View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0783-Insertion-2 (Length: 880)

Name: NF0783-Insertion-2
Description: NF0783
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0783-Insertion-2
NF0783-Insertion-2
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (24-570)||(39676639-39677185)
chr5 (27-570)||(10867096-10867639)
chr5 (27-569)||(10886730-10887272)
chr5 (27-570)||(10872673-10873216)
chr5 (27-570)||(10877744-10878287)
chr5 (27-570)||(10882815-10883358)
chr5 (24-376)||(10047038-10047390)
chr5 (640-880)||(39676329-39676569)
chr5 (378-564)||(10046747-10046933)
chr5 (642-878)||(10046387-10046623)
chr5 (640-866)||(10873300-10873526)
chr5 (640-866)||(10878371-10878597)
chr5 (640-866)||(10883442-10883668)
chr5 (642-869)||(10887362-10887589)
chr5 (640-866)||(10866779-10867005)
chr5 (27-376)||(37950091-37950440)
chr5 (364-475)||(37949456-37949567)
chr5 (780-869)||(37948236-37948325)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (26-376)||(30707962-30708312)
chr8 (669-866)||(30709368-30709565)
chr8 (384-475)||(30708446-30708537)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 39677185 - 39676639
Alignment:
Q  24 tatacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgag 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39677185 tatacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgag 39677086  T
Q  124 caggatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagatt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39677085 caggatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagatt 39676986  T
Q  224 tttaagcatgttaagctcaaccaaagacttcacactagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676985 tttaagcatgttaagctcaaccaaagactccacgctagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccct 39676886  T
Q  324 ctcccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaat 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676885 ctcccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaat 39676786  T
Q  424 caagtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccccattgcatcaccggttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgctatagtagc 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676785 caagtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccccattgcatcaccggttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgctatagtagc 39676686  T
Q  524 tttaatattttgtaatcttgcaaatctacttgacctaaatatatatc 570  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676685 tttaatattttgtaatcttgcaaatctacttgacctaaatatatatc 39676639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 10867639 - 10867096
Alignment:
Q  27 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgagcag 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  10867639 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtcatacagtgagaactttcaacattctgagcag 10867540  T
Q  127 gatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagattttt 226  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10867539 gatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattaaagccgccaagagcaccagccatggctgaaccggtaaggttttt 10867440  T
Q  227 aagcatgttaagctcaaccaaagacttcacactagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccctctc 326  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10867439 tagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacacaccactgatttccctctc 10867340  T
Q  327 ccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaatcaa 426  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  10867339 ccttcaatccaattcactgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcgggaaaatcggtttgaagaaaatcaa 10867240  T
Q  427 gtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccccattgcatcaccggttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgctatagtagcttt 526  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  10867239 gtacgttttgtacacctttcgataccatgttcatccccattgcatcacccgttgaacaagtgaatctagtgtacaaattctttcctgccatagtagcttt 10867140  T
Q  527 aatattttgtaatcttgcaaatctacttgacctaaatatatatc 570  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10867139 aatactctgtaatcttgcaaatctacttgacctaaataaatatc 10867096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 569
Target Start/End: Original strand, 10886730 - 10887272
Alignment:
Q  27 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgagcag 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  10886730 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtcatacagtgagaactttcaacattctgagcag 10886829  T
Q  127 gatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagattttt 226  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10886830 gatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcgttaaagccgccaagtgcaccagccatggctgaaccggtaaggttttt 10886929  T
Q  227 aagcatgttaagctcaaccaaagacttcacactagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccctctc 326  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10886930 tagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacacaccactgatttccctctc 10887029  T
Q  327 ccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaatcaa 426  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  10887030 ccttcaatccaattcactgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcgggaaaatcggtttgaagaaaatcaa 10887129  T
Q  427 gtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccccattgcatcaccggttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgctatagtagcttt 526  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10887130 gtacgttttgtacacctttcgataccatgttcatccccattgcatcacccgttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgccatagtagcttt 10887229  T
Q  527 aatattttgtaatcttgcaaatctacttgacctaaatatatat 569  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10887230 aatactctgtaatcttgcaaatctacttgacctaaataaatat 10887272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 570
Target Start/End: Original strand, 10872673 - 10873216
