View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0784-Insertion-1 (Length: 1084)

Name: NF0784-Insertion-1
Description: NF0784
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0784-Insertion-1
NF0784-Insertion-1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (8-886)||(23915611-23916486)
chr7 (231-272)||(28835214-28835255)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 723; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 23916486 - 23915611
Alignment:
Q  8 tttgcttcacataacatcatatgacaaaggagtttcttcctttgatctaccaattatgtgtatctggaaatgttgacatttaaatcagttaagcgagttg 107  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  23916486 tttgcttcacataacctcacacgacaaaggaatttcttcctt-gatctaccaattatgtgtatctggaaatgttgacatttaaataagttaagcaagttg 23916388  T
Q  108 taaaaacacgtatcaaaaactatggtgccaaagtaaatgttacaattctaaaatataaggtttttgcaaaagaaactttgatggcaattcaacaaaatat 207  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23916387 ttaaaa-acgtatcaaaaactatggtgccaaagtaaatgttacaattccaaattataaggtttttgcaaaagaaactttgatggcaattcaacaaagtat 23916289  T
Q  208 atacataagcataattacatgtctgattgagctcaagtggttaataagctcaagttaaggacgaaacaatcattgaccaaactttacttacatattggct 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23916288 atacataagcataattacatgtctgattgagctcaaatggttaataagctctagttaaggacgaaacaattattgaccaaactttacttacatattggct 23916189  T
Q  308 aatcttccgattactagggtcctttccctaggaaccgaaggattcagaccgaaaaaagaatagcatgcctcccatattgcatttactattaataatataa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23916188 aatcttccgattactagggtcctttccctaggaaccgaaggattcagaccgaaaaaagaatagcatgcctctcatattgcatttactattaataatataa 23916089  T
Q  408 gaaaatgggacttccaaatgtgatactaat--atatcttatcatgacaaaaaacctctactcaaaatataaactcaagcagaaaaacacagaagttgcat 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23916088 gaaaatgggacttccaaatgtgatactaattcatattttatcatgacaaaaaacctctactcaaaatataaactcaagcagaaaaacacagaagttgcat 23915989  T
Q  506 ccctgagatgattaatgtgtaaaatgatgagattagtaacattaagcacaagtaaacaggtggtaattaacaaaagccatatatgacatcacaaaactta 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23915988 ccctgagatgattaatgtgtaaaatgatgagattagtaacattaagcacaagtaaacaggtggtaattaacaaaagccatatatgacatcacaaaactta 23915889  T
Q  606 tgcaaccaccgaattaaacaaaaatacaaaattgaagagaaacatacctacaagcaatgatnnnnnnnnnnnnnnctttgctttcaagccaagattcatt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||    
T  23915888 tgcaaccaccgaattaaacaaaaatacaaaattgaagagaagcatacctacaagcaatgat---aaaaaaaaaaactttgctttcaagccaagattcatt 23915792  T
Q  706 ttatcttaaaaaatacaaaataccccgaatagaaaacactgagaaaatgaagaatcagagaatttaccagattatcgtaggaagaaaaatataatttctt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  23915791 ttatcttaaaaaatacaaaataccccgaatagaaaacactgagaaaatgaagaatcagagaatttaccaaattaccgcaggaagaaaaatataatttctt 23915692  T
Q  806 tgaaaactcgttatctggctcaataaccgactaatcctgaagcggtccaaatcagctagaaagcaaaatgtgaagacaaaa 886  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23915691 tgaaaactcggtatctggctcaataaccgactaatcctgaagcggtccaaatcagctagaaagcaaaatatgaagacaaaa 23915611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 231 - 272
Target Start/End: Original strand, 28835214 - 28835255
Alignment:
Q  231 tgattgagctcaagtggttaataagctcaagttaaggacgaa 272  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  28835214 tgattgagatcaagtggttgatgagctcaagttaaggacgaa 28835255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4866 times since January 2019
Visitors: 5752