View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0794_low_26 (Length: 262)

Name: NF0794_low_26
Description: NF0794
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0794_low_26
NF0794_low_26
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (31-262)||(4009714-4009945)
chr4 (13-259)||(3919901-3920147)
chr4 (13-262)||(3817314-3817563)
chr4 (14-262)||(3933126-3933374)
chr4 (20-259)||(3801307-3801546)
chr4 (31-262)||(4218361-4218592)
chr4 (14-262)||(3986713-3986961)
chr4 (14-262)||(3809734-3809982)
chr4 (21-262)||(4002022-4002258)
chr4 (14-262)||(4024950-4025192)
chr4 (71-262)||(3955709-3955894)
chr4 (14-59)||(3954565-3954610)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-262)||(13397665-13397916)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (31-153)||(7081381-7081503)
chr8 (23-62)||(7075417-7075456)
chr8 (26-62)||(7023411-7023447)
chr8 (25-59)||(7036508-7036542)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 31 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 4009945 - 4009714
Alignment:
Q  31 atgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagtagaataattg 130  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||   || ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4009945 atgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaggtcagctagagatgttatttagaactcttgattggtttcgatccgatagtagaataattt 4009846  T
Q  131 taacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgagtgaagcactggagctttt 230  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4009845 taacaactagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgaagatgatgatctatatcaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagctttt 4009746  T
Q  231 caatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4009745 caatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttg 4009714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 13 - 259
Target Start/End: Original strand, 3919901 - 3920147
Alignment:
Q  13 aagagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  3919901 aagagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctcgagatgttatttggaactcttgattggtttcaat 3920000  T
Q  113 ccgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgag 212  Q
    | ||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||| |   |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||    
T  3920001 ctgatagtagaataattctaacatccagagataagcaagtactaaggactaatgaagttgatcatgatggtctatatgaggttagggtattggattctag 3920100  T
Q  213 tgaagcactggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatc 259  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3920101 tgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatc 3920147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 3817563 - 3817314
Alignment:
Q  13 aagagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  3817563 aagagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctcgagatgttatttggaactcttgattggtttcaat 3817464  T
Q  113 ccgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgag 212  Q
    | ||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||| |    |||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  3817463 ctgatagtagaataattctaacatccagagataagcaagtactaaggaataatgaagttgaagatgatgatatatatgaggttggggtattggattctag 3817364  T
Q  213 tgaagcactggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    ||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  3817363 tgaagcacttgtgcttttcaattcgaatgcctttaaacaaagtcatcttg 3817314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 14 - 262
Target Start/End: Original strand, 3933126 - 3933374
Alignment:
Q  14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||     
T  3933126 agagacggatcggccgcatgaaagttcttattgttcttgatgatgtcaatgaaacagatctgctagagatgttatttggatctcttgattggtttcgatt 3933225  T
Q  114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgagt 213  Q
     |||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||| ||| || | |||||||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||||| |||    
T  3933226 agatagtagaataattgtaaccagtagaaataagcaagtgcttgttaccaatgaagttgataatgatgatctatgtgaggttagggtattggattctagt 3933325  T
Q  214 gaagcactggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3933326 gaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttg 3933374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 3801546 - 3801307
Alignment:
Q  20 ggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatag 119  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||| | |||||   || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  3801546 ggattggccgtatgaaggttcttattgatcttgatgatattaaggaagaaggtctgctagagatgttatttggaactcttgattggtttcaatctgatag 3801447  T
Q  120 tagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgagtgaagca 219  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3801446 tagaataattgtaacaagtagagataagcaagtacttattcctaatgaagtgtatgacgatgatctatatgaggttggggtattggattctagtgaagca 3801347  T
Q  220 ctggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatc 259  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3801346 cttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatc 3801307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 31 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 4218592 - 4218361
Alignment:
Q  31 atgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagtagaataattg 130  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | |||||   || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4218592 atgaaggttcttattgttcttgatgatattaaggaagaaggtctgctagagatgttatttggaactcttgattggtttcgatccgatagtagaatcattg 4218493  T
Q  131 taacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgagtgaagcactggagctttt 230  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||| |||| || || ||||| | ||||||    
T  4218492 taacatctagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgatgcacttgcgctttt 4218393  T
Q  231 caatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  4218392 caatttgaatgcctttaaagaaagtcatcttg 4218361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 3986961 - 3986713
Alignment:
Q  14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||||| |||    
T  3986961 agagacgaattggacgcatgaaggttcttatcattcttgatgatgttaaggacgaagatcagctagagatgttattcgaaactcttgactggtttcaatc 3986862  T
Q  114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgagt 213  Q
     ||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  3986861 agatagtagaataattctaacagccagagataagcaagtactttttgataatgaagttgacgatgatgatcgatatgaggttggggtattggattctagt 3986762  T