Alignment:
Q  27 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgagcag 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  10872673 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtcatacagtgagaactttcaacattctgagcag 10872772  T
Q  127 gatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagattttt 226  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10872773 gatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattaaagccgccaagagcaccagccatggctgaaccggtaaggttttt 10872872  T
Q  227 aagcatgttaagctcaaccaaagacttcacactagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccctctc 326  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10872873 tagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaattacagcctcacacaccactgatttccctctc 10872972  T
Q  327 ccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaatcaa 426  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  10872973 ccttcaatccagttcactgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcgggaaaatcggtttgaagaaaatcaa 10873072  T
Q  427 gtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccccattgcatcaccggttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgctatagtagcttt 526  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  10873073 gtacgttttgtacacctttcgataccatgttcatccccattgcatcacccgttgaacaagtgaacctagtgtataaattctttccagccatagtagcttt 10873172  T
Q  527 aatattttgtaatcttgcaaatctacttgacctaaatatatatc 570  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10873173 aatactctgtagtcttgcaaatctacttgacctaaataaatatc 10873216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 570
Target Start/End: Original strand, 10877744 - 10878287
Alignment:
Q  27 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgagcag 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  10877744 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtcatacagtgagaactttcaacattctgagcag 10877843  T
Q  127 gatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagattttt 226  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10877844 gatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattaaagccgccaagagcaccagccatggctgaaccggtaaggttttt 10877943  T
Q  227 aagcatgttaagctcaaccaaagacttcacactagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccctctc 326  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10877944 tagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaattacagcctcacacaccactgatttccctctc 10878043  T
Q  327 ccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaatcaa 426  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  10878044 ccttcaatccagttcactgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcgggaaaatcggtttgaagaaaatcaa 10878143  T
Q  427 gtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccccattgcatcaccggttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgctatagtagcttt 526  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  10878144 gtacgttttgtacacctttcgataccatgttcatccccattgcatcacccgttgaacaagtgaacctagtgtataaattctttccagccatagtagcttt 10878243  T
Q  527 aatattttgtaatcttgcaaatctacttgacctaaatatatatc 570  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10878244 aatactctgtagtcttgcaaatctacttgacctaaataaatatc 10878287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 570
Target Start/End: Original strand, 10882815 - 10883358
Alignment:
Q  27 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgagcag 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  10882815 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtcatacagtgagaactttcaacattctgagcag 10882914  T
Q  127 gatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagattttt 226  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10882915 gatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattaaagccgccaagagcaccagccatggctgaaccggtaaggttttt 10883014  T
Q  227 aagcatgttaagctcaaccaaagacttcacactagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccctctc 326  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10883015 tagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaattacagcctcacacaccactgatttccctctc 10883114  T
Q  327 ccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaatcaa 426  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  10883115 ccttcaatccagttcactgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcgggaaaatcggtttgaagaaaatcaa 10883214  T
Q  427 gtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccccattgcatcaccggttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgctatagtagcttt 526  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  10883215 gtacgttttgtacacctttcgataccatgttcatccccattgcatcacccgttgaacaagtgaacctagtgtataaattctttccagccatagtagcttt 10883314  T
Q  527 aatattttgtaatcttgcaaatctacttgacctaaatatatatc 570  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10883315 aatactctgtagtcttgcaaatctacttgacctaaataaatatc 10883358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 24 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 10047390 - 10047038
Alignment:
Q  24 tatacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgag 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  10047390 tatacctcaatggaaggcatagtaacagagatgtgaaggtctttgccatcattcacagcttccatcatggtcatacattgagaactctcaacattctgag 10047291  T
Q  124 caggatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagatt 223  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10047290 caggatcttgacctgtagccaagtaaatagcagaaacaatattactagcatgtgcattgaatccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagatt 10047191  T
Q  224 tttaagcatgttaagctcaaccaaagacttcacactagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccct 323  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10047190 ttttaacatgttaagctcaaccaaagactccacactaatcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacacaccactgatttccct 10047091  T
