View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0770_low_1 (Length: 1157)

Name: NF0770_low_1
Description: NF0770
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0770_low_1
NF0770_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (97-1080)||(42271432-42272414)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 952; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 952; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 1080
Target Start/End: Original strand, 42271432 - 42272414
Alignment:
Q  97 ttgttttgataagaaatgtttgtatattttaattacaactaatttactttcttatgtaaaataatttatagaggtgttggatcaaatggagagttacaca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  42271432 ttgttttgataagaaatgtttgtatattttaattacaactaatttactttcttatgtaaaataatttatagaggtgttgattcaaatggagagttacaca 42271531  T
Q  197 acaaccaagaaattggagagaatttcttggatggactatcatcaaaaaccatgacaaacactatgtttgatgaaccagcttgtgactatttgaagaaact 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42271532 acaaccaagaaattggagagaatttcttggatggactatcatcaaaaaccatgacaaacactatgtttgatgaaccagcttgtgactatttgaagaaact 42271631  T
Q  297 tgatacaacaagttgggaatataatactagtggttcaacttcattcaatactaattttgagaagcacttaaatgggtacagtgaagctcttattgagaat 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42271632 tgatacaacaagttgggaatataatactagtggttcaacttcattcaatactaattttgagaagcacttaaatgggtacagtgaagctcttattgagaat 42271731  T
Q  397 aatgaaaggttgacaaaattatccaatcttgtaagcacttggtctattgccccacctgaccctgaagttagtagccactttgattcacaaacaaataaca 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42271732 aatgaaaggttgacaaaattatccaatcttgtaagcacttggtctattgccccacctgaccctgaagttagtagccactttgattcacaaacaaataaca 42271831  T
Q  497 atttgtctactaatttgaataattctaattcatccaatatggatcataatcactacacacatgattctgaccctaattgtcatttcaaactaccttttgg 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42271832 atttgtctactaatttgaataattctaattcgtccaatatggatcataatcactacacacatgattctgaccctaattgtcatttcaaactaccttttgg 42271931  T
Q  597 tgattccacatcatgtactattagagaaggagtaggtaataaaatgttccctagttgccttgatattcaagacatgaataaggttaaggaagaatatcat 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42271932 tgattccacatcatgtactattagagaaggagtaggtaataaaatgttccctagttgccttgatattcaagacatgaataaggttaaggaagaatatcat 42272031  T
Q  697 catcatgcaagtgaagtgatgcaaggacatgtatttagaaaatcacttaatccaaatggattccttgatggatttaactcagtgggagatcacaatggca 796  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42272032 catcatgcaagtgaagtgatgcaaggacatgtatttagaaaatcacttaatccaaatggatatcttgatggatttaactcagtgggagatcacaatggca 42272131  T
Q  797 aattttatgaagggttgccaaatatttcaccatgcaccaaaaatttctcagatgttatatcctttaatagtaggcttggaaggccagttgttggaatcca 896  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42272132 aattttatgaagggttgccaaatatttcaccatgcaccaaaaatttctcagatgttatatcctttaatagtaggcttggaaggccagttgttggaatcca 42272231  T
Q  897 tccacaaaggcctaatatgagatactcaaacttatctgagtcaaagaaacaagggcttcaaacaccatcacatgtgagttttttcttcttcttttataga 996  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42272232 tccacaaaggcctaatatgagatactcaaacttatctgagtcaaagaaacaagggcttcaaacaccatcacatgtgagttttttcttcttcttttataga 42272331  T
Q  997 caaattttatttgttaatttgttttgttagcagcatacaaaatttcacttaaaatagtgatgatccatctttataccctatatt 1080  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42272332 caaattttatttgttaatttgttttgttagcagcatac-aaatttcacttaaaatagtgatgatccatctttatatcctatatt 42272414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2835 times since January 2019
Visitors: 4801