View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0773_low_22 (Length: 301)

Name: NF0773_low_22
Description: NF0773
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0773_low_22
NF0773_low_22
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (21-254)||(46364388-46364621)
chr7 (21-245)||(46365271-46365495)
chr7 (21-245)||(46364835-46365059)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (21-254)||(26059624-26059857)
chr3 (21-254)||(21633384-21633617)
chr3 (21-249)||(4358308-4358536)
chr3 (21-254)||(21634247-21634480)
chr3 (21-245)||(26060506-26060730)
chr3 (21-245)||(4357435-4357659)
chr3 (21-245)||(26060071-26060295)
chr3 (21-245)||(4357870-4358094)
chr3 (21-245)||(21633809-21634033)
chr3 (117-208)||(49827422-49827513)
chr3 (139-208)||(54763875-54763944)
chr3 (27-107)||(21633614-21633694)
chr3 (27-87)||(26059567-26059627)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (21-254)||(41778317-41778550)
chr1 (21-254)||(50988185-50988418)
chr1 (21-254)||(37398572-37398806)
chr1 (21-254)||(7715745-7715978)
chr1 (21-245)||(4291932-4292156)
chr1 (21-245)||(33209126-33209350)
chr1 (21-254)||(41777455-41777688)
chr1 (21-242)||(37397699-37397920)
chr1 (21-245)||(37398134-37398358)
chr1 (21-245)||(41777879-41778103)
chr1 (21-254)||(4291060-4291283)
chr1 (21-245)||(4291497-4291721)
chr1 (21-245)||(50987747-50987971)
chr1 (25-174)||(22521005-22521154)
chr1 (26-164)||(22521452-22521590)
chr1 (26-77)||(22520500-22520551)
chr1 (36-170)||(22522000-22522132)
chr1 (26-186)||(20201212-20201371)
chr1 (27-87)||(7715688-7715748)
chr1 (27-87)||(37398803-37398863)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (21-254)||(36031947-36032180)
chr4 (21-249)||(18122204-18122432)
chr4 (21-237)||(37087087-37087303)
chr4 (21-245)||(37086214-37086438)
chr4 (21-245)||(36032828-36033052)
chr4 (21-245)||(37086649-37086873)
chr4 (21-245)||(36032394-36032618)
chr4 (27-87)||(37087310-37087370)
chr4 (139-207)||(54961006-54961073)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (21-254)||(20400253-20400486)
chr5 (21-254)||(34997621-34997854)
chr5 (21-245)||(34996748-34996972)
chr5 (21-254)||(17842958-17843191)
chr5 (21-241)||(20400701-20400922)
chr5 (21-245)||(34997182-34997406)
chr5 (140-208)||(27433819-27433887)
chr5 (139-208)||(27433301-27433370)
chr5 (27-87)||(20400196-20400256)
chr5 (27-87)||(34997851-34997911)
[»] scaffold0517 (1 HSPs)
scaffold0517 (21-242)||(9293-9514)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (21-161)||(29588943-29589083)
chr2 (139-208)||(1076825-1076894)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (130-254)||(44840980-44841104)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (23-196)||(18754020-18754194)
chr6 (23-173)||(18754464-18754613)
chr6 (114-213)||(5323840-5323939)
chr6 (119-208)||(5323053-5323142)
chr6 (36-208)||(30696109-30696280)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 46364621 - 46364388
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46364621 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacatagattgaataaaatttcgtagataactgaa 46364522  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46364521 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 46364422  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46364421 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 46364388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 46365495 - 46365271
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46365495 acatcatcatctcaattcaattctccaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 46365396  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  46365395 atgcatcagataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagagaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttag 46365296  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  46365295 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 46365271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 46365059 - 46364835
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  46365059 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaattttgtagataactgaa 46364960  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  46364959 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaacaaaccatgataaacgatatttat 46364860  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  46364859 aaaaaattggtcttgctaaaatgtt 46364835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 26059857 - 26059624
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26059857 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 26059758  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26059757 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 26059658  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26059657 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 26059624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Original strand, 21633384 - 21633617
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21633384 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 21633483  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21633484 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 21633583  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21633584 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 21633617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 249
Target Start/End: Original strand, 4358308 - 4358536
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4358308 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggttaaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 4358407  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4358408 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 4358507  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcat 249  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4358508 aaaatattggttttgctaaaatgtttcat 4358536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Original strand, 21634247 - 21634480
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  21634247 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttattaactaaaatgctcaggataaacagagattaaataaaatttcgtagataactaaa 21634346  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21634347 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcactaactaaactaactttgataaacgatatttat 21634446  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21634447 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 21634480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 26060730 - 26060506
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26060730 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 26060631  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  26060630 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagagaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttag 26060531  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  26060530 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 26060506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 4357435 - 4357659