Q  324 ctcccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttcc 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  10047090 ctcccttcaatccaattcaccgccgcggctttcttatccgaacaaaaatttcc 10047038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 640 - 880
Target Start/End: Complemental strand, 39676569 - 39676329
Alignment:
Q  640 acttacttgttgaatgtatgagagatggaatcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcagagttgaaccttacga 739  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  39676569 acttacttgttgaatgtatgagagatggaatcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcggagttgaatcttacga 39676470  T
Q  740 caggagctctggtcattccatcacgaaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaacc 839  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676469 caggagctctggtcattccatcacgaaggacaactgccgaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaacc 39676370  T
Q  840 ttcagtggttgccattggcacggtgtattctttaccatcga 880  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676369 ttcagtggttgccattggcacggtgtattctttaccatcga 39676329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 378 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 10046933 - 10046747
Alignment:
Q  378 gatataccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaatcaagtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccccattgcatcaccgg 477  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10046933 gatataccaataacatccatatcaggaaaatcgctttgaagaaaatcaagtacgttttgtacaccttttgataccatgttcattcccattgcatcaccgg 10046834  T
Q  478 ttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgctatagtagctttaatattttgtaatcttgcaaatctacttgacctaaata 564  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  10046833 ttgaacatgtaaatctaatgtataaattctttcctgccattgttgctttaatattctgtaatctcgcaaatctacttgacctgaata 10046747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 642 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 10046623 - 10046387
Alignment:
Q  642 ttacttgttgaatgtatgagagatggaatcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcagagttgaaccttacgaca 741  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  10046623 ttacttgttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaaaaactttaactgagaagctcttttagcggagttgaatcttacgacg 10046524  T
Q  742 ggagctctggtcattccatcacgaaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaacctt 841  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  10046523 ggggctctggtcatgccatcacggaggacaaccgcggaagcaccaccggaaacataaatagctttacaacctctattagtacttgcaaccaaacaacctt 10046424  T
Q  842 cagtggttgccattggcacggtgtattctttaccatc 878  Q
    | || |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||    
T  10046423 ccgtcgttgccatcggcaccgtgtactctttcccatc 10046387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 640 - 866
Target Start/End: Original strand, 10873300 - 10873526
Alignment:
Q  640 acttacttgttgaatgtatgagagatggaatcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcagagttgaaccttacga 739  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  10873300 acttacttgttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttacga 10873399  T
Q  740 caggagctctggtcattccatcacgaaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaacc 839  Q
    | || |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  10873400 ctggggctcgggtcattccgtcacggaggacaacggcggaagcaccaccggaaacataaatagctttacagcctctattggtgcttgcaaccaaacaacc 10873499  T
Q  840 ttcagtggttgccattggcacggtgta 866  Q
    ||| || |||||||| ||||| |||||    
T  10873500 ttcggttgttgccatgggcaccgtgta 10873526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 640 - 866
Target Start/End: Original strand, 10878371 - 10878597
Alignment:
Q  640 acttacttgttgaatgtatgagagatggaatcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcagagttgaaccttacga 739  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  10878371 acttacttgttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttacga 10878470  T
Q  740 caggagctctggtcattccatcacgaaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaacc 839  Q
    | || |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  10878471 ctggggctcgggtcattccgtcacggaggacaacggcggaagcaccaccggaaacataaatagctttacagcctctattggtgcttgcaaccaaacaacc 10878570  T
Q  840 ttcagtggttgccattggcacggtgta 866  Q
    ||| || |||||||| ||||| |||||    
T  10878571 ttcggttgttgccatgggcaccgtgta 10878597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 640 - 866
Target Start/End: Original strand, 10883442 - 10883668
Alignment:
Q  640 acttacttgttgaatgtatgagagatggaatcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcagagttgaaccttacga 739  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  10883442 acttacttgttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttacga 10883541  T
Q  740 caggagctctggtcattccatcacgaaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaacc 839  Q
    | || |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  10883542 ctggggctcgggtcattccgtcacggaggacaacggcggaagcaccaccggaaacataaatagctttacagcctctattggtgcttgcaaccaaacaacc 10883641  T
Q  840 ttcagtggttgccattggcacggtgta 866  Q
    ||| || |||||||| ||||| |||||    
T  10883642 ttcggttgttgccatgggcaccgtgta 10883668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 642 - 869
Target Start/End: Original strand, 10887362 - 10887589
Alignment:
Q  642 ttacttgttgaatgtatgagagatggaatcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcagagttgaaccttacgaca 741  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||     
T  10887362 ttacttgttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttacaacg 10887461  T
Q  742 ggagctctggtcattccatcacgaaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaacctt 841  Q
    || |||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  10887462 ggggctctggtcattccgtcgcggagcacaacagcggaagcacctccggaaacataaatagctttacagcctctgttggtgcttgcaaccaaacaacctt 10887561  T
Q  842 cagtggttgccattggcacggtgtattc 869  Q
    | || |||||||| ||||| ||||||||    
