||||||||||||    
T  12269675 tttttacatatgaagaatattatcggtggttacttgttgtatatgtttaaatgatg 12269620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 187 - 266
Target Start/End: Original strand, 30175304 - 30175383
Alignment:
Q  187 aaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgct 266  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||  |||||||||| |||||| |||||||||    
T  30175304 aaatatttatatactgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggatatatgggatgattattgttgatgttgacttgct 30175383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 40807245 - 40807175
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  40807245 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 40807175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 211 - 289
Target Start/End: Original strand, 1465419 - 1465497
Alignment:
Q  211 gttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||  || ||||||||||||| ||||    
T  1465419 gttgatatgaagttgaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgctctatatgtttaaatgatgttgtc 1465497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 211 - 289
Target Start/End: Original strand, 18439845 - 18439923
Alignment:
Q  211 gttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||| |||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||||    
T  18439845 gttgatatgtagttgcaaatgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtc 18439923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 22307386 - 22307456
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  22307386 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatgattatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 22307456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 17538356 - 17538286
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| |  ||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  17538356 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtattgattatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 17538286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 289
Target Start/End: Original strand, 49389639 - 49389717
Alignment:
Q  211 gttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||| ||||  ||||  || || ||||||||||||| ||||    
T  49389639 gttggtatgaagttgaaattgttatacatgaagatcattattaatgggtacttattgtatatgtttaaatgatgttgtc 49389717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 12852390 - 12852419
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12852390 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 12852419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 12852453 - 12852559
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagtt-gtaattgttatatatgatgattattattgatggt 258  Q
    ||||||||||||||||||||  || || |||||| |||||||||| | || | || ||||||||| |||||  || ||| ||||||||||| |||||| |    
T  12852453 atgatttactttgatgattat-tgagagaatatt-atatattgtggatgatgatgatatgaagtttgtaatgattgtatttgatgattattgttgatgtt 12852550  T
Q  259 gacttgctg 267  Q
    |||||||||    
T  12852551 gacttgctg 12852559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 136; Significance: 6e-71; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 30820937 - 30821096
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  30820937 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaatacgttgatatgaagttgtaat 30821036  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  30821037 tgttatatatgatgattattattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtc 30821096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 133 - 289
Target Start/End: Original strand, 36685934 - 36686090
Alignment:
Q  133 agaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgt 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||    
T  36685934 agaggatgaataagatgattaatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgctgatatgaagttttaattgt 36686033  T
Q  233 tatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  36686034 tatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtc 36686090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 11085170 - 11085030
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  11085170 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaactatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaat 11085071  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11085070 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 11085030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 130 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 11092908 - 11092757
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  11092908 cagagagtgtgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaaattgtaat 11092809  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  11092808 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgttgcatacgtttaaatg 11092757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 131 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 15213869 - 15213730
Alignment:
Q  131 agagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaatt 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  15213869 agagaggatgaataagatgattaataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacattgatatgaaattgtaatt 15213770  T
Q  231 gttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15213769 gttatatatgatgattattattgatgttgacttgctgcat 15213730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 143 - 281
Target Start/End: Original strand, 9320423 - 9320561
Alignment:
Q  143 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgat 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  9320423 taagatgattaatattgatgatttattttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgat 9320522  T
Q  243 gattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  9320523 gattattattgatggtgacttgttgcatatgtctaaatg 9320561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 162 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 38480376 - 38480249
Alignment:
Q  162 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480376 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 38480277  T
Q  262 ttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  38480276 ttgctgcatatatttaaatgatgttgtc 38480249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 130 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 15439457 - 15439322
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||| |||||||||||||    
T  15439457 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 15439358  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttg 264  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  15439357 ttgttatatatgaagattattattgatggttacttg 15439322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 130 - 267
Target Start/End: Original strand, 37727607 - 37727745
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  || | |||||||||||||    
T  37727607 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgctttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgtagatatgaagttgtaa 37727706  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctg 267  Q
    | ||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  37727707 tggttgtatttgatgattattgttgatgttgacttgctg 37727745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 8468454 - 8468348
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||    
T  8468454 atgatttactttgatgattaa-tgtgataatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttg 8468356  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  8468355 acttgctg 8468348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 14270138 - 14270244
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||    
T  14270138 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttg 14270236  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  14270237 acttgctg 14270244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 161 - 267
Target Start/End: Original strand, 45847735 - 45847840
Alignment:
Q  161 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtga 260  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| |||    
T  45847735 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttga 45847833  T
Q  261 cttgctg 267  Q
    |||||||    
T  45847834 cttgctg 45847840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 17232648 - 17232542
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||| |||  |||||||||| ||| || ||    
T  17232648 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttggaatggttgtattagatgattattgttgctgttg 17232550  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  17232549 acttgctg 17232542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 142 - 270
Target Start/End: Original strand, 11391870 - 11391999
Alignment:
Q  142 ataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtga-aaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatg 240  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| | |  || ||||||||||| |||||||  |    
T  11391870 ataagatgattaatgttgtggatttaaattgatgattaaatgtacgaaagatttatatattgtgaaagatgctcataagaagttgtaatggttatattgg 11391969  T
Q  241 atgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  11391970 atgattattgttgatgttgacttgctgcat 11391999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 12371527 - 12371457
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  12371527 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 12371457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 13148275 - 13148345
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  13148275 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattagatgattattgttgatgttgacttgctgcat 13148345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 270
Target Start/End: Original strand, 8851959 - 8852038
Alignment:
Q  191 atttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  8851959 atttatatattgtgaaagattttgatataaagttgtaatggttatatgggatgattattgttgatgttgacttactgcat 8852038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 211 - 289
Target Start/End: Original strand, 9389705 - 9389783
Alignment:
Q  211 gttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||| |||| |||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  9389705 gttgatatgaagttgaaattgatatacatgaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtc 9389783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 11066717 - 11066647
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || |||||||||||||    
T  11066717 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatagttatattggatgatcattgttgttgttgacttgctgcat 11066647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 17232744 - 17232666
Alignment:
Q  211 gttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||| |||| ||||| || ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||    
T  17232744 gttgatatggagttgcaaatgttacatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgatgtc 17232666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 39267712 - 39267741
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39267712 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 39267741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 18302194 - 18302100
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatg 256  Q
    ||||||||||||||||||||  || || |||||| |||||||||| | || | || ||||||||||||||  || ||| ||||||||||| ||||||    
T  18302194 atgatttactttgatgattat-tgagagaatatt-atatattgtggatgaagatgatatgaagttgtaatgattgtatttgatgattattgttgatg 18302100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 203 - 263
Target Start/End: Original strand, 32434396 - 32434456
Alignment:
Q  203 tgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgactt 263  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||  ||||| ||||||    
T  32434396 tgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgctgatgttgactt 32434456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1351 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold1351
Description:

