View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0798_low_2 (Length: 537)

Name: NF0798_low_2
Description: NF0798
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0798_low_2
NF0798_low_2
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (46-509)||(26301345-26301797)
chr7 (138-502)||(19103715-19104079)
chr7 (141-502)||(26154821-26155182)
chr7 (141-505)||(26178701-26179065)
chr7 (120-502)||(26128164-26128546)
chr7 (159-496)||(26203530-26203867)
chr7 (139-505)||(26190881-26191247)
chr7 (141-496)||(26082348-26082706)
chr7 (141-496)||(26106135-26106493)
chr7 (85-502)||(26250404-26250824)
chr7 (173-405)||(26223182-26223414)
chr7 (138-505)||(26242012-26242379)
chr7 (141-392)||(26297063-26297314)
chr7 (173-432)||(26207085-26207344)
chr7 (148-259)||(26184897-26185008)
chr7 (166-280)||(26259542-26259656)
chr7 (188-432)||(26226635-26226879)
chr7 (267-420)||(26240031-26240184)
chr7 (143-225)||(26186290-26186372)
chr7 (345-503)||(26259721-26259879)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (141-391)||(44902859-44903109)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 509
Target Start/End: Original strand, 26301345 - 26301797
Alignment:
Q  46 tttctttgttttttcgttttcctatttccgccacagaaactaccattaaatatcaactctctaaccgacagcaccaagcaacaatggactctgaatctca 145  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |           |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26301345 tttctttgctttttcgttttcctatttcagccacagaaactaccattaaatatcca-----------acagcaccaagcaacaatggactctgaatctca 26301433  T
Q  146 acaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggt 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26301434 acaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggtcatatgaatcctatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggt 26301533  T
Q  246 gttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactcatctga 345  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||  | || |||||||| || |    
T  26301534 gttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgcttcaacattccaaaaatctatagacgatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaactta 26301633  T
Q  346 ttcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgtgggatacc 445  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  26301634 ttcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttcacttgaaatacttggtaaaatcagccgtcggatacc 26301733  T
Q  446 gatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattgcatagtcaccgat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26301734 gatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattgtatagtcaccgat 26301797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 138 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 19104079 - 19103715
Alignment:
Q  138 gaatctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgcca 237  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19104079 gaatctcaacaatcccataaccaacttcatgtaacttttcttccatatccaactccaggccatatgattcctatgatagacacagcaagactatttgcca 19103980  T
Q  238 aacatggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaac 337  Q
    ||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||    
T  19103979 aacatggtgttaatgttacaatcattgctactcatgccaatgcttccacattccaaaaatccatagacagtgacttcaattcaggatactccatcaaaac 19103880  T
Q  338 tcatctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgt 437  Q
    ||| || ||||  ||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  19103879 tcaacttattcccttcccttcagctcaagttggtcttccagatggtgttgaaaacatcaaagatggaacttcacttgaaatgcttggtaaaatcagcagt 19103780  T
Q  438 gggataccgatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattgcatagt 502  Q
    || |||  ||||||||||||| | ||||||  | ||||||| || |||| ||||||||| |||||    
T  19103779 ggaatattgatgctccaagatcctatcgagaatctgtttcacgatcttcgaccagattgtatagt 19103715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 141 - 502
Target Start/End: Original strand, 26154821 - 26155182
Alignment:
Q  141 tctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaac 240  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |    
T  26154821 tctcaacaatcccataaccaacttcatgtaacttttcttccacatccaagtcctggccatatgaatcctatgattgacacagctagactatttgcaaagc 26154920  T
Q  241 atggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactca 340  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  | || ||||| ||    
T  26154921 atggtgttaatgtgaccatcatcactacgcatgctaatgcttcaacattccaaaaatccatagacagtgacttcaattcaggataccctatcaaaacaca 26155020  T
Q  341 tctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgtggg 440  Q
    ||| ||  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | | |||     
T  26155021 tcttatcaagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacatgaaagatggaacttcatttgaaatactaggtaaaatcggccttgga 26155120  T