T  10887562 cggttgttgccatgggcaccgtgtattc 10887589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 640 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 10867005 - 10866779
Alignment:
Q  640 acttacttgttgaatgtatgagagatggaatcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcagagttgaaccttacga 739  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  10867005 acttacttgttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgggaagctcttttggcagagttgaatcttacaa 10866906  T
Q  740 caggagctctggtcattccatcacgaaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaacc 839  Q
    | || |||||||||||||| || || || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  10866905 cgggggctctggtcattccgtcgcggagcacaaccgcggaagccccaccggaaacataaatagctttacagcctctattggtgcttgcaaccaaacaacc 10866806  T
Q  840 ttcagtggttgccattggcacggtgta 866  Q
    ||| || |||||||| ||||| |||||    
T  10866805 ttcggttgttgccatgggcaccgtgta 10866779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 27 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 37950440 - 37950091
Alignment:
Q  27 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgagcag 126  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | |||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  37950440 acctcaatggatggcattgtcactgaaatatgaaggtctctcccatcatttacggcttccatcattgttatgcaatgggaactttcaacattttgagctg 37950341  T
Q  127 gatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagattttt 226  Q
    |||||||||| || || |   |||  || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |  || ||||||| ||| |||||    
T  37950340 gatcttgaccagtggctataaaaatggcagaaacaatgttactagcatgggcattgaatccaccaagagtgccagcaacagcagaaccagcaaggttttt 37950241  T
Q  227 aagcatgttaagctcaaccaaagacttcacactagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccctctc 326  Q
     |||||||| ||||| || |  |    |||  | |||||||| || ||||||||||| ||||| || || |  || |||||||| ||||||||||| |      
T  37950240 gagcatgtttagctccactagggcagccaccttggtcttcaataccttcttcaccacatcttctttgataattgcttcacaaacaactgatttcccgcgt 37950141  T
Q  327 ccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttcc 376  Q
    || ||||||||||| || || |||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  37950140 ccctcaatccaattaactgcggcaggtttcttatccgaacaataatttcc 37950091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 364 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 37949567 - 37949456
Alignment:
Q  364 aacaaaaatttccagatataccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaatcaagtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccc 463  Q
    |||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||| || |||| |||||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  37949567 aacagaaattacctgatatgccaataacatccatgtcagggaaatcatttcgaaggaaatcaagaacgttctgcacccctttggagaccatgttcatccc 37949468  T
Q  464 cattgcatcacc 475  Q
    ||| ||||||||    
T  37949467 catggcatcacc 37949456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 780 - 869
Target Start/End: Complemental strand, 37948325 - 37948236
Alignment:
Q  780 agcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaaccttcagtggttgccattggcacggtgtattc 869  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||| || ||||||||    
T  37948325 agcaccaccagaaacatatatagctttacaccctctattagtactagcaaccaaacacccttctgtagtcgccattggaacagtgtattc 37948236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 175; Significance: 9e-94; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 26 - 376
Target Start/End: Original strand, 30707962 - 30708312
Alignment:
Q  26 tacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgagca 125  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  30707962 tacctcaatggaaggcatggtgacagaaatgtgaaggtccttgccatcattcacagcttccatcatggtaatacaatgagaactctccacattctgagca 30708061  T
Q  126 ggatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagatttt 225  Q
    ||||||||||| || || | ||| || || || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||| || || |    
T  30708062 ggatcttgaccagtggctatgtagacagcagagacaatgttgctagcatgagcattgaacccaccaagagcaccagcaagggctgatccagttaggttct 30708161  T
Q  226 taagcatgttaagctcaaccaaagacttcacactagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccctct 325  Q
    |||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || || |     
T  30708162 taagcatgttaagctcaaccagtgcctccacactagtcttcaacactttcttcacaacctcttccttaataacagcctcacacaccacagacttaccacg 30708261  T
Q  326 cccttcaatccaattcaccgccgcagctttcttgtccgaacaaaaatttcc 376  Q
    |||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  30708262 cccttcaatccagtttacagccgccgctttcttgtcggaacagaaatttcc 30708312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 669 - 866
Target Start/End: Original strand, 30709368 - 30709565
Alignment:
Q  669 atcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcagagttgaaccttacgacaggagctctggtcattccatcacgaagg 768  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || || ||||||| || ||||||||| || ||    ||||| || ||||| ||||||||||||||||| | |||     
T  30709368 atcaaaattaagcggatcttccaagaaaaacttcaactcagcagctcttttggccgacgaaaacctaacaacaggtgctctggtcattccatctctaagc 30709467  T
Q  769 acaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaactaaacaaccttcagtggttgccattggcacggtgta 866  Q
    | ||| |  ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  30709468 aaaacagaagaagctccaccagaaacatgaatagctttacaccctctattagtacttgcaacaagacacccttcagtggtagccatgggcacagtgta 30709565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 384 - 475
Target Start/End: Original strand, 30708446 - 30708537
Alignment:
Q  384 ccaataacatccatatcaggaaaatcagtttgaagaaaatcaagtacgttttgtacaccttttgataccatgttcatccccattgcatcacc 475  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  30708446 ccaatgacatccatgtcaggaaagtcactctgaagaaaatcaaggacattttgaacaccttttgacaccatgttcatccccatggcatcacc 30708537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4555 times since January 2019
Visitors: 5751