Target: scaffold1351; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 1736 - 1578
Alignment:
Q  131 agagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaatt 230  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1736 agagaggattaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaatt 1637  T
Q  231 gttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  1636 gttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtc 1578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Original strand, 24865452 - 24865610
Alignment:
Q  131 agagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaatt 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  24865452 agagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatt 24865551  T
Q  231 gttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  24865552 gttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtc 24865610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 142 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 22501148 - 22501001
Alignment:
Q  142 ataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatga 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  22501148 ataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataaga 22501049  T
Q  242 tgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  22501048 tgattaatattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgctgtc 22501001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 142 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 22509082 - 22508935
Alignment:
Q  142 ataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatga 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  22509082 ataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataaga 22508983  T
Q  242 tgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  22508982 tgattaatattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgctgtc 22508935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Original strand, 7672240 - 7672392
Alignment:
Q  131 agagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaatt 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||    
T  7672240 agagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaag------tt 7672333  T
Q  231 gttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||    
T  7672334 gttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatacgtttaaatgatgctgtc 7672392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 130 - 246
Target Start/End: Original strand, 2524410 - 2524526
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||    
T  2524410 cagagagtatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatcaaattgtaat 2524509  T
Q  230 tgttatatatgatgatt 246  Q
    ||||| |||||||||||    
T  2524510 tgttacatatgatgatt 2524526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 132 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 6576543 - 6576405
Alignment:
Q  132 gagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattg 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |    
T  6576543 gagagtatgaataagatgattaatgttgtggatttaagttgatgattaaaagtgaaaaaatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatgg 6576444  T
Q  232 ttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  6576443 ttatatttgatgattattgttgatgttgacttgctgcat 6576405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 24883713 - 24883632
Alignment:
Q  189 atatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  24883713 atatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 24883632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 189 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 22501195 - 22501128
Alignment:
Q  189 atatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatg 256  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  22501195 atatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattaatattgatg 22501128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 189 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 22509129 - 22509062
Alignment:
Q  189 atatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatg 256  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  22509129 atatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattaatattgatg 22509062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 24436321 - 24436223
Alignment:
Q  170 ttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgca 269  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||| ||  ||||||| || |||||| ||||||||||||    
T  24436321 ttgatgattaaatgtgaaag-atttatatattgtgaaagatgttgatatgaaattgtaatggttacattggatgatt-ttgttgatgttgacttgctgca 24436224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 24781643 - 24781713
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  24781643 ttgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 24781713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 5032127 - 5032197
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||| | |||| ||||||||| |||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  5032127 ttgtgaaaaatgttgatatgaagttataatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 5032197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0737 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0737
Description:

Target: scaffold0737; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 130 - 281
Target Start/End: Original strand, 6359 - 6510
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  6359 cagagaggatgaataagatgattaataataatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaat 6458  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6459 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatg 6510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0071 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0071
Description:

Target: scaffold0071; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 14511 - 14352
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14511 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatattcatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 14412  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  14411 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtc 14352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 130 - 281
Target Start/End: Original strand, 20734128 - 20734279
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  20734128 cagagaggatgaataaaatgatttatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaat 20734227  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20734228 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatg 20734279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 143 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 2201277 - 2201139
Alignment:
Q  143 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgat 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  2201277 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatatgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgat 2201178  T
Q  243 gattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  2201177 gattattattgatggtgacttgctgcatatgtctaaatg 2201139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 133 - 270
Target Start/End: Original strand, 34296953 - 34297090
Alignment:
Q  133 agaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgt 232  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  34296953 agaggatgaataagatgattaataatgatgatttactttgatgattagatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgt 34297052  T
Q  233 tatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  34297053 tatatatgatgattattattaatgttgacttgctgcat 34297090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 22421123 - 22420987
Alignment:
Q  145 agatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22421123 agatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatga 22421024  T
Q  245 ttattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||    
T  22421023 ttattattgatagtgacttgttgcatatgtctaaatg 22420987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27851373 - 27851213
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa- 228  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||     
T  27851373 cagagaggatgaataagatgatttatattgatgatttaccttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaat 27851274  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||  | ||||||||||||| ||||    
T  27851273 ttgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtgtatgtttaaatgatgttgtc 27851213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 25956537 - 25956697
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  |||| |||| ||||| ||    
T  25956537 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 25956636  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  25956637 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtc 25956697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 164 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 19399895 - 19399789
Alignment:
Q  164 tttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgactt 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  19399895 tttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattattgttgatgttgactt 19399796  T
Q  264 gctgcat 270  Q
    |||||||    
T  19399795 gctgcat 19399789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 147 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 18927977 - 18927855
Alignment:
Q  147 atgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgatt 246  Q
    ||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  18927977 atgattaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaag-atttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgatt 18927879  T
Q  247 attattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||| |||||| |||||||||||||    
T  18927878 attgttgatgttgacttgctgcat 18927855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 25956715 - 25956821
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  25956715 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatg 25956813  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  25956814 acttgctg 25956821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 161 - 267
Target Start/End: Original strand, 31630622 - 31630727
Alignment:
Q  161 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtga 260  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||| |||  |||||||||| |||||| |||    
T  31630622 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttataatggttgtattagatgattattgttgatgttga 31630720  T
Q  261 cttgctg 267  Q
    |||||||    
T  31630721 cttgctg 31630727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 160 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 27851195 - 27851087
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| | ||| ||| ||||||||||| | |||| ||    
T  27851195 atgatttactttgatgcttaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtattggttgtatttgatgattattgtcgatgttg 27851097  T
Q  260 acttgctgca 269  Q
    ||||||||||    
T  27851096 acttgctgca 27851087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 27322221 - 27322291
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  27322221 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 27322291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 170 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 28708754 - 28708653
Alignment:
Q  170 ttgatgattaaatgtga-aaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgc 268  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| | |  || ||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  28708754 ttgatgattaaatgtacgaaagatttatatattgtgaaagatgctcataagaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgc 28708655  T
Q  269 at 270  Q
    ||    
T  28708654 at 28708653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 18708749 - 18708679
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  18708749 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgtttatgttgacttgctgcat 18708679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 23151069 - 23151139
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  23151069 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttaatgttgacttgctgcat 23151139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 124; Significance: 9e-64; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 132 - 267
Target Start/End: Original strand, 12328538 - 12328673
Alignment:
Q  132 gagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattg 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  12328538 gagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatttgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagatgtaattg 12328637  T
Q  232 ttatatatgatgattattattgatggtgacttgctg 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12328638 ttatatatgatgattattattgatggtgacttgctg 12328673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 151 - 281
Target Start/End: Original strand, 51274290 - 51274420
Alignment:
Q  151 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattatta 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  51274290 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattatta 51274389  T
Q  251 ttgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  51274390 ttgatggtgacttgatgcatatgtttaaatg 51274420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 8885555 - 8885447
Alignment:
Q  143 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgat 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  8885555 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgtaatatatgat 8885456  T
Q  243 gattattat 251  Q
    |||| ||||    
T  8885455 gattgttat 8885447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 28194365 - 28194525
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||| ||||| || ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  |||| |||| ||||| ||    
T  28194365 cagagaagatgattaggatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaaaatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 28194464  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  28194465 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtc 28194525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 43697578 - 43697418
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  |||| |||| ||||| ||    
T  43697578 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaagatctatatagtgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 43697479  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
     |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| || |||||| |||||| ||||    
T  43697478 atgttatatatgaagattattattgttggttacttgctgtatatgtttatatgatgctgtc 43697418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 170 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 51326974 - 51326892
Alignment:
Q  170 ttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  51326974 ttgatgattaaatgtgaacatatttatatattatgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgttgattattatt 51326892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 160 - 256
Target Start/End: Original strand, 28194543 - 28194638
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatg 256  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  28194543 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatg 28194638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 43543137 - 43543031
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  || |||  |||||||||| |||||| ||    
T  43543137 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatgattgtattagatgattattgttgatgttg 43543039  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  43543038 acttgctg 43543031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 43697400 - 43697294
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  43697400 atgatttactttgatgattaa-tgtgagattattgatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttttatttgatgattattgttgatgatg 43697302  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  43697301 acttgctg 43697294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 161 - 267
Target Start/End: Original strand, 46382652 - 46382755
Alignment:
Q  161 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtga 260  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| |||    
T  46382652 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttata--ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttttattagatgattattgttgatgttga 46382748  T
Q  261 cttgctg 267  Q
    |||||||    
T  46382749 cttgctg 46382755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 217 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 20636955 - 20636883
Alignment:
Q  217 atgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  20636955 atgaagttgtaattgttatacatgaatattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtc 20636883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 191 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 48301121 - 48301042
Alignment:
Q  191 atttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||  ||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  48301121 atttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttacatgagattattattgttgatgttgacttgctgcat 48301042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 49261452 - 49261380
Alignment:
Q  211 gttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgat 283  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |  || ||||||||||||    
T  49261452 gttgatatgaagttgtaattgttatacatgaagattattattgatggttacttgttatatatgtttaaatgat 49261380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 51326998 - 51326966
Alignment:
Q  133 agaggatgaataagatgattaatattgatgatt 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51326998 agaggatgaataagatgattaatattgatgatt 51326966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 199 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 20636837 - 20636766
Alignment:
Q  199 attgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||| |||  |||||||| ||||| ||| ||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  20636837 attgtgaaagatgtttatatgaagtcgtaatggttgtatttgacgattattgttgatgttgacttgctgcat 20636766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 41227507 - 41227577
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||  ||||||||| |||| |||||||  |||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  41227507 ttgtgaaagatgtttatatgaagttttaatggttatattggatgattattgttaatgttgacttgctgcat 41227577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 241 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 8882216 - 8882176
Alignment:
Q  241 atgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatg 281  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  8882216 atgattattattgatggtaacttgctgcatatgtctaaatg 8882176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 2)
Name: scaffold0599
Description:

Target: scaffold0599; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4786 - 4646
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  4786 cagagaggatgaataagatgattaataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaat 4687  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  4686 tgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcat 4646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 368 - 228
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  368 cagagaggatgaataagatgattaataatgatgatttactttgatgattatatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaat 269  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  268 tgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcat 228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 143 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 11053 - 10907
Alignment:
Q  143 taagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgat 242  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  11053 taagatgattaatgttgatgatttactatgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaatttttaattgttatatatgat 10954  T
Q  243 gattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  10953 gattattattgattgtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtc 10907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0815 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0815
Description:

Target: scaffold0815; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 174 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 611 - 496
Alignment:
Q  174 tgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttg 273  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  611 tgattaaatgagaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattataattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatg 512  T
Q  274 tttaaatgatgatgtc 289  Q
    || |||||||| ||||    
T  511 ttaaaatgatgttgtc 496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 4)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 43700 - 43860
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  |||| |||| ||||| ||    
T  43700 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 43799  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  43800 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtc 43860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 289
Target Start/End: Original strand, 47620 - 47780
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaa 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  |||| |||| ||||| ||    
T  47620 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 47719  T
Q  229 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||||    
T  47720 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtc 47780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 43878 - 43984
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  43878 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatg 43976  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  43977 acttgctg 43984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 200
Target Start/End: Original strand, 47798 - 47837
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatat 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  47798 atgatttactttgatgatt-aatgtgagaatatttatatat 47837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0434 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0434
Description:

Target: scaffold0434; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 159 - 270
Target Start/End: Original strand, 6769 - 6880
Alignment:
Q  159 gatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggt 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||| ||||||||||| || ||| |    
T  6769 gatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatggagttgtaatgattatatttgatgattattgttcatgtt 6868  T
Q  259 gacttgctgcat 270  Q
    ||||||||||||    
T  6869 gacttgctgcat 6880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0080 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0080
Description:

Target: scaffold0080; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 138 - 270
Target Start/End: Original strand, 59295 - 59426
Alignment:
Q  138 atgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatat 237  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  59295 atgaataagatgattaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaag-atttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaattgttatat 59393  T
Q  238 atgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
      |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  59394 tggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 59426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 74; Significance: 6e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 141 - 270
Target Start/End: Original strand, 15419 - 15548
Alignment:
Q  141 aataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatg 240  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||  ||||||||||  |    
T  15419 aataagatgattaatgttgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaatgttgatatgaagttgcgattgttatattcg 15518  T
Q  241 atgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  15519 atgattatcattgatgttgatttgctgcat 15548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 141 - 270
Target Start/End: Original strand, 24477 - 24606
Alignment:
Q  141 aataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatg 240  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||  ||||||||||  |    
T  24477 aataagatgattaatgttgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaatgttgatatgaagttgcgattgttatattcg 24576  T
Q  241 atgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  24577 atgattatcattgatgttgatttgctgcat 24606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 160 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 85275 - 85167
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  85275 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatagttgtatttgatgattattgttgatgttg 85177  T
Q  260 acttgctgca 269  Q
    ||||||||||    
T  85176 acttgctgca 85167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 85371 - 85300
Alignment:
Q  211 gttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatga 282  Q
    |||| |||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||    
T  85371 gttgatatggagttgcaaatgttatatatgaagattattattgatggttacttgatgtatatgtttaaatga 85300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0371 (Bit Score: 69; Significance: 6e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0371
Description:

Target: scaffold0371; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 3234 - 3095
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaat 229  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||    
T  3234 cagagagtatgaataagatgattaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaag-atttatatatcgtgaaaaatgttgatatgaagttgtaat 3136  T
Q  230 tgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
     |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  3135 ggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 3095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0100 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0100
Description:

Target: scaffold0100; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 36142 - 36248
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| ||    
T  36142 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattagatgattattgttgatgttg 36240  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  36241 acttgctg 36248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0335 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0335
Description:

Target: scaffold0335; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 146 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 959 - 836
Alignment:
Q  146 gatgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgat 245  Q
    |||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  ||||||    
T  959 gatgattaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaag-attaatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgat 861  T
Q  246 tattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||| |||||| |||||||||||||    
T  860 tattgttgatgttgacttgctgcat 836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0810 (Bit Score: 59; Significance: 5e-25; HSPs: 2)
Name: scaffold0810
Description:

Target: scaffold0810; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 169 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 3063 - 2966
Alignment:
Q  169 tttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctg 267  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  3063 tttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatgacttgctg 2966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0810; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 3136 - 3066
Alignment:
Q  130 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatata 199  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  3136 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatata 3066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0513 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0513
Description:

Target: scaffold0513; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 10963 - 11069
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||    
T  10963 atgatttactttgatgattta-tgtgagaatatttatatattgtaaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttg 11061  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  11062 acttgctg 11069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 363032 - 362926
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||  || |||  |||||||||| |||||| ||    
T  363032 atgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattttgaaagatgttgatatgaagttgtaatgattgtattagatgattattgttgatgttg 362934  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  362933 acttgctg 362926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0802 (Bit Score: 52; Significance: 8e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0802
Description:

Target: scaffold0802; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 147 - 270
Target Start/End: Original strand, 5455 - 5577
Alignment:
Q  147 atgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgatt 246  Q
    ||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||  ||||||  |||||||    
T  5455 atgattaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaag-atttatatattgtgaaaggtgttgatatgaagttgtaatgtttatattggatgatt 5553  T
Q  247 attattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||| |||||| | |||||||||||    
T  5554 attgttgatgttaacttgctgcat 5577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 147 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 77042 - 76936
Alignment:
Q  147 atgattaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgatt 246  Q
    ||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  77042 atgattaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaaat--ttatatattgtgaaagatgtggatatgaagttgtaatggttatattggatgatt 76945  T
Q  247 attattgat 255  Q
    ||| |||||    
T  76944 attgttgat 76936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 10029 - 10099
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  10029 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 10099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0679 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0679
Description:

Target: scaffold0679; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 170 - 270
Target Start/End: Original strand, 2449 - 2550
Alignment:
Q  170 ttgatgattaaatgtga-aaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgc 268  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| | |  || ||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  2449 ttgatgattaaatgtacgaaagatttatatattgtgaaagatgctcataagaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgc 2548  T
Q  269 at 270  Q
    ||    
T  2549 at 2550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0375 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0375
Description:

Target: scaffold0375; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 201 - 270
Target Start/End: Original strand, 9106 - 9175
Alignment:
Q  201 tgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  9106 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcat 9175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 160 - 269
Target Start/End: Original strand, 8379 - 8486
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||||| || | || ||||||||||||||  || ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  8379 atgatttactttgatgattaa-tgagagaatatt-atatattgtgaatgatgatgatatgaagttgtaatgattgtatttgatgattattgttgatgttg 8476  T
Q  260 acttgctgca 269  Q
    ||||| ||||    
T  8477 acttgttgca 8486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0384 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0384
Description:

Target: scaffold0384; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 8189 - 8259
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  ||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  8189 ttgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattgttgttgatgttgacttgctgcat 8259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 267
Target Start/End: Original strand, 24739 - 24844
Alignment:
Q  160 atgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtg 259  Q
    ||||||||||||||||||||  || || |||||| |||||||||| | || | || ||||||||||||||  || ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  24739 atgatttactttgatgattat-tgagagaatatt-atatattgtggatgatgatgatatgaagttgtaatgattgtatttgatgattattgttgatgttg 24836  T
Q  260 acttgctg 267  Q
    ||||||||    
T  24837 acttgctg 24844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 24676 - 24705
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24676 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 24705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1137 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold1137
Description:

Target: scaffold1137; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 289
Target Start/End: Original strand, 2300 - 2378
Alignment:
Q  211 gttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtc 289  Q
    |||| |||||||||| ||||||| || |||| |||||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||||    
T  2300 gttgatatgaagttgaaattgttgtacatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgtc 2378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1137; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 199 - 272
Target Start/End: Original strand, 2424 - 2497
Alignment:
Q  199 attgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcattt 272  Q
    ||||||||||| |||  |||||||| ||||| ||| ||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  2424 attgtgaaagatgtttatatgaagtcgtaatggttgtatttgacgattattgttgatgttgacttgctgcattt 2497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 1990 - 1920
Alignment:
Q  197 atattgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgc 268  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  1990 atattatgaaagatgttgatatga-gttatacttgttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgc 1920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0509 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0509
Description:

Target: scaffold0509; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 200 - 270
Target Start/End: Original strand, 9561 - 9631
Alignment:
Q  200 ttgtgaaagacgttggtatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcat 270  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||  ||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  9561 ttgtgaaagatgttaatatgaagttgtaatggttatattggatgattaccgttgatgttgacttgctgcat 9631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0192 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0192
Description:

Target: scaffold0192; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 9955 - 9926
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9955 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 9926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0142 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0142
Description:

Target: scaffold0142; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 252
Target Start/End: Original strand, 7670 - 7699
Alignment:
Q  223 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7670 ttgtaattgttatatatgatgattattatt 7699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3552 times since January 2019
Visitors: 4814