Q  441 ataccgatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattgcatagt 502  Q
    ||| | |||||||||||| | || |||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  26155121 atatccatgctccaagatccgattgaggctttgtttcaagaccttcaacctgattgtatagt 26155182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 141 - 505
Target Start/End: Original strand, 26178701 - 26179065
Alignment:
Q  141 tctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaac 240  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  26178701 tctcaacaatcccataacaaacttcatgttgtttttcttccatttccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgc 26178800  T
Q  241 atggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactca 340  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  26178801 atggtgttaatgttaccatcatcgctacacatgccaatgcttcaacattccaaaaatctatagacagtgacttcaattcaggatactccatcaaaactca 26178900  T
Q  341 tctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgtggg 440  Q
    ||| || |||||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||| | || ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||  || |      
T  26178901 tcttatacagttcccttcagctcaggtaggtctccctgatggtgttgaaaacatgaaagatggaatttcatttgaaatactaggtaaaatcacccgcgca 26179000  T
Q  441 ataccgatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattgcatagtcac 505  Q
    |||   ||||||||  || |||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  26179001 ataattatgctccagaatccaattgagattttgtttcaagatcttcaacctgattgtattgtcac 26179065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 120 - 502
Target Start/End: Original strand, 26128164 - 26128546
Alignment:
Q  120 caagcaacaatggactctgaatctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagaca 219  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||  |||| | ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  26128164 caagcaacaatggagtctcaatctctgcaattccataaccaacttcatgttgtttttctttcatatccaagtcctggccatatgaatcctatgattgaca 26128263  T
Q  220 cagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattc 319  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||  || ||     
T  26128264 cagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgctaatgcctcaacattccaaaaagccatagacagtgacaccagttt 26128363  T
Q  320 aggatattcaataaaaactcatctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaata 419  Q
    |||||| || || |||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||   |||||     
T  26128364 aggatactccattaaaactcaacttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacatgaaagatggaacttcaacagaaatt 26128463  T
Q  420 cttggtaaaatcagtcgtgggataccgatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattgcatagt 502  Q
     ||||||||||| | | ||| ||| | ||||| |||||| |||  |||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  26128464 attggtaaaatcggccttggaatatcaatgcttcaagatccaactgaggctttgtttcaagaccttcaacctgattgtatagt 26128546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 159 - 496
Target Start/End: Original strand, 26203530 - 26203867
Alignment:
Q  159 caacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttacca 258  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26203530 caactgcatgtaacttttcttccatttccaactcctggccatatgattcctatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttacca 26203629  T
Q  259 ttatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactcatctgattcagttcccttc 358  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||    
T  26203630 tcatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaagcgatagacagtgacttcaattcaggatactccatcaagactcatcttattcagttcccttc 26203729  T
Q  359 atcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgtgggataccgatgctccaagat 458  Q
    | | |||||| |||| || ||||||||||||||  |||| ||||||| |||    ||||| |||||||||||   ||  || |||  |||||| ||||||    
T  26203730 agctcaagtttgtcttccagatggtgttgaaaatctcaaagatggaacttcctcagaaattcttggtaaaatagctcaaggaataatgatgcttcaagat 26203829  T
Q  459 tcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattg 496  Q
      ||| ||  || |||||||||| ||||||||||||||    
T  26203830 caaattgaaattctgtttcaagatcttcaaccagattg 26203867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 139 - 505
Target Start/End: Original strand, 26190881 - 26191247
Alignment:
Q  139 aatctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaa 238  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  26190881 aatctcaacaatcccataacccacttcatgtaacttttcttccatttccatctcctggccatatgattcctatgattgacactgcaagactattagccaa 26190980  T
Q  239 acatggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaact 338  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| || || ||||||    