Q  214 gaagcactggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    || ||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3986761 gatgcacttgcacttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttg 3986713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 14 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 3809982 - 3809734
Alignment:
Q  14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| || |  |||||||||| |   |||||||||| ||     
T  3809982 agaggcggattggccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgacgtcaagggtacagatcagctggaaaaattatttggaagttgtgattggtttcaata 3809883  T
Q  114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgagt 213  Q
     ||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| | | ||||||||||||||| | | | |    
T  3809882 tgatagtagaataattttaacagccagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgataaagatgatctgtttgaggttggggtattgggtcctact 3809783  T
Q  214 gaagcactggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  3809782 gaagaacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtgatcttg 3809734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 21 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 4002258 - 4002022
Alignment:
Q  21 gattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagt 120  Q
    |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||   || |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4002258 gattggccgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaggtcaaatagagatgttatttggaactcttgattggtttcgatccgatagt 4002159  T
Q  121 agaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgagtgaagcac 220  Q
    || ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||     || | ||||| | |||||||| ||| |  | ||||| ||||    
T  4002158 aggataattgtaacgactagagacaagcaagtacttattactaatgaagttgat-----tgatatatatgaagttggggtgttgaaacctagtgaggcac 4002064  T
Q  221 tggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    | ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4002063 ttgagctttttcatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttg 4002022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 14 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 4025192 - 4024950
Alignment:
Q  14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||   || |||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||    
T  4025192 agagaaggattggccgtatgaaggtccttattgttcttgatgacgttaaggaagaaggtcagatagagatgttatttggaacacttgattggcttctatc 4025093  T
Q  114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgagt 213  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||| |||      ||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  4025092 tgatagtaggataattgtcacaactagagacatgcaagtacttatttgtaatgaagttgatcatg------tatatgaggttggggtattggattctagt 4024999  T
Q  214 gaagcactggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  4024998 gaagcacttgagcttttcaacttgaatgcatttaaacaacgtcatcttg 4024950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Original strand, 3955709 - 3955894
Alignment:
Q  71 atcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagt 170  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  3955709 atcaactagagattttatttggaactcttgattggtttcgatctgatagtagaataattgtaacaattagagacaagcaagtacttattactaatgaagt 3955808  T
Q  171 tgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcgagtgaagcactggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    ||||||      | ||||| | ||||||||| || |||  || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  3955809 tgatga------tatatatgaagttggggtactgaattatagcgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaatcaaagtcatcttg 3955894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 14 - 59
Target Start/End: Original strand, 3954565 - 3954610
Alignment:
Q  14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgt 59  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3954565 agagaaggattggccgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgt 3954610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 13397916 - 13397665
Alignment:
Q  14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    ||||| ||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||| | |||   || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13397916 agagaaggattggccatatgaaggttcttattgttcttgatgatgttacggaagaaggtcagctggagatgttatttggaactcttgattggtttcgatc 13397817  T
Q  114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaa---gttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattcg 210  Q
     ||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||     
T  13397816 tgatagtagaataattataacaaccagggataagcaagtacttattgctaatgaagttgttgatgatgatgctttatatgaggttagggtattggattct 13397717  T
Q  211 agtgaagcactggagcttttcaatttgagtgcctttaaacaaagtcatcttg 262  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13397716 agtgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttg 13397665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 7081503 - 7081381
Alignment:
Q  31 atgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagtagaataattg 130  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||  || | ||  |||| || ||| ||||||| || ||||||||| || | | ||||||||| ||||    
T  7081503 atgaaggttcttgttgttcttgacgatgtcaaggatccacaacaattagaaattttaattggaacacttgattggtttggaacaggtagtagaatcattg 7081404  T
Q  131 taacaactagagataggcaagta 153  Q
    ||||||||| ||||| |||||||    
T  7081403 taacaactaaagataagcaagta 7081381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 7075456 - 7075417
Alignment:
Q  23 ttagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaa 62  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7075456 ttagccgcatgaaggttcttattgttcttgatgatgtcaa 7075417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 62
Target Start/End: Original strand, 7023411 - 7023447
Alignment:
Q  26 gccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaa 62  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7023411 gccgcatgaaggttcttattgttcttgatgatgtcaa 7023447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 59
Target Start/End: Original strand, 7036508 - 7036542
Alignment:
Q  25 agccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgt 59  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7036508 agccgcatgaaggttcttattgttcttgatgatgt 7036542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 127 times since January 2019
Visitors: 5831