View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0809-Insertion-1 (Length: 1109)

Name: NF0809-Insertion-1
Description: NF0809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0809-Insertion-1
NF0809-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-1104)||(46465853-46466947)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 907; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 907; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1104
Target Start/End: Complemental strand, 46466947 - 46465853
Alignment:
Q  7 acgaggaatgctagcaacgcacgtttatatatgtcatcggcacaaaaacttgagaattaatcatccaccctacatctctctcagaatacattctaactaa 106  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466947 acgacgaatgctagcaacgcacatttatatatgtcatcggcacaaaaacttgagaattagtcatccaccctacatctctctcagaatacattctaactaa 46466848  T
Q  107 catacacatgcattgttgacaaactgcacaaaactga-tttcaaatgccggcagcaatgaatatcattaggtgacatgaaatatatttatattcatgaac 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466847 catacacatgcattgttgacaaactgcacaaaactgaatttcaaatgccggcagcaatgaatatcattaggtgacatgaaatatatttatattcatgaac 46466748  T
Q  206 atagtagttcaaacatggggtctttggccctctattttatcnnnnnnnnnnnnnn--gtagttcagacatgccaatcaataccattaacttaatatgttc 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466747 atagtagttcaaacatggggtctttggccctctattttatcaaaaaaattaaaaaaagtagttcagacatgccaatcaataccattaacttaatatgttc 46466648  T
Q  304 tagtcataaaaaattatttaagtcaactaatgaattcaaaacatgcacattataggggcggggaggagaaaaacagaaacatatataggttcccttacaa 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||    
T  46466647 tagtcataaaaaattatttaagtcaactaatgaattcaaaacatgcacattataggggcggggaggagaaaaacagaaacata----ggttcccttacaa 46466552  T
Q  404 aaatgtaaccaaatttatttttataatgtcaacttgacaatatatgattttcttatttcttacttcatccacaacttgcggcacatttacctatataagt 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466551 aaatgtaaccaaatttatttttataatgtcaacttgacaatatatgattttcttattgcttacttcatccacaacttgcggcacatttacctatataagt 46466452  T
Q  504 tcatggcaaatgaactacactagtatctaaagaagcaatttctcaccttcagatcaaagaagacactaactatggtaactaatcctttctttctatttat 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466451 tcatggcaaatgaactacactagtatctaaagaagcaatttctcaccttcagatcaaagaagacactaactatggtaactaatcctttctttctatttat 46466352  T
Q  604 taacttacttattagaacacttttgaacttgtttgattacttgccagggaatctgcagaagtatggctacacaaccaaggatacaaagaagactaggagg 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466351 taacttacttattagaacacttttgaacttgtttgattacttgccagggaatctgcagaagtatggctacacaaccaaggatacaaagaagactaggagg 46466252  T
Q  704 gaaaagagctgcactttttgtatatggtaagagcttggaaaatcccatgtatgaacttttatatgctaaaaatgttttgtttgtatttattaaattgaaa 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466251 gaaaagagctgcactttttgtatatggtaagagcttggaaaatcccatgtatgaacttttatatgctaaaaatgttttgtttgtatttattaaattgaaa 46466152  T
Q  804 ttccaatttttggatgcagctatggaagggttggagaacatggcttttgttgccaatgcagtgagctcaaaaataacattatttcactgggtccatgaac 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46466151 ttccaatttttggatgcagctatggaagggttagagaacatggcttttgttgccaatgcagtgagct---taataac-ttatttcactgggtccatgaac 46466056  T
Q  904 ttcaagccttaacaaaatcagcaacaaccctaaccaacttaatgggaactgc-tttttactaccactcctaggtggattaatttctgatacatatttgtc 1002  Q
    ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466055 ttca--gcttaacaaaatcagcaacaaccctaaccaacttaatgggaactgcttttttactaccactcctaggtggattaatttctgatacatatttgtc 46465958  T
Q  1003 taggttc-agacttgtgttctgtttgc-agcatggaattgttggtaag-ttcatcaattcctcttgctagcaa-tttttcgataatgcaaaaatattcat 1098  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  46465957 taggttcaagacttgtgttctgtttgcaagcatggaattgttggtaagtttaatcaatttctcttgctatcaattttttcgataatgcaaaaata-tcat 46465859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4594 times since January 2019
Visitors: 5751