T  26190981 acatggtgttaatgtaaccatcattactacacatgccaatgcttcaacattccaaaaaaccatagacagtgacttcagtttaggatactccatcaaaact 26191080  T
Q  339 catctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgtg 438  Q
    ||||| ||| | ||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||  ||    ||||| ||| |||||||||  ||||    
T  26191081 catcttattgaattcccttcagctcaagttggtcttccagatggtgttgaaaatctcaaagatggaacatcctcagaaattcttagtaaaatcaaccgtg 26191180  T
Q  439 ggataccgatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattgcatagtcac 505  Q
    | ||| ||||||| | |||| | || |||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  26191181 gaatatcgatgcttcgagatccgattgaggttctgtttaaagatcttcaaccagattgtatagtcac 26191247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 141 - 496
Target Start/End: Original strand, 26082348 - 26082706
Alignment:
Q  141 tctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaac 240  Q
    |||||||||||  |||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  26082348 tctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatccaatgatagccacagcaagactatttgccatgc 26082447  T
Q  241 atggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactca 340  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||| |||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  26082448 atggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgcttcaacatttcaaaaagccattgacagtgacttcaattcaggatactccatcaaaactca 26082547  T
Q  341 tctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgtggg 440  Q
     || ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||   |||||  || |||||||    |||||     
T  26082548 gcttattcagttcccgtcatctcaggtaggtctccctgatggtgttgaaaacctcaaagatggaacttcaacagaaattattagtaaaattgcccgtgga 26082647  T
Q  441 ataccgatgctccaagattcaatcgagg---ttttgtttcaagaacttcaaccagattg 496  Q
    ||| | |||||||||||| | || ||||    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  26082648 atagccatgctccaagatccgattgaggctaatttgtttcaagaacttcaacctgattg 26082706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 141 - 496
Target Start/End: Original strand, 26106135 - 26106493
Alignment:
Q  141 tctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaac 240  Q
    |||||||||||  |||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  26106135 tctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatccaatgatagccacagcaagactatttgccatgc 26106234  T
Q  241 atggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactca 340  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||| |||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  26106235 atggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgcttcaacatttcaaaaagccattgacagtgacttcaattcaggatactccatcaaaactca 26106334  T
Q  341 tctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgtggg 440  Q
     || ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||   |||||  || |||||||    |||||     
T  26106335 gcttattcagttcccgtcatctcaggtaggtctccctgatggtgttgaaaacctcaaagatggaacttcaacagaaattattagtaaaattgcccgtgga 26106434  T
Q  441 ataccgatgctccaagattcaatcgagg---ttttgtttcaagaacttcaaccagattg 496  Q
    ||| | |||||||||||| | || ||||    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  26106435 atagccatgctccaagatccgattgaggctaatttgtttcaagaacttcaacctgattg 26106493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 85 - 502
Target Start/End: Original strand, 26250404 - 26250824
Alignment:
Q  85 ctaccattaaatatcaactctctaaccgacagcaccaagcaacaatggactctg---aatctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttcc 181  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |   | || |||||||||||||||| |||    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  26250404 ctacccttaaatatcaactctcttagtaatagaaccaagcaacaatggattctcctcaatctcaacaatccaataaccaacttcatgttgtttttcttcc 26250503  T
Q  182 atttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgct 281  Q
    || |||| || |||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26250504 atatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacactgcaagactatttgctaaacatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgctaatgct 26250603  T
Q  282 tcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactcatctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatg 381  Q
    ||||  ||||||||| ||||||| | |||| ||| || |||||| || || |||||||| ||  ||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| |    
T  26250604 tcaaggttccaaaaatccatagatagtgacatcagtttaggatactccatcaaaactcaacttcttcagtttccttcagctcaagttggtctacctgacg 26250703  T
Q  382 gtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgtgggataccgatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaaga 481  Q
    ||||||||||||  || ||||  | ||| | |||||| ||| ||||| ||| ||||||  ||  |||||||  |||||| || || ||||| ||||||||    