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4357435 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 4357534  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  4357535 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacaagagaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttag 4357634  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  4357635 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 4357659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 26060295 - 26060071
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26060295 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 26060196  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  26060195 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttat 26060096  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  26060095 aaaaaattggtcttgctaaaatgtt 26060071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 4357870 - 4358094
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4357870 acatcatcacctcaatttaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacagaataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 4357969  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  4357970 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttat 4358069  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  4358070 aaaaaattggtcttgctaaaatgtt 4358094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 21633809 - 21634033
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21633809 acatcatcacctcaattcaattctacaacaatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 21633908  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  21633909 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttat 21634008  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    ||||||||||| || ||||||||||    
T  21634009 aaaaaattggtcttactaaaatgtt 21634033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 117 - 208
Target Start/End: Original strand, 49827422 - 49827513
Alignment:
Q  117 tgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgata 208  Q
    |||||||||| ||| |||  | ||||| ||||||||| | || ||||  ||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  49827422 tgaaatgcatgggagaagctgacattggctaaaattttagaaataactgaaatgcacgagataagttgccactaactaaactaactttgata 49827513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 208
Target Start/End: Original strand, 54763875 - 54763944
Alignment:
Q  139 cattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgata 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |  | |||||||| || |||||| |||||||||||    
T  54763875 cattgacaaaaatttcaaaagtaactcaaatgcacggtataagttgtcactgactaaattaactttgata 54763944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 107
Target Start/End: Original strand, 21633614 - 21633694
Alignment:
Q  27 tcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttc 107  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||||| || || ||||||||||| | ||| ||||| | ||||| |||| ||||    
T  21633614 tcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggagaaacaaacattgactaaactttc 21633694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 26059627 - 26059567
Alignment:
Q  27 tcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaa 87  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||||| || || ||||||||||| | |||||||    
T  26059627 tcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaa 26059567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Original strand, 41778317 - 41778550
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  41778317 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagaggttgaataaaatttcgtagataactgaa 41778416  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41778417 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 41778516  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41778517 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 41778550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Original strand, 50988185 - 50988418
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  50988185 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaagataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 50988284  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50988285 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 50988384  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50988385 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 50988418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Original strand, 37398572 - 37398806
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37398572 acatcatcacctcgattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 37398671  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37398672 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 37398771  T
Q  221 -aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37398772 aaaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 37398806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 7715978 - 7715745
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  7715978 acatcatcacctcaattcaattctacaaagatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattgaatacaatttcgtagataactgaa 7715879  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7715878 atgaatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtagcataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 7715779  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7715778 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 7715745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 4292156 - 4291932
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4292156 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttataaactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 4292057  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  4292056 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagagaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttag 4291957  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  4291956 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 4291932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 33209126 - 33209350
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33209126 acatcatcacctcaattcaattctaaaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacaaagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 33209225  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  33209226 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagagaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttag 33209325  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  33209326 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 33209350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Original strand, 41777455 - 41777688
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41777455 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacatgataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 41777554  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  41777555 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgggacaagttgtcgttaactaaactaactttgataaccgatatttaa 41777654  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  41777655 aaaaaattggctttgctaaaatgtttcatgtcac 41777688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 21 - 242
Target Start/End: Original strand, 37397699 - 37397920
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37397699 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatctactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 37397798  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  37397799 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagagaaggtgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttag 37397898  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaat 242  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37397899 aaaaaattggttttgctaaaat 37397920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 37398134 - 37398358
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  37398134 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaagataaacagagattgaattaaatttcgtagataactgaa 37398233  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  37398234 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaacaaactgtgataaccgatatttat 37398333  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  37398334 aaaaaattggtcttgctaaaatgtt 37398358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 41777879 - 41778103
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41777879 acatcatcacctcaattcaattctacaacaatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 41777978  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  41777979 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttat 41778078  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    ||||||||||| || || |||||||    
T  41778079 aaaaaattggtcttactgaaatgtt 41778103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 4291283 - 4291060
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4291283 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttattaactaaaatgctcaagataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 4291184  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||          ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4291183 atgcatcggataagtggtcatggactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagaca----------aactaaacttactttgataaacgatatttat 4291094  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4291093 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 4291060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 4291721 - 4291497
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  4291721 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgcacacttatcaacttaaatgcacagaataaacatatattgaataaaatttcgtagataactgaa 4291622  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  4291621 atgcatcggataagtggtcattgagtaaaatttcaaaagtaacataaatggacgagataagttgtcgctaactaaacaaactatgataatcgatatttat 4291522  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  4291521 aaaaaattggtcttgctaaaatgtt 4291497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 50987747 - 50987971
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||    
T  50987747 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgtacacttatcaacttaaatgcacaagataaacagagattgaataaaatttcgtaaataacttaa 50987846  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  50987847 atgtatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagttgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttat 50987946  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||  ||||||||||||    
T  50987947 aaaaaattggtcatgctaaaatgtt 50987971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 174
Target Start/End: Original strand, 22521005 - 22521154
Alignment:
Q  25 catcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaaatgc 124  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| | |  || ||  |   |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  22521005 catcacctcaatttaattttacaatgaaatcgaacacttatcaacaaaaatacacgagacaagtaggcattgaataaaattttgtagataattgaaatgc 22521104  T
Q  125 atcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatg 174  Q
    || ||| |||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  22521105 attggaaaagtgggcattgactaaaatagcaaaagtaacgtaaatgcatg 22521154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 164
Target Start/End: Original strand, 22521452 - 22521590
Alignment:
Q  26 atcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaaatgca 125  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||      ||||| | | ||||||    | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  22521452 atcacctcaattcaattctacaatgatattgaacacttagtttaaaaaatacacgggataagtggacattgaatacaatttcgtagataactgaaatgca 22521551  T
Q  126 tcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaaca 164  Q
    | | | || ||| |||| |||||||||| ||||||||||    
T  22521552 tggtaaaaatgggcattcactaaaattttaaaagtaaca 22521590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 77
Target Start/End: Original strand, 22520500 - 22520551
Alignment:
Q  26 atcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgc 77  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||    
T  22520500 atcacctcaattcaattctaaaatgatattcaatacttatcaactaaaatgc 22520551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 36 - 170
Target Start/End: Original strand, 22522000 - 22522132
Alignment:
Q  36 ttcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaaatgcatcggataagt 135  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |   ||||  | | |||||||||||||  ||||| |  | |||||||  ||| ||||    
T  22522000 ttcaattctacaatgttattgaacacttatcaactaaaatgtacgacataagtagacattgaataaaatt--gtagatagattaaatgcacgggagaagt 22522097  T
Q  136 ggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatg 170  Q
     | |||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  22522098 aggcattgactaaaatttctaaagtaacgtaaatg 22522132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 186
Target Start/End: Original strand, 20201212 - 20201371
Alignment:
Q  26 atcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaaatgca 125  Q
    ||||||||  |||||||| |||| || ||||||| || |||||||||||||| | | |||||   | ||||  |||||||| ||| | |||| |||||||    
T  20201212 atcacctcgcttcaattcgacaatgacattgaactctcatcaactaaaatgcacggaataaatggacattgtctaaaattttgtaaataactaaaatgca 20201311  T
Q  126 tcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtc 186  Q
    | ||| || ||| ||||||  |||| ||||||||||||  ||||||||| || ||||||||    
T  20201312 tgggagaaatggacattga-gaaaaattcaaaagtaactcaaatgcatgggataagttgtc 20201371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 7715748 - 7715688
Alignment:
Q  27 tcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaa 87  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||||| || || ||||||||||| | |||||||    
T  7715748 tcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaa 7715688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 87
Target Start/End: Original strand, 37398803 - 37398863
Alignment:
Q  27 tcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaa 87  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||||| || || ||||||||||| | |||||||    
T  37398803 tcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaa 37398863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 36032180 - 36031947
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  36032180 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaagataaacagagattgaataaaatttcatagataactgaa 36032081  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36032080 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 36031981  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36031980 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 36031947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 249
Target Start/End: Original strand, 18122204 - 18122432
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18122204 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggttaaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 18122303  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18122304 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 18122403  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcat 249  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18122404 aaaatattggttttgctaaaatgtttcat 18122432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 237
Target Start/End: Original strand, 37087087 - 37087303
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37087087 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcgggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 37087186  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37087187 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 37087286  T
Q  221 aaaaaattggttttgct 237  Q
    |||||||||||||||||    
T  37087287 aaaaaattggttttgct 37087303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 37086214 - 37086438
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37086214 acatcatcacctcaattccattctacagcgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 37086313  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  37086314 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagagaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttag 37086413  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  37086414 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 37086438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 36033052 - 36032828
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  36033052 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacactgatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgcagaaaactgaa 36032953  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  36032952 atgcatcggataagtggtcattaactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagagaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttag 36032853  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  36032852 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 36032828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 37086649 - 37086873
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37086649 acatcatcacctcaattcaattctacaacgataatgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 37086748  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  37086749 atgcattggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttat 37086848  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  37086849 aaaaaattggtcttgctaaaatgtt 37086873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 36032618 - 36032394
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36032618 acatcaccacctcaattcgattctacaacgatattgcacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 36032519  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  36032518 atgcatcagataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttat 36032419  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  36032418 aaaaaattggtcttgctaaaatgtt 36032394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 87
Target Start/End: Original strand, 37087310 - 37087370
Alignment:
Q  27 tcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaa 87  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||    
T  37087310 tcacctcacttcaattctataatgatattgaacccttataaactaaaatgcacgggataaa 37087370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 207
Target Start/End: Original strand, 54961006 - 54961073
Alignment:
Q  139 cattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgat 207  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||| |||||||| || || ||||||||||||||    
T  54961006 cattgactaaaatttcagaagtaactcaaatgcacgagataagttgtcactgac-aaactaactttgat 54961073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 20400486 - 20400253
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20400486 acatcatcacctcaattcaattctacaatgatattgaacacttatcaacttaaatgcacatgataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 20400387  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20400386 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 20400287  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20400286 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 20400253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Original strand, 34997621 - 34997854
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||||||    
T  34997621 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattggacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattgaataaaatttcgttaataactgaa 34997720  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34997721 atggatcggataagtggtcattgattaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 34997820  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34997821 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatgtcac 34997854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 34996748 - 34996972
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34996748 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactagaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 34996847  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  34996848 atgcatcggataagtggtcattggctaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagagaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttag 34996947  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  34996948 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 34996972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 21 - 254
Target Start/End: Original strand, 17842958 - 17843191
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  17842958 acatcatcacctcaattcaattttacaatgatattaaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaatacaatttcgtagataactgaa 17843057  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17843058 atacatcggataagtggtcattaactaaaatttcaaaagtaaaataaatgcacgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 17843157  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  17843158 aaaaaattgattttgctaaaatgtttcatgtcac 17843191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 20400922 - 20400701
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20400922 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatacacaggataaatagagattgaataaaatttcgtagaaaactgaa 20400823  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaac-taactttgataaacgatattta 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  20400822 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagagaagttgtcgctgactaaacttaactttgataaacaatattta 20400723  T
Q  220 taaaaaattggttttgctaaaa 241  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  20400722 gaaaaaattggttttgctaaaa 20400701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 34997182 - 34997406
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  34997182 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattaaataaaatttcgtagataactgaa 34997281  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  34997282 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttat 34997381  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaatgtt 245  Q
    |||||||||||  ||||||||||||    
T  34997382 aaaaaattggtcatgctaaaatgtt 34997406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 140 - 208
Target Start/End: Original strand, 27433819 - 27433887
Alignment:
Q  140 attgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgata 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| | | || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27433819 attgacaaaaatttcaaaagtaactcaaatggacgggataagttgtcactaactaaactaactttgata 27433887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 208
Target Start/End: Original strand, 27433301 - 27433370
Alignment:
Q  139 cattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgata 208  Q
    |||||||||| |||||| |||||||  ||||||| | || ||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  27433301 cattgactaagatttcagaagtaactcaaatgcacgggataagttatcactaactaaattaactttgata 27433370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 20400256 - 20400196
Alignment:
Q  27 tcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaa 87  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||||| || || ||||||||||| | |||||||    
T  20400256 tcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaa 20400196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 87
Target Start/End: Original strand, 34997851 - 34997911
Alignment:
Q  27 tcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaa 87  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||||| || || ||||||||||| | |||||||    
T  34997851 tcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaa 34997911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0517 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0517
Description:

Target: scaffold0517; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 9514 - 9293
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9514 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 9415  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9414 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcacgagataagctgtcgctaactaaactaactttgataatcgatatttat 9315  T
Q  221 aaaaaattggttttgctaaaat 242  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  9314 aaaaaattggtcttgctaaaat 9293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 29589083 - 29588943
Alignment:
Q  21 acatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29589083 acatcatcacctcaattcaattctacaacaatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaa 29588984  T
Q  121 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagta 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29588983 atgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagta 29588943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 208
Target Start/End: Original strand, 1076825 - 1076894
Alignment:
Q  139 cattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgata 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |  | |||||||| || |||||| |||||||||||    
T  1076825 cattgacaaaaatttcaaaagtaactcaaatgcacggtataagttgtcactgactaaattaactttgata 1076894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 130 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 44841104 - 44840980
Alignment:
Q  130 ataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattg 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44841104 ataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgaacgaaacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattg 44841005  T
Q  230 gttttgctaaaatgtttcatctcac 254  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  44841004 attttgctaaaatgtttcatatcac 44840980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 59; Significance: 5e-25; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 18754194 - 18754020
Alignment:
Q  23 atcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaaat 122  Q
    ||||||||||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||||||| | |||||| |  || ||  ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  18754194 atcatcacctcaatttaatgcatcaatgatattgaacacttatcaatttaaatgcacgagacaagtacatattgaataaaattacgtagataactgaaat 18754095  T
Q  123 gcatcggataagtggtcattgactaaa-atttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaa 196  Q
    ||||| || || |||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||| |||| || |||||| | ||||||    
T  18754094 gcatctgaaaaatggtcattgactaaactttttaaaagtaacgtaaatgcacgagataatttgtcgttgactaaa 18754020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 18754613 - 18754464
Alignment:
Q  23 atcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaaat 122  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||   | | |||| ||||||||||| | |||||||||    
T  18754613 atcatcacttcaattcaattctacaatgttattgaatacttatcaactaaaatgcactagataaatggacaatgaacaaaatttcgtatataactgaaat 18754514  T
Q  123 gcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcat 173  Q
    || | |   || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18754513 gcgt-gctgaactgggcattgactaaaatttcaaaagtaacgtaaatgcat 18754464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 213
Target Start/End: Original strand, 5323840 - 5323939
Alignment:
Q  114 aactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgataaacga 213  Q
    |||| |||||||| ||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||  ||||||| || | ||||||||   ||||||||||||||||||| ||||    
T  5323840 aactaaaatgcatgggagaagtgggcattgacaaaaaattcaaaagtaactcaaatgcacgaaataagttgtcatcaactaaactaactttgatacacga 5323939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 208
Target Start/End: Original strand, 5323053 - 5323142
Alignment:
Q  119 aaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgata 208  Q
    |||||||| ||| ||| || |||||||||||| ||||||| |||| |||||||| | || |||| |||  |||||||| |||||||||||    
T  5323053 aaatgcatgggagaagcgggcattgactaaaagttcaaaattaacttaaatgcacgggataagtagtcaataactaaattaactttgata 5323142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 30696280 - 30696109
Alignment:
Q  36 ttcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacacagattgaataaaatttcgtagacaactgaaatgcatcggataagt 135  Q
    ||||||||||||| || | |||||  | |||||||||||||| | ||||||   || ||||  |||||||| ||| | |||| |||||||| ||| ||||    
T  30696280 ttcaattctacaatgacagtgaaccgtcatcaactaaaatgcacgggataagtgcatattgtctaaaattttgtaaataactaaaatgcataggagaagt 30696181  T
Q  136 ggtcattgactaaaatttcaaaagtaacataaatgcatgagacaagttgtcgctaactaaactaactttgata 208  Q
    || ||||| | |||| || |||| ||||| ||||||| | || ||||||||  | |||||| ||| |||||||    
T  30696180 gggcattg-ccaaaaattaaaaaataacacaaatgcacgggataagttgtcattgactaaattaaatttgata 30696109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 6357 times since January 2019
Visitors: 5767