T  26250704 gtgttgaaaactcgaacgatgctacttcccgtgaaatgcttagtaaagtcactcgtggagtatggatgctcagagattctattgaagttttatttcaaga 26250803  T
Q  482 acttcaaccagattgcatagt 502  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  26250804 acttcaaccagattgtatagt 26250824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 173 - 405
Target Start/End: Original strand, 26223182 - 26223414
Alignment:
Q  173 ttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccattatcactacacat 272  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26223182 ttttcttccatttccaactcctggtcatatgatttcaatgattgacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccatcatcactacacat 26223281  T
Q  273 gctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactcatctgattcagttcccttcatcccaagttggtc 372  Q
    || |||||||| || ||||||||| |  |||||  |||||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||| | || || ||||    
T  26223282 gccaatgcttccacattccaaaaatctgtagactgtgacttcaattcaggatactccatcaaaactcatcttatacagttcccttcagctcaggtaggtc 26223381  T
Q  373 tccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaa 405  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  26223382 tccctgatggtattgaaaacatcaaagatggaa 26223414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 138 - 505
Target Start/End: Original strand, 26242012 - 26242379
Alignment:
Q  138 gaatctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgcca 237  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| |||| ||  |||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  26242012 gaatctcaacaatcccataacaaacttcatgttgtttttcttccatatccagctattggccatatgaaccctatgattgacactgcaagactatttgcaa 26242111  T
Q  238 aacatggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaac 337  Q
    | |||||||||||||||||||| ||   ||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||| | |||  ||| || |||||| || || |||||    
T  26242112 agcatggtgttaatgttaccatcatacttacacatgccaatgcttcaaggttccaaaaatccatagatagtgatgtcagtttaggatactccatcaaaac 26242211  T
Q  338 tcatctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgt 437  Q
    ||| ||  |||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| |||||||| | || ||||  | |||||  ||||| ||| ||||| ||| ||||    
T  26242212 tcaacttcttcagttcccttctgctcaagttggtctccctgaaggtattgaaaacatgaacgatgccacttcacgagaaatgcttagtaaagtcactcgt 26242311  T
Q  438 gggataccgatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattgcatagtcac 505  Q
    ||  ||  ||||||| |||||||  | || ||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  26242312 ggagtatggatgctcaaagattcttttgaagttctgtttaaagatcttcaaccagattgtatagtcac 26242379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 141 - 392
Target Start/End: Original strand, 26297063 - 26297314
Alignment:
Q  141 tctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaac 240  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||| |||| || |||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  26297063 tctcaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagc 26297162  T
Q  241 atggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactca 340  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||| | |||| ||| || |||||| || || |||||| |    
T  26297163 atggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaatgcttcaaggttccaaaaatccatagatagtgacatcagtttaggatactccatcaaaactaa 26297262  T
Q  341 tctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaac 392  Q
     ||  ||||||||||| ||    ||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  26297263 acttcttcagttccctgcaaatgaagttggtctcccagagggtattgaaaac 26297314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 173 - 432
Target Start/End: Original strand, 26207085 - 26207344
Alignment:
Q  173 ttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccattatcactacacat 272  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  26207085 ttttctaccatatccaactcctggccatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttaatgttaccatcatcactacacaa 26207184  T
Q  273 gctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactcatctgattcagttcccttcatcccaagttggtc 372  Q
    || ||||| |     ||| | ||| |||| ||||| |||||   ||| |||||||| || ||||||  | ||||||| ||||||  | ||||||| ||||    
T  26207185 gcaaatgccttgttattcaagaaagccatcgacaacgacttgttttctggatattccatcaaaacttgtgtgattcaattccctggagcccaagtaggtc 26207284  T
Q  373 tccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatca 432  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| ||||  | ||| | |||||| |||||||||||||    
T  26207285 tcccagatggtgttgaaaacatcaaagatgccacttcccgtgaaatgcttggtaaaatca 26207344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 148 - 259
Target Start/End: Original strand, 26184897 - 26185008
Alignment:
Q  148 aatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgt 247  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  26184897 aatcccataacaaacttcatgtaatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatcccatgatagccacatcaagactatttgcaaagcatggtgt 26184996  T
Q  248 taatgttaccat 259  Q
    |||||| |||||    
T  26184997 taatgtcaccat 26185008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 166 - 280
Target Start/End: Original strand, 26259542 - 26259656
Alignment:
Q  166 atgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccattatcac 265  Q
    |||| |||||||| || | || |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  26259542 atgttatttttctaccttatctaactcctggccatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtattaatgttaccattatcac 26259641  T
Q  266 tacacatgctaatgc 280  Q
    ||||||||| |||||    
T  26259642 tacacatgccaatgc 26259656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 188 - 432
Target Start/End: Original strand, 26226635 - 26226879
Alignment:
Q  188 aactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaacc 287  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||| |         
T  26226635 aactcctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaaggctatttgcaaagcatggtgttgatgttaccatcatcactacacaagcaaatgccttgtta 26226734  T
Q  288 ttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactcatctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttg 387  Q
    ||| | ||| |||| ||||| |||||   ||| |||||||| || ||| ||  | ||||||| |||||| || ||||||||||||| || ||||||||||    
T  26226735 ttcaagaaacccatcgacaacgacttgttttctggatattccatcaaagcttgtgtgattcaattccctgcagcccaagttggtcttccagatggtgttg 26226834  T
Q  388 aaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatca 432  Q
    ||||| |||| ||||  | ||| | |||||| |||||||||||||    
T  26226835 aaaacatcaaagatgccacttcccgtgaaatgcttggtaaaatca 26226879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 267 - 420
Target Start/End: Original strand, 26240031 - 26240184
Alignment:
Q  267 acacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactcatctgattcagttcccttcatcccaag 366  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||  | || ||||| || ||  |||| ||||||||| |  |||    
T  26240031 acacatgtcaatgcttcaacattccaaaaagccatagagagtgacttcaattcagcataccctattaaaacccaacttcttcaattcccttcaacttaag 26240130  T
Q  367 ttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatac 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| |||| |||||||||    
T  26240131 ttggtctccctgatggtgttgaaaacatgaaagatggaacttcatttgaaatac 26240184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 143 - 225
Target Start/End: Original strand, 26186290 - 26186372
Alignment:
Q  143 tcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaa 225  Q
    |||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||| ||||||    
T  26186290 tcaacaatctcacaaccaacttcatataatttttcttccatttccaactcctggtcatatgattcctaggatagacgcagcaa 26186372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 345 - 503
Target Start/End: Original strand, 26259721 - 26259879
Alignment:
Q  345 attcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaaattcacttgaaatacttggtaaaatcagtcgtgggatac 444  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||| || || ||||| |||||| |||| ||||||| |||  | ||||| |||||||||||| ||| ||| ||      
T  26259721 attcaattcccttcagcacaagttggtcttccagaaggtgtcgaaaacatcaaagatggaacttccttagaaatgcttggtaaaatcggtcatggaattt 26259820  T
Q  445 cgatgctccaagattcaatcgaggttttgtttcaagaacttcaaccagattgcatagtc 503  Q
    |  |||| ||||||  ||| ||  || |||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  26259821 cattgcttcaagatcaaattgaaattctgtttcaagatcttcaacctgattgcatagtc 26259879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 141 - 391
Target Start/End: Original strand, 44902859 - 44903109
Alignment:
Q  141 tctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggccatatgaatcccatgatagacacagcaagactatttgccaaac 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  44902859 tctcaacaatccaataaccaacttcatgtagtttttcttccatatccaactcctggccatatgattcccatggtagacacagcaagactatttgcaaagc 44902958  T
Q  241 atggtgttaatgttaccattatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaaaccatagacaatgacttcaattcaggatattcaataaaaactca 340  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  44902959 atggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaacgcttcaactttccaagaatccatagacagtgacttcaattcaggatactctatcaaaactca 44903058  T
Q  341 tctgattcagttcccttcatcccaagttggtctccctgatggtgttgaaaa 391  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  44903059 gcttattcagttcccttcatcccaagttggtcttcctgatggaattgaaaa 44903109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 5254 times since January 2019
Visitors